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系统鉴定植物和酵母中非转录因子蛋白的转录激活域
Niklas F.C. Hummel，1，2，3，4 Kasey Markel，1，2，3 Jordan Stefani，5 Max V. Staller，5，6，7 *和Patrick M. Shih 1，2，2，2，3，3，8，9，9，9， * 1工厂和微生物系，加利福尼亚大学，伯克利大学，CA 94720，CA 94720，USAD CACTUTTE 94608，美国3美国3环境基因组学和系统生物学部，劳伦斯·伯克利国家实验室，伯克利，CA 94720，美国4美国4号生物学系，Technische Universit，Darmstadt，64287 Darmstadt，DARMSTADT，DARMSTADT，DEMANY DEMANY，DEMANY 5 MATILIA of CALICALIA of CALICATION of CALICATIA美国伯克利，加利福尼亚州94720，美国7 Chan Zuckerberg Biohub-San Francisco，旧金山，CA 9415，美国8 Innovative Genomics Institute，加利福尼亚大学，伯克利分校，CA 94720，美国94720，美国9铅联系 *通讯 ），pmshih@berkeley.edu（p.m.s.） https://doi.org/10.1016/j.cels.2024.05.007Niklas F.C.Hummel，1，2，3，4 Kasey Markel，1，2，3 Jordan Stefani，5 Max V. Staller，5，6，7 *和Patrick M. Shih 1，2，2，2，3，3，8，9，9，9， * 1工厂和微生物系，加利福尼亚大学，伯克利大学，CA 94720，CA 94720，USAD CACTUTTE 94608，美国3美国3环境基因组学和系统生物学部，劳伦斯·伯克利国家实验室，伯克利，CA 94720，美国4美国4号生物学系，Technische Universit，Darmstadt，64287 Darmstadt，DARMSTADT，DARMSTADT，DEMANY DEMANY，DEMANY 5 MATILIA of CALICALIA of CALICATION of CALICATIA美国伯克利，加利福尼亚州94720，美国7 Chan Zuckerberg Biohub-San Francisco，旧金山，CA 9415，美国8 Innovative Genomics Institute，加利福尼亚大学，伯克利分校，CA 94720，美国94720，美国9铅联系 *通讯），pmshih@berkeley.edu（p.m.s.）https://doi.org/10.1016/j.cels.2024.05.007
系统鉴定植物和酵母中非转录因子蛋白的转录激活域
Niklas F.C. Hummel，1，2，3，4 Kasey Markel，1，2，3 Jordan Stefani，5 Max V. Staller，5，6，7 *和Patrick M. Shih 1，2，2，2，3，3，8，9，9，9， * 1工厂和微生物系，加利福尼亚大学，伯克利大学，CA 94720，CA 94720，USAD CACTUTTE 94608，美国3美国3环境基因组学和系统生物学部，劳伦斯·伯克利国家实验室，伯克利，CA 94720，美国4美国4号生物学系，Technische Universit，Darmstadt，64287 Darmstadt，DARMSTADT，DARMSTADT，DEMANY DEMANY，DEMANY 5 MATILIA of CALICALIA of CALICATION of CALICATIA美国伯克利，加利福尼亚州94720，美国7 Chan Zuckerberg Biohub-San Francisco，旧金山，CA 9415，美国8 Innovative Genomics Institute，加利福尼亚大学，伯克利分校，CA 94720，美国94720，美国9铅联系 *通讯 ），pmshih@berkeley.edu（p.m.s.） https://doi.org/10.1016/j.cels.2024.05.007Niklas F.C.Hummel，1，2，3，4 Kasey Markel，1，2，3 Jordan Stefani，5 Max V. Staller，5，6，7 *和Patrick M. Shih 1，2，2，2，3，3，8，9，9，9， * 1工厂和微生物系，加利福尼亚大学，伯克利大学，CA 94720，CA 94720，USAD CACTUTTE 94608，美国3美国3环境基因组学和系统生物学部，劳伦斯·伯克利国家实验室，伯克利，CA 94720，美国4美国4号生物学系，Technische Universit，Darmstadt，64287 Darmstadt，DARMSTADT，DARMSTADT，DEMANY DEMANY，DEMANY 5 MATILIA of CALICALIA of CALICATION of CALICATIA美国伯克利，加利福尼亚州94720，美国7 Chan Zuckerberg Biohub-San Francisco，旧金山，CA 9415，美国8 Innovative Genomics Institute，加利福尼亚大学，伯克利分校，CA 94720，美国94720，美国9铅联系 *通讯），pmshih@berkeley.edu（p.m.s.）https://doi.org/10.1016/j.cels.2024.05.007
saccharomyces boulardii，一种新型的酵母益生菌...
背景：多囊卵巢综合征（PCOS）是生殖年龄妇女中最常见但最复杂的内分泌病之一，伴随着代谢改变。肠道菌群已被发现在PCOS的病理生理学和进一步发展中起着至关重要的作用。现有医疗管理的广泛副作用使得有必要不断寻找有效且安全的选择。saccharomyces boulardii，唯一具有独特特性的真核生物益生菌是唯一的酵母益生菌。假设：这项初步研究评估了Boulardii S. boulardii对PCOS-IR（具有胰岛素耐药性）大鼠模型的功效。材料和方法：在所有处女雌性Wistar大鼠中诱导了PCOS，其中1 mg/kg/kg/day的letrozole和高脂饮食（40％）饮食（40％），除了对照组21天。然后将大鼠与1.8×10 7 cfu /kg /day的冻干的S. boulardii共同使用。结果：S。boulardii通过恢复卵巢形态和代谢参数来防止PCOS进一步发展。结论：但是，这种机制可以归因于S. boulardii对PCOS的营养不良和代谢改变的可能归因。关键字：多囊卵巢综合征，糖疗法，胰岛素抵抗，letrozole，肠道微生物群，益生菌，代谢综合征。印度生理学和盟友杂志（2023）； doi：10.55184/ijpas.v75i03.194 ISSN：0367-8350（PRINT）
酵母的代谢工程，用于从头生产Kratom单二烯吲哚生物碱
来自Mitragyna Speciosa（MIAS）（MIAS）（MIAS）（“ Kratom”）（例如Mitragynine和Speciogynine）是阿片类药物受体配体的新型脚手架，用于治疗疼痛，成瘾和抑郁症。虽然在东南亚用作刺激性和疼痛管理物质已有数百年的历史，但这些精神活性的生物合成途径直到最近才被部分阐明。在这里，我们通过重建了来自普通MIA前体的五步合成途径，从而证明了酿酒酵母中的mitragynine和speciogynine，该途径由普通MIA PRECURSOR严格sillitersitor构成带有真菌性比喻的4-偶生酶，以绕过一个不知名的kratom kratom hydroxylase sydroxylase。在优化培养条件下，从葡萄糖中获得了〜290 µg/l kratom mias的滴度。铅生产菌株的无靶向代谢组学分析导致鉴定出众多的分流产物，这些分流产物是由严格os子氨酸合酶（Str）和二氢核南氨酸合酶（DCS）的活性得出的，突显了它们作为酶工程的候选物，以进一步改善kratom mias Mias在YEAST中的生产。最后，通过喂养氟化的色胺并表达人类的裁缝酶，我们进一步证明了氟化和羟基化的Mitragynine衍生物的产生，并在药物发现运动中可能采用潜在的应用。总的来说，这项研究引入了一个酵母细胞工厂平台，用于具有具有治疗潜力的复杂天然和新型Kratom MIAS衍生物的生物制造。
氟康唑用于预防和治疗婴儿酵母菌感染
氟康唑是一种抗真菌药物，常用于治疗和预防早产和足月婴儿的酵母菌感染。酵母菌可引起婴儿全身严重感染，包括皮肤、血液、心脏、眼睛和大脑。婴儿的免疫系统比大孩子和成人弱，因此会发生酵母菌感染，感染可能导致长期健康问题甚至死亡。尽管氟康唑在婴儿中经常使用，但关于其药代动力学或该药物在婴儿体内如何代谢的数据却很少。关于氟康唑对婴儿的安全性和有效性的数据也很少。需要进行这些研究来确定氟康唑的代谢过程、安全性和有效性，以及治疗和预防早产和足月婴儿以及使用生命支持系统的婴儿酵母菌感染的最佳剂量。
机器学习可以识别替代酵母菌利用率途径
基因组差异如何促进表型差异是生物学的主要问题。最近在酵母菌saccharomycotina中，来自1,049种真菌物种（几乎所有已知）的122个来源和条件的新生长基因组，隔离环境和定性模式提供了一个强大的，复杂但复杂的数据集来解决此问题。我们使用了对这些基因组，代谢和环境数据训练的随机森林算法，以高精度预测几种碳源的增长。已知的结构基因涉及这些来源的收集和其他来源中生长的存在/不存在模式是有助于预测准确性的重要特征。通过进一步检查半乳糖的生长，我们发现它可以从基因组（92.2％）或生长数据（82.6％）（82.6％）的准确度中进行预测，但不能从隔离环境数据（65.6％）中进行预测。预测准确性甚至更高（93.3％）。在GAL ACTOSE利用基因之后，预测半乳糖生长的最重要特征是半乳酸上的生长，提出了一个假设，即在两个阶，血清中心和皮基亚菌中的几种物种（分别包含Auris的新兴病原体念珠菌和ogataea属）缺少了GALACTOWAY的替代途径，因为它们缺乏GALACE GENES。生长和生化分析证实，这些物种的数量通过替代氧化剂D-半乳糖途径利用半乳糖，而不是规范的GAL途径。机器学习方法对于研究酵母基因型 - 表型图的演变非常有力，即使在良好的研究性状中，它们的应用也会发现新颖的生物学。
在非常规酵母中的细胞骨架和核行为的活细胞成像工具
抽象的金黄色葡萄糖是一种无处不在的真菌，具有多种形态的gies和生长模式，包括“典型的”单料酵母，有趣的是，比单个细胞周期中的多个芽更大。对紫脂蛋白的研究有望揭示新的细胞生物学，但目前缺乏实现这一目标的工具。在这里，我们描述了用于丙瓜的细胞生物学工具包的初始成分，该工具包用于表达核的荧光探针和cytoskele吨的成分。这些工具允许对多核和多型循环进行活细胞成像，并在多核酵母中驱散高度同步的丝质，这些酵母以半腐蚀的方式以完整但可渗透的核包膜进行。这些发现为使用这种无处不在的多发脂真菌作为进化细胞生物学的模型打开了大门。
审查酵母培养涉及肠道菌群与年轻反刍动物之间相互作用的
微生物居住在反刍动物的胃肠道中，并通过维持肠道健康来调节身体代谢。胃肠道健康状态不仅受到最佳发育和生理结构完整性的宏观因素的影响，而且还受到微级别的肠道菌群和免疫状态之间的微妙平衡。在年轻反刍动物中突然断奶会导致肠道的不完整发展，导致不稳定且不形成的微生物群。突然的断奶还引起了肠道微生态稳态的损害，导致肠道感染和疾病，例如腹泻。最近，已经研究了营养和功能性酵母菌培养以解决这些问题。在此，我们总结了肠道微生物与年轻反刍动物体之间的当前已知相互作用，然后我们讨论了使用酵母培养作为饲料补充剂的调节作用。酵母培养物是一种微生态制剂，其中含有酵母，富含酵母代谢物和其他营养活性成分，包括β-葡聚糖，曼南，消化酶，氨基酸，矿物质，矿物质，维生素，以及其他未知的生长因子。它通过提供特殊的营养底物来支持肠功能，刺激肠粘膜上皮细胞的增殖和肠道微生物的繁殖。此外，β-葡聚糖和曼南人有效刺激肠道粘膜免疫，促进免疫反应，激活巨噬细胞并增加酸性磷酸酶水平，从而提高人体对几种疾病的抵抗力。将酵母培养物纳入年轻反刍动物的饮食中，大大减轻了对胃肠道压力的损害，这也起着有效的策略来促进肠道菌群的平衡，肠道组织的发展和粘膜免疫系统的建立。我们的评论为在年轻反刍动物的饮食中应用酵母菌培养提供了理论基础。
基因丢失和顺式调控新陈代谢塑造了有尖酵母 Hanseniaspora uvarum 中的核心组蛋白基因进化
尽管核心组蛋白基因的蛋白质序列保守，但它们表现出显著的顺式调控机制多样性。然而，这种调控周转的动态和意义尚不清楚。在这里，我们描述了芽殖酵母中 4 亿年来核心组蛋白基因调控的进化史。我们发现，由反式调控因子 Spt10 介导的典型核心组蛋白调控模式很古老，可能出现于 3.2 亿至 3.8 亿年前，并且在大多数现存物种中都是固定的。出乎意料的是，我们发现 Hanseniaspora 属在其快速进化的谱系中出现了一种新的核心组蛋白调控模式，这与其旁系同源核心组蛋白基因的 1 个拷贝丢失同时发生。我们表明，通过组蛋白控制区中的顺式调控变化，祖先的 Spt10 组蛋白调控模式被衍生的 Mcm1 组蛋白调控模式所取代，并且这种重新布线事件发生时反式调控因子 Mcm1 本身没有变化。最后，我们研究了转基因 Hanseniaspora uvarum 的细胞周期和组蛋白合成的生长动力学。我们发现 H. uvarum 分裂迅速，大多数细胞在 60 分钟内完成一个细胞周期。有趣的是，我们观察到 H. uvarum 中组蛋白和 DNA 合成之间的调控耦合丢失了。我们的结果表明，核心组蛋白基因调控在芽殖酵母中早已固定，但在 Hanseniaspora 快速进化谱系中却发生了很大分化。
标题：使用自动化平台Lustro作者和分支机构在酵母中进行高通量光遗传学实验：Zachary P. Harmer 1和Meg
摘要：该协议描述了如何使用自动化平台卢斯特罗来进行酵母中光遗传系统的高通量表征。摘要：光遗传学通过遗传编码的光敏感蛋白来精确控制细胞行为。但是，优化这些系统以实现所需的功能范围通常需要许多设计建造测试周期，这是耗时且劳动力的。为了解决这个问题，我们设计了Lustro，该平台将光刺激与实验室自动化相结合，以实现光学遗传系统的高通量筛选和表征。lustro使用配备有照明设备，摇动设备和板读取器的自动化工作站。编程机器人臂以在设备之间移动微孔板，以刺激光遗传学菌株并测量其响应。在这里，我们提出了一种使用lustro来表征酿酒酵母中的基因表达控制的光遗传系统的方案。该协议描述了如何设置Lustro的组件，将照明设备与自动化工作站集成在一起，并提供用于编程照明设备，板块读取器和机器人的说明。简介：光遗传学是一种强大的技术，它使用光敏感蛋白来控制高精度1-3的细胞行为。但是，原型遗传构建体并识别最佳照明条件可能很耗时，这使得很难优化光遗传系统4、5。高通量方法快速筛选并表征了光遗传系统的活性，可以加速设计建造循环的原型构造，