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桑格生命之树HMW DNA碎片：Covaris g- ...
本协议描述了通过生命HMW DNA提取方案制备的样品中的HMW DNA的离心介导的HMW DNA片段化。该协议使用Covaris g-tube产生8–10 kb尺寸范围的片段。剪切的DNA适用于下游长读取测序，包括超低输入（ULI）库制备后的PACBIO测序。这个过程对于生命树计划中所有分类学组的DNA提取物非常有效。该协议的输出是剪切的DNA，可以使用手动或自动SPRI协议将其针对碎片的DNA清除。
桑格生命之树HMW DNA提取：手动magAttract
该方案描述了从多种不同物种的多个不同组织样品中手动提取HMW DNA，不包括植物和真菌，用于使用Qiagen MagAttract HMW DNA提取试剂盒进行长阅读测序。此过程对于生命之树计划所涵盖的各种分类群体都是有效的。该方案对于组织可用性有限的样品特别有用，因为它始终从这些较小的样品中产生的DNA比等效的自动化方法更多。The output of this protocol is HMW DNA, which depending upon yield and the genome size of the species, can be directed towards HMW DNA Pooling, HMW DNA Fragmentation: Diagenode Megaruptor® 3 for LI HiFi, HMW DNA Fragmentation: Diagenode Megaruptor® 3 for LI PacBio or HMW DNA Fragmentation: g-Tube for ULI PacBio.
Sanger 生命之树 HMW DNA 碎片化：用于 PacBio HiFi 的 Diagenode Megaruptor®3
本方案描述了使用 Diagenode Megaruptor®3 从 MagAttract v.1、Plant MagAttract v.1 或 Plant MagAttract v.2 Sanger Tree of Life HMW DNA 提取方案中对 HMW DNA 进行片段化。该过程对于从生命之树计划涵盖的所有分类群中提取 DNA 非常有效，DNA 被剪切成平均 12-20 kb 大小的片段。然而，具有挑战性的样本包括那些浓度高或粘度大的样本，以及 DNA 提取后含有污染物或杂质的样本。该方案的输出是剪切的 DNA，可以使用手动或自动 SPRI 方案将其用于碎片 DNA 清理。该协议已更新为 Sanger Tree of Life HMW DNA Fragmentation：Diagenode Megaruptor® 3 for LI PacBio，以处理由 Sanger Tree of Life HMW DNA Extraction：Automated MagAttract v.2、Automated Plant MagAttract v.3 和 Automated Plant MagAttract v.4 协议产生的样本。
生命之树上的转录错误率范围很窄
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证永久有效。它以预印本形式提供（未经同行评审认证），作者/资助者已授予 bioRxiv 许可，可以在该版本中显示预印本。版权所有者于 2025 年 1 月 14 日发布了此版本。；https://doi.org/10.1101/2023.05.02.538944 doi：bioRxiv 预印本
单蝇基因组组装填补了果蝇科生命之树的主要系统基因组学空白
1 斯坦福大学生物系，斯坦福，加利福尼亚州，美国，2 耶鲁大学生态与进化生物学系，纽黑文，康涅狄格州，美国，3 弗吉尼亚理工大学生物科学系，布莱克斯堡，弗吉尼亚州，美国，4 北卡罗来纳大学教堂山分校生物系，北卡罗来纳州教堂山，美国，5 加州大学戴维斯分校进化与生态系，戴维斯，加利福尼亚州，美国，6 班戈大学环境与自然科学学院，班戈，英国，7 凯斯西储大学生物系，克利夫兰，俄亥俄州，美国，8 雪城大学生物系生殖进化中心，纽约州，雪城，美国，9 东京都立大学生物科学系，日本，10 斯坦福大学发育生物学系，斯坦福，加利福尼亚州，美国，11 捷克科学院生物中心昆虫学研究所，Č eske´ Bud ě jovice，捷克共和国，12 于韦斯屈莱大学生物与环境科学系，于韦斯屈莱，芬兰，13 北海道大学生物科学系，札幌，日本，14 夏威夷无脊椎动物项目，林业与野生动物部，檀香山，夏威夷，美国，15 东京大学复杂性科学与工程系，日本东京，16 夏威夷大学太平洋生物科学研究中心，M ā noa，夏威夷，美国，17 儿科遗传医学部；华盛顿大学实验室医学与病理学系，美国华盛顿州西雅图，18 詹姆斯库克大学黛恩树雨林观测站，澳大利亚汤斯维尔，19 贝勒医学院，美国德克萨斯州休斯顿，20 不列颠哥伦比亚大学动物学系，加拿大温哥华，21 加州大学伯克利分校细胞与分子生物学系，美国加利福尼亚州伯克利，22 加州大学伯克利分校霍华德休斯医学研究所，美国加利福尼亚州伯克利，23 爱丁堡大学生态与进化研究所，英国爱丁堡，24 康奈尔大学昆虫学系，美国纽约州伊萨卡，25 内华达大学拉斯维加斯分校生命科学学院，美国内华达州拉斯维加斯，26 北海道大学北海道大学博物馆，日本札幌，27美国密歇根州霍顿市密歇根理工大学生物科学系，28 CZ Biohub 研究员，美国加利福尼亚州旧金山市
生命之树中保存的免疫模块
免疫防御机制存在于生命之树中，多样性如此之高，以至于原核抗病毒反应历来被认为与真核免疫无关。不同真核生物的防御机制同样被认为在很大程度上是分支特异性的。然而，最近的数据表明，原核生物防御系统中的一组模块（域和蛋白质）在真核生物中是保守的，并占据了先天免疫途径的许多阶段。在本文中，我们提出了祖先免疫的概念，它对应于原核生物和真核生物之间保守的一组免疫模块。在提供祖先免疫的类型学后，我们推测了可能导致特定免疫模块在生命领域中差异化保守的选择压力。祖先免疫的探索尚处于起步阶段，似乎充满希望，可以阐明免疫进化，并识别和破译具有经济、生态和治疗重要性的免疫机制。
生命之树中保守的免疫模块
免疫防御机制在整个生命树中都存在，以至于历史上将原核生物抗病毒药反应与真核免疫无关。不同的真核生物中的防御机制类似地被认为是特定于进化枝的。然而，最近的数据表明，原核生物防御系统的模块（域和蛋白质）的子集在真核生物中是保守的，并且填充了先天免疫途径的许多阶段。在本文中，我们提出了祖先免疫的概念，该概念与原核生物和真核生物之间保守的免疫模块相对应。提供了祖先免疫的类型后，我们推测可能导致生命领域特定免疫模块的选择性压力的选择性压力。对祖先免疫的探索仍处于起步阶段，并且似乎充满了阐明免疫进化的承诺，并且还可以识别和破译经济，生态和治疗意义的免疫机制。
生命之树Edna metabarcoding揭示了类似的分类学丰富性，但在海港和海洋储量之间存在不同的进化谱系
fi g u r e 7在分类级别的海港和储备社区的比较。位点得分（左）和物种得分（右）图代表了由空间坐标来调节的两个第一个DBRDA轴，测试了栖息地对jaccard/bray -curtis距离的影响，在汇集重复和组合所有MOTU（从MOTU级别到订单的重要性）；Jaccard差异指数是在MOTU级别（a）计算的，而Bray -Curtis的差异基于MOTU的丰度用于家庭（B）和订单（C）水平。显示出促成约束轴的最高10％分类单元。中，只有那些具有高于97％的分配身份的人才能保持在MOTU级别。SMM，Saintes-Maries-de-la-Mer。
蛋白质语言模型在生命之树中偏见
蛋白质语言模型（PLM）已用于了解疾病和设计新型蛋白质。在设计任务中，PLM下的蛋白质序列的可能性通常被用作蛋白质适应性的代理，因此了解信号可能捕获的信号可能性至关重要。在这项工作中，我们发现PLM的可能性无意间编码了一种物种偏见：来自某些物种的蛋白质序列的可能性在系统上更高，与所讨论的蛋白质无关。我们量化了这种偏见，并表明它在很大程度上是由于流行蛋白序列数据库中的不等物种表示。我们进一步表明，对于某些蛋白质设计应用，例如增强热稳定性可能会有害。这些结果突出了理解和策划PLM训练数据以减轻偏见并提高序列空间不足部分的蛋白质设计能力的重要性。
Viperin免疫力通过保守的脚手架上的连续创新在生命之树中演变
。CC-BY-NC 4.0国际许可证的永久性。是根据作者/资助者提供的预印本（未经同行评审的认证）提供的，他已授予Biorxiv的许可证，以在2023年9月13日发布的此版本中显示此版本的版权持有人。 https://doi.org/10.1101/2023.09.13.557418 doi：Biorxiv Preprint