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World File Search System二倍体
使用Sommer软件包的定量遗传学
SOMMER软件包的开发是为了为R用户提供功能强大可靠的多元混合模型求解器，用于在二倍体和多倍体生物中的不同遗传和非遗传分析。此软件包允许用户估算混合模型的差异组件，并具有指定随机效应的方差 - 稳定率结构的优势，指定异质方差，并获得其他参数，并获得其他参数，例如浮肿，布鲁斯，蓝调，残留的值，填充的值，for for for for for for for for for for for for for for for for for for for of of of。使用Armadillo库将软件包的核心算法编码在C ++中，以优化DERECT INVERTION算法中常见的密集矩阵操作。尽管Vignette显示了使用MMER函数的示例，但是使用MMEC功能可以比供估计的系数多的记录更快，我们强烈建议您转移到MMEC功能的使用。
奥尔堡大学高效基因编辑策略......
马铃薯 ( Solanum tuberosum ) 是一种高度多样化的四倍体作物。优良品种杂合性极强，品种内和品种间短片段多态性 (indel) 和单核苷酸多态性 (SNP) 的发生率很高，在 CRISPR/Cas 基因编辑策略和设计中必须考虑这些因素才能获得成功的基因编辑。在本研究中，对马铃薯品种 Saturna 和 Wotan 中葡聚糖水双激酶 (GWD)1 和抗霜霉病 6 (DMR6-1) 基因分别进行深入测序，结果显示与杂合二倍体 RH 基因组序列相比，四倍体与二倍体相比，存在 indel 和 1.3 – 2.8 的高 SNP 发生率。这使向导 RNA (gRNA) 和诊断性 PCR 设计变得复杂。细胞库（原生质体）水平的高编辑效率对于实现四倍体中的完全等位基因敲除以及减少下游繁琐而精细的植株再生至关重要。在这里，CRISPR/Cas 核糖核蛋白颗粒 (RNP) 通过聚乙二醇 (PEG) 介导的转化瞬时递送到原生质体中。对于 GWD1 和 DMR6-1 中的每一个，设计了 6 – 10 个 gRNA 来靶向包含两个基因的 5 ' 和 3 ' 端的区域。与包括多种生物体的其他研究类似，单个 RNP/gRNA 的编辑效率差异很大，并且一些产生了特定的插入/缺失模式。尽管与靶向 3′ 端相比，靶向 GWD1 5′ 端的 RNP 产生的编辑效率明显更高，但 DMR6-1 5′ 端和 3′ 端的编辑效率似乎有些相似。当仅靶向 GWD1 基因的 3′ 端时，同时用两个 RNP 靶向 5′ 端或 3′ 端（多路复用）对总体编辑产生了明显的正协同效应。与单个 RNP/gRNA 转化中获得的编辑效率相比，位于不同染色体上的两个基因的多路复用对单个 RNP/gRNA 编辑效率没有影响或略有负面影响。这些初步发现可能会引发更大规模的研究，以促进和优化植物的精准育种。
对分选的食管腺癌细胞进行靶向测序揭示了分离亚群中的已知和新突变
结果 38 个 EAC 中有 35 个携带至少一种基质细胞中不存在的体细胞突变；73.7%、10.5% 和 10.5% 分别携带肿瘤蛋白 53、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂 2A 和 SMAD 家族成员 4 的突变。此外，在 38 例病例中的 2 例中发现了肝细胞核因子-1α 的 2 个新突变。肿瘤蛋白 53 基因异常比 p53 IHC 更具信息量。相反，SMAD4 的缺失在 IHC 中更常见（53%）并且与更高的复发率相关（P=0.015）。仅通过细胞分选，我们才能检测到 7 个 EAC 中存在超二倍体和伪二倍体亚克隆，它们表现出不同的突变负荷和/或额外的拷贝数扩增，表明这些癌症具有高度的遗传异质性。
vmix，一种创新的基于AAV的RNA干扰平台
缩写：AAV：腺相关病毒； ALS：肌萎缩性侧索硬化；方差分析：方差分析； ATXN2：ataxin-2; CD：编码序列； EC 50：最大有效浓度的一半； mRNA：Messenger RNA； mirna：microRNA； MOI：感染的多样性； NS：不重要； PAS：聚腺苷酸化过程； RT-QPCR：逆转录 - 定量聚合酶链反应； SD：标准偏差； SOD1：超氧化物歧化酶1； UTR：未翻译的区域； VG/DG：病毒基因组/二倍体基因组； WT：野生型。致谢和披露：这项研究由Aviadobio Ltd. RJ，ZW，DO，AG，LR，YB，JF，CA，CA，AA，PH，SC，PC，PC，CM，JI，JI，CS，CS，CS，DYL和YBL是Aviadobio Ltd. OB的雇员和股东。rj，CS，dyl和ybl在与VMIX相关的专利中命名
毒力表型是由病原体倍性和遗传背景相互作用产生的
图 1 白色念珠菌遗传背景对健康宿主适应性有不同的影响。 （a）未感染（仅暴露于大肠杆菌食物源，灰色）或感染不同白色念珠菌菌株（图例中所示）的健康野生型线虫宿主种群的生存曲线。误差线表示±SE。每个处理中分析的宿主数量（n）如表 S1 所示。使用生存曲线的成对比较和 Log-rank（Mantel-Cox）检验来检验统计学显着性。星号表示与未感染对照相比具有统计学显着性（* 表示 p < .05；**** 表示 p < .0001）。具有相同字母的白色念珠菌处理没有显著差异，而具有不同字母的处理在统计学上存在差异。 (b) 宿主谱系生长的箱线图，以 7 天内产生的单个创始宿主的 F1 和 F2 后代的总种群大小表示。方框表示 25 到 75 分位数，平均值表示为一条线。误差线是标准化的数据范围，圆圈表示异常值。未感染对照处理的平均值和 95% 置信区间分别用灰色虚线和阴影灰色方框表示。使用单因素方差分析检验统计显著性。星号表示与未感染对照相比的统计差异（* 表示 p < .05；*** 表示 p < .001）。事后 Dunn 多重比较检验表明，字母相同的白色念珠菌处理没有显著差异，而字母不同的处理有统计学差异。 （c）感染白色念珠菌的宿主成年期第 1-3 天（正常繁殖时间）产生的（d）宿主幼虫总数和宿主幼虫百分比。数据和统计分析与（b）相同。（e）二倍体（dip）和四倍体（tet）白色念珠菌菌株在第 7 天的宿主存活率（彩色符号表示特定的白色念珠菌遗传背景）。使用 Wilcoxon 配对符号秩检验检验统计学意义，并标明 p 值。（f）感染白色念珠菌二倍体和四倍体菌株的宿主的谱系生长、（g）幼虫数量和（h）繁殖时间。数据和统计分析与（e）相同
甲状腺激素依赖性调节代谢和心脏再生
虽然成年斑马鱼和新生小鼠具有强大的心脏再生能力，但成年哺乳动物通常会丧失这种能力。动物界心脏再生能力多样性背后的逻辑尚不清楚。我们最近报告说，动物代谢与心脏中单核二倍体心肌细胞的丰度呈负相关，这些心肌细胞保留了增殖和再生潜力。甲状腺激素是动物代谢、线粒体功能和产热的经典调节剂，越来越多的科学证据表明，这些激素调节剂也对心肌细胞增殖和成熟有直接影响。我们认为甲状腺激素通过不同的机制双重控制动物代谢和心脏再生潜力，这可能代表了获得吸热能力和失去心脏再生能力的进化权衡。在这篇综述中，我们描述了甲状腺激素对动物代谢和心肌细胞再生的影响，并强调了最近的报告，将哺乳动物心脏再生能力的丧失与出生后发生的代谢变化联系起来。
Fragaria vesca'Yellow Wonder' 的组装和注释...
摘要 野生二倍体草莓Fragaria vesca是栽培草莓的基础研究模型。目前可用的参考基因组仅限于两个密切相关的种质，即Hawaii 4和CFRA2339。广泛使用的模型种质‘Yellow Wonder’尚未有其参考基因组。在本研究中，使用Oxford Nanopore长读和Illumina短读的组合组装了第7代自交系‘Yellow Wonder’的基因组。这个220兆碱基对基因组的从头染色体规模组装包含34,007个基因，这些基因是通过从Hawaii 4基因组注释中移植过来进行注释的。基因组比较表明‘Yellow Wonder’基因组与之前发表的两个F. vesca种质，即Hawaii 4和CFRA2339相对不同。 “黄色奇迹”参考基因组的出现为草莓属植物增添了另一个重要的基因组资源，使草莓的研究得以快速进展。
开发AAV-GBA1基因替代疗法，用于通过血液屏障渗透AAV CAPSID
a-b）VG生物分布是通过DDPCR，FAM-RBGPA和VIC-MSTFRC探针来测量二倍体动物细胞的。在皮质（CTX）和丘脑（Th）中证明了跨前脑和中脑区域的成功基因转移。最小基因转移（<1VG/细胞）。d -f）GBA1 mRNA表达。用于该测定法的7个PLEX探针集是定制的，旨在区分转基因特异性GBA mRNA和小鼠内源性GBA mRNA。mRNA表达值据报道为平均荧光强度（MFI）。人类GBA1 mRNA如图d -f所示。在皮质和丘脑中证明了跨大脑区域的成功转录。在肝脏中观察到降低的表达。g - i）使用Sensolote®蓝葡萄糖脑培合酶活性测定法测量皮质，丘脑和肝脏的Gcase活性。高剂量的Php.eb.gba1具有增强10、2、5和3的高剂量，在中枢神经系统组织中的GCASE活性显着增加。平均值+/- SEM。
多重荧光原位杂交 (M-FISH) 揭示 HAP1 细胞系中的染色体不稳定性 (CIN)
摘要背景：HAP1 是一种近单倍体人类白血病癌细胞系，常与 CRISPR-Cas9 基因编辑技术结合用于基因筛选。HAP1 携带费城染色体 (Ph) 和插入 19 号染色体的额外的约 30 Mb 的 15 号染色体片段。体外细胞系作为生物医学研究模型系统的潜在用途取决于其维持基因组稳定性的能力。作为一种具有近单倍体基因组的癌细胞系，HAP1 容易出现遗传不稳定性，而其在培养中自发二倍化的倾向进一步加剧了这一问题。此外，CRISPR-Cas9 基因编辑加上长时间的体外细胞培养可能会诱发意外的“脱靶”细胞遗传学突变。为了深入了解染色体不稳定性 (CIN) 和核型异质性，使用多重荧光原位杂交 (M-FISH) 在单细胞分辨率下对 19 个 HAP1 细胞系进行了细胞遗传学表征，其中 17 个为近单倍体，两个为双单倍体。我们重点研究了新的数值 (N) 和结构 (S) CIN，并讨论了观察到的不稳定性的潜在致病因素。对于每个细胞系，我们检查了其倍性、基因编辑状态和体外细胞培养时间。结果：19 个细胞系中有 16 个已经过基因编辑，传代次数从 10 到 35 不等。17 个近单倍体细胞系的二倍体化范围为 4% 到 35%，[1n] 和 [2n] 中期的 N- 和 S-CIN 百分比范围为 7% 到 50%，两个细胞系没有显示 CIN。两种双单倍体细胞系中患有 CIN 的细胞百分比分别为 96% 和 100%。观察到的最常见的 S-CIN 是缺失，随后是非相互易位和罗伯逊易位。有趣的是，我们观察到近单倍体和双单倍体细胞系中都普遍存在与 13 号染色体相关的 S-CIN，且涉及 13 号染色体的罗伯逊易位发生率很高。此外，基因座特异性 BAC（细菌人工染色体）FISH 使我们首次能够显示额外的 15 号染色体片段插入到 HAP1 基因组 19 号染色体的 p 臂而不是 q 臂中。结论：我们的研究揭示了 CIN 的高发生率，导致大多数 HAP1 细胞系的核型异质性，并且细胞系之间的染色体畸变数量有所不同。值得注意的观察是与 13 号染色体相关的结构染色体畸变频率很高。我们表明，CRISPR-Cas9 基因编辑技术与自发二倍体化和长期体外细胞培养相结合，可能有助于在现有 CIN 的 HAP1 细胞系中诱导进一步的染色体重排。
酿酒酵母生物量生产的生态，生物学和生物技术方面
*对应作者的电子邮件：b.yelikbayev@satbayev.university摘要贝克的酵母酵母酿酒酵母，属于Ascomycota酵母类型，并且是厌食症，在生态和进化生物学，生物学生物学，生物学和工业杂种中，尤其是疗养的生态学和进化生物学和工业生物学，尤其是Intivestions in in in trow the Intives in to in to anaerobic。S。酿酒酵母在糖含量较高的底物上生长，并且是面粉和糖果产品中的重要成分。这项研究揭示了贝克酵母菌酿酒酵母的基本和应用生物学，并揭示了用营养富集甜菜糖蜜的技术方法，以提高生物量的产量。如今，如研究所示，富含营养的甜菜糖蜜的技术方法具有不同的溶液。在酿酒酵母生物量生产的技术中，使用了二倍体细胞的群体，因为与单倍体细胞相比，它们在遗传上更稳定，其特征是更快，更活跃的代谢和更大的大小。关键词：酿酒酵母，贝克酵母的生物化学，碳代谢，培养，糖蜜，生物量，生态学。文章类型：评论文章。