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World File Search System内源
开发用于分析脑脊液中内源性tau片段的IP-maldi方法
质量（obs。）强度（obs。）开始末端长度同工序列[m+h]+（theo。）质量类型ION_NAME错误（PPM）错误（AMU）77G7-1 77G7-2 77G7-3 77G7-4 77G7 77G7 2950.524278 4215144.5 287 311 25 25 2 25 2N4R [phospho]？[phospho]？[Phospho]?VQSKCGSKDNIKHVPGGGSVQIVYK 2949.931449 average 287-311_Phospho4_2N4R_a 200.9634884 0.592828515 0 1 0 0 1 2950.524278 4215144.5 256 281 26 2N4R [Phospho]?[Phospho]?VKSKIGSTENLKHQPGGGKVQIINKK 2950.209511 average 256-281_Phospho2_2N4R_a 106.6931135 0.314767038 1 0 0 0 1 2950.524278 4215144.5 350 374 25 2N4R [磷]？[phospho]？[phospho]？[Phospho]?VQSKIGSLDNITHVPGGGNKKIETH 2950.853499 average 350-374_Phospho4_2N4R_a -111.5679467 -0.329220666 0 0 0 1 1 2950.524278 4215144.5 359 383 25 2N4R [Phospho]?[phospho]？nithvpgggnkkiethkltfrenak 2951.112984平均359-383_phospho2_2n4r_a -199.4862197 -0.588706373 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 2950.524278 4215144444.5 33444444444444444444年4月444.5日[phospho]？vtskcgslgnihhkpgggqvevkseksekl 2951.130967平均318-344_phospho2_2n4r_a -205.5785917 -0.606666689348 0 0 0 0 1 0 1 0 1 2950.5224215151444.5294444444444444. [磷]？[Phospho]?SKIGSTENLKHQPGGGKVQIINKKLD 2951.151178 average 258-283_Phospho2_2N4R_a -212.4255588 -0.626899938 1 0 0 0 1 2950.524278 4215144.5 277 304 28 2N4R iinkkldlsnvqskcgskdnikhvpggg 2951.385553平均277-304__2N4R_A -291.8204416 -0.861274635 0 1 0 1 0 0 0 0 1 0 1 0 1 2950.524278 4215151515144.5 264 3.2N33R ENERKHQPGGGKVQUVYKPVDLSKVTSK 2951.404132平均264-321__2N3R_A -298.113849 -0.879854446 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2950.52424278 421515144.5 344.5 3444.5 3444.5 3472 26 2n2n44.2[Phospho]?KDRVQSKIGSLDNITHVPGGGNKKIE 2952.096111 average 347-372_Phospho2_2N4R_a -532.4462535 -1.571832514 0 0 0 1 1 2950.524278 4215144.5 350 376 27 2N4R [Phospho]？
通过AAV6介导的供体递送在人诱导的多能干细胞中增强的内源基因标记
在人类诱导的多能干细胞（HIPSC）中，系统地对内源性蛋白进行了带有荧光标记的内源性蛋白，可以观察到不同细胞态中的活细胞动力学。然而，通过CRISPR/CAS9诱导的编辑将氟化蛋白的精确插入到活细胞中依赖于同源指导的修复（HDR）。非同源末端连接（NHEJ）DNA修复途径通常胜过HDR，导致不可逆的内部和缺失（Indels）和低敲门效率。识别成功的HDR介导的标记事件是当目标基因在干细胞中未表达并且成功的标记可能不会立即观察到的靶基因是一个额外的挑战。为了解决这些挑战，我们使用了：1）在优化的感染多重性（MOI）下，与腺相关的病毒血清型6（AAV6）介导的DNA供体以最大的效率提供标签有效载荷； 2）滴定的多重CAS9：GRNA核糖核蛋白（RNP）量确保条件之间的HDR/indel频率平衡； 3）长放大液滴数字PCR（DDPCR），以测量编辑池中HDR产生的等位基因的频率； 4）同时推断CRISPR编辑（ICE）以检测并避免与Indels明显饱和（> 50％）。这些方法使我们能够确定有效，准确的编辑条件并恢复带有标记的单元，包括在干细胞中未表达的位点标记的单元。这些步骤共同使我们能够开发出有效的方法和工作流程，直接从具有最佳HDR和最小化indel频率的理想细胞池的克隆分离。使用这种方法，我们同时实现了荧光标记物和双重插入到四个基因中的基因，这些基因在差异过程中被打开，但最初在HIPSC中未表达，在HIPSC中，基于荧光基于荧光的标记细胞的直接选择是不可能的：TBR2，TBR2，TBXT，CDH2，CDH2，CDH2，CDH2，CDH2，CDH2（PROFEFFEREDIATION和MEGREDIATION和MEGREGRIATION和MEGRGIAL egratiation and Moggratial Genes and Cdhees and Cdhh5）and Cdhh5（cdh5）和CDH5（cdh）5（cdh）5（cdh）5（cdh5）。通过对各种GRNA序列和RNP浓度的系统评估，我们确定了达到高HDR频率的每个基因的条件，以38.6％的峰值达到峰值，同时还避免了与Inderels相关的条件，在这种情况下，很难在带有统一的等位基因中具有标记等位基因的克隆的隔离。过度，该方法提高了在hipscs中未表达的基因的荧光敲击的效率，对细胞过程的基于可靠的基于图像的观察，并可以恢复精确编辑的单声道和双重标记的克隆。我们将这些方法标准化，以产生有效且一般的工作流程，以将大型HDR介导的敲入引入HIPSC中。
人类肠道微生物群及其产生内源性大麻素样介体直接受到
抽象的饮食omega -3多不饱和脂肪酸（n -3 pufas）和肠道微生物组相互影响。我们研究了用富含硬脂烟酸（SDA）的Buglossoides Arvensis Oil补充对人肠道微生物组的影响。采用人类肠道微生物生态系统（M-Shime）的粘膜模拟器，我们模拟了四个供体的回肠和上升结肠微生物组。我们的结果揭示了受BO影响的两个不同的微生物群簇，表现出共享和对比的变化。值得注意的是，两个簇中的杆菌和梭菌丰度都发生了类似的变化，并伴随着结肠中的丙酸盐产生。然而，在回肠中，簇2在BO诱导的丙酸水平方面显示出较高的代谢活性。因此，特别在该群集中鉴定出了通过琥珀酸途径，即细菌，副细菌和phascolarctocterium涉及丙酸酯途径的细菌三合会，即在该群集中发现了第二代探针的激增，例如Akkkermansia，例如Akkmermansia，在结肠中。最后，我们首次描述了肠道细菌产生N-酰基 - 乙醇胺，尤其是SDA衍生的N-稳态 - 稳态 - 乙醇胺的能力，在补充BO之后，这也刺激了另一种生物活性内球蛋白类似分子的产生，在两种情况下都涉及多个个体。Spearman的相关性使能够鉴定出可能参与内源性大麻素样分子产生的细菌属，例如与先前的报道一致，即ConmendAmide中的菌苯胺。这项研究表明，某些饮食油的人类微生物组的潜在健康益处可能适合分层的营养策略，并延伸到N -3 PUFAS之外，以包括微生物群衍生的内源性内源性内源性介质。
项目9.3治疗和内源性mRNA代谢
mRNA分子的稳定性受聚（A）尾巴长度的影响，这反过来又对治疗疗法的工作效果有影响。我们团队收集的数据表明，在不同单元格中Poly（A）尾巴处理的方式比以前想象的要大得多。新资助的欧洲研究委员会Viverna项目将使用实验和计算方法来增强用于确定mRNA特性的直接RNA测序方法的准确性。借助转基因小鼠模型，原代细胞培养和合成生物学方法，该项目将促进下一代mRNA疗法的设计。
利用内源性小 RNA 改进主要编辑...
通过逆转录附加在 CRISPR–Cas 向导 RNA 3′ 端的模板序列，可以实现对基因组的精确修改 1 。为了确定细胞中引导编辑的因素，我们开发了可扩展的引导编辑报告基因并进行了基因组规模的 CRISPR 干扰筛选。从这些筛选中，我们发现一个单一因子成为引导编辑的最强介质：小 RNA 结合核酸外切酶保护因子 La。进一步研究表明，La 可在各种方法（PE2、PE3、PE4 和 PE5）、编辑类型（替换、插入和删除）、内源性基因座和细胞类型中促进引导编辑，但对依赖标准、未延伸向导 RNA 的基因组编辑方法没有一致的效果。先前的研究表明，La 与 RNA 聚合酶 III 转录本 2 的 3′ 端的多尿苷束结合。我们发现 La 在功能上与多尿苷化的引导 RNA（pegRNA）的 3′ 端相互作用。在这些结果的指导下，我们开发了一种与 La 的 RNA 结合 N 端结构域融合的 Prime Editor 蛋白 (PE7)。该编辑器通过表达的 pegRNA 和工程化的 pegRNA (epegRNA) 以及针对 La 结合优化的合成 pegRNA 改进了 Prime Editor。总之，我们的结果提供了关于 Prime Editor 组件如何与细胞环境相互作用的关键见解，并提出了在其中稳定外源小 RNA 的一般策略。
调节血管发育和二次生长的内源性和环境信号
弹性植物的生长取决于分生组织的功能，包括芽顶分生组织（SAM），根尖分生组织（RAM）和侧向分生组织。血管形成是侧向分生组织，负责径向轴处的二次生长和茎膨胀。血管形成库的干细胞增殖，而后代分化为木质部和韧皮部细胞。每个径向细胞文件都有一个双种族干细胞，该干细胞同时产生木质部和韧皮部细胞谱系（Shi等，2019； Smetana等，2019）。确实成菌的干细胞和未分化的木质部和韧皮部祖细胞形成一个形糖化区域，通常用作形糖化活性的指标（图1A）。顶端分生组织和血管分生组织在空间上分离。这些分生组织之间的协调生长是通过移动信号（例如激素，肽和机械提示）介导的（Fischer等，2019）。环境因素在调整二次增长方面也起着重要作用。二级增长是一种进化创新，可为更大，更复杂的植物体提供足够的机械支持和有效的长距离流体传输（Tonn and Greb，2017）。此外，二级生长还会产生大量的木质生物量，顽固形式的碳形式，可以通过将大气碳固定在存储中，从而有可能减轻全球变暖。主要的血管发育是在胚胎发生期间早期建立的（Miyashima等，2013）。前尾首字母开始在全球阶段分裂，形成类似于胚胎后根血管的径向模式（Rodriguez-Villalon等，2014）。在最近的几篇优秀评论论文中讨论了调节原发血管发育的信号传导途径（Fischer和Teichmann，2017年； Tonn和Greb，2017; Wang，2020; Turley and Etchells，2022; Wang等，2023）。本文主要关注调节植物血管确实活性和继发生长的进步。
内源性和外源性毁灭 - A
经典的自我分析检测到驱散的数量和地点，但是，它未能表明系统的其他元素对被视为元素内部灭绝的效率低下的贡献[1]。毁灭性exergy呈现出元素的真实效率低下，因此，自行量分析可以表明增强系统热力学性能的广泛性[2]。exergy分析通过确定每个系统元素内的不可逆性来查明缺陷的原因，但是，由于该元素的一部分弹性破坏（不可逆）的一部分是由于系统其他元素的效率不足引起的，因此必须在评估元素的热力学性能时要注意。通过将移动破坏分为内源性和外源性移动破坏来考虑一种理性的方法。
粘膜肿瘤疫苗接种可供内源性肿瘤抗原预防肺癌转移
抽象背景通常，早期乳腺癌的预后很好。但是，如果它系统地扩散，尤其是在肺部受累时，前景会急剧恶化。重要的是，肿瘤浸润的T细胞有助于控制肿瘤，尤其是具有组织居民记忆表型的肿瘤内T细胞与改善的临床结果有关。方法，我们使用编码内源性肿瘤相关的腺病毒载体疫苗与白介素-1β辅助的内源性肿瘤相关的抗原诱导肺中的肿瘤特异性组织记忆T细胞（TRM），以预防和治疗鼠类4T1乳腺癌肺转移酶的预防和治疗肺转移酶。结果，疫苗的粘膜输送在建立肺部肿瘤特异性TRM方面非常有效。同时，一次粘膜疫苗接种减少了肺转移的生长，并在预防治疗中提高了生存率。疫苗诱导的TRM有助于这些保护作用。在治疗环境中，疫苗接种将明显的T细胞浸润到转移中，但仅导致疾病进展的限制很小。然而，与立体定向放射疗法结合使用，疫苗增加了承重肿瘤小鼠的存活时间和速率。总结总结，我们的研究表明，粘膜疫苗接种是利用抗肿瘤TRM及其潜在结合与最先进的治疗方法的有前途的策略。
内源性表位标记的 GPR4 在小鼠脑中的表达
GPR4 是一种质子感应 G 蛋白偶联受体，与许多外周和中枢生理过程有关。之前仅通过检测同源转录本或间接使用荧光报告基因来评估 GPR4 表达。在这项研究中，使用 CRISPR/Cas9 敲入技术在 Gpr4 的内源性基因座内编码血凝素 (HA) 表位标签，并使用特定的、特征明确的 HA 抗体可视化小鼠中枢神经系统中的 GPR4-HA；通过互补的 Gpr4 mRNA 检测进一步验证了 GPR4 表达。在有限的一组大脑区域中发现了 HA 免疫反应性，包括后梯形核 (RTN)、血清素能缝核、内侧缰核、外侧隔核和几个丘脑核。 GPR4 表达并不局限于特定神经化学特性的细胞，因为它在兴奋性、抑制性和胺能神经元细胞组中均有发现。尽管内皮细胞中 Gpr4 mRNA 表达清晰，但在脑血管内皮中未检测到 HA 免疫反应性。在 RTN 中，在胞体和血管沿线的近端树突以及脑干腹侧表面检测到 GPR4 表达；在 RTN 投射到两个已知目标区域时未检测到 HA 免疫反应性。GPR4 蛋白在小鼠脑神经元中的这种定位证实了其功能先前涉及的假定表达位点（例如，RTN 调节 CO 2 的呼吸），并为 GPR4 可能在哪些地方参与其他 CO 2 / H + 调节的脑功能提供了指导。最后，GPR4-HA 动物为进一步研究 GPR4 在脑外其他生理过程中的作用提供了有用的试剂。
非病毒内含子敲击素实现内源基因的简化和柔性靶向
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2024年3月6日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.03.05.582227 doi：Biorxiv Preprint