XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search Systemyeast
审查酵母培养涉及肠道菌群与年轻反刍动物之间相互作用的
微生物居住在反刍动物的胃肠道中，并通过维持肠道健康来调节身体代谢。胃肠道健康状态不仅受到最佳发育和生理结构完整性的宏观因素的影响，而且还受到微级别的肠道菌群和免疫状态之间的微妙平衡。在年轻反刍动物中突然断奶会导致肠道的不完整发展，导致不稳定且不形成的微生物群。突然的断奶还引起了肠道微生态稳态的损害，导致肠道感染和疾病，例如腹泻。最近，已经研究了营养和功能性酵母菌培养以解决这些问题。在此，我们总结了肠道微生物与年轻反刍动物体之间的当前已知相互作用，然后我们讨论了使用酵母培养作为饲料补充剂的调节作用。酵母培养物是一种微生态制剂，其中含有酵母，富含酵母代谢物和其他营养活性成分，包括β-葡聚糖，曼南，消化酶，氨基酸，矿物质，矿物质，维生素，以及其他未知的生长因子。它通过提供特殊的营养底物来支持肠功能，刺激肠粘膜上皮细胞的增殖和肠道微生物的繁殖。此外，β-葡聚糖和曼南人有效刺激肠道粘膜免疫，促进免疫反应，激活巨噬细胞并增加酸性磷酸酶水平，从而提高人体对几种疾病的抵抗力。将酵母培养物纳入年轻反刍动物的饮食中，大大减轻了对胃肠道压力的损害，这也起着有效的策略来促进肠道菌群的平衡，肠道组织的发展和粘膜免疫系统的建立。我们的评论为在年轻反刍动物的饮食中应用酵母菌培养提供了理论基础。
系统鉴定植物和酵母中非转录因子蛋白的转录激活域
Niklas F.C. Hummel，1，2，3，4 Kasey Markel，1，2，3 Jordan Stefani，5 Max V. Staller，5，6，7 *和Patrick M. Shih 1，2，2，2，3，3，8，9，9，9， * 1工厂和微生物系，加利福尼亚大学，伯克利大学，CA 94720，CA 94720，USAD CACTUTTE 94608，美国3美国3环境基因组学和系统生物学部，劳伦斯·伯克利国家实验室，伯克利，CA 94720，美国4美国4号生物学系，Technische Universit，Darmstadt，64287 Darmstadt，DARMSTADT，DARMSTADT，DEMANY DEMANY，DEMANY 5 MATILIA of CALICALIA of CALICATION of CALICATIA美国伯克利，加利福尼亚州94720，美国7 Chan Zuckerberg Biohub-San Francisco，旧金山，CA 9415，美国8 Innovative Genomics Institute，加利福尼亚大学，伯克利分校，CA 94720，美国94720，美国9铅联系 *通讯 ），pmshih@berkeley.edu（p.m.s.） https://doi.org/10.1016/j.cels.2024.05.007Niklas F.C.Hummel，1，2，3，4 Kasey Markel，1，2，3 Jordan Stefani，5 Max V. Staller，5，6，7 *和Patrick M. Shih 1，2，2，2，3，3，8，9，9，9， * 1工厂和微生物系，加利福尼亚大学，伯克利大学，CA 94720，CA 94720，USAD CACTUTTE 94608，美国3美国3环境基因组学和系统生物学部，劳伦斯·伯克利国家实验室，伯克利，CA 94720，美国4美国4号生物学系，Technische Universit，Darmstadt，64287 Darmstadt，DARMSTADT，DARMSTADT，DEMANY DEMANY，DEMANY 5 MATILIA of CALICALIA of CALICATION of CALICATIA美国伯克利，加利福尼亚州94720，美国7 Chan Zuckerberg Biohub-San Francisco，旧金山，CA 9415，美国8 Innovative Genomics Institute，加利福尼亚大学，伯克利分校，CA 94720，美国94720，美国9铅联系 *通讯），pmshih@berkeley.edu（p.m.s.）https://doi.org/10.1016/j.cels.2024.05.007
定性而不是定量磷化调节塑造了萌芽酵母中减数分裂I的末端
从有丝分裂中退出是由磷光蛋白质组景观的急剧变化引起的。 依赖细胞周期蛋白依赖性激酶（CDK）活性，主要调节激酶以及诸如发芽酵母中Cdc14之类的诸如Cdc14之类的反破坏性磷酸化酶的激活，从而使有序的底物去磷酸化有序，从而允许进入新的细胞周期进入新的细胞周期和复制许可。 在减数分裂中，必须在没有中间DNA复制的情况下执行两个细胞分裂，这意味着必须将全球磷酸化和去型的替代化适应减数分裂的挑战。 使用萌芽酵母中的全球时间分辨磷酸蛋白质组学方法，我们比较了有丝分裂出口与从减数分裂I到减数分裂II之间的磷蛋白组景观。 我们发现，与有丝分裂的退出不同，在减数分裂I结束时，CDK磷酸基因磷酸化的磷酸化大部分稳定，而大多数与CDK无关的基序是通过去磷酸化来重置的。 然而，在减数分裂的中期，CDK的人工降低导致有序的底物去磷酸化，与有丝分裂相当，表明在减数分裂I的末端磷酸化I的磷酸化I的主要是有定性的，而不是定性下降的。从有丝分裂中退出是由磷光蛋白质组景观的急剧变化引起的。依赖细胞周期蛋白依赖性激酶（CDK）活性，主要调节激酶以及诸如发芽酵母中Cdc14之类的诸如Cdc14之类的反破坏性磷酸化酶的激活，从而使有序的底物去磷酸化有序，从而允许进入新的细胞周期进入新的细胞周期和复制许可。在减数分裂中，必须在没有中间DNA复制的情况下执行两个细胞分裂，这意味着必须将全球磷酸化和去型的替代化适应减数分裂的挑战。使用萌芽酵母中的全球时间分辨磷酸蛋白质组学方法，我们比较了有丝分裂出口与从减数分裂I到减数分裂II之间的磷蛋白组景观。我们发现，与有丝分裂的退出不同，在减数分裂I结束时，CDK磷酸基因磷酸化的磷酸化大部分稳定，而大多数与CDK无关的基序是通过去磷酸化来重置的。然而，在减数分裂的中期，CDK的人工降低导致有序的底物去磷酸化，与有丝分裂相当，表明在减数分裂I的末端磷酸化I的磷酸化I的主要是有定性的，而不是定性下降的。
工程的酵母细胞模拟CD19+癌症控制CAR T细胞激活
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。它是制作
海藻糖和味精对冻干过程中酵母活力的保护作用及拮抗作用
摘要 在当今生态意识强烈的时代，消费者选择的食物反映了道德和环境问题，这增加了对有机产品的需求。生物防治是有机农业中可行的植物保护方法。冷冻干燥是一种长期保存微生物的技术，可确保其遗传稳定性和生存能力。为了减少冷冻干燥对细胞的损害，使用海藻糖和味精等冷冻保护剂。本研究评估了在冷冻干燥过程中添加这些物质对所选酵母分离物的生存能力、它们在番茄叶片上存活的能力以及保持对抗灰葡萄孢菌的拮抗特性的影响。在温室条件下，在冷冻干燥过程之前和之后，对酵母分离物 114/73（Wickerhamomyces anomalus EC Hansen）和 117/10（Naga nishia albidosimilis Vishniac & Kurtzman）在番茄植株上进行了测试，以了解其在叶片上定植的能力以及作为 B. cinerea 的预防和干预治疗。在体外评估了冷冻干燥后的酵母活力。海藻糖和谷氨酸钠均在冷冻干燥过程中提高了酵母活力。活力不是很高（117/10 从 30.33% 到 36.17%，114/73 从 10.67% 到 16.5%）。冷冻干燥后脱水的酵母用海藻糖和谷氨酸钠保护，在番茄叶片上显示的菌落数与冷冻干燥前相同。保护性治疗的效果取决于酵母分离物、冻干过程中使用的保护性物质、治疗时机（预防与干预）以及这些因素之间的相互作用。冷冻保存的分离物 117/10 的效果优于添加海藻糖或谷氨酸钠的 114/73，将疾病严重程度指数从 88.3%（对照）降低至 18.75 - 55.33%。预防性治疗比干预更有效。酵母分离物在冻干后对灰葡萄孢菌的叶片定殖能力和生物防治效果为可持续农业提供了有希望的解决方案。然而，可能需要进一步研究，以分析各种因素之间的相互作用并优化策略。
配对的酵母单杂交测定法，以检测转录因子范围内DNA结合的合作性和拮抗作用
。cc-by-nc 4.0国际许可证未获得同行评审的认证）是作者/筹款人，他已授予Biorxiv的许可证，以永久显示预印本。它是此预印本的版权持有人（该版本发布于2023年4月14日。; https：//doi.org/10.1101/2023.04.14.14.536894 doi：biorxiv Preprint
利用基于 CRISPR/Cas9 的野生酵母基因组编辑减少酒精饮料中的氨基甲酸乙酯
摘要：氨基甲酸乙酯（EC）是酒精饮料中乙醇与尿素在发酵和储存过程中发生反应而产生的一种天然物质。少量饮用EC会引起头晕和呕吐，过量饮用则会导致肾癌。因此，减少酒精饮料中EC的形成对食品安全和人类健康具有重要意义。降低酒精饮料中EC含量的策略之一是开发一种新的酵母发酵剂菌株，以减少发酵过程中EC的形成。在本研究中，我们从Nuruk（韩国传统的以谷物为基础的野生酵母和霉菌接种物）中分离出一种多倍体野生型酵母酿酒酵母菌株，并通过基因组工程开发了一种发酵剂来降低酒精饮料中的EC含量。我们利用基于CRISPR/Cas9的基因组编辑工具删除了酿酒酵母中参与EC形成的目标基因的多个拷贝。首先，在酿酒酵母的基因组中完全删除编码负责尿素形成的精氨酸酶的CAR1基因。此外，在酿酒酵母中删除编码控制与尿素吸收和降解相关的几个基因（DUR1、2和DUR3）表达水平的转录因子的GZF3基因，以进一步减少EC的形成。通过RT-qPCR验证基因缺失的效果，以确认与EC相关的基因转录水平的变化。与野生型菌株相比，携带CAR1和GZF3基因双缺失的酿酒酵母菌株成功降低了发酵培养基中的EC含量，而酒精含量和发酵曲线没有显著变化。最后，我们使用 S. cerevisiae dCAR1&GZF3 双缺失菌株酿造了韩国传统米酒 Makgeolli，与野生型菌株相比，Makgeolli 中的 EC 含量显著降低，最高可达 41.6%。这项研究成功地展示了通过 CRISPR/Cas9 基因组编辑野生酵母来开发一种发酵剂以减少酒精饮料中的 EC 形成。
利用酵母表面展示进行原生动物病原体药物靶标筛选的全基因组文库
1 加拿大魁北克省圣安妮贝尔维尤麦吉尔大学寄生虫学研究所 H9X 3V9 2 加拿大魁北克省蒙特利尔麦吉尔大学实验医学部 H4A 3J1 3 法国图尔药学院 Monge 大道 31 号 37200
DNA结合与功能之间令人惊讶的连接，用于近似酵母转录因子
图1。基因组在Jaspar数据库35中列出的107个酵母转录因子（TF）的酵母转录因子结合（A）的映射（a），在蛋白质编码基因中，具有已知DNA序列基因的蛋白质编码基因中的TF结合位点的堆叠条形图描述了堆叠的条形图（绿色和黄色）。fiMO 36用于扫描结合位点，以了解阈值p <0.00025的基序（方法）。所有启动子的DNA序列（来自TSS的-400至+200 bps）均用作背景模型。（b）热图代表了178 TF与5467个启动子的二元结合事件，该启动子由无监督的K-均值聚集。黄色条代表结合和深蓝色无结合。（c）框图显示了面板1b的每个群集中在基因调节区域检测到的TF数量：cluster-I（1-40 TFS）；群集II（10-65 TFS）;集群III（32-137 TFS）。Welch t检验的结果以1C-1E显示。对此的显着性和所有后续数字均定义为-ns：> 0.05，*：0.05-0.01，**：0.01- 0.001，***：0.001-0.0001，****：p <= 0.0001。（d）显示了我们的TF结合簇（图1b）在TFIID和CR基因26中的分布。（e）框图显示了每个集群中启动子的NDR宽度。据报道，在5467个分析启动子37中，已有5237个NDR宽度。（f）基于结合事件的TF之间的相关性。群集图显示TF-TF相关性的层次聚类。先前建立的TF相互作用的示例以红色突出显示。相关值范围为-0.15至0.9。黑色突出显示的左上簇包含富含II基因的TF；黑色突出显示的中间簇包含富含簇III基因的TF。评估TF结合位点的DNA序列特异性，我们分析了
通过合成介质和农业工业废物和副产品在酵母上发酵的2-苯基乙醇生物生产：审查
摘要：由于其宜人的玫瑰色气味，芳香醇2-苯基乙醇（2-PE）的市场需求巨大。由于这种有价值的化合物用于食品，化妆品和药品，因此消费者和安全法规往往更喜欢其生产的自然方法，而不是合成的方法。天然2-PE可以通过从各种流量中提取精油（包括玫瑰，风信子和茉莉花）或通过生物技术途径而产生。实际上，自然2-PE的稀有性能使无法满足庞大的市场需求并达到高销售价格。因此，有必要开发一种更有效，经济和环保的生物技术方法，以替代传统工业。最有前途的方法是通过微生物发酵，尤其是使用酵母。许多酵母具有使用L -PHE作为前体产生2 -PE的能力。某些农业工业废物和副产品具有高营养价值的特殊性，使其成为微生物生长的合适培养基，包括通过酵母发酵生产2-PE。本综述总结了通过在合成介质以及各种农业废物和副产品上发酵不同酵母菌的生物技术生产。