XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System保守
Anchorna：通过保守的锚固区域的完整病毒基因组对齐
动机：由于诸如长序列，大插入/缺失（跨越了几种100个核苷酸），大数量序列，序列差异和高计算复杂性，例如在二级结构预测的上下文中，因此全病毒基因组的多序列比对可能具有挑战性。标准比对方法通常会面临这些问题，尤其是在处理高度可变的序列或对选定子序列需要特定的系统发育分析时。我们提出了基于Python的命令行工具Anchorna，旨在在编码序列中识别保守区域或锚定。这些锚定定义分裂位置，指导复杂病毒基因组的比对，包括具有重要二级结构的那些。AnchORNA通过专注于这些关键的保守区域来提高全基因组对齐的准确性和效率。在设计培养在病毒家族中的底漆时，提出的方法特别有用。结果：AnchORNA引导的对准与3个对齐程序的结果进行了比较。利用55个代表性的Pestivirus基因组的数据集，AnchORNA确定了56个锚点，对于指导对齐过程至关重要。这些锚的合并导致了所有测试的对齐工具的显着改进，突出了Anchorna在增强对齐质量方面的有效性，尤其是在复杂的病毒基因组中。可用性：Anchorna可根据MIT许可在GitHub上的MIT许可证上，网址为https：//github.com/rnajena/anchorna，并在Zenodo上存档。该软件包包含一个带有Pestivirus数据集的教程，并且与支持Python的所有平台兼容。
甘露模型中的超均匀性，保守的定向渗透和渗透
超均匀性是一种新兴的特性，其密度n量表的结构因子为sðqÞ〜Qα，具有α> 0。我们表明，对于甘露模型所属的保守定向渗透（CDP）类，CDP中的密度n与depinning的界面位置U之间存在精确的映射，nðxÞ¼n0Þ¼n0Þ∇2u2 u - ，其中n 0是保守的粒子密度。因此，超均匀性指数等于α¼4 -d -2ζζ，ζ在depinning时的粗糙度指数和d尺寸为d。在d¼1中，α¼1= 2，而0。6>α≥0对于其他d。我们的结果非常适合文献中的模拟，除了在D¼1中，我们自己执行自己的模拟以确认这一结果。在两个看似不同的领域之间存在如此确切的关系令人惊讶，并且铺平了思考超均匀性和倒闭的新途径。作为推论，我们在所有维度上获得了前所未有的精度的结果，在d¼1中精确。这纠正了较早的CDP中超均匀性的工作。
免疫型：整个土地植物及其他地区的保守和特定免疫。
hal是一个多学科的开放访问档案，用于存款和传播科学研究文件，无论它们是否已发表。这些文件可能来自法国或国外的教学和研究机构，也可能来自公共或私人研究中心。
进化上保守的精子因子 DCST1 和 DCST2 是配子融合所必需的
摘要 为了触发配子融合，精子需要激活分子机制，其中精子 IZUMO1 和卵母细胞 JUNO（IZUMO1R）相互作用在哺乳动物中起着至关重要的作用。尽管最近已经确定了一组参与此过程的因子，但尚未报道在脊椎动物和无脊椎动物中都能发挥作用的共同因子。在这里，我们首先证明进化保守的因子树突状细胞表达的七个跨膜蛋白结构域 1（DCST1）和树突状细胞表达的七个跨膜蛋白结构域 2（DCST2）对小鼠的精子-卵子融合至关重要，这已通过基因破坏和互补实验得到证实。我们还发现另一个与配子融合相关的精子因子 SPACA6 的蛋白质稳定性受到 DCST1/2 和 IZUMO1 的不同调节。因此，我们认为精子通过整合各种分子途径来确保哺乳动物的正常受精，其中包括经过近十亿年进化而形成的进化保守的系统。
保守的免疫效应子家族在病毒感染后切开细胞ATP
由于经济损失，绩效降低和降低了18种动物福利，牛牛中牛充血性心力衰竭（BCHF）的发病率增加对牛肉工业构成了17个重大挑战。变化对纯种牛的心脏19形态以及纯种牛的异常肺动脉压（PAP）已广泛表征。然而，随着时间的推移，在喂养期后期影响牛的充血21心力衰竭一直是一个越来越多的问题，行业需要22个工具来解决饲养场中的死亡率。在收获时，将23人口的32,763个商业喂养的牛分型用于心脏形态，并在西北25个Pacific Northwest的单个饲养场和包装厂收集的24个生产数据。选择了5,001个个体的子人群进行低通的基因分型26，以估计差异成分以及心脏评分与产量之间的遗传相关性在喂养期间观察到的27个特征。收获时，在这28人群中，心脏评分为4或5的发病率约为4.14％，表明饲养牛的大部分比例增加了29个收获前心脏死亡率的风险增加了29。心脏评分也显着，30与基因组繁殖百分比31分析观察到的安格斯血统的百分比正相关。34心脏评分与生长特征和进食摄入量的遗传相关性是中等和阳性的35（0.289至0.460）。心脏评分的遗传力是二进制（得分1和2 = 0，得分4和5 = 1）32特征在该人群中为0.356，这表明开发了选择工具以减少33个以EPD（预期差异）形式减少33个充血性心力衰竭的风险。心脏评分与回脂能力和大理石花纹评分之间的遗传相关性分别为-36 0.120和-0.108。与高经济重要性的特征的显着遗传相关性37在现有选择指数中可能解释了38次观察到的充血性心力衰竭率的增加。这些结果表明，有可能在收获中观察到的心脏评分为39
保守元素中人类特异性缺失的功能和进化影响
结果：我们通过检查各种脊椎动物基因组的保守区域并与自信注释的人类特异性固定缺失重叠，从而确定了10,032个HCONDEL。我们发现，这些HCONDEL富含源自茎羊膜的保守序列。与转录，表观基因组和表型数据集重叠均暗示神经元和认知功能影响。我们在六种不同的人类细胞类型中使用MPRA表征了这些HCONDEL，包括诱导多能干细胞衍生的神经祖细胞。我们发现800个HCONDEL显示出物种特异性的调节作用。尽管许多HCONDELS扰动转录因子 - 有效增强子中的结合位点，但我们估计30％创建或改善了结合位点，包括激活剂和阻遏物。
一种新颖的保守混乱驱动的动态DNA编码图像加密
最近，已经开发了许多基于混合DNA和混乱的图像加密算法。这些算法中的大多数利用混沌系统在分叉图中表现出耗散动力和周期性的窗口/图案以及参数空间附近共存的吸引子。因此，这种算法产生了几个弱键，从而使它们容易受到各种混乱的攻击。在本文中，我们提出了一种新型的保守性混沌标准MAP驱动的动态DNA编码（编码，加法，减法和解码），以进行图像加密。是第一个杂种DNA和基于保守的混乱图像加密算法，具有有效的有限键空间。所提出的图像加密算法是一种动态的DNA编码算法，即用于对每个像素不同规则进行编码，加法/减法，解码等的加密规则。是根据借助保守性混沌标准图生成的伪界序列随机选择的。我们提出了一种新型的方法，可以通过保守的混沌标准图生成伪随机序列，并在最严格的伪随机测试套件（NIST测试套件）中严格测试它们，然后在建议的图像加密算法中使用它们。我们的图像加密算法结合了独特的进纸和反馈机制，以生成和修改动态的一次性像素，这些像素被进一步用于加密普通图像的每个像素，从而在明文上和ciphertext上引起了所需的敏感性。在该算法中使用的所有控制伪序序列都是为参数的不同值（秘密键的一部分）而产生的，并通过混乱映射的迭代（在生成过程中）具有相互依赖性（因此在生成过程中），因此也具有极高的密钥灵敏度。绩效和安全分析已通过直方图分析，相关分析，信息熵分析，基于DNA序列的分析，感知质量分析，关键灵敏度分析，纯文本灵敏度分析，经典攻击分析等进行了广泛的执行。<结果是有希望的，并证明了该算法对各种常见的隐式分析攻击的鲁棒性。
用超保守的元素数据澄清Eupoinae Maddison的系统发育放置
supfoinae maddison，2015年是一群来自东南亚的小叶叶式跳跃蜘蛛。尽管以前的分子植物遗传研究表明，它是跳跃蜘蛛中的基底（非甲状腺素）谱系之一，但其确切的位置尚不清楚。在这项研究中，从主要的盐族谱系中收集了超保存的Element数据，以研究所有盐酸亚家族的系统发育关系，并特别关注欧盟Poinae的放置。结果为跳跃蜘蛛亚家族提供了良好的系统发育，并提出了Eupoinae与Spartaeinae Wanless的姐妹关系，1984年是跳跃蜘蛛的基础谱系，具有相对较高的物种多样性以及形态学和行为多样性。随着eupoinae的放置，我们解决了所有盐酸亚科的关系船，为跳跃蜘蛛的进化研究提供了强大的框架。
保守的室特异性多倍体在果蝇中保持心脏功能
此预印本版的版权持有人于2023年2月8日发布。 https://doi.org/10.1101/2023.02.07.527284 doi：Biorxiv Preprint