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World File Search System共培养
lfqratio：一种标准化方法，用于破译微生物共培养系统中的定量蛋白质组变化
摘要：合成微生物群落在生物技术中的价值因其承担比单一培养更复杂的代谢任务的能力而受到关注。但是，通常需要对应变相互作用，生产率和稳定性进行彻底的了解，以优化生长并扩大培养。定量蛋白质组学可以为微生物菌株如何适应生物制造的变化条件提供宝贵的见解。但是，当前的工作流和方法不适用于应变比是动态的简单人工共培养系统。在这里，我们使用包含两个成员Azotobacter Vinelandii和Synechococcus Elongatus的示例系统建立了共培养蛋白质组学的工作流程。研究了影响共培养蛋白质组学定量准确性的因素，包括肽物理化学特征，例如分子量，等电点，疏水性和动态范围，以及与蛋白质鉴定有关的因素，例如蛋白质体大小和种群之间的共享肽。在蛋白质和细胞水平上评估了基于光谱计数和强度的不同定量方法。我们提出了一种名为“ LFQRATIO”的新归一化方法，以反映两种不同细胞类型的相对贡献，这些细胞类型从共培养过程中出现的细胞比率变化出现。lfqratio可以应用于实际共培养蛋白质组学实验，从而为每个菌株中定量蛋白质组变化提供准确的见解。关键字：微生物共培养，定量蛋白质组学，无标签定量，synechococcus，Azotobacter■简介
甘蔗渣水解液绿色生产咖啡酸的共培养体系开发
咖啡酸（CA）是一种广泛用于药物和食品领域的酚酸化合物。然而，CA 的有效合成通常受限于单个微生物平台的资源。本文开发了一个跨界微生物联盟，以大肠杆菌和甘油假丝酵母为底盘，从甘蔗渣水解液中合成 CA。在上游大肠杆菌模块中，通过强化莽草酸合成途径和阻断莽草酸代谢来提高莽草酸的积累，为下游 CA 合成模块提供前体。在下游甘油假丝酵母模块中，通过增加胞质辅因子 FAD(H 2 ) 的供应来提高对香豆酸向 CA 的转化。此外，ABC 转运蛋白相关基因的过表达促进了 CA 的外排并增强了菌株对 CA 的抗性，使 CA 滴度从 103.8 mg/L 显著提高到 346.5 mg/L。随后，通过优化该跨界微生物联合体中菌株SA-Ec4和CA-Cg27的接种比例，CA产量提高至871.9 mg/L，较单培养菌株CA-Cg27提高了151.6%。最终，在5 L生物反应器中，以混合糖和甘蔗渣水解液为原料，通过优化共培养体系，获得CA产量分别为2311.6和1943.2 mg/L，较出发菌株提高了17.2倍和14.6倍。本研究开发的跨界微生物联合体为利用廉价原料生产其他芳香化合物提供了参考。
土壤微生物生物量和细菌多样性通过稻 - 鱼共培养中的休耕覆盖
摘要：传统的大米生产通常取决于在单一种植系统中使用密集投入的不可持续的实践。替代品休耕地覆盖种植和米鱼共培养（RFC）提供有希望的解决方案。然而，RFC中休耕覆盖作物的潜力仍未得到充实，并且对土壤微生物的影响很少。在这项研究中，对土壤 - 植物 - 微生物相互作用进行了评估：中国牛奶效率（阿斯特拉加罗斯·西尼科斯·L。）单裁剪（cm），菜籽（CM），菜籽（Brassica napus L.）单裁剪（RP），以及中国奶奶酪和菜籽的组合和中国牛奶的组合（CM cm__rp）。在添加氮（N）的情况下对这些系统进行了评估，其中包括RFC和水稻单一培养（RMC）系统。发现表明用CM的土壤微生物生物量氮（MBN）显着增加。土壤微生物生物量碳（MBC）受N-肥料的影响比农作物物种更大，随着n添加而减少。在RFC系统中，土壤细菌共发生网络表现出更多的连接，但负面的联系增加了。cm_rp显示与无n的CM相似性，但随着n的添加而移到RP。n在间隔中的添加显着增加了锡霉菌曲霉的根比（r/s），与地上生物量减少和总根长有关。与RMC相比，RFC和N添加的RFC降低了CM中厌氧酸酯的相对丰度，同时增加了覆盖裁剪系统的芽孢杆菌和pontibacter。总体而言，随着N的添加，RFC和RMC均显示出土壤细菌多样性指数降低。土壤细菌多样性的变化与土壤MBC，MBN和植物R/S显着相关。连续的休耕地覆盖农作物改变的土壤微生物生物量和影响覆盖作物生物量分布，影响稻田中的细菌成分。这些结果阐明了细菌群落如何对RFC和RMC系统中的n个添加和休闲覆盖种植的反应，从而为稻谷系统中的可持续营养管理提供了见解。
洞悉用于新型分子发现的光合微生物的共培养和增强的专业代谢产物
摘要：该研究的目的是研究碳水化合物代谢疾病和胰岛素抵抗指数对冠状动脉搭桥术（CABG）的直接结果的影响。方法。Patients with coronary artery disease who underwent CABG ( n = 383) were examined to determine glycemic status, free fatty acid and fasting insulin levels, and insulin resistance indices (Homeostasis Model Assessment of Insulin Resistance (HOMA-IR), McAuley index, Quantitative Insulin Sensitivity Check Index (QUICKI), Revised-QUICKI).患者的围手术期并发症的发育及其在医院的住院时间。组成了两组：第1组，终点合并的患者（CEP，任何并发症和/或住院时间> 10天），n = 291；第2组（n = 92）没有CEP。围手术期特征是分类的，并评估了医院并发症和长时间住院时间的预测因子。结果。CEP组的患者年龄较大，其中女性中有更多的女性（p = 0.003）。在这一组中，有更多的糖尿病患者（37.5％vs 17.4％，p <0.001），肥胖症（p <0.001）和较高的合并手术百分比（p = 0.007）。在具有CEP的组中，葡萄糖的水平（P = 0.031），糖化血红蛋白（P = 0.009）和游离脂肪酸（P = 0.007）和经过修订的Quicki（p = 0.020）的水平高于没有复杂性的组的组。复合终点的预测因子包括女性，年龄，左心房大小和游离脂肪酸水平（p <0.001）。在重新分析中，并发症的独立预测因素是合并操作（p = 0.016），长期住院时间（> 14天）的预测因素是女性，左心房大小和糖尿病（p <0.001）。结论：在CABG之后患有院内并发症的组中，糖尿病的存在不仅频繁地检测到糖尿病，而且更高水平的游离脂肪酸和更高的修订后的Quicki。因此，建议在CABG之前患者对胰岛素抵抗和游离脂肪酸水平的其他评估。
双歧杆菌的2-五链霉素代谢促进共培养的乳酸菌生长
摘要：母乳喂养被认为是婴儿营养中的黄金标准，这不仅是因为母乳的内在营养益处，而且还因为不同生物活性组合（例如2-氟二氟霉素（2'FL））在母亲的牛奶中的含量高。它促进了其两个主要消费者Bi Fibacterium longum SSP的增长。iftantis和双杆菌双胞胎，但对婴儿微生物群的其他肠道微生物的影响仍未完全理解。pH无控制的粪便培养物，鉴定为“快速2'FL-degrader”微生物型表型，用于分离2'FL相关的微生物。使用特异性选择剂的使用允许B.b。IPLA20048和Gasseri IPLA2L20136成功隔离。2'FL消耗及其部分的特征表明，当两种微生物一起生长时，在2'FL消耗后的生长，pH下降和乳酸产生更为明显。结果表明，BIFUM IPLA20048和L. gasseri IPLA2L20136之间的关联，其中L. gasseri能够通过B. bifium B. bifium水解2'FL后从乳糖部分中使用半乳糖。在与乳酸杆菌共同培养中，对两组两组双杆菌（n = 38）的额外筛选（n = 38），快速降低了2'FL的降级器，基于从双杆菌2'FL BREAKEND中释放的降解产物的潜在交叉喂养机制。我们的工作表明，这种现象在婴儿肠道中可能广泛存在于乳酸杆菌和双杆菌中。需要进行更多的研究，以破译如何降解2'FL和其他人乳寡糖的能力如何影响新生儿中的微生物群建立以及成人生活中微生物群的演变。
观点：通过结肠类器官-背根神经节神经元共培养研究上皮神经元信号对内脏痛的贡献
腹痛是肠易激综合征和炎症性肠病 (IBD) 的常见症状，影响全球约 20% 的人口 (Grundy 等人，2019 年)。目前的疼痛疗法对肠道内脏疼痛效果不佳，且存在多种副作用，因此需要确定药物开发的新分子和细胞靶点。内脏腹痛的病理生理学通常起源于结直肠区域，涉及多个参与者，包括肠道微生物群、肠道上皮、免疫系统和神经系统，通过肠脑轴在不同层面发挥作用 (Lucarini 等人，2020 年、2022 年；Najjar 等人，2020 年)。从肠道到中枢神经系统的伤害性刺激主要由脊髓传入神经编码，其细胞体位于胸腰椎和腰骶背根神经节 (DRG；Grundy 等人，2019)。内脏疼痛是由肠道内产生的刺激的神经传导和传递改变引起的。目前的证据表明，内脏过敏是一种复杂的现象，由多种机制组成，免疫细胞通过释放不同的介质在结肠传入神经的过敏中发挥作用 (Grundy 等人，2019)。然而，也有报道称疼痛没有任何炎症状态，这表明除了炎症/免疫信号之外，还有其他因素在驱动疼痛的传递/持续。
旱稻接种与共培养的初步发展
陆稻接种或混合接种多功能根际细菌可促进植株生长，特别是根系生长。因此，本研究旨在评价接种或混合接种固氮螺菌和芽孢杆菌对陆稻早期发育的影响。试验采用完全随机设计，设4个处理，10次重复，共40个地块。处理为：1）Ab-V5（巴西固氮螺菌），2）BRM 63573（芽孢杆菌），3）Ab-V5 + BRM 63573 混合接种，4）对照（不含根际细菌）。接种或混合接种多功能根际细菌Ab-V5和BRM 63573对陆稻初期发育有积极作用。接种分离物 BRM 63573 对根长、茎部和总生物量有显著影响，而接种分离物 Ab-V5 对根长和根系及总生物量的产生有显著影响。共接种处理对直径、体积、总表面积、根系生物量和总生物量等变量有显著影响。对照处理（无多功能根际细菌）
巨噬细胞和胰腺癌的工程3D共培养模型探索肿瘤微环境中的细胞相互作用
5.4.2 Investigating the role of macrophage-mediated rewiring of lipid metabolism on cancer-associated fibroblasts .............................................................................................................................................. 181
使用共培养策略探索来自海洋微生物的多种生物活性二级代谢产物
摘要：越来越多的二级代谢产物的隔离和鉴定具有独特的骨骼，并具有来自海洋微生物的多种生物活性，从而赢得了许多天然产物化学家的利益。越来越强调如何培养微生物以增强代谢物的化学多样性并避免重新发现已知的化学物质。鉴于次生代谢产物作为微生物之间的交流方式的重要性，已经引入了微生物共培养。通过模仿自然栖息地中微生物群落的生长模式，预计共培养策略可以刺激在传统的实验室培养条件下保持休眠状态的生物合成基因簇，从而诱导新的二级代谢产物的产生。与以前的评论不同，主要关注发酵条件或来自海洋衍生的共同生产菌株的代谢物多样性，涵盖了从20122年到2022年的海洋来源的共培养微生物，并转向特定的讨论，突出了针对海洋衍生的微生物的选择，尤其是在选择的途径，尤其是在海上衍生的疾病。为了方便而快速检测新型代谢物，因为这些代谢物在共培养中很重要。最后，还讨论了分子的结构和生物活性多样性。对作者的观点的行为讨论了共同文化的挑战和前景。
社论：微生物共培养：合成生物学和代谢工程的新时代
本期特刊探讨了微生物工程联盟的领域及其在农业，工业和环境恢复中的潜在应用。微生物财团是各种微生物群体的社区，这些微生物合作以实现集体目标。通过利用共生的相互作用和协同行为，科学家的目标是解锁超出单个生物可以完成的各种应用。在农业领域，微生物财团具有巨大的希望。他们可以提高养分可用性，抑制疾病，改善土壤健康，促进植物生长，管理非生物压力，提高作物生产率并支持可持续的农业方法。然而，需要进一步的研究来优化多种农作物的生产力，环境可持续性和成本效益问题的财团组成，稳定性和功能。微生物财团还显示出生态恢复和振兴的巨大潜力。它们可用于对受污染地点的生物修复，恢复土壤健康，废水处理，生态恢复，缓解气候变化和环境健康评估。但是，与农业应用类似，需要进一步的研究以优化其在特定情况下的应用。本期特刊的特色是尖端的研究文章和评论，这些文章深入研究了微生物工程联盟的各个方面。此外，该问题还使用细菌生物传感器来探索环境污染检测，并为乙烯和异戊二烯的可持续生产创建合成联盟。这些文章涵盖了诸如工业酶的生产，压力条件下的植物生长促进等主题，将CO 2用作化学制造的原料，了解社区动态和表型，功能驱动的共培养，用于烟草质量改善，干燥的耐药性细菌，以进行作物复杂性，植物性的植物性，繁殖，繁殖，繁殖，繁殖，繁殖，繁殖，繁殖，综合植物性，繁殖，概述，繁殖综合效果，繁殖，繁殖，繁殖，繁殖，繁殖，繁殖，繁殖的植物性繁殖型，综合综合症。纳米农药。总的来说，本期特刊提供了有关微生物工程联盟令人兴奋且快速发展的领域的见解，并强调了农业领域的潜在应用，挑战和前景。