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Visium 空间基因表达
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授予森林产品的应用程序资源
10倍基因组学的森林平台结合了组织学，蛋白质检测和空间分辨的整个转录组基因表达分析，以在组织环境中定位和量化基因表达。它部分基于空间转录组学方法（1）。visium于2019年进行了商业化，并已用于开创性论文中，证明了其应用的广度，包括癌症（3,4），神经科学（5），免疫学（6）和发育生物学（7）。该测定法已被很好地采用，用于68多个同行审查的出版物和130张预印。当前，森林空间基因表达与任何物种的新鲜冷冻（FF）组织截面兼容。该测定法利用poly（a）捕获和新颖的空间条形码技术来制备图书馆。10x基因组学还为FFPE提供了森林空间基因的表达，它与人和小鼠福尔马林固定石蜡包裹的（FFPE）组织切片兼容。该测定法利用了基因靶探针对的RNA-拟合连接（RTL），以对整个转录组进行高度特异性和敏感的检测。两种分析都利用了相同的分析工具和管道（即太空游侠，Loupe浏览器）的套件来处理和可视化visium数据。此外，研究人员还可以使用10倍基因组学技术专家和组织专家，他们可以通过科学和技术咨询，工作流优化和方法论故障排除提供支持。
visium HD空间基因表达，单细胞水平的空间传递分析
8。KrzysztofPolaðSki等。 BIN2CELL从高分辨率visium HD数据中重建细胞。 生物信息学，第40卷，问题KrzysztofPolaðSki等。BIN2CELL从高分辨率visium HD数据中重建细胞。生物信息学，第40卷，问题
使用高清晰的空间分析
图1。使用visium HD对CRC和NAT样品进行分析。串行组织切片。选择了样品子集并用visium HD测定法（n = 3 CRC和n = 2 Nat）进行分析。切片。串行切片，并通过v2分析（n = 1 CRC和n = 2 Nat）进行测定。单细胞数据用于创建用于单元类型注释的参考数据集。原位数据用于验证visium HD数据和后续分析的发现。使用匹配数据集的数据进行了技术性能比较。
UCLA基因组学技术中心和生物信息学中心
库构造：批量测序：rnaseq rnaseq用rRNA耗竭☐miRNaseq☐chipseq☐chipseq physeq（wgbs）☐甲基甲基（RRBS）☐人wes☐人wes☐小鼠wes☐小鼠wes☐小鼠☐ tcr tcr☐bcr☐fb☐ATAC☐多组件（3'GEX+ATAC）☐ffpe/固定/固定☐bd Rhapsody☐ HD：☐人类全转录分析（WTA）☐小鼠全转录分析（WTA）10x Xenium：☐新鲜的10x Xenium ffpe 10x 10x xenium（用户需要提供面板。): Please specify: ________________________ GeoMx DSP: ☐ Dry Run ☐ hWTA ☐ mWTA ☐ hCTA ☐ Protein Panel (Specify):____ ☐ Other (please specify): ____ CosMx SMI: ☐ Human Universal Panel (1000 genes) ☐ Human Immuno-Oncology (100 genes) ☐ Mouse Neuro Panel (1000 genes) ☐ Human免疫肿瘤蛋白面板（64个蛋白质）☐其他（请指定）：____ stereoseq：stereoseq（1 cm x 1 cm）如果您需要定制的细胞染色抗体，请指定染色的名称和稀释因子：
解决组织体系结构中的整个转录组
在visium工作流程期间，捕获了两种主要数据类型：组织图像和BCL或FASTQ格式的测序数据。太空游侠分析管道使用这两个数据输入将visium测序数据与图像对齐。根据相关的空间条形码，将捕获的每个检测到的基因转录物分配给组织图像上的空间位置。处理数据后，您可以使用Loupe浏览器可视化软件轻松询问空间基因表达数据的不同视图。Loupe浏览器允许您询问显着基因，表征和完善簇并执行差异表达分析。另外，您可以使用第三方工具进一步处理数据。
大鼠运动皮层脑电极界面的空间转录组学研究
研究异物对大脑植入电极的反应是未来神经假体和实验电生理学发展的一个重要研究领域。在大脑中植入电极后，小胶质细胞活化、反应性星形胶质增生和神经元细胞死亡会在电极周围形成一个与稳态截然不同的环境。为了揭示可能影响设备功能和寿命的生理变化，在这项初步研究中实施了空间转录组学，以确定由电极植入引起的基因表达变化。这种 RNA 测序技术 (10x Genomics, Visium) 使用显微镜载玻片上的空间编码、RNA 结合寡核苷酸来空间识别每个测序读数。对于这些实验，植入密歇根式硅电极的大鼠运动皮层切片被安装在 Visium 载玻片上进行处理。每个组织切片都使用免疫组织化学标记神经元和星形胶质细胞，以提供相对于设备道映射每个测序读数的空间参考。植入后 24 小时、1 周和 6 周，大鼠运动皮层的结果显示，植入和非植入组织切片之间存在多达 5811 个差异表达基因。这些基因中有许多与之前在异物对植入电极反应的研究中报告的生物机制有关，而其他基因则是本研究中的新发现。这些结果将为未来的工作奠定基础，以改进和衡量基因表达对大脑植入电极记录长期稳定性的影响。随着我们对大脑在电极植入后发生的动态分子变化有了更好的了解，正在进行的工作将扩大这些初步观察。
肿瘤微环境： - 3D Genomics
单细胞多组学技术 • 空间转录组学（10X Visium，通常与 10X Genomics 单核 RNAseq 集成） • 具有大量和少量细胞的单细胞转录组学（分别为 10X Genomics 和 SmartSeq）。 • 来自新鲜冷冻和 FFPE 包埋组织的单核 RNAseq。 • IHC 成像（宽视野/共聚焦、显色/荧光） • 高内涵成像（细胞绘画、HCS） • 单细胞免疫组库分析、B 细胞/T 细胞克隆型研究，通过 FACS 和 MACS 分离细胞类型。 批量细胞技术 • 使用患者来源和对照细胞系在多个治疗领域进行基因表达和药物反应研究的 3D 类器官模型 • 具有多种模态读数的定制细胞检测开发和化合物研究。 • 毛细管印迹 (ProteinSimple) 用于空间转录组学的组织 • 脑、肾、肺、心脏等。 • FFPE 样本即将推出 参考文献
摘要PDF海报
摘要：近年来，成年人类齿状回（DG）的神经源性潜力已广泛争论。本研究旨在提供有关人脑在转录组水平上人脑中成年海马神经发生（AHN）程度的新见解。使用10倍基因组学的空间基因表达平台在年轻（n = 2，平均年龄= 23.5岁）和中年神经型雄性（n = 2，平均年龄= 42.5岁）和中年神经型雄性（n = 2，平均年龄= 23.5岁）上使用10倍的空间基因表达平台（douglas-bell Canada Brain Bank），我们计算了各种Neurosis Markers of neurogens of neurogens of the dgers of neurogens of the d d d dgers n d d d d dgers n = 2。我们还评估了来自婴儿（n = 1，年龄= 2岁），青少年（n = 1，年龄= 16岁）和使用中等年龄的男性（n = 6，n = 6，n = 43.5岁的年龄）的DG细胞（n = 1岁）的DG细胞中特异性的标志物（NSC），增殖细胞和未成熟颗粒神经元的增生细胞和未成熟的颗粒神经元（n = 1，年龄= 2岁）杂交（RNASCOPE； ACD BIO）。我们的森林数据表明，神经发生标志物可以映射到DG的DG细胞和区域DG，DG，Hampocampal神经源性壁iche外部（SGZ）以外的区域，证实了使用多个标记物表征人类海马中不同神经源细胞类型的重要性。例如，我们观察到NSC特异性标记NES在空间上解析为DG中的细胞和富含少突胶质细胞前体细胞特异性标记的区域。我们还发现，增殖标记PCNA和MCM2非常低表达，未成熟的神经元标记DCX在DG中显示了分散的表达。我们还鉴定了成人DG中的Prox1 + DCX + CalB2 +未成熟的颗粒神经元。使用rnascope，我们发现很少有表达NSC特异性标记和增殖细胞的细胞，但从童年到中年发现了SGZ中SGZ中表达DCX的平均表达细胞的稳定。在各个时代，大多数DCX + DG细胞表示抑制性神经元标记GAD1，而其余的则显示出兴奋性表型（SLC17A7 +）或不承诺。此外，在表达神经胶质标记物（例如TMEM119和ALDH1L1）的细胞中检测到DCX表达，虽然很少，却在非神经发生的脑区域中。我们的发现表明，由于缺乏NSC和来自儿童时期的增殖标记的表达，人脑的AHN水平非常低。
YCGA样本支持信
耶鲁大学基因组分析中心（YCGA）是最先进的DNA测序中心。这种全服务设施使用各种技术使用最新技术提供微阵列和下一代DNA序列（NGS）分析服务。该中心大约占据7000平方米ft。实验室空间，并具有两个Illumina Novaseqs，一个是Pacbio Sequel II，Element Aviti和Illumina Miseq测序系统。YCGA还使用了四年多的牛津纳米孔单分子技术。使用YCGA的NGS产生了1000多个出版物，其中包括科学，自然和细胞等高影响力期刊中的60多种文章。YCGA在单细胞和空间技术方面具有丰富的经验。我们为基因表达，pip-seq，scatac-seq和Multi-omics的基因表达准备的10x库准备提供了常规服务。我们还使用森林，库里奥，10倍xen，纳米弦COSMX，Atlasxomics空间ATAC-SEQ和MERFISH具有丰富的空间转录组学经验。YCGA提供了许多使用Cut和Tag，Atac-Seq和HIC研究细胞表观遗传方面的服务。我们为这些服务提供技术咨询，图书馆准备，排序和数据分析。