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抗菌素抗性作为金黄色葡萄球菌，大肠杆菌或克雷伯氏菌SPP后复发性菌血症的危险因素。社区发作的细菌
ntimicrobial抗药性（AMR）是全球主要的健康问题，与2019年全球估计495万人死亡有关（1，2）。尽管已经对AMR对临床和经济结果的影响进行了广泛的研究，但对AMR对感染反复感的影响相对较少，这是一项重大事件，导致大量疾病，死亡和医疗保健成本（3）。复发在菌血症患者中特别关注，他们通常脆弱并且患有潜在的疾病，因为菌血症与高死亡率和AMR有关（4）。AMR与更大的感染严重程度，治疗衰竭更高的风险以及更长的住院时间有关，所有这些都可能影响复发的风险（5-7）。很少有研究研究AMR是复发性菌血症的潜在危险因素，并且所有研究都限于归因于引起初始感染的同一细菌的感染的复发（8-13）。相反，少数不针对特定细菌物种或患者人群（例如，具有潜在条件的人）和研究危险因素在1年内复发的危险因素并不认为AMR是潜在的危险因素（14-16）。然而，在研究AMR与复发之间的联系时，重要的是要考虑延长的微生物不平衡，即广谱抗生素暴露（即标准细菌治疗）可以诱导宿主微生物组。AMR在初始菌血症发作中可能会增加这种不平衡包括对宿主对定殖和感染的易感性的影响（17）以及对抗生素耐药细菌的选择和持续时间的影响，例如，扩展的谱β-内酰胺酶（ESBL）可能会超过1年 - 产生肠tocteriaceae（18）。
来自苏格兰牛乳腺炎病例的克雷伯氏菌肺炎分离株的抗菌耐药性和分子流行病学
肺炎克雷伯氏菌是机会性病原体，可能导致奶牛乳腺炎。K.肺炎乳腺炎通常的治愈率较差，并且可能导致慢性感染的发展，这对健康和生产都有影响。但是，很少有研究旨在通过牛乳腺炎病例进行全基因组测序来充分表征肺炎。在这里，使用基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）和全基因组测序鉴定出与乳腺炎相关的肺炎分离株与乳腺炎相关的肺炎。此外，全基因组序列数据用于遗传分析，并且都与表型AMR测试并行，均与virulenceandantimicrobial耐药性（AMR）预测。四十二个分离株被鉴定为K.肺炎。进行全基因组测序，观察到31种多层次序列类型，这表明这些分离株的来源可能是环境的。分离株的关键毒力决定因素，编码了获得的铁载体，结肠癌和高胶体。其中大多数是缺乏的，除了YBST（编码Yersiniabactin）以六个分离株存在。在整个数据集中，对链霉素（26.2％）和四环素（19％）的表型AMR水平很明显，以及对头孢霉素（26.2％）和新霉素（21.4％）的中间易感性。的重要性是检测两个产生ESBL的分离株，这些分离株表现出对阿莫西林 - 克拉维酸，链霉素，四环素，头孢霉素，头孢菌素，头孢霉素和头孢菌素的抗性性。
新型裂解噬菌体K14-2的隔离和表征感染了克雷伯氏菌和劳尔特氏菌的多种物种
多药耐药细菌对公共卫生构成了重要的全球威胁，尤其是在严重的医院感染患者中。值得注意的是，由于它们与人类感染和抗生素耐药基因的转移，克雷伯氏菌和拉乌尔特省属引起了人们的关注。噬菌体疗法最近引起了人们的注意，作为治疗这些感染的一种新方法。但是，这种方法的效率依赖于具有广泛宿主范围的噬菌体。在这项研究中，使用肺炎克雷伯氏菌作为宿主，从河水样品中分离出具有较宽宿主范围的噬菌体K14-2。噬菌体的生物学特性的特征是评估其感染的多样性，杀死曲线，一步生长曲线以及跨不同pH水平和温度的稳定性。形态学分析表明，噬菌体非常类似于肌瘤病毒。宿主范围包括来自克雷伯氏菌，拉乌尔特氏菌和埃希里希氏菌的6种菌株。发现K14-2的基因组是双链DNA，包括175,759个碱基对，GC含量为41.8％。基因组注释揭示了280个蛋白质编码基因，其中96个分配了功能。与K14-2具有最高基因组相似性的噬菌体为vb_kpm-牛奶。基于主要衣壳蛋白建造的系统发育树发现噬菌体属于Straboviridae家族的Slopekvirus属。鉴于这些特征，新型噬菌体K14-2的发现具有广泛的宿主范围，具有增强噬菌体疗法在未来研究中的有效性的潜力。
克雷伯氏菌肺炎中的转座子诱变筛查确定了人类尿液和血清生长所需的遗传决定因素
抽象的克雷伯氏菌肺炎是全球公共卫生的关注，因为无数多种过度呼吸和多药的克隆都与高死亡率相关。基于这些顽固的K.肺炎感染的分子机制，以及如何与几乎所有当今所有临床上重要的抗菌抗菌物质的谱系的毒性与抗性的毒力结合在一起，尚不清楚。在这项研究中，我们在亚洲最常报道的地方性K2-ST375病原体的K.肺炎ECL8中进行了全基因组筛查，以定义对富含营养的实验室培养基生长至关重要的基因（Luria-bertani [LB]培养基[LB]培养基），人类尿液和精神尿液。通过转座子定向插入位点测序（传统），总共427个基因被确定为LB琼脂上生长至关重要，而11和144个基因的转座子插入分别降低了尿液或血清的适应性。这些研究不仅提供了有关该病原体遗传学的进一步知识，而且还为发现新的抗菌靶标提供了强大的动力，以改善肺炎链球菌感染的当前治疗选择。
RNA相互作用的肺炎高度毒性克雷伯氏菌的相互作用揭示了一个小的RNA
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。它是制作
优化机器学习预测肺炎克雷伯氏菌中最小抑制浓度
于2023年11月23日收到； 2024年3月7日接受；于2024年3月26日发表作者分支：1生物学与生物技术系，意大利帕维亚大学，意大利帕维亚大学； 2 MRC全球传染病分析中心，英国伦敦帝国学院； 3英国欣克斯顿的欧洲生物信息学研究所欧洲分子生物学实验室； 4 Microbiology和病毒学单元，Fondazione Irccs Policlinico San Matteo，意大利帕维亚； 5英国巴斯大学生命科学系米尔纳进化中心； 6 Fondazione Irccs Policlinico San Matteo，意大利帕维亚。*信函：John A. Lees，Jlees@ebi。Ac。UKUK关键字：AMR；抗生素抗性；细菌基因组学； gwas;肺炎；机器学习；麦克风缩写：AMR，抗菌耐药性； BACC，平衡精度； CI，一致性指数； CPFX，环丙沙星； ES，效果大小； fn，假否定； Gen，庆大霉素； GTR，一般时间可逆； GWAS，基因组广泛的关联研究； LD，连锁不平衡； MAF，次要等位基因频率； MEM，MeropeNem； MIC，最小抑制浓度； SNP，单核苷酸多态性； TP，真正的积极； TZP，哌拉西林/tazobactam; WGS，整个基因组测序。数据语句：文章或通过补充数据文件中提供了所有支持数据，代码和协议。本文的在线版本可以使用二十四个支持数据和一个补充表。001222©2024作者
克雷伯氏菌肺炎和葡萄球菌糖果
肉类产品是人类饮食的重要组成部分，是营养的良好来源。食源性微生物是由于食用食物，尤其是动物起源产物而导致人类疾病的主要病原体。本研究的目的是验证胸腺氏胸腺精油对肺炎克雷伯氏菌的菌株的抗菌活性，铜绿假单胞菌和肉毒葡萄球菌与肉类产品分离出来的抗菌活性。为此，在微稀释板中进行了最小抑制浓度（MIC）和最小杀菌浓度（MBC）的分析。还使用磁盘扩散研究了产品与抗菌剂的关联。和抗粘附活性，在蔗糖存在下在玻璃管中确定。百里香油对K的抑制作用很强。肺炎，p。铜绿和s。saprophyticus，MIC值范围为64至512μg/ml，大多数菌株的杀菌作用范围为256至1,024μg/ml。t。寻常油与抗菌剂相关的相互作用各异，与协同（41.67％），冷漠（50％）和拮抗作用（8.33％）效应相关。关于抗粘附活性，测试产物可有效抑制所有正在研究的细菌菌株的依从性。因此，百里香油作为针对k的抗菌和抗依从剂的表现。肺炎，p。铜绿和s。saprophyticus是一种天然产品，可以代表对抗食源性疾病的有趣替代品。
克雷伯氏菌中抗菌抗性的机制
背景：心力衰竭病理生理学及其临床症状的特征是炎症。升高的白细胞亚群是炎症的众所周知的指标，在确定心血管疾病患者的预后中起着预测作用。此外，血小板是炎症的重要介质，尤其是当它们与白细胞相互作用时。血小板合成，激活和功能都受心力衰竭的影响。因此，该研究旨在确定心力衰竭患者的血小板，中性粒细胞和淋巴细胞异常的大小。方法：从2022年6月至2022年7月在贡达大学综合专业医院进行了回顾性横断面研究。总共包括245例心力衰竭患者的病历。从病历中收集了有关社会人口统计学，临床和一些血液学和生化参数的数据。数据已输入EPI-DATA 4.6.0.2，然后导出到Stata 11.0统计软件进行分析。计算出及其优势比的二元逻辑回归分析，以识别与结果变量相关的因素。p值<0.05被认为具有统计学意义。结果：心力衰竭成年人中最常见的白细胞异常是中性粒细胞，在17.55％（95％CI：13.26–22.87）中被发现。此外，在10.20％（95％CI：6.97–14.70）的患者中观察到淋巴细胞增多。只有女性与心力衰竭患者的嗜中性粒细胞显着相关（AOR = 2.33; 95％CI：1.05–5.16）。心力衰竭患者的血小板减少症和血小板病的大小为12.24％（95％CI：8.67–17.01％）和2.86％（95％CI：1.36-5.90％）。但是，这些变量均未与血小板和淋巴细胞异常显着相关。结论：心力衰竭患者的常见白细胞和血小板异常。因此，对这些异常的基本原因的早期检测和管理对于改善患者的结局并防止进一步的并发症可能很重要。关键词：心力衰竭，血小板，中性粒细胞，淋巴细胞，中性粒细胞，淋巴细胞增多，血小板减少症
伯氏锥虫的线粒体 RNA 编辑
动基体是单细胞鞭毛虫，其名称来源于“动基体”，这是单个线粒体内的一个区域，其中包含高 DNA 含量的细胞器基因组，称为动基体 (k) DNA。这种线粒体基因组的一些蛋白质产物被编码为隐基因；它们的转录本需要编辑才能生成开放阅读框。这是通过 RNA 编辑实现的，其中小调控向导 (g)RNA 指导在特定转录本区域内的每个编辑位点正确插入和删除一个或多个尿苷。很难准确了解动基体中 kDNA 的扩展及其独特的尿苷插入/删除编辑的进化。在这里，我们解析了早期分支动基体锥虫中的 kDNA 结构和编辑模式，并将它们与研究较为深入的锥虫进行比较。我们发现它的 kDNA 由约 42 kb 的环状分子组成，这些分子包含 rRNA 和蛋白质编码基因，以及 17 个不同的约 70 kb 的重叠群，每个重叠群平均携带 23 个假定的 gRNA 位点。这些重叠群可能是线性分子，因为它们包含重复的末端。我们的分析发现了一个具有独特长度和序列参数的假定 gRNA 群体，相对于这种寄生虫的编辑需求而言，这个群体是巨大的。我们验证或确定了四个编辑的 mRNA 的序列身份，包括一个编码 ATP 合酶 6 的 mRNA，该 mRNA 之前被认为缺失。我们利用计算方法表明，T. borreli 转录组包含大量具有不一致编辑模式的转录本，显然是非规范编辑的产物。与其他研究的动基体相比，该物种利用了最广泛的尿苷缺失来加强隐基因产物的氨基酸保守性，尽管插入仍然更频繁。最后，在三个经过测试的动质体线粒体转录组中，原始线粒体读段中尿苷缺失比与完全编辑的、具有翻译能力的 mRNA 对齐更常见。我们得出结论，kDNA 在已知动质体中的组织代表了编码 mRNA 和 rRNA 的环状分子的分区编码和重复区域的变异，而 gRNA 基因座位于高度不稳定的分子群中，这些分子在不同菌株之间的相对丰度存在差异。同样，虽然所有动质体都具有保守的机制来执行尿苷插入/缺失类型的 RNA 编辑，但其输出参数是物种特异性的。2022 作者。由 Elsevier BV 代表计算和结构生物技术研究网络出版。这是一篇根据 CC BY-NC-ND 许可协议 ( http://creative-commons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ ) 开放获取的文章。
伯氏锥虫的线粒体 RNA 编辑
2 启示 3 4 5 Evgeny S. Gerasimov a# 、 Dmitry A. Afonin a# 、 Oksana A. Korzhavina a 、 Julius Lukeš b,c 、 Ross Low d 、 Neil Hall d 、 6 Kevin Tyler e 、 Vyacheslav Yurchenko f * 、 Sara L. Zimmer g * 7 8 9 a 分子生物学系，罗蒙诺索夫莫斯科国立大学，莫斯科 119234，俄罗斯 10 jalgard@gmail.com (ESG)、afoninmsu@outlook.com (DAA)、korzhavina.oksana.bio.msu@gmail.com 11 (OAK) 12 13 b 寄生虫学研究所，生物中心，捷克科学院，370 05 捷克布杰约维采，捷克14 jula@paru.cas.cz (JL) 15 16 c 南波西米亚大学科学学院，370 05 捷克布杰约维采，捷克 17 18 d 厄尔汉姆研究所，诺维奇研究园区，诺维奇 NR4 7UZ，英国 19 Ross.Low@earlham.ac.uk（RL），neil.hall@earlham.ac.uk（NH） 20 21 e 诺维奇医学院，东英吉利亚大学，诺维奇 NR4 7TJ，英国 22 K.Tyler@uea.ac.uk（KT） 23 24 f 生命科学研究中心，俄斯特拉发大学科学学院，710 00 俄斯特拉发，捷克 25 vyacheslav.yurchenko@osu.cz（VY） 26 27 g 明尼苏达大学医学院，德卢斯校区，明尼苏达州德卢斯，55812，美国 28 szimmer3@d.umn.edu (SLZ) 29 30 # 平等贡献 31 * 通信地址 32 33