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猕猴中肺肉芽肿的多模式分析揭示了结核病控制的细胞相关性
Hannah P. Gideon, 1 , 2 , 23 Travis K. Hughes, 3 , 4 , 5 , 23 Constantine N. Tzouanas, 3 , 4 , 5 , 23 Marc H. Wadsworth II, 3 , 4 , 5 , 6 Ang Andy Tu, 7 Todd M. Gierahn, 7 Joshua M. Peters, 4 , 7 Forrest F. Hopkins, 4 , 8 Jun-Rong Wei, 4 , 8 Conner Kummerlowe, 9 Nicole L. Grant, 1 Kievershen Nargan, 10 Jia Yao Phuah, 1 H. Jacob Borish, 1 Pauline Maiello, 1 Alexander G. White, 1 Caylin G. Winchell, 1 , 2 , 11 Sarah K. Nyquist, 3 , 4 , 5 , 9 , 12 Sharie Keanne C. Ganchua, 1 Amy Myers, 1 Kush V. Patel, 1 Cassaundra L. Ameel, 1 Catherine T. Cochran, 1 Samira Ibrahim, 3 , 4 , 5 Jaime A. Tomko, 1 Lonnie James Frye, 1 Jacob M. Rosenberg, 4 , 8 , 13 Angela Shih, 13 Michael Chao, 4 , 8 Edwin Klein, 14 Charles A. Scanga, 1 , 2 Jose Ordovas-Montanes, 4 , 5 Bonnie伯格（Berger），约书亚·T·马蒂拉（Joshua T. Shalek 3，4，5，6，6，18，24，25， * 1微生物学和分子遗传学系，匹兹堡大学医学院，宾夕法尼亚州匹兹堡，宾夕法尼亚州匹兹堡研究中心，匹兹堡，宾夕法尼亚州匹兹堡大学，美国宾夕法尼亚州匹兹堡大学，美国3号宾夕法尼亚州匹兹堡大学3.哈佛大学，马萨诸塞州剑桥，美国5麻省理工学院和哈佛大学，马萨诸塞州剑桥市6美国6化学系，马萨诸塞州理工学院，马萨诸塞州剑桥市，美国7 7生物工程系），sfortune@hsph.harvard.edu（S.M.F.美国马萨诸塞州波士顿，马萨诸塞州波士顿公共卫生学院9计算与系统生物学计划，马萨诸塞州技术研究所，美国马萨诸塞州剑桥市，美国10号非洲卫生研究所，南非德班，南非，肺部，过敏和重症监护医学司，匹兹堡大学，匹兹堡大学，匹兹堡，帕特斯堡，帕特斯堡，帕特斯堡，帕特斯堡，帕特斯堡，美国12级计算机。美国马萨诸塞州剑桥市技术，13美国马萨诸塞州马萨诸塞州马萨诸塞州综合医院，美国马萨诸塞州波士顿，美国14号实验室动物研究部，匹兹堡大学，匹兹堡宾夕法尼亚州匹兹堡大学15美国匹兹堡，匹兹堡大学匹兹堡大学的传染病学系，美国15南非德班，纳塔尔17化学工程系，马萨诸塞州剑桥，马萨诸塞州剑桥市，美国马萨诸塞州剑桥研究所18宾夕法尼亚州剑桥市的马萨诸塞州综合癌症研究所，马萨诸塞州科技研究所19 of KwaZulu-Natal, Durban, South Africa 21 Department of Infection and Immunity, University College London, London, UK 22 Department of Microbiology and Physiological Systems, University of Massachusetts Medical School, Worcester, MA, USA 23 These authors contributed equally 24 These authors contributed equally 25 Lead contact *Correspondence: joanne@pitt.edu (J.L.F.），shalek@mit.edu（A.K.S。）https://doi.org/10.1016/j.immuni.2022.04.004
本文综述了结构磁共振成像在常见神经精神类疾病中的应用
[3] LIBOWITZ MR,WEI K,TRAN T,et al.Regional brain volumes relate to Alzheimer's disease cerebrospinal fluid biomarkers and neuropsychometry:A cross-sectional,observational study[J].PLoS One,2021,16(7):e0254332.[4] 王含春 , 汪群芳 , 罗长国 , 等 .磁共振薄层扫描结合人工智能脑结构分割技术分析海马体积辅 助诊断脑小血管病认知功能障碍 [J].全科医学临床与教育 ,2024,22(3):208-211.[5] 姜华 , 宛丰 , 吕衍文 , 等 .2 型糖尿病伴认知功能障碍患者基于体素的脑形态学 MRI 研究 [J].中 国 CT 和 MRI 杂志 ,2018,16(4):22-25.[6] 景赟杭 , 郭瑞 , 常轲 , 等 .2 型糖尿病性认知功能障碍脑结构 MRI 成像研究进展 [J].延安大学学 报（医学科学版） ,2024,22(1):88-91,107.[7] 郭浩 , 和荣丽 .磁共振成像对老年性痴呆患者海马解剖结构的评估价值研究 [J].磁共振成 像 ,2022,13(8):75-79.[8] 罗财妹 , 李梦春 , 秦若梦 , 等 .阿尔茨海默病谱系患者的海马亚区体积损害特征 [J].中风与神经 疾病杂志 ,2019,36(12):1097-1101.[9] 冯伦伦 , 金蓉 , 曹城浩 , 等 .阿尔茨海默病患者认知功能减退的海马亚区结构改变分析 [J].临床 放射学杂志 ,2022,41(10):1819-1824.[10] WEI Y,HUANG N,LIU Y,et al.Hippocampal and Amygdalar Morpho logical Abnormalities in Alzheimer,s Disease Based on Three Chinese MRI Datasets[J].Curr Alzheimer Res,2020,17:1221-1231 ． [11] ESTEVEZ S S,JIMENEZ H A,ADNI G.Comparative analy sis of methods of volume adjustment in hippocampal volumetry for the diagnosis of Alzheimer disease[J].Neuroradiol,2020;47(2):161-5.[12] 曾利川 , 王林 , 廖华强 , 等 .结构与功能磁共振成像在轻度认知障碍及阿尔茨海默病中的应 用 [J].中国老年学杂志 ,2021,41(13):2902-2907.[13] KODAM P,SAI S R,PRADHAN S S,et al.Integrated multi-omics analysis of Alzheimer's disease shows molecular signatures associated with disease progression and potential therapeutic targets[J].Sci Rep,2023,13(1):3695.[14] 黄建 , 王志 .复杂网络分析技术在阿尔兹海默症患者脑结构和功能影像中的应用进展 [J].中 国医学物理学杂志 ,2024,41(8):1053-1055.[15] JELLINGER K A.The pathobiological basis of depression in Parkinson disease:challenges and outlooks[J].J Neural Transm(Vienna),2022,129(12):1397-1418.[16] BANWINKLER M,THEIS H,PRANGE S,et al.Imaging the limbic system in Parkinson's disease-A review of limbic pathology and clinical symptoms[J].Brain Sci,2022,12(9):1248.[17] 程秀 , 张鹏飞 , 王俊 , 等 .小脑结构与功能磁共振成像在帕金森病中的研究进展 [J].磁共振成 像 ,2022,13(4):146-149.[18] CUI X,LI L,YU L,et al.Gray Matter Atrophy in Parkinson's Disease and the Parkinsonian Variant of Multiple System Atrophy:A Combined ROI-and Voxel-Based Morphometric Study[J].Clinics(Sao Paulo),2020,75:e1505.[19] LOPEZ A M,TRUJILLO P,HERNANDEZ A B,et al.Structural Correlates of the Sensorimotor Cerebellum in Parkinson's Disease and Essential Tremor[J].Mov Disord,2020,35(7):1181-1188.[20] 鲍奕清 , 王二磊 , 邹楠 , 等 .帕金森病伴疲劳患者的大脑功能与结构磁共振成像研究 [J].临床 放射学杂志 ,2024,43(8):1265-1270.[21] 邹楠 , 王二磊 , 张金茹 , 等 .帕金森病伴疼痛患者大脑皮层厚度改变的结构 MRI 研究 [J].磁共 振成像 ,2024,15(5):13-18,23.[22] 屈明睿 , 高冰冰 , 苗延巍 .帕金森病伴抑郁在脑边缘系统结构及功能改变的 MRI 研究进展 [J].磁共振成像 ,2023,14(12): 127-131.
具有代谢活性的中性粒细胞代表了结核分枝杆菌的允许生存环境
鸣谢作者贡献声明 J. Tucker Andrews：写作——审查与编辑、调查、形式分析、数据管理、概念化。 Zijing Zhang：写作——审查与编辑、调查、形式分析、数据管理、概念化、数据管理。 GVR Krishna Prasad：写作——审查与编辑、形式分析。 Fischer Huey：写作——审查与编辑、形式分析、数据管理。 Evgenia V. Nazarova：写作——审查与编辑、形式分析、数据管理。 Jocelyn Wang：写作——审查与编辑、形式分析、数据管理。 Ananya Ranaraja：写作——审查与编辑、数据管理。 Tiffany Weinkopff：写作——审查与编辑、资源。 Lin-Xi Li：写作——审查与编辑、方法论、形式分析。 Shengyu Mu：写作——审查与编辑、方法论。 Michael J. Birrer：写作——审查与编辑、资源。 Stanley Ching-Cheng Huang：写作 - 审阅与编辑，方法论。Nan Zhang：写作 - 审阅与编辑，方法论，概念化。Rafael J. Argüello：写作 - 审阅与编辑，资源，方法论，形式分析。Jennifer A. Philips：写作 - 审阅与编辑，资源，调查，形式分析。Joshua T. Mattila：写作 - 审阅与编辑，资源，资金获取，形式分析，数据管理，概念化。Lu Huang：写作 - 审阅与编辑，写作 - 原始草稿，可视化，监督，资源，项目管理，方法论，调查，资金获取，形式分析，数据管理，概念化。
将脂质组学与靶向，单细胞和空间转录组学的整合定义了结肠癌中未解决的促炎状态
一个世纪前的抽象背景，Virchow提出癌症代表着长期发炎，愈合较差的伤口。正常的伤口愈合由炎症的暂时阶段表示，然后是前分辨率阶段，前列腺素（PGE2/PGD2） - 诱导的“脂质类切换”产生炎症 - 猝灭脂肪素（LXA4，LXB4，LXB4）。目的我们探讨了结直肠癌（CRC）中的脂质失调是否由无法解决炎症的驱动。设计，我们对40个人类CRC和正常配对样品进行了液相色谱和串联质谱法（LC – MS/MS）分析，并对81个人CRC和正常配对样品进行定量分析。我们将脂质组学，定量逆转录PCR，大规模基因表达和空间转录组学与公共scrnaseq数据进行了整合，以表征产生和修饰脂质介质的基因的模式，表达和细胞定位。针对目标的定量LC – MS/MS的结果证明了促炎性介质的明显失衡，缺乏解决脂质介质的缺乏。在肿瘤中，我们观察到了蛛网膜酸衍生物的显着过表达，编码其合成酶和受体的基因，但是产生促促促脂质酶的基因表达不佳以及由此产生的脂氧蛋白（LXA4，LXA4，LXB4）和相关受体。这些结果表明CRC是可能与PGE2/PGD2水平不足或无效水平有关的脂质类切换的乘积。这些观察结果为“分辨率医学”铺平了道路，这是一种新型的诱导或提供的治疗方法结论我们表明，CRC肿瘤的脂质组谱表现出独特的促炎性偏置，其内源性分辨介质因脂质类切换有缺陷而缺乏。
映射轴突直径和大鼠大脑中的传导速度 - 不同的方法讲述了结构功能关系的不同故事
显着性陈述我们在同一动物队列中获得了功能和结构指标，即传导速度，途径长度，轴突直径和G-RATIO。在大鼠运动皮质中对侧光遗传学刺激后，通过电生理测量获得了触及传导时间。组织的冷冻固定揭示了直径分布中不同亚种群的不同收缩。测得的潜伏期对应于小轴突亚群，直径延伸至用电子显微镜获得的分布模式。扩散-MRI在校正直径加权和收缩后，主要对用组织学获得的较大轴突敏感。不同的模态可能对轴突投影的结构 - 功能关系具有非常不同的敏感性，轴突投影必须在解释中解释。摘要神经纤维的结构功能关系描述了轴突直径，髓磷脂厚度（即G-Ratio）和传导速度之间的经验确定的线性关系。我们研究了通过啮齿动物大脑的call体突出的轴突中不同方式的结构 - 功能关系。我们使用光遗传学诱发的局部场电位（LFP）和基于扩散磁共振成像（DMRI）的拖拉术测量Callosal长度后测量了转基因传导时间。拖拉术遵循与call体中荧光标记的轴突相同的投影。在同一动物中，使用透射电子显微镜（TEM）和DMRI定量轴突直径。TEM的轴突分布表明双峰群体，其中较大的轴突比较小的轴突比较小的轴突与冷冻-TEM进行比较。将收缩校正施加到脱水组织TEM的轴突直径上时，它们与同一动物中获得的DMRI的估计更好地对齐。测量的LFP预测了与轴突分布的主要模式相一致的轴突直径，而由DMRI估计的大轴突预测潜伏期太短，无法通过LFPS测量。不同的方式显示出不同程度的变化，在动物之间较低，表明这种变异在方法论上是主导的 - 不是解剖学上。我们的结果表明，模式与整个轴突直径分布具有不同的灵敏度曲线。因此，在解释方法的度量预测时必须谨慎，因为它可能不代表完整的轴突投影的结构 - 功能关系的子部分。
![b'composites，[14 \ xe2 \ x80 \ x9316]聚合物粘合剂，[17 \ xe2 \ x80 \ x9319]和添加剂[19,20]，以改善Li-Cells中的Si-Electrode性能。在硅阳极中涉及金属碳化物是尚未探讨增加容量和周期寿命的另一种策略。首先，据报道，具有特定微观结构的复合硅/Wolfram Carbide@Graphene可维持高初始库仑效率和较长的循环寿命，从而减轻了结构变化。 [21]相比之下，还报道了良好的电 - 化学性能，以Si Cr 3 C 2 @几层石墨烯和Si Mo 2 C @Si Cr 3 C 2 @几层石墨烯和Si Mo 2 C @Si Mo 2 C @Si Mo 2 C的形式形式的金属碳化物（Mo 2 C，Cr 2 c 3等）进行了鲜明的表现。 [22]此外，碳化物通常还可以提供出色的导电骨架，以提高Si的电子电导率，这要归功于存在降低电子传递电阻的纳米传导通道。 [23,24]'](/simg/9/9536fe4cbba8b087ce049a15cc98c3ec59c25caa.webp)
b'composites，[14 \ xe2 \ x80 \ x9316]聚合物粘合剂，[17 \ xe2 \ x80 \ x9319]和添加剂[19,20]，以改善Li-Cells中的Si-Electrode性能。在硅阳极中涉及金属碳化物是尚未探讨增加容量和周期寿命的另一种策略。首先，据报道，具有特定微观结构的复合硅/Wolfram Carbide@Graphene可维持高初始库仑效率和较长的循环寿命，从而减轻了结构变化。 [21]相比之下，还报道了良好的电 - 化学性能，以Si Cr 3 C 2 @几层石墨烯和Si Mo 2 C @Si Cr 3 C 2 @几层石墨烯和Si Mo 2 C @Si Mo 2 C @Si Mo 2 C的形式形式的金属碳化物（Mo 2 C，Cr 2 c 3等）进行了鲜明的表现。 [22]此外，碳化物通常还可以提供出色的导电骨架，以提高Si的电子电导率，这要归功于存在降低电子传递电阻的纳米传导通道。 [23,24]'
b'composites，[14 \ xe2 \ x80 \ x9316]聚合物粘合剂，[17 \ xe2 \ x80 \ x9319]和添加剂[19,20]，以改善Li-Cells中的Si-Electrode性能。涉及硅阳极中的金属碳化物是尚未探讨增加容量和循环寿命的另一种策略。首先，据报道，具有特定微观结构的复合硅/wolfram碳化物@石墨烯可维持较高的初始库仑效率和长期循环寿命，从而减轻了结构变化。[21]相反，金属碳化物（mo 2 C，Cr 2 C 3等）以Si Cr 3 C 2的形式 @几层石墨烯和Si Mo 2 C @几层石墨烯电极的据报道，具有良好的电化学性能。[22]此外，碳化物通常还可以提供出色的导电骨架，以提高Si的电子电导率，这要归功于纳米导电通道的存在，从而降低了电子转移电阻。[23,24]'
通过对参与脂质生物合成的蛋白质进行计算机模拟研究，揭示了结核分枝杆菌的潜在药物靶点 Rv2746c 和 Rv2881c
结核病是一种已有数百年历史的疾病，近年来随着人类的进化而发展。1 尽管多年来进行了大量研究并开发了新的治疗方式，但结核病仍然是全球公共卫生的威胁。根据世界卫生组织的数据，结核病是全球三大传染病死因之一。每年约有 1000 万人感染结核病 (TB)，近 150 万人因此死亡。然而，感染后发展为活动性结核病的风险取决于几个因素，其中之一是人（宿主）对结核病的免疫反应。据观察，结核病 (TB) 也容易在贫困、拥挤和慢性衰弱性疾病猖獗的地方肆虐。尽管结核病仍然是全球资源匮乏国家的主要死因之一，但由于耐药菌株的出现，发展中国家和发达国家的结核病发病率都有所上升。2
在果蝇硅二氧化硅患者模型中揭示了结直肠癌的最佳组合疗法
图2。堆栈条形图的细胞命运倾向（ISC），肠和基础隔室，肠细胞（EBS）和肠细胞（EC）（ECS）中的肠道干细胞（ISC）表示。（a）ISC - apical细胞采用九种不同的细胞命运，而在三个环境条件下仍然没有表征。在正常条件下，观察到挤压的最高倾向，然后按顺序进行细胞凋亡，增殖和EB命运。在压力的情况下，最高的倾向是挤出，其次是EB命运和增殖。在癌症中，最高的倾向是多层的倾向，其次是细胞凋亡和挤压。（b）ISC – Basal采用九种不同的细胞命运，在正常条件下，EE命运的倾向最高，在癌症情况下，在压力条件下凋亡，而在癌症，多层和凋亡的倾向上显示出最高的倾向。（c）EB中的七个细胞命运，在正常情况下挤出，压力凋亡和癌症多层的倾向最高。（d）EC中的五个细胞命运，在正常，压力和癌症条件下，DPP产生的倾向最高。