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使用 Cas9 和 AAV 研究全长 CFTR cDNA 替换引起的不利基因组和调控变化
一种替代全长 CFTR cDNA 的“通用策略”可治疗 99% 以上的囊性纤维化 (pwCF) 患者，无论他们的具体突变如何。基于 Cas9 的基因编辑被用于在气道基底干细胞的 CFTR 基因座处插入 CFTR cDNA 和截短的 CD19 (tCD19) 富集标签。该策略将 CFTR 功能恢复到非 CF 水平。在这里，我们通过评估 CFTR cDNA 插入后的基因组和调控变化来研究这种方法的安全性。首先通过使用 CAST-seq 量化基因重排来评估安全性。在验证编辑和富集的气道细胞中恢复的 CFTR 功能后，使用 ATAC-seq 表征 CFTR 基因座开放染色质谱。使用 scRNA-seq 评估编辑细胞中的再生潜力和差异基因表达。 CAST-seq 发现 0.01% 的等位基因发生易位，主要发生在非致癌脱靶位点，1% 的等位基因发生大量插入缺失。分化气道上皮细胞的开放染色质谱除 CFTR cDNA 和 tCD19 盒对应的区域外，没有出现明显变化，表明基因调控没有可检测到的变化。编辑后的干细胞产生的气道细胞类型与对照相同，基因表达的改变最小。总体而言，通用策略显示出轻微的不良基因组变化。
真核ITS和rRNA扩增子的全长HIFI测序
与简短的读数相比，覆盖范围仅限于ITS1或ITS2区域，HIFI读取的读数涵盖了全真菌其区域的全长。这包含800 bp，如果包括18s和/或28S基因以跨越操纵子，则可以提供约5 kb的扩增子。以及更保守的rRNA基因，这些区域允许在物种水平上降低序列相似性和更高分辨率的分类信息（Tedersoo等，2018； Tedersoo等人，2021年，图2）。除了产生更高的分类价值外，HIFI全长扩增子测序的成本与短阅读的部分扩增子测序相当。在本申请注释中，我们提供了从复杂社区DNA样品中扩增全长真核ITS和rRNA区域的一般指导。
白皮书 - 全长和单细胞同工型测序
对可行的洞察力基因组注释的更完整的基因组注释是使用序列数据描绘基因组的结构元素并确定这些区域的功能影响的过程。此过程非常重要，因为它将原始序列数据转化为生物体的生理功能，并且是将基因组信息的潜力转化为研究人员可行的见解的原因。虽然注释可以完成基因组的包装，但它本身也很有价值，提供了有关在不同条件下产生的同工型的信息。基因组注释对植物和动物研究人员非常有用，这些植物和动物研究人员希望绘制对耐旱性耐受性以及对温度和盐度变化的反应等反应的反应。HIFI测序的高精度和长度读取长度比其他技术具有独特的优势，用于产生高质量和更全面的基因组注释。
呼吸道合胞病毒的基因组表征：全基因组测序和全长 G 和 F 基因序列的新系统
1. 西班牙马哈达翁达卡洛斯三世卫生研究所国家微生物学中心呼吸道病毒参考和研究实验室 2. 西班牙马哈达翁达卡洛斯三世卫生研究所科学和技术中央单位生物信息学部门 3. 西班牙马德里拉巴斯大学医院、拉巴斯医院健康研究所（IdiPAZ 基金会）儿科传染病和热带病科 4. 传染病 CIBER （CIBERINFEC），ISCIII，马德里，西班牙 5. 流行病学和公共卫生 CIBER（CIBERESP），ISCIII，马德里，西班牙 6. 塞韦罗·奥乔亚大学医院儿科，莱加内斯，Puerta de Hierro- Majadahonda 大学医院生物医学科学研究所，马德里，西班牙 7. 圣玛丽亚奈医院，奥伦塞，西班牙 * 这些作者的贡献相同
白皮书 - 人类疾病研究的全长和单细胞同工型测序
转录本同工型是人类发育和疾病的关键动力。在散装和单细胞转录组中的全长同工型测序可以表征复杂的替代剪接，开放式读取框（ORF）的预测以及鉴定细胞类型特异性，等位基因特异性的同工型表达式。简短的读数只能提供基因级信息，并且通常呈现同工型的不完整或错误组装的表示。PACBIO®ISO-SEQ®方法和Kinnex™试剂盒利用高度准确的HIFI测序来捕获全长的转录本，而无需组装。这可以使同工型水平的转录组进行更高的分辨率图，这对于理解人类生物学和疾病中的功能性细胞多样性和动态表达至关重要。
通过 iMiGseq 对单细胞个体全长线粒体 DNA 进行测序，揭示了线粒体 DNA 编辑中意外的异质体转移
1 沙特阿拉伯王国阿卜杜拉国王科技大学 (KAUST) 生物科学项目、生物与环境科学与工程部，Thuwal 23955-6900，2 沙特阿拉伯王国阿卜杜拉国王科技大学 (KAUST) 生物工程项目、生物与环境科学与工程部，Thuwal 23955-6900，3 广州医科大学第三附属医院妇产科，广东省产科重大疾病重点实验室，510150 广州，中国，4 北京基因组学高级创新中心 (ICG)，生物医学前沿创新中心 (BIOPIC)，生命科学学院、化学学院、工程学院，北京大学清华生命科学中心，中国，5 Altos Labs，加利福尼亚州圣地亚哥 92121，美国，6 生殖医学中心，产科北京大学第三医院妇产科，北京 100191，7 深圳湾实验室细胞分析研究所，深圳，8 北京大学第三医院干细胞研究中心，北京 100191
通过CRISPR-CAS9在人类气道干细胞中靶向更换全长CFTR，以用于内源性基因座的PAN-MONT校正
囊性纤维化（CF）是一种由CF跨膜诱导调节剂（CFTR）蛋白的产生和/或功能受损引起的单基因疾病。尽管我们先前已经显示出对最常见的致病突变的校正，但整个CF基因中还有许多其他致病突变。精确插入CFTR cDNA的自体气道干细胞疗法，无论因果突变如何，几乎所有CF的CFTR基因座都可以为几乎所有CF papentent摄取耐用的治疗方法。在这里，我们使用CRISPR-CAS9和两个与CFTR cDNA的两半相关的病毒（AAVS），在上部机构干细胞（UABCS）和人类bronthial Checepselial Chial Chirial Chips（Hymanthial Chialical Clonial Clonial Clonial Clonial Chilial Chialial Clial Cyselial Chillial Cyselial Chirial Chirial Chillial Clyeclial）（Huncseps）（TCD19）和截断的CD19（TCD19），顺序插入完整的CFTR cDNA（TCD19）。从11个不同的CF供体中获得60％至80％的TCD19 + UABC和HBEC，并从11个不同的CF供体中获得60％ - 80％的TCD19 + UABC和HBEC。在空气界面上培养的分化上皮单层显示出恢复的CFTR函数，在非CF对照中占CFTR函数的70％。因此，我们的研究可以为几乎所有CF患者（包括无法使用最近批准的调节剂疗法治疗的患者）开发治疗。
BTK 活性位点抑制剂对全长 BTK 构象状态的不同影响
摘要布鲁顿酪氨酸激酶 (BTK) 是治疗 B 细胞疾病（包括白血病和淋巴瘤）的靶向药物。目前已获批准的 BTK 抑制剂，包括伊布替尼（一种首创的 BTK 共价抑制剂），可直接与激酶活性位点结合。虽然药物结合可有效阻断 BTK 的催化活性，但药物结合对全长 BTK 整体构象的影响尚不清楚。在这里，我们发现了一组活性位点抑制剂在全长 BTK 中引起的一系列构象效应，包括调节域构象平衡的大规模转变。此外，我们发现 BTK SH2 结构域中的远程伊布替尼抗性突变 T316A 通过破坏全长 BTK 的紧凑自抑制构象来驱动虚假的 BTK 活性，使构象集合远离自抑制形式。 BTK 抑制剂的未来开发将需要考虑抑制剂结合的长期变构后果，包括这些 BTK 抑制剂在治疗 COVID-19 中的新兴应用。
表达全长刺突蛋白的改良安卡拉痘苗 SARS-CoV-2 疫苗
摘要 迫切需要开发疫苗来预防 SARS-CoV-2 感染并减轻 COVID-19 大流行。在这里，我们开发了两种基于改良安卡拉痘苗 (MVA) 的疫苗，它们表达在融合前状态稳定的膜锚定全长刺突蛋白 (MVA/S) 或形成三聚体并分泌的刺突的 S1 区 (MVA/S1)。两种免疫原都含有受体结合结构域 (RBD)，这是抗体介导的中和的已知靶标。用 MVA/S 或 MVA/S1 免疫后，两种刺突蛋白重组体均诱导了针对纯化的全长 SARS-CoV-2 刺突蛋白的强 IgG 抗体。MVA/S 对纯化的 RBD、S1 和 S2 诱导了强烈的抗体反应，而 MVA/S1 诱导了对 RBD 区域外的 S1 区域的抗体反应。两种疫苗均在肺部诱发抗体反应，并与支气管相关淋巴组织的诱导有关。接种 MVA/S 而非 MVA/S1 疫苗的小鼠对 SARS-CoV-2 产生了强大的中和抗体反应，这与 RBD 抗体结合滴度密切相关。从机制上讲，S1 与 ACE-2 的结合很强，但在室温下长时间预孵育后会降低，这表明 RBD 会随时间发生变化。这些结果表明 MVA/S 是针对 SARS-CoV-2 感染的潜在候选疫苗。
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并非所有听力损失的患者都是人工耳蜗的候选者。人工耳蜗是一种外科手术，并带有典型的手术风险。有关适应症，警告和不良影响的完整信息，请参阅www.cochlear.com/us/nucleusindications