XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System免疫沉淀
布氏锥虫中 RNA–DNA 混合相互作用蛋白的免疫沉淀揭示了保守和新的活性，包括控制抗原变异逃避免疫所需的表面抗原表达
摘要 RNA-DNA 杂交是基因组的表观遗传特征，可提供多种且不断增长的活动范围。通过表征与杂交相互作用的蛋白质，可以了解这些功能，但迄今为止，所有这些分析都集中在哺乳动物身上，这意味着尚不清楚在其他真核生物中是否也发现了类似的 RNA-DNA 杂交相互作用物。非洲锥虫是 Discoba 类群的单细胞真核寄生虫，在核心生物学的几个方面与其哺乳动物宿主存在显著差异。在这里，我们表明 DNA-RNA 杂交免疫沉淀结合质谱法在 T. brucei 哺乳动物和昆虫感染细胞中恢复了 602 个推定的相互作用物，其中一些提供在哺乳动物中也发现的活动，一些提供谱系特异性的活动。我们证明，三种因子（两种假定的解旋酶和一种 RAD51 旁系同源物）的缺失会改变布氏锥虫的核 RNA-DNA 杂交和 DNA 损伤水平。此外，每种因子的缺失都会影响寄生虫抗原变异免疫存活机制的运作。因此，我们的工作揭示了 RNA-DNA 杂交对布氏锥虫生物学的广泛贡献，包括宿主免疫逃避中的新功能以及可能对真核基因组功能至关重要的活动。
定量顺序染色质免疫沉淀，一种分析体内基因组区域蛋白共占蛋白的共占者的方法
顺序染色质免疫沉淀（SEQCHIP）是一种程序，其中甲醛交联，来自活细胞的蛋白质– DNA复合物受到了两个具有不同特异性抗体的顺序免疫侵蚀。seqchip已被定性地解决，是否可以同时在体内同时同时同时同时占领DNA。在这里，我们扩展了早期的工作，并描述了以定量方式执行和解释Seqchip实验的理论和实际考虑因素。我们提供了一个详细的实验程序，用于设计和执行SEQCHIP实验以及这三个可能结果的实验示例：完全共同占领，没有共占领和部分共同占领。在某些部分共同占领的情况下，Seqchip中免疫沉淀的顺序会强烈影响结果。我们在实验上确认了一个定量参数，该参数提供了在给定DNA区域上两种蛋白的同居量的度量，并提供了有关如何解释Seqchip实验结果的信息。我们对Seqchip数据的定量处理大大扩展了该技术在体内阐明分子机械的实用性。