质膜损伤(PMD)在所有细胞类型中都由于环境扰动和细胞自主活性而发生。但是,除了恢复或死亡,PMD的细胞结局在很大程度上仍然未知。在这项研究中,使用萌芽的酵母和正常的人成纤维细胞,我们发现细胞衰老(稳定的细胞周期停滞导致有机衰老)是PMD的长期结果。我们使用芽酵母的遗传筛查意外地确定了PMD反应与复制寿命法规之间的紧密遗传关联。此外,PMD限制了萌芽酵母中的复制寿命;膜修复因子的上调ESCRT-III(SNF7)和AAA-ATPase(VPS4)扩展了它。在正常的人成纤维细胞中,PMD通过Ca 2+ –p53轴诱导过早衰老,但不是主要的衰老途径,DNA损伤响应途径。ESCRT-III(CHMP4B)的瞬时上调抑制了PMD依赖性衰老。 与mRNA测序结果一起,我们的研究强调了一种未充分考虑但无处不在的衰老细胞亚型:PMD依赖性衰老细胞。ESCRT-III(CHMP4B)的瞬时上调抑制了PMD依赖性衰老。与mRNA测序结果一起,我们的研究强调了一种未充分考虑但无处不在的衰老细胞亚型:PMD依赖性衰老细胞。
酵母人工染色体(YAC)为隔离和映射哺乳动物染色体的区域提供了强大的工具。,我们通过通过同源重组将救援质粒插入YAC载体中的DNA片段开发了一种快速有效的方法来分离代表YAC克隆极端的DNA片段。构建了两个救援载体,其中包含一个酵母Lys2可选基因,一个细菌的复制起源,一个抗生素耐药基因,一个包含多个限制位点的聚链链接和与PYAC4载体同源的片段。“终端克隆”程序涉及将救援载体转化为带有YAC克隆的酵母细胞,然后制备酵母DNA并转化为细菌细胞。所得质粒的长度最高20 kb,可用作杂交探针,作为直接DNA测序的模板,以及作为荧光原位杂交绘制的探针。这些向量适合从使用PYAC衍生载体构建的任何YAC中拯救端键。我们通过从人类YAC图书馆中拯救Yac-end片段来证明这些质粒的实用性。
摘要 蛋白质是细胞中的关键分子,其丰度不仅在基因表达水平而且在转录后水平受到广泛调控。在这里,我们描述了一种酵母基因筛选方法,该方法能够系统地表征蛋白质丰度调控在基因组中的编码方式。该筛选方法结合了 CRISPR/Cas9 碱基编辑器来引入点突变,并对内源性蛋白质进行荧光标记以方便流式细胞仪读数。我们首先使用单个 gRNA 以及正向和负向选择筛选对酵母中的碱基编辑器性能进行了基准测试。然后,我们研究了 16,452 种基因扰动对代表各种细胞功能的 11 种蛋白质丰度的影响。我们发现了数百种调控关系,包括 GAPDH 同工酶 Tdh1/2/3 与 Ras/PKA 通路之间的新联系。许多已识别的调节因子特定于这 11 种蛋白质中的一种,但我们还发现了一些基因,这些基因在受到扰动时会影响大多数测试蛋白质的丰度。虽然更具体的调控因子通常作用于转录,但广泛的调控因子往往在蛋白质翻译中发挥作用。总的来说,我们的新筛选方法为蛋白质调控网络的组成部分、规模和连通性提供了前所未有的见解。
细胞周期检查点机制确保细胞周期事件的顺序保留基因组完整性。在其中,当DNA复制被抑制或DNA损坏时,DNA恢复和DNA破坏检查点可防止染色体分离。最近的研究已经确定了这两个对照的调节网络的概述,这些对照显然在所有真核生物中起作用。此外,看来这些检查点有两个逮捕点,一个是在进入有丝分裂之前,另一个是在染色体分离之前。前一点需要中央细胞周期调节剂CDC2激酶,而后者涉及称为促进复合物的泛素连接酶的几个关键调节剂和底物。这些细胞周期调节器与几个键
最近,出现了一种新的蛋白质蛋白质相互作用研究的方法。可以使用田野和同事开发的“两杂交系统”(1,2)来寻找新的相互作用蛋白质,或者验证和表征可能会根据遗传或生物化学数据关联的蛋白质之间的相互作用。两种杂交系统是一种分子遗传方法,它利用酵母转录因子GAL4的结构柔韧性。GAL4蛋白包含两个结构域,即DNA结合域和转录激活剂结构域。这两个结构域不必成为同一蛋白的一部分来完成转录激活(3)。当两个结构域分别融合到两个无关但相互作用的蛋白质时,由于蛋白质 - 蛋白质相互作用,可以实现转录激活。通常,使用两种杂交系统对新的相互作用蛋白进行搜索是通过将含有UASC的集成拷贝的酵母菌菌株共转换。1J-LACZ报告基因和两个质粒(2,4-6)。一个质粒编码GAL4的DNA结合结构域与感兴趣的蛋白质的融合,而另一个质粒(库质粒)编码GAL4转录激活结构域的融合以随机生成的编码区域。因此,DNA结合结构域融合将与报告基因上游的UASGAL元件结合。如果由文库融合质粒编码的蛋白质与感兴趣的蛋白质相互作用,则转录激活结构域成为报告基因上游的共定位,从而导致转录激活。有效使用两个杂交系统需要产生大量的酵母转化体。由于酵母的转化仍然比细菌的效率低四个数量级,因此对于详尽的cDNA文库筛网来说,转化可能是限制步骤。在本文中,我们设计了一种简单的方法,可以消除对转化的需求,并允许用户搜索
从有丝分裂中退出是由磷光蛋白质组景观的急剧变化引起的。 依赖细胞周期蛋白依赖性激酶(CDK)活性,主要调节激酶以及诸如发芽酵母中Cdc14之类的诸如Cdc14之类的反破坏性磷酸化酶的激活,从而使有序的底物去磷酸化有序,从而允许进入新的细胞周期进入新的细胞周期和复制许可。 在减数分裂中,必须在没有中间DNA复制的情况下执行两个细胞分裂,这意味着必须将全球磷酸化和去型的替代化适应减数分裂的挑战。 使用萌芽酵母中的全球时间分辨磷酸蛋白质组学方法,我们比较了有丝分裂出口与从减数分裂I到减数分裂II之间的磷蛋白组景观。 我们发现,与有丝分裂的退出不同,在减数分裂I结束时,CDK磷酸基因磷酸化的磷酸化大部分稳定,而大多数与CDK无关的基序是通过去磷酸化来重置的。 然而,在减数分裂的中期,CDK的人工降低导致有序的底物去磷酸化,与有丝分裂相当,表明在减数分裂I的末端磷酸化I的磷酸化I的主要是有定性的,而不是定性下降的。从有丝分裂中退出是由磷光蛋白质组景观的急剧变化引起的。依赖细胞周期蛋白依赖性激酶(CDK)活性,主要调节激酶以及诸如发芽酵母中Cdc14之类的诸如Cdc14之类的反破坏性磷酸化酶的激活,从而使有序的底物去磷酸化有序,从而允许进入新的细胞周期进入新的细胞周期和复制许可。在减数分裂中,必须在没有中间DNA复制的情况下执行两个细胞分裂,这意味着必须将全球磷酸化和去型的替代化适应减数分裂的挑战。使用萌芽酵母中的全球时间分辨磷酸蛋白质组学方法,我们比较了有丝分裂出口与从减数分裂I到减数分裂II之间的磷蛋白组景观。我们发现,与有丝分裂的退出不同,在减数分裂I结束时,CDK磷酸基因磷酸化的磷酸化大部分稳定,而大多数与CDK无关的基序是通过去磷酸化来重置的。然而,在减数分裂的中期,CDK的人工降低导致有序的底物去磷酸化,与有丝分裂相当,表明在减数分裂I的末端磷酸化I的磷酸化I的主要是有定性的,而不是定性下降的。
一个主要发现是发现了一对称为“纳图综合体”的转录因子。这种复合物似乎调节基因表达并影响某些基因在细胞核中的定位,这一发现可以更好地了解基因沉默机制,这对于调节发育,免疫反应和其他重要生物学过程至关重要。
皮肤的稳定微生物定殖取决于宿主免疫系统的严格控制。脂质依赖性的酵母菌通常将皮肤定位为无害的剂量,并且受到宿主17型免疫监视,但这种真菌也与人类和动物的多样化皮肤病理有关。使用Malassezia暴露的鼠模型,我们表明Vγ4 +皮肤γδT细胞迅速扩展,是IL-17A介导真菌控制的主要来源。即使在真菌清除率后,也会在皮肤中持续存在的记忆样的玛拉西氏症响应性Vγ4 + T细胞富含排水淋巴结,并在几周后的真菌重新暴露后被保护。诱导γδT17免疫取决于IL-23和IL-1家族细胞因子信号传导,而TOLL样和C型凝集素受体则是可分配的。此外,暴露于Malassezia的宿主的Vγ4 + T细胞能够直接和选择性地对Malassezia衍生的配体进行反应,而与抗原呈递的宿主细胞无关。被检测到的真菌含量是在Malassezia属的各种物种上共享的,但在其他基本菌或aycomycota中没有使用。这些数据提供了对17型免疫监视的诱导和维护,对皮肤的诱导和维护,对皮肤健康具有重要意义。
皮肤微生物组的真菌群落由单一属Malassezia主导。除了其在宿主界面的共生生活方式外,这种共同的酵母还与人类和宠物动物的各种炎症性皮肤疾病有关。稳定的定殖通过17型抗真菌型免疫维持。然而,驱动TH17对Malassezia的反应的机制仍不清楚。在这里,我们表明C型凝集素受体Mincle,Dectin-1和Dectin-2识别Malassezia细胞壁中的保守模式,并在体外诱导树突状细胞活化,而在体外,TH17激活只需要Dectin-2,而在体内实验性皮肤化合物期间,TH17激活。相反,在这种情况下,类似Toll样受体识别是多余的。相反,通过MyD88的燃料IL-1家族细胞因子信号传导也与T细胞固有方式有关Th17激活。综上所述,我们表征了有助于保护皮肤最丰富成员的途径。这种知识有助于理解屏障免疫及其对Censals的调节,并且考虑到异常免疫反应与严重的皮肤病理相关。
朴素的英语摘要背景和研究目的是源自真菌和酵母的β-葡聚糖以其免疫调节作用而闻名。已经断言,酵母β-葡聚糖通过激活巨噬细胞(免疫系统的主要防御能力之一)来显着提高免疫系统的功能。它的好处在全球范围内进行了广泛的研究,在运动员,强调的妇女,老年人,健康的成年人和儿童中。上呼吸道感染是全球每个年龄段的最常见感染形式,对生产力,医疗保健支出和经济都有重大负面影响。基于已发表的研究,酵母β葡萄糖的应用被证明是在管理和预防复发性呼吸道感染时可能的治疗和预防方法。因此,本研究旨在评估酵母β-葡聚糖1,3/1,6对中等压力的成年人中疲劳,呼吸道感染,免疫标记和肠道健康的有效性。