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1 1 2大规模侵袭细胞器DNA驱动核...
1 2 Massive invasion of organellar DNA drives nuclear genome evolution in 3 Toxoplasma 4 5 Sivaranjani Namasivayam a,1 , Cheng Sun b,1 Assiatu B Bah c , Jenna Oberstaller d , Edwin Pierre- 6 Louis e , Ronald Drew Etheridge e , Cedric Feschotte f , Ellen J. Pritham c,2 and Jessica C.基辛格G，2 7 8 A遗传学系，佐治亚大学，乔治亚州雅典30602，美国；目前的地址：9临床微生物组，宿主免疫和微生物组实验室，NIAID，NIH，BETHESDA，10 MD 20892，美国11 12 B得克萨斯大学阿灵顿分校的生物学系，美国德克萨斯州阿灵顿，美国德克萨斯州76019；目前13地址：中国北京100048的生命科学学院14 15 C生物学系，德克萨斯大学阿灵顿分校，德克萨斯州阿灵顿，德克萨斯州76019 16 17 D遗传学系，乔治亚州乔治亚大学，乔治亚州乔治亚州乔治亚州大学，乔治亚州30602，美国；现在的地址：18佛罗里达州南佛罗里达大学全球卫生部，佛罗里达州坦帕市，33620，美国19 20 E蜂窝生物学系，热带和新兴全球疾病中心，21乔治亚大学，乔治亚州21号大学，雅典，乔治亚州30602，美国22 23 2 23 2 23 F德克萨斯州阿林顿，Arlington，TX 76019;目前的地址：24分子生物学和遗传学系，康奈尔大学，纽约州伊萨尔大学，纽约州14853-2703，美国25 26 G遗传学系，生物信息学研究所，热带和新兴全球27疾病中心，乔治大学，乔治大学，雅典，雅典，雅典，雅典，GA 30602，USA 28 29 29 1 S.N.38 39竞争利益声明：作者声明没有竞争利益。和C.S对这项工作也同样贡献30 2应向其通信31 32 33电子邮件：jkissing@uga.edu 34 35作者贡献：EJP，JCK和CF设计和监督研究； SN，CS，AB，36 JO，EPL和RDE进行了研究； SN，CS，EJP，JCK和RLP分析了数据； SN，CS，37 CF，JCK和EJP撰写了论文。40 41 42关键字：线粒体DNA的核整合体 - 数字，塑料DNA的核整合体43- nupts，nupts，Organlar Stumelar的核DNA -Nuot，Apicomplexa，Coccidia，Coccidia，Coccidia，非态态44最终连接修复 - NHEJ 45 46 This Prabele -47 46 Text 47 47 47 47：47 47：47 48：47 48：47 48：47 48：47 48：47 48。
鉴定恶性疟原虫的红细胞侵袭途径中的潜在药物靶标
摘要红细胞侵袭阶段在恶性疟原虫中在繁殖，性测定和耐药性中起着关键作用。为了确定红细胞侵袭阶段中的关键基因和途径，使用了W2MEF菌株的基因集（GSE129949）和RNA-SEQ计数数据进行进一步分析。进行了一项综合生物启动研究研究，以审查基因作为潜在的药物靶标。487差异表达的基因（DEG）具有调整后的P值<0.001富含47个基因本体论（GO）项，这些术语基于超几何分析P值<0.01。蛋白质 - 蛋白质相互作用网络分析是使用具有较高置信度相互作用的DEG进行的（PPI评分阈值= 0.7）。MCODE和CYTOHUBBA应用程序用于定义轮毂蛋白，并根据多个拓扑分析和MCODE分数对它们进行排名。此外，通过使用MPMP数据库中的322个基因集进行基因集富集分析（GSEA）。通过领先分析确定了多个重要基因集中涉及的基因。我们的研究确定了编码蛋白质的六个基因，这些基因可能是与蛋白质侵袭阶段有关的潜在药物靶标，与MerozoITE的运动性，细胞周期调节，G依赖性蛋白激酶磷酸化，微蛋白蛋白的控制，微管组装的控制和性承诺有关。根据DCI（药物置信度指数）和预测结合口袋的值计算这些蛋白质的可药物性。表现出最好的结合袋值的蛋白质受到深度学习的虚拟筛选。该研究以抑制剂鉴定的蛋白质的药物结合评分来确定最佳的小分子抑制剂。
综合分析与库培病相关的基因在膀胱癌的预后，肿瘤微环境侵袭和药物敏感性
cuproptosis是一种新发现的编程细胞死亡形式，在肿瘤的发生和发育中起着至关重要的作用。然而，库妥刺作在膀胱癌肿瘤微环境中的作用尚不清楚。在这项研究中，我们开发了一种预测预后结果并指导膀胱癌患者的治疗选择的方法。我们从癌症基因组图集数据库和基因表达综合数据库中获得了1001个样品和生存数据点。使用与先前研究中鉴定的与库相关的基因（CRG）进行了分析，我们分析了CRG转录变化并鉴定了两个分子亚型，即高危患者和低危患者。确定了八个基因的预后特征（PDGFRB，COMP，GREM1，FRRS1，SDHD，RARRES2，CRTAC1和HMGCS2）。CRG分子打字和风险评分与临床病理学特征，预后，肿瘤微环境细胞的培养特征，免疫检查点激活，突变负担和化学疗法药物敏感性相关。此外，我们构建了一个准确的列图，以提高CRG_SCORE的临床适用性。QRT-PCR用于检测膀胱癌组织中八个基因的表达水平，结果与预测的结果一致。这些发现可能有助于我们了解昆虫在癌症中的作用，并为设计个性化治疗和预测膀胱癌患者的生存结果的新方向提供了新的方向。
CRISPR 筛选可识别调控黑色素瘤细胞侵袭性的基因
恶性癌细胞会不受控制地增殖，并可能转移到远处器官。转移的一个关键步骤是癌细胞在扩散到远处器官之前侵入邻近组织的能力。因此，了解侵袭机制可能有助于发现新的可用药物靶点以防止转移。在本项目中，使用 CRISPR 敲除筛选体外研究了人类黑色素瘤细胞的侵袭性。为此，评估了三个汇集的 CRISPR 文库，然后选择其中一个进行筛选。在验证了所选表观遗传敲除文库的 gRNA 表示后，生成了一个慢病毒文库以转导 A375 黑色素瘤细胞。然后使用 Matrigel 侵袭室通过优化的侵袭试验检查突变黑色素瘤细胞的侵袭性。将转导的黑色素瘤细胞接种到上室中，并使其通过 Matrigel 迁移到具有更高化学引诱剂浓度的下室。随后分别收集上室和下室细胞，分离基因组DNA，通过PCR扩增制备测序文库，并用Illumina新一代测序技术进行测序。本报告不包含CRISPR筛选的测序数据。
人工智能在侵袭性霉菌感染诊断中的应用：开发自动组织学鉴定系统以区分曲霉菌和毛霉菌
背景：通常需要进行组织病理学鉴定，因为真菌培养的敏感性不足以进行准确诊断。另一方面，病理诊断，尤其是霉菌的病理诊断，即使由经验丰富的病理学家进行，也常常不准确。在区分毛霉菌病和曲霉病时尤其如此，这两种病有不同的药物选择和医疗管理。根据潜在疾病的严重程度或诱发因素，疾病很容易在短时间内变得严重。因此，正确的诊断极其重要，应委托给病理学家。目的：开发一种基于人工智能 (AI) 的霉菌感染自动组织学诊断系统，以支持一般病理学家的诊断，特别是区分曲霉菌和毛霉菌。方法：我们使用两个指标作为诊断系统；即独立菌丝的角度和每个菌丝的曲折度。结果和结论：我们分别从曲霉病和毛霉菌病的标准病例中收集了 147 个和 67 个图像样本。所有图像均通过自动识别两种指标成功分析。数据二维图生成的阈值曲线划分的独立区域清楚地包括了从曲霉菌和毛霉目病例中获得的测试数据。本研究证明了我们新开发的基于人工智能的诊断系统的实用性。其实际应用还需要进一步研究。关键词：人工智能方法、曲霉菌、侵袭性霉菌感染、毛霉目、Python
水飞蓟宾抑制细胞的迁移、侵袭和上皮...
水飞蓟宾 (SB) 是一种从水飞蓟种子中提取的类黄酮，已被发现对多种肿瘤类型具有抗肿瘤作用。我们之前的研究报告称，SB 对前列腺癌 (PCa) 具有抗转移作用。然而，确切的潜在分子机制仍有待确定。本研究旨在通过伤口愈合、Transwell 测定和蛋白质印迹法研究 SB 对去势抵抗性 PCa (CRPC) 细胞迁移、侵袭和上皮-间质转化 (EMT) 的影响。结果表明，SB 治疗显着抑制了 CRPC 细胞系的迁移和侵袭。此外，通过 LC3 转化、LC3 周转和 LC3 点状分析确定，SB 被证实可以激活自噬。进一步的机制研究表明，SB 治疗后，Yes 相关蛋白 (YAP) 的表达水平以自噬依赖的方式下调。此外，SB诱导的YAP自噬降解与SB在CRPC中的抗转移作用有关。总之，本研究结果提示SB可能通过调控YAP的自噬降解来抑制PCa细胞的迁移、侵袭和EMT，从而为转移性CRPC提供一种潜在的新治疗策略。
ADAM17 介导的 EGFR 配体脱落指导巨噬细胞促进癌细胞侵袭
简介 癌症的发展和转移很大程度上取决于癌细胞与环境的相互作用，包括巨噬细胞，巨噬细胞大量渗入肿瘤，通常预后不良 (1, 2)。巨噬细胞是一种特殊细胞，它不断巡逻和监控身体，以解决感染和清除垂死细胞。当检测到异常时，例如在伤口愈合期间，巨噬细胞会消灭入侵的微生物，协调免疫系统，促进和解决炎症，并支持细胞增殖和组织重塑 (3)。微环境中的因素驱使巨噬细胞向特殊细胞状态发展，其中两种极端状态被描述为促炎、经典激活的 M1 状态和抗炎、替代激活的 M2 状态 (4)。然而，多项研究表明，巨噬细胞存在于一系列细胞状态和功能中，它们在不同的激活状态之间振荡 (5)。同样在肿瘤中，巨噬细胞的表型也多种多样，它们支持或抑制肿瘤进展。肿瘤相关巨噬细胞 (TAM) 最初试图恢复肿瘤的正常结构，类似于经典的 M1 激活巨噬细胞 (6)。然而，肿瘤细胞分泌和蛋白水解释放某些细胞因子和生长因子，如集落刺激因子-1 (CSF-1) (7) 和白细胞介素-4 (IL-4) (8)，会将 TAM 诱导为促肿瘤表型，具有许多与替代激活的 M2 巨噬细胞相同的特征。因此，TAM 可以支持肿瘤生长、转移和免疫逃避，并保护肿瘤细胞免受化疗 (9–11)。TAM 表型是促肿瘤还是抗肿瘤，取决于肿瘤的起源以及肿瘤微环境 (TME) 内的确切信号传导。
免疫侵袭与SARS的相关性-...
SARS-Cov-2 引发了全球范围内的 COVID-19 大流行。ADAM17 是一种解整合素和跨膜金属蛋白酶结构域蛋白，参与调节 SARS-CoV-2 受体 ACE2。然而，它对感染 COVID-19 的癌症患者的影响以及它与滤过性免疫细胞的相关性尚不清楚。本研究基于 GEPIA 比较了正常组织和肿瘤组织中 ADAM17 的表达。研究了 ADAM17 表达与滤过性免疫细胞和免疫调节剂之间的相关性。此外，在 TISDB 数据库中搜索了针对 ADAM17 的治疗药物。我们发现 ADAM17 在许多物种中高度保守，主要在肺、脑、女性组织、骨髓和淋巴组织中表达。它在鼻炎和支气管的呼吸道上皮细胞中也高表达。 ADAM17 在肿瘤中的表达高于几对正常组织中的表达，并且与恶性肿瘤患者的预后呈负相关。有趣的是，ADAM17 的表达与正常和肿瘤组织中的免疫调节剂和免疫细胞滤过显着相关。此外，针对 ADAM17 的八个小分子仅表现出治疗意义。这些发现意味着 ADAM17 在感染 COVID-19 的癌症患者中具有重要意义，并为抗 COVID-19 的发展策略提供了新的线索。
涉及侵袭性甲状腺癌中的免疫检查点抑制剂和酪氨酸激酶或BRAF抑制剂的组合策略
1外科，医学和分子病理学系与关键区域，皮萨大学，意大利56126 PISA； francesca.ragusa@phd.unipi.it（F.R.）; giusy.elia@phd.unipi.it（g.e。）; sabrinapaparo@gmail.com（S.R.P.）; balestri90@gmail.com（E.B.）; chiara.botrini@gmail.com（c.b.）; mazzivaleria@gmail.com（V.M.）; claudio.spinelli@unipi.it（c.s.）2 PISA大学临床与实验医学系，意大利PISA 56126； silvia.ferrari@unipi.it 3急诊医学系，Azienda Ospedaliero-Universitaria Pisana，意大利Pisa 56124； Armandopatrizio125@gmail.com 4 U.O. Medicina预防性Lavoro，Azienda Ospedaliero-Universitaria Pisana，意大利Pisa 56124； g.guglielmi@ao-pisa.toscana.it 5转化研究系和皮萨大学医学与外科新技术，意大利比萨56126； rudy.foddis@med.unipi.it（r.f. ）; poupak.fallahi@unipi.it（p.f.） 6，“萨皮恩扎”罗马大学手术科学系，意大利罗马00161； salvatore.ulisse@uniroma1.it *通信：Alessandro.antonelli@unipi.it;电话。 ： +39-050-9923182 PISA大学临床与实验医学系，意大利PISA 56126； silvia.ferrari@unipi.it 3急诊医学系，Azienda Ospedaliero-Universitaria Pisana，意大利Pisa 56124； Armandopatrizio125@gmail.com 4 U.O.Medicina预防性Lavoro，Azienda Ospedaliero-Universitaria Pisana，意大利Pisa 56124； g.guglielmi@ao-pisa.toscana.it 5转化研究系和皮萨大学医学与外科新技术，意大利比萨56126； rudy.foddis@med.unipi.it（r.f.）; poupak.fallahi@unipi.it（p.f.）6，“萨皮恩扎”罗马大学手术科学系，意大利罗马00161； salvatore.ulisse@uniroma1.it *通信：Alessandro.antonelli@unipi.it;电话。 ： +39-050-9923186，“萨皮恩扎”罗马大学手术科学系，意大利罗马00161； salvatore.ulisse@uniroma1.it *通信：Alessandro.antonelli@unipi.it;电话。： +39-050-992318
拮抗性抗体 BI-1206 靶向 FcγRIIB 可提高以利妥昔单抗为基础的疗法治疗侵袭性套细胞淋巴瘤的疗效
摘要尽管 FDA 批准了多种靶向疗法和免疫疗法，但不可避免的复发仍然是套细胞淋巴瘤 (MCL) 患者的主要治疗挑战。Fc γ 受体 (FcγR) 在调节抗体介导的免疫中起重要作用。FcγRIIB 是 FcγR 家族中独特的免疫检查点抑制成员，与免疫细胞脱敏和肿瘤细胞对抗 CD20 抗体利妥昔单抗和其他抗体介导的免疫疗法的耐药性有关；然而，人们对其在侵袭性 MCL 患者，尤其是具有多重耐药性的患者中的表达及其免疫调节功能知之甚少。在本研究中，我们发现 FcγRIIB 在 MCL 细胞系和原发性患者样本中普遍表达。与未接受伊布替尼/利妥昔单抗治疗、敏感或耐药的样本相比，CAR T 复发患者样本中的 FcγRIIB 表达显着更高（p < 0.0001）。利妥昔单抗诱导的 JeKo-1 细胞 CD20 内化可通过同时使用 BI-1206（一种针对 FcγRIIB 的重组人单克隆抗体）完全阻断。利妥昔单抗-伊布替尼、利妥昔单抗-维奈克拉和利妥昔单抗-CHOP 的联合治疗也诱导了 CD20 内化，而 BI-1206 再次有效阻断了这种内化。在 JeKo-1 细胞系衍生的异种移植模型中，BI-1206 显著增强了利妥昔单抗-伊布替尼 (p = 0.05) 和利妥昔单抗-维奈克拉 (p = 0.02) 的体内抗 MCL 功效，但没有增强利妥昔单抗-CHOP 组合。在患者来源的异种移植 (PDX) 模型中，BI-1206 作为单一药物，在一种对伊布替尼和维奈克拉均有耐药性但对利妥昔单抗和来那度胺 (R 2 疗法的临床前模拟物) 组合敏感的侵袭性 PDX 模型中表现出高效力（p < 0.0001）。BI-1206 在对利妥昔单抗、伊布替尼和 CAR T 疗法具有三重耐药性的 PDX 模型中增强了利妥昔单抗单药疗法的疗效 (p = 0.030)。此外，BI-1206 显着增强了利妥昔单抗-维奈克拉组合的疗效 (p < 0.05)，这导致 25% 的小鼠的肿瘤长期缓解。总而言之，这些数据表明，针对这种新的免疫检查点阻断可增强利妥昔单抗方案在具有多重耐药性的侵袭性 MCL 模型中的治疗活性。关键词：FcγRIIB、BI-1206、CAR-T、治疗耐药性、套细胞淋巴瘤、联合治疗