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World File Search System免疫沉淀
通过使用纳米抗体识别的表位标签实现果蝇蛋白质的可视化和操控
摘要 扩大可用于蛋白质可视化和操作的试剂库将有助于了解其功能。与目标蛋白质相连并被现有结合剂（如纳米抗体）识别的短表位标签有助于进行蛋白质研究，因为无需分离针对它们的新抗体。纳米抗体比传统抗体有几个优势，因为它们可以表达并用作体内蛋白质可视化和操作的工具。在这里，我们描述了两个短（<15aa）纳米标签表位 127D01 和 VHH05，以及它们相应的高亲和力纳米抗体。我们展示了它们在果蝇体内蛋白质检测和重新定位、直接和间接免疫荧光、免疫印迹和免疫沉淀中的应用。我们进一步表明，CRISPR 介导的基因靶向提供了一种用纳米标签标记内源性蛋白质的直接方法。纳米标签的单个副本，无论其位置如何，都足以进行检测。这种多功能且经过验证的标签和纳米抗体工具箱将作为广泛应用的资源，包括果蝇及其他物种的功能研究。
ChEC-seq2：一种改进的染色质内源性裂解测序方法和生物信息学分析流程，用于绘制体内蛋白质-DNA 相互作用
摘要 确定转录因子 (TF) 的体内 DNA 结合特异性几乎完全依赖于染色质免疫沉淀 (ChIP)。虽然 ChIP 揭示了 TF 结合模式，但其分辨率较低。采用核酸酶的高分辨率方法，例如 ChIP-exo、染色质内源性裂解 (ChEC-seq) 和 CUT&R UN，可解决 TF 占用和结合位点保护问题。ChEC-seq 中内源性 TF 与微球菌核酸酶融合，既不需要固定也不需要抗体。然而，有人认为 ChEC 期间 DNA 裂解的特异性低于 ChIP 或 ChIP-exo 识别的峰的特异性，这可能反映了转录因子与 DNA 的非特异性结合。我们简化了 ChEC-seq 协议，以最大限度地减少核酸酶消化，同时提高裂解 DNA 的产量。 ChEC-seq2 的切割模式在重复实验和已发表的 ChEC-seq 数据之间具有高度可重复性。结合 DoubleChEC（一种可去除非特异性切割位点的新型生物信息学流程），ChEC-seq2 为三种不同的酵母 TF 确定了高可信度的切割位点，这些位点因其已知结合位点而高度富集，并且与已知靶基因相邻。
蛋白质降解和基因表达博士后研究员
德克萨斯大学西南医学中心细胞生物学系 Kevin Mark 博士的实验室提供博士后培训职位，研究蛋白质质量控制和降解如何在发育过程中调节基因表达。Mark 实验室有几个令人兴奋的项目，涉及了解泛素-蛋白酶体系统靶向转录和翻译机制以影响细胞过程的机制，以及此类途径的破坏如何导致癌症和神经退行性疾病。博士后学者将有机会在令人兴奋、快速发展的生物医学科学领域工作，同时学习核酸和蛋白质生物学的最新方法。我们的实验室使用多种方法进行研究，包括基因组编辑、流式细胞术、共聚焦显微镜和蛋白质组学，以及标准生化技术，如克隆、免疫沉淀、蛋白质印迹和 RNAseq。博士后候选人将可以使用德克萨斯大学西南分校的众多共享设施，这些设施为高通量筛选、下一代测序、活细胞成像、质谱和低温电子显微镜 (cryo-EM) 提供支持。
o凋亡效果
摘要：虽然已知来自Angelicae Dahuricae的同含同胞毒素具有抗病毒，抗糖尿病，抗炎和抗肿瘤作用，但其潜在的抗肿瘤机制到目前为止仍然难以捉摸。因此，在肝细胞癌（HCCS）中探索了同氨基肌蛋白的凋亡机制。在这项研究中，同层抑制了HUH7和HEP3B HCC的生存能力，并增加了SubG1凋亡部分，并且也废除了HUH7和HEP3B细胞中Pro-Poly-ADP核糖聚合酶（Pro-parp）和Pro-Caspase 3的表达。另外，同氨基氨基氨基氨基蛋白废除了细胞周期蛋白D1，Cyclin E1，CDK2，CDK4，CDK6，P21作为HUH7和HEP3B细胞中与G1相阻滞相关的蛋白的表达。有趣的是，Isoimimporatorin通过免疫沉淀（IP）降低了C-Myc和Sirtuin 1（SIRT1）的表达和结合，HUH7细胞中的结合评分为0.884。此外，同层抑制剂抑制了蛋白酶体抑制剂MG132对C-MYC的过表达，并抑制了HUH7细胞中环己酰胺治疗的C-MYC稳定性。总体而言，这些发现支持了新的证据，即C-Myc和SIRT1的关键作用至关重要地参与HCC中的同性氨基氨基肌蛋白诱导的凋亡，这是肝癌治疗中有效的分子靶标。
2022; 18（15）：5787-5808。 doi：10.7150/ijbs.76096研究纸循环RNA HSA_CIRC_0003823促进肿瘤进展，转移和apatinib
背景：循环RNA（CIRCRNA）吸引了对癌症研究的日益兴趣。需要澄清ciRCRNA在进展，转移和耐药性中的调节作用和机制。我们先前的研究表明，阿替尼在ESCC治疗中的关键作用。然而，circrnas和apatinib耐药性之间的相关性尚不清楚。方法：使用ESCC患者的3对肿瘤和副组织进行RNA测序。Western印迹分析，RNA免疫沉淀（RIP），双酸酶酶报告基测定，凋亡和动物测定，以确认HSA_CIRC_0003823的作用和特定机制，以及其对ESCC中apatinib sensitivity的影响。结果：我们的结果表明，HSA_CIRC_0003823在ESCC中高度表达，并且预后不良。进一步的结果表明HSA_CIRC_0003823促进了ESCC的增殖和转移能力。在机理实验部分中，通过靶向microRNA-607（miR-607）来促进ESCC的进展，而HSA_CIRC_0003823通过靶向CRISP3。此外，我们发现沉默HSA_CIRC_0003823提高了apatinib的灵敏度。HSA_CIRC_0003823通过miR-607/CRISP3轴导致apatinib抗性。结论：在这项研究中，我们阐明了HSA_CIRC_0003823的功能及其在促进ESCC通过miR-607/CRISP3轴上促进肿瘤进展，转移和apatinib抗性中的作用。
肿瘤抑制基因（p53）对脑的影响...
摘要。背景：p53通过几种已知机制延迟肿瘤生长，包括抑制细胞增殖和抑制肿瘤血管生成。血管内皮生长因子（VEGF）和血管生成素（ANG-1，ANG-2）是主要的血管生成调节剂。当前的研究研究了p53对这些因素与肿瘤生长和血管形成的影响。材料和方法：通过克隆性测定法检查了用逆转录病毒（MSCV）感染的大鼠神经胶质瘤细胞（RT-2）的生长特征（RT-2）。通过RT-PCR和免疫沉淀验证了转基因在体外的表达。肿瘤形态，血管结构以及VEGF，ANG-1，ANG-2和TIE-2的表达。结果：p53感染的细胞显示出生长和菌落形成的迟缓。体内，转基因的表达导致肿瘤体积的生存率延长和减少（62％），并降低了VEGF（57.8％）和TIE-2（15.4％）的表达（15.4％），但没有ANG-1和ANG-2。肿瘤表现出坏死的增加（38％），出血和异常血管结构。结论：p53通过抑制肿瘤增殖并间接诱导肿瘤血管的肿瘤消退，通过在VEGF减少的环境中促进Ang-2的无反对活性来诱导肿瘤血管的反应。
针对Writer或Erase来发现抗癌药物
尽管过去 50 年来我们在药理学和治疗方面取得了许多重要发现，但癌症仍然是全球面临的重大健康挑战。癌症发病率和死亡率的上升可能与吸烟、环境污染、饮食和遗传因素密切相关。尽管细胞和生物技术疗法等重大发现和发展令人鼓舞，但医学领域仍需要新的突破来开发用于治疗癌症的特定有效药物。在细胞疗法、抗肿瘤疫苗和新型生物技术药物的开发上，已经在临床前研究中显示出良好的效果。随着染色质免疫沉淀测序 (ChIP-seq) 及其衍生技术的不断丰富和发展，表观遗传修饰逐渐成为研究热点。作为表观遗传修饰的关键成分，“写入者”、“读取者”、“擦除者”逐渐被揭开面纱。癌症与表观遗传修饰，尤其是甲基化有关，因此已经开发出不同的表观遗传药物，其中一些药物已进入临床 I 期或 II 期试验，相信在不久的将来这些药物必将对治疗有所帮助。对此，我们将对针对修饰酶和去修饰酶的抗肿瘤药物进行概述，以期为未来的研究做出贡献。
阅读习得和阅读障碍的神经基础
方法：研究DNA羟基甲基化和发育暴露于常见污染物之间的关系，一个协作的NIEHSSPOSSENSED CONSORERTIUM，Target II启动了纵向小鼠研究，研究了发育范围的研究，以实现人为含有人含量的苯甲酸酯化剂DI（2-甲基甲基甲苯基）的（2-甲基甲苯甲苯甲苯甲状腺己）和dehp）（Dehp）（Dehp）（Dehp）（p），per（dehp）。将饮用水中的25毫克DEHP/kg食物（约5 mg DEHP/kg体重）或32 ppm乙酸的暴露量用于无效的成年雌性小鼠。暴露在繁殖前2周开始，并在整个怀孕和哺乳期继续持续，直到后代21天大。在5个月时，收集了围产期暴露的后代血液和皮质组织，共有25只雄性小鼠和17只雌性小鼠（每组织和暴露于5 - 7）。DNA，并使用羟基甲基化DNA免疫沉淀测序（HMEDIP-SEQ）测量羟甲基。使用0.15的FDR临界值进行了暴露组，组织类型和动物性别的差异峰值和途径分析。
CSF神经丝轻链分析和神经疾病的定量
神经丝轻链是神经司长损伤的已建立标志物，在各种神经系统疾病中，CSF和血液中升高。它越来越多地用于临床实践中，以帮助诊断和监测进展，并作为评估整个临床翻译神经科学领域的疾病改良疗法的安全性和功效的结果措施。人类生物流体中神经丝轻链的定量方法依赖于免疫测定，这些免疫测定能力有限地描述CSF中蛋白质的结构的能力，以及在不同的神经退行性疾病中可能会有所不同。在这项研究中，我们使用靶向质谱质谱eTry表征了CSF中CSF中的神经丝轻链物种以及神经炎症性疾病以及健康对照。我们表明，在本研究中开发的定量免疫沉淀 - 量表质谱法强烈地与CSF中的单分子阵列测量值强，跨质谱法跨质谱法和中心可重复。总而言之，我们创建了一种准确且具有成本效益的测定法，用于测量转化神经科学研究和临床实践中的关键生物标志物，可以轻松地将其多重多重并转化为临床实验室，以筛查和监测神经退行性疾病或急性脑受伤。
HDAC抑制剂CI-994在学习后通过促进突触和细胞内通信
长期记忆的形成依赖于突触可塑性，神经元活性依赖性基因转录和表观遗传修饰。多项研究表明，HDAC抑制剂（HDACI）治疗可以增强这些过程的各个方面，从而充当假定的认知增强子。但是，他们的作用方式尚未完全理解。特别是目前尚不清楚没有底物特异性的HDACIS的全身应用如何靶向促进记忆锻炼的途径。在这项研究中，我们探讨了由I级HDACI CI-994诱导的电生理，转录和表格响应，并结合了小鼠的上下文恐惧调节（CFC）。我们表明，CI-994 - 介导的记忆形成的改善伴随着增强的长期增强海马的增强，这是由CFC募集的大脑区域，而不是在Striatum中，而不是主要与恐惧学习有关的大脑区域。此外，使用大量和单细胞RNA测序的组合，我们发现，与CFC配对时，HDACI治疗在齿状Gyrus（dg）中尤其强烈地参与了海上校园中的突触可塑性基因表达。最后，使用DG神经元的染色质免疫沉淀 - 测序（CHIP-SEQ），我们表明需要进行HDACI应用和调节的组合作用，以引起增强剂增强剂hishancer His-Tone乙酰化在不足以改善内存性能的途径中。一起，这些结果表明，全身性HDACI给药放大了大脑区域特定过程，这些过程自然地通过学习诱导。