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copr：集体模式识别 - 微生物社区活动分析的框架
背景：微生物社区活动提供了有关了解细菌群落的重要信息。不幸的是，它们通常不直接观察到。我们依靠纵向丰富的概况来了解微生物社区活动。通常没有足够的纵向采样点来成功应用我们的算法。因此，在本文中，我们有兴趣分析从类似环境的多个数据集以减轻上述问题。此外，我们希望看看集体模式识别是否会增强我们对微生物社区活动的理解。结果：在本文中，我们提出了COPR，这是集体微生物纵向丰度数据的框架。我们的可视化表明，不存在时间丰度变化的单一模式。但是，这也表明即使是完整的个性也不存在。因此，我们的可视化突出了类似主机环境的丰度谱的时间变化中的个性和顺从性。我们还确定了TVAP中的不同特征（丰度轮廓的时间变化）模式在凝聚力和分离方面。结论：COPR通过可视化工具有助于获得对微生物群落及其异质性的基本见解。本文还强调了微生物社区数据分析中个性与合规性之间的选择。
补充材料
图S3。 三元地块描述了细菌和真菌DNA的基于真菌和真菌DNA或基于RNA的OTU在植物土壤实验结束时土壤处理之间的分布（灰色圆圈），表明基于DNA的或基于RNA的基于DNA或基于RNA的富集或激活的OTU，或者是由T.绿色圆圈或通过T. eestivum（blue cirdie）（或蓝色圆形），或在blue coundere（blue cirdiean），或者在blue counder coundere coundere coundere counce，或者在blue councered counder counder counder（blue cirdie），或depleta。或通过T. aestivum（浅蓝色），两种植物（橙色）富集或激活的Otus以及两种植物（黄色）耗尽或抑制的OTU。 对总细菌和真菌的丰度（基因拷贝数）进行了此分析。 每个圆圈描绘了一个单独的OTU，其位置取决于指示的方式对丰度的贡献。 圆的大小反映了OTU的相对丰度。图S3。三元地块描述了细菌和真菌DNA的基于真菌和真菌DNA或基于RNA的OTU在植物土壤实验结束时土壤处理之间的分布（灰色圆圈），表明基于DNA的或基于RNA的基于DNA或基于RNA的富集或激活的OTU，或者是由T.绿色圆圈或通过T. eestivum（blue cirdie）（或蓝色圆形），或在blue coundere（blue cirdiean），或者在blue counder coundere coundere coundere counce，或者在blue councered counder counder counder（blue cirdie），或depleta。或通过T. aestivum（浅蓝色），两种植物（橙色）富集或激活的Otus以及两种植物（黄色）耗尽或抑制的OTU。对总细菌和真菌的丰度（基因拷贝数）进行了此分析。每个圆圈描绘了一个单独的OTU，其位置取决于指示的方式对丰度的贡献。圆的大小反映了OTU的相对丰度。
帕金森病中相关 microRNA 编辑位点的特征
图3. A-to-I编辑的hsa-miR-497-5p的靶点分析。（a）编辑的hsa-miR-497-5p（hsa-miR-497 25g）的靶点与PD-PC（BA9）中下调的基因和蛋白质的综合分析。（b）hsa-miR-497 25g在OPA1和VAPB上的互补位点，以及来自这些位点的PAR-CLIP测序读段。（c）PC和PD-PC中hsa-miR-497 25g的丰度比较。（d）-（e）PC和PD-PC（BA9）中OPA1和VAPB的丰度比较。*：P < 0.05；**：校正后的P < 0.05；***：校正后的P < 0.001，分别为DESeq2和limma包。 （f）-（g）PC 样品年龄与 OPA1 和 VAPB 丰度的关系图。另请参阅扩展数据图 7 和 8。
高频环境DNA元法编码可快速有效地监测鱼类社区动力学
fi g u r e 2 edna测序读数的变化（Hellinger被改造并用作代理人的丰度），用于包括（A）Lee河和（B）Richmond Lock的Thames Sites的鱼类的鱼类。颜色强度和较大的点都表明了测序读数的丰度。丰富性基于3个生物学重复中的2种中存在的物种。
Bi浓度对Sn-Bi合金变形行为的影响
研究了Sn-Bi-Cu、Sn-Bi-Ni、Sn-Bi-Zn、Sn-Bi-Sb合金的超塑性变形行为。本研究旨在测定Sn-Bi二元合金的应变速率敏感性指数m。在不同横梁速度下进行25、40、60和80 ℃拉伸试验，测定指数m。结果表明，指数m随Bi浓度和试验温度的增加而增大。在60和80 ℃时，Sn-Bi合金的指数m均超过了3.0，这是超塑性变形行为的阈值。研究发现，Sn-Bi共晶组织对亚共晶Sn-Bi合金的超塑性变形有显著的影响。
补充芽孢杆菌法属芽孢杆菌对断奶猪的性能，全身免疫和肠道菌群的影响，并用致病性的肠毒素大肠杆菌F18
这项研究的目的是研究饮食补充芽孢杆菌的影响（B.）淀粉菌对断奶猪的生长性能，腹泻，全身免疫和肠道菌群的实验感染了F18肠毒素大肠杆菌（ETEC）。单独容纳50只断奶猪（7.41±1.35 kg bw），并随机分配给以下五种治疗方法之一：假控制（con-），Sham B. amyloliquefaciens（bam-）（BAM-），受到挑战的控制（con +），受到挑战的B. amyloliquefiquefaciens（B. amyloliquefiquefaciens）（BAM +）（BAM +）和挑战Carbadex（agp）（agp + carbadex）。实验持续了28天，适应7天，第一次ETEC接种后21天。ETEC挑战减少（P <0.05）猪的平均每日增益（ADG）。 与CON +，AGP +增强（p <0.05）ADG相比，而B. amyloliquefaciens的补充趋于（p <0.10），以将猪的ADG从接种后第0天增加到21天（PI）。 ETEC挑战在第7和21 pi上增加了（p <0.05）白细胞（WBC），而BAM +猪在第7天PI的WBC趋于较低（p <0.10），并且与CON +相比，在第21天PI的WBC较低（P <0.05）WBC。 与AGP +粪便菌群相比，BAM +在第0天的Lachnospileaceae的相对丰度较低（P <0.05），在第21 pie PI和梭状芽孢杆菌科的相对丰度较低（P <0.05），但较高（p <0.05）的相对丰度在0。ETEC挑战减少（P <0.05）猪的平均每日增益（ADG）。与CON +，AGP +增强（p <0.05）ADG相比，而B. amyloliquefaciens的补充趋于（p <0.10），以将猪的ADG从接种后第0天增加到21天（PI）。ETEC挑战在第7和21 pi上增加了（p <0.05）白细胞（WBC），而BAM +猪在第7天PI的WBC趋于较低（p <0.10），并且与CON +相比，在第21天PI的WBC较低（P <0.05）WBC。与AGP +粪便菌群相比，BAM +在第0天的Lachnospileaceae的相对丰度较低（P <0.05），在第21 pie PI和梭状芽孢杆菌科的相对丰度较低（P <0.05），但较高（p <0.05）的相对丰度在0。在回肠摘要中，BAM +中的香农指数高于AGP +中的div>。bray-curtis pcoa在第21 pi pi中从假猪与ETEC感染的猪收集的卵植物中显示了细菌群落组成的不同。但是，用BAM +中的猪的富度（p <0.05）的相对丰度更大，但在卵形 +猪中，放线菌和杆菌的相对丰度（p <0.05）的相对丰度低于AGP +中的猪。iLeal Digesta具有比BAM +中的Pig较高（p <0.05）的塞梭菌strictu stricto 1，但比猪更低（p <0.05）。总而言之，补充淀粉芽孢杆菌倾向于增加ADG，并且对ETEC感染的猪腹泻的影响有限。
peptacetobacter hiranonis，baicd基因和狗的次生胆汁
摘要：胆汁酸代谢是肠道菌群调节的关键途径。peptaceTobacter（梭状芽胞杆菌）Hiranonis被描述为负责将原发性转化为狗中二次粪便未结合的胆汁酸（FUBA）的主要物种。该多步生物化学途径由胆汁酸诱导（BAI）操纵子编码。我们的目的是评估海藻链球菌的丰度，一个特定基因（BAICD）（BAICD）的丰度和次级FUBA浓度之间的相关性。在这项回顾性研究中，分析了24只狗的133个粪便样品。使用qPCR确定了海藻假单胞菌和BAICD的丰度。通过气相色谱 - 质谱法测量FUBA的浓度。BAICD丰度与次级Fuba（ρ= 0.7377，95％CI（0.6461，0.8084）），p <0.0001）表现出很强的正相关。类似地，海藻和次级fuba之间存在很强的相关性（ρ= 0.6658，95％CI（0.5555，0.7532），p <0.0001）。未观察到表现出FUBA转化和缺乏Hiranonis的动物。这些结果表明，海藻链球菌是狗中原发性胆汁酸的主要转换器。
路易体疾病导致人类大脑中的 m6A mRNA 甲基化被破坏
图3 脑区以及健康老年人、PD、DLB 和 MCI 组织中 m 6 A 修饰 RNA 和 YTHDF1 及 YTHDF3 读取蛋白丰度变化的热图。m 6 A 修饰 RNA 丰度以及 YTHDF1 和 YTHDF3 表达在各个区域和疾病类别中红色增加、黄色正常、绿色减少。与健康对照组织相比，发现 DLB 组织在所有脑组织区域中 m 6 A 修饰 RNA 丰度持续增加，并且 YTHDF1 和 YTHDF3 表达普遍增加。相反，PD 组织在三个脑区中显示 m 6 A 修饰 RNA 显著减少，并且 YTHDF 读取蛋白表达没有一致的变化模式。DLB，路易体痴呆；MCI，轻度认知障碍；PD，帕金森病。
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尤里·雷森德·丰塞卡
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