适应性免疫是一种复杂的免疫反应形式,能够保留大量靶抗原(表位)作为非自身抗原的分子记忆。当它再次遇到具有已知表位的免疫球蛋白或 T 细胞受体抗原结合位点时,它能够重新激活自身,而这些表位之前曾激活过宿主免疫系统。长期以来,人们一直认为适应性免疫是一种高度进化的非自身识别形式,在物种形成过程中出现得相当晚,是对一种更普遍的反应(称为先天免疫)的补充。先天免疫提供了一种相对非特异性的防御(尽管由能够特异性识别病毒或细菌化合物的传感器介导),并且不保留对危险的记忆。但是,这种最近获得适应性免疫的概念受到了挑战,因为原核生物中已经存在另一种形式的特定识别机制,这种机制可能能够特异性地自动防御外部危险。这种识别机制可以被认为是一种原始形式的特定(适应性)非自身识别。它基于这样一个事实:许多古细菌和细菌使用一种基因组编辑系统,该系统赋予原核生物适当的病毒 DNA 序列的能力,使它们能够通过一种与适应性免疫非常相似的机制来防止宿主受到损害。这被模糊地称为“外来 DNA 的内源化”或“病毒 DNA 捕食”,或者更形象地说是“DNA 同类相食”。多年来,证据不断积累,突显了外来 DNA 的内源化在与适应性免疫相关的基本过程中的关键作用,并导致了适应性免疫在物种形成后期出现的教条的改变。
肝癌是最致命的胃肠道恶性肿瘤之一。新兴证据强调了长期非编码RNA(LNCRNA)在肿瘤发生中的关键作用,ST8SIA6-AS1鉴定为一种新型的致癌性LNCRNA,这有助于肝癌进展。ST8SIA6-AS1在肝癌组织中始终上调,并且与不利的预后密切相关。此外,它在检测HCC时表现出很高的诊断效率。ST8SIA6-AS1参与了各种细胞过程,包括增殖,迁移和入侵,主要是通过其作为竞争性内源RNA(CERNA)的功能,从而促进了肝癌发生和疾病的进步。这篇综述提供了对肝细胞癌(HCC)中ST8SIA6-AS1的分子功能和调节机制的详细检查,并强调了其作为肝癌的有希望的生物标志物的潜力,旨在推动HCC管理创新治疗策略的发展。
基因调控是多细胞生物的重要过程,但识别功能性调控序列和机制可能具有挑战性。在秀丽隐杆线虫中,正向遗传学可以识别破坏生理过程的内源性突变(“等位基因”),从而以无偏见的方式定义功能序列(Brenner 1974;Trent、Wood 和 Horvitz 1988;Desai 等人 1988;Barton、Schedl 和 Kimble 1987)。基于 CRISPR 的基因组编辑可用于测试内源序列的功能和生理作用(Dickinson 和 Goldstein 2016;Vicencio 和 Cerón 2021)。报告基因检测中对非编码 DNA 进行系统性测试(例如“报告基因抨击”)可以识别功能序列,但不能直接检查生理功能(Aamodt、Chung 和 McGhee 1991;Didiano 和 Hobert 2006;Boulin、Etchberger 和 Hobert 2006;Nance 和 Frøkjær-Jensen 2019)。
†与Gokcen Eraslan(Eraslan.gokcen@gene.com)的对应关系摘要调节元素的设计在基因和细胞疗法中是关键的,其中DNA序列经过设计以驱动升高和细胞型特异性表达。然而,没有可靠的指标和易于使用的软件的合成DNA序列的系统评估仍然具有挑战性。在这里,我们介绍了基于多样性,基序和K-MER组成,与内源序列的相似性以及具有预测性和基础模型的筛选的特征,该框架是一种评估合成DNA元素的Python框架。测谎仪是评估合成调节序列的第一种工具,在治疗干预措施方面可以更快地进展并提高我们对基因调节机制的理解。关键字:序列设计,合成生物学,机器学习,序列建模,调节基因组学
蛋白质的水平和亚细胞定位调节着许多细胞过程的关键方面,并可成为治疗干预的目标。然而,目前还没有高通量方法来发现通过在区室之间穿梭、结合更大的复合物或定位到不同的无膜细胞器而改变定位的蛋白质。在这里,我们描述了一种可扩展的策略来表征不同扰动对蛋白质定位和水平的影响。我们使用基于 CRISPR-Cas9 的内含子标记来生成从内源启动子表达数百种 GFP 融合蛋白的细胞池,并通过延时显微镜监测定位变化,然后使用原位测序进行克隆识别。我们表明,这种策略可以表征细胞对药物治疗的反应,从而识别非经典效应,如蛋白质 - 蛋白质相互作用的调节、凝聚物形成和化学降解。
丝状真菌是高产的细胞工厂,其中许多是酶、有机酸和次级代谢物的工业生产者。越来越多的真菌基因组测序揭示了转录沉默的次级代谢物生物合成基因簇 (BGC) 形式的巨大且未开发的生物合成潜力。人们已经采取了各种策略来探索和挖掘这种尚未开发的生物活性分子来源,随着合成生物学的出现,已经为丝状真菌开发了新的应用和工具。在这里,我们总结了旨在表达内源或外源天然产物 BGC 的方法,包括合成转录因子、人工转录单元的组装、基因簇重构、真菌穿梭载体和平台菌株。
供应链干扰可能会导致生产成本大幅上升。为了减轻这些风险,企业可能会采取措施减少其对波动供应商的依赖。我们构建了内源网络形成的模型,以研究这些决策如何影响生产网络的结构以及宏观经济骨料的水平和波动性。当模型的不确定性增加时,生产商更喜欢从更稳定的供应商那里购买,即使他们可能以较高的价格出售。由此产生的网络重组倾向于降低宏观经济的波动率,但造成总产出的成本下降。该模型还预测,在均衡网络中,更易加力和稳定的公司具有更高的Domar权重,这是其作为供应商的重要性的衡量标准。我们使用美国数据对模型进行了基本校准,以评估这些机制的重要性。
抽象外泌体是细胞来源的纳米大小的磷脂车,可将大量生物活性分子运送到特定受体组织。这种外泌体介导的细胞对细胞通信的影响,包括,包括重塑细胞外基质的结构,使癌细胞具有耐药性的特征,甚至调节免疫反应。由于其免疫潜能和内源性功能,外泌体也可以在各种创新的免疫学方法中被剥削,以激活适应性和先天免疫效应细胞以实现有效的抗癌药物免疫保护剂。评论重点介绍了最新技术和方案的最新进展,用于使用外泌体作为癌症免疫疗法的有效且有希望的应用。
当电感耦合等离子体质谱法(ICP- MS)以单个颗粒模式进行以分析生物颗粒,例如细胞,细菌,微藻或酵母等生物颗粒时,可以获得单个生物颗粒的元素信息,这是众所周知的为单个细胞(SC)ICP-MS。 6个SC-ICP-MS可用于量化单个生物颗粒中的两个内源元素,以及分离元素和纳米颗粒的吸收和生物蓄积。SC-ICP-MS能够提供有关每个细胞元素质量的信息,细胞群中的质量分布以及包含特定元素的细胞的浓度。5,6从概念上讲,ICP-MS的单个粒子和单细胞分析基于相同的基本面,因此与SP-ICP-MS相关的大多数概念和程序可以直接应用于SC-
在几项先前报道的临床研究中,同种疗法尚未成功治疗椎板炎。尽管缺乏基于证据的科学研究,但有间接的证据表明针灸会改善马的la脚和疼痛[7-13]。传统中药包括针灸,广泛用于促进人类和动物的治疗。使用当代研究仪器(例如复杂的成像技术)表明,针灸会引发一系列与内源性阿片类药物样物质释放有关的反应,例如邻苯二芬蛋白,内啡肽和内源,并且可能存在于血浆和脑脑植物中。但是,其确切的作用机理仍然未知。也已经证明,边缘系统对于针灸引起的镇痛至关重要[14]。