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World File Search System产物
基于微生物产物的潜在抗癌药物的虚拟筛查
近年来，用于癌症治疗的微生物产品的开发一直引起人们的关注。为了加速漫长而昂贵的药物开发过程，在硅筛筛选工具中是系统地使用的，尤其是在初始发现阶段。此外，考虑到当局批准的商业用途批准的分子数量稳步增加，需要更快地使用此类药物的方法。在这里，我们对虚拟筛选Web工具进行了评论，例如分子靶标和配体库的公开数据库，目的是促进基于微生物产品发现潜在的抗癌药物。，我们提供了针对具有已知蛋白质靶标的微生物代谢物的虚拟筛选工作流程的入门级逐步描述，以及使用免费可用的Web工具的两个实例。第一种情况介绍了使用Caver Web开发的来自微生物产品的药物的虚拟筛查研究，Caver Web是一种沿隧道进行对接的Web工具。第二种情况包括比较分析，是一种野生型异急塞脱氢酶1和导致癌症的突变体，使用最近开发的Web工具预测的SNP ONCO。总而言之，本综述提供了虚拟筛查实验所需的基本和基本背景信息，这可能会加速发现新型抗癌药物。
弥合天然产物合成与药物发现之间的差距
天然产品的总合成可以追溯到1828年Wöhler的尿素合成，并达到了惊人的高度，可访问诸如奎宁，斯特雷宁，脊髓氧蛋白，紫杉醇和许多其他人作为合成策略的武器库和化学家的方法继续扩展的复杂天然产物。一种强大而统一的策略，用于实现复杂天然产物的整体合成的优雅而简洁的解决方案，这是递归合成的分析。首先是由科里（Corey）在化学合成逻辑中表达的，2又合成的分析已成为现代合成努力的基石，允许将复杂的天然产物对越来越简化的中间体进行反卷积，并最终可商业地使用。通过逆合合成实现的能力的增加促进了涵盖“理想综合”的想法的产生，亨德里克森3（Hendrickson 3
用于骨科应用的干细胞和细胞骨基质产物
• AmnioFix® (MiMedx) • Bio4™ Viable Bone Matrix (formely known as Ovation®) (Osiris Therapeutics/Stryker) • Bone marrow aspirate • Cellentra™ VCBM (Viable Cell Bone Matrix) (ZimVie) • CeLLogix™ (Omnia Medical) • Clarix® Cord 1K (BioTissue) • FiberCel® （Aziyo Biologics）•脂质®微碎片脂肪组织移植系统•Magnus®骨移植（皇家生物学）•MAP3®（RTI手术）•Osteocel®Plusand Pro and Pro and Pro（nuvasive） Primagem®高级同种异体移植（Zimmer Biomet）•RegeNEXX（再生科学）•Scylla™和Scylla™-F（室脊柱）•TrinityEvolution®和Elite®（Orthofix Inc. （Depuy合成）。
通过分子对接，MM/GBSA计算，MD模拟和ADMET分析，从天然产物中鉴定自然产物的潜在人胰腺淀粉酶抑制剂
人胰腺α-淀粉酶（HPA）是碳水化合物水解的催化剂，是控制2型糖尿病的可行靶标之一。抑制α-淀粉酶低葡萄糖水平，有助于减轻高血糖并发症。在此，我们通过分子建模系统地从天然产物库中系统地筛选了潜在的HPA抑制剂。建模包括分子对接，MM/GBSA结合能计算，MD模拟和ADMET分析。This research identified new- boulaside B, newboulaside A, quercetin-3-O- β -glucoside, and sasastilboside A as the top four potential HPA inhibitors from the library of natural products, whose Glide docking scores and MM/GBSA binding energies range from -9.191 to -11.366 kcal/mol and -19.38 to -77.95 kcal/mol。基于模拟，其中newboulaside b被发现为最佳的HPA抑制剂。在整个模拟过程中，偏差为3Å（Acarbose =3Å），它与ASP356，ASP300，ASP197，THR163，ARG161，ASP147，ALA106和GLN63相互作用。此外，全面的ADMET分析表明，它具有良好的药代动力学特性，没有急性毒性，适中的生物利用和非抑制剂的性质，并且对细胞色素p450。所有结果表明，Newboulaside B可能是针对2型糖尿病的药物发现的有前途的候选人。
抗核纳病毒植物次生代谢产物的潜力...
尽管抗病毒药物开发已经增长，并且疫苗已经可以访问，但仍需要具有成本效益且易于适用的治疗方法来打击Covid-19 [13]。可以口服或通过吸入来施用广谱冠状病毒抑制剂，可能在处理新兴的SARS-COV-2变体方面起着至关重要的作用[13]。这种疗法将对未来的致病性冠状病毒的爆发的准备将是极大的[13]。响应于199的大流行，已经对SARS – COV-2蛋白质和病毒细胞蛋白复合物的结构特性进行了许多研究，以找到治疗性干预措施的潜在靶标[14]。尖峰蛋白，主蛋白酶（MPRO），木瓜样蛋白酶（PLPRO）和RNA-脱纤维RNA聚合酶（RDRP）是最深入研究的药理靶标[14]。通常，针对
应用植物专用代谢产物调节土壤微生物群
抽象的植物专用代谢物（PSM）是多种多样的化合物，在适应各种非生物和生物胁迫的植物适应中具有多方面的作用。psms经常分泌到根根部，这是根周围的一个小区域，它们促进了植物与土壤微生物之间的相互作用。PSM塑造了可能影响植物生长和对不良条件的耐受性的宿主特异性根际微生物群落。植物突变体在PSM生物合成中有缺陷有助于揭示每个PSM在根际中植物 - 微生物群相互作用中的作用。最近，已使用各种方法通过体外方法或通过植物中的锅中的添加到土壤中直接提供PSM。本综述着重于直接PSM应用方法揭示根际植物 - 微生物群相互作用的可行性，并讨论了将知识应用于根际特征的未来工程学的可能性。
天然产物作为潜在抗病毒药物：海洋生物毒素的具体案例
从历史上看，对自然界中海量新生物活性化合物和天然代谢物的研究为药物研发带来了巨大的益处 [1]。人们从天然植物中分离出许多有趣的化学骨架，如黄酮类化合物、查尔酮、丹参酮、肉桂酰胺、二芳基庚烷类化合物、褐藻单宁（并非详尽列出），它们代表了多种生物活性药物的活性成分。应当强调的是，海洋来源的化合物数量多于陆地来源的化合物，包括抗病毒化合物 [2–5]。天然产物中发现的这些分子骨架的巨大多样性刺激了人们寻找对抗“严重急性呼吸道综合征冠状病毒 2”（SARS-CoV 2）的天然分子。一些天然植物化合物 [6] 更具体地针对 SARS-CoV 2 细胞受体，如血管紧张素转换酶 (ACE2) [7]，而另一些化合物则针对特定的蛋白酶，如木瓜蛋白酶样蛋白酶或 SARS-CoV 2 糜蛋白酶样蛋白酶 [3CL(pro)] [8, 9]。新配体与这些特定 SARS-CoV 2 受体分子结构的相互作用使得能够鉴定出针对受感染细胞的新药物，这些药物在体外显示出有效的抗病毒活性 [10, 11]。
贝丁蛋白：具有有希望的抗癌活性的天然产物...
结直肠癌是男性类型的第三个通常被诊断出来的，是女性的第二种。结直肠癌患者的死亡率是由于诊断时的进步和当前使用的细胞抑制剂的选择性低而引起的。寻找新的抗癌物质的最重要方向之一是对自然起源的研究。该组的一种有希望的物质，其特征是与毒性低毒性的结直肠癌细胞有关。根据评估这一活动方向提供的研究涉及COL2，SW707，DLD-1，HT29和HCT116癌细胞的人类线。确定结直肠癌细胞中该三萜的分子机制也很重要。
T4噬菌体Y基因分裂产物是一种加工蛋白
T4 sun Y 基因是已鉴定出的含有自剪接 I 组内含子的 4 个噬菌体基因之一（7、12、30、32）。4 个含内含子的噬菌体基因中，3 个的功能是已知的。噬菌体 T4 的 td 基因（编码胸苷酸合酶）和 nrdB 基因（编码核糖核苷二磷酸还原酶的小亚基）均参与 DNA 前体的合成，噬菌体 SPOI 中鉴定出的内含子位于编码 DNA 聚合酶的基因 31 中。然而，sun Y 基因的功能尚不清楚。据我们所知，sun Y 基因并非必需基因，因为干扰噬菌体发育的突变尚未定位到该基因座上。作为表征 sun Y 基因功能的第一步，我们鉴定了 sun Y 蛋白并确定了其合成的时间进程。虽然我们尚未确定太阳 Y 基因的功能，但我们做出了一个奇怪的观察：它的表达涉及蛋白质以及 RNA 基因产物 (gp) 的处理。
机器学习支持的天然产物基因组挖掘和生物活性预测
摘要：微生物和植物产生的天然产物 (NP) 是药物、除草剂和杀菌剂的主要来源。得益于 DNA 测序、生物信息学和基因组挖掘工具的最新进展，多年来已经生成了大量有关 NP 生物合成的数据，这些数据越来越多地被利用来开发用于 NP 发现的机器学习 (ML) 工具。在这篇综述中，我们讨论了开发和应用 ML 工具的最新进展，这些工具用于探索可以用基因组语言编码的潜在 NP 并预测 NP 的生物活性类型。我们还研究了与 NP 研究的 ML 工具的开发和应用相关的技术挑战。关键词：机器学习、天然产物、基因组挖掘、生物合成基因簇、生物活性预测、模型构建■介绍数千年来，天然产物 (NP) 对人类健康和福祉至关重要。1 DNA 测序、生物信息学和基因组挖掘的最新进展使得 NP 的发现更加高效。然而，随着越来越多的化合物被发现，避免发现先前已鉴定的 NPs 变得越来越具有挑战性。此外，探索 NPs 的生物学功能仍然很困难，特别是因为一些 NPs 的数量非常少，阻碍了对其生物活性的广泛筛选。为了帮助发现 NPs 并表征其生物活性，研究人员开发了各种策略，例如高通量生物合成基因簇 (BGC) 发现、2、3 通过 CRISPR/Cas9 介导的基因组编辑激活 BGC、4、5