透明质酸(HA)是一种天然存在的非硫磺糖胺聚糖(GAG),与细胞表面相关的生物聚合物,是组织细胞外基质(ECM)的关键组成部分。以及出色的物理化学特性,HA还具有多方面的生物学作用,其中包括但不限于ECM组织,免疫调节和各种细胞过程。环境提示,例如组织损伤,感染或癌症改变HA的下游信号传导功能。与天然HA不同,HA的碎片对炎症,癌症,纤维化,血管生成和自身免疫反应具有多样化的影响。在这篇综述中,我们旨在将HA作为一种治疗性递送系统开发过程,来源,生物物理化学特性以及天然和碎片HA的相关生物学途径(尤其是通过细胞表面受体)。我们还试图概述HA(天然HA与片段)在调节炎症,免疫反应和各种癌症靶向递送应用中的潜在作用的概述。本评论还将详细讨论了基于HA的治疗系统,医疗设备和未来观点。
摘要:将序列变化与表型效应联系起来对于有效利用大型基因组数据集至关重要。在这里,我们提出了一种新的方法,将定向进化与蛋白质语言建模相结合,以表征水稻免疫受体的自然发展变体。使用高通量定向进化,我们设计了水稻免疫受体PIK-1,以结合和识别真菌蛋白AVR-PIKC和AVR-PIKF,它们通过当前特征的PIK-1等位基因避免检测。在此数据上对蛋白质语言模型进行了微调,以将序列变化与配体结合行为相关联。然后使用此建模来表征3,000个水稻基因组项目数据集中发现的PIK-1变体。两种变体因与AVR-PIKC的结合高度评分,并且体外分析证实了它们在野生型PIK-1受体上的提高配体结合。总体而言,这种机器学习方法确定了水稻中有希望的疾病抗性来源,并显示了探索其他感兴趣蛋白质的表型变化的潜在效用。
背景:第三级RNA结构的预测对医学领域(例如Messenger RNA [mRNA]疫苗,基因组编辑)和病毒转录物的探索很重要。尽管存在许多RNA折叠软件程序,但很少有研究仅将其关注的源头简化为病毒式Pseudoknotted RNA。这些调控假诺在基因组复制,基因表达和蛋白质合成中起作用。目的:本研究的目的是探索5个RNA折叠引擎,该发动机用于计算最低自由能(MFE)或最大期望准确性(MEA),当应用于先前使用诱变,序列比较,结构探测,结构探测,或核磁共振(NMR)的特定病毒式Pseudoknotted RNA。方法:对本研究中使用的折叠发动机进行了26次实验得出的短伪序列(20-150 nt),使用在测试软件预测准确性时很常见的指标:百分比误差,平均平方误差(MSE),敏感性,敏感性,敏感性,积极的预测值(PPV),Youden的INDEX(Youden's Intex(j)和f 1-score。本研究中使用的数据集来自包含398个RNA的pseudobase ++数据库,该数据库使用PRISMA(系统审查和荟萃分析的首选报告项目)的一组包含和排除标准进行了评估。在Mathews的参数之后,给定RNA序列内的基本配对被认为是正确或不正确的。结果:本文与以前的软件的迭代相比,与较旧的折叠引擎相比,RNA预测引擎具有更高的精度,例如PKISS。本文还报道说,当使用诸如F 1 -SCORE和PPV等指标评估时,MEA折叠软件并不总是以预测准确性的MFE折叠软件,而当应用于病毒式PseudokNotted RNA时。此外,结果表明,如果不应用辅助参数,例如Mg 2+结合,悬挂式最终选项和发夹型惩罚,则热力学模型参数将无法确保准确性。结论:这是将一套RNA折叠发动机套件应用于仅包含病毒式伪KNOTED RNA的数据集的首次尝试。本文报道的观察结果突出了不同的从头算预测方法之间的质量,同时实施了这样一种想法,即对更有效的RNA筛选更有效地了解细胞内热力学是必要的。
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Alix Untrau,Sabine Sochard,FrédéricMarias,Jean-Michel Reneaume,Galo A.C.le roux等人。一种快速准确的1维模型,用于动态模拟和优化分层的热量存储。应用能量,2023,333,pp.120614。10.1016/j.apenergy.2022.120614。hal-03947326
摘要 — 基于 SSVEP 的 BCI 在速度和准确性方面是最有前途的 BCI 之一。然而,尽管社区付出了巨大的努力使它们更加实用和用户友好,但它们使用起来仍然特别烦人。在本文中,我们研究了 SSVEP 视觉刺激的大小和对比度对分类准确性和界面烦恼的影响,总体目标是在性能和用户友好性之间找到一个平衡点。我们对十二 (12) 名参与者进行了用户研究,以评估不同刺激大小和对比度对虚拟现实环境中 SSVEP 分类准确性的联合影响。该实验的结果表明,刺激的大小对分类准确性(低于某个阈值)和感知烦恼都有显著影响。然而,对比度对分类准确性和感知烦恼都没有影响,这表明使用较低对比度的刺激仍然可以准确地操作基于 SSVEP 的 BCI。索引术语 — 组件、格式、样式、样式、插入
1 冷泉港实验室,美国纽约州冷泉港;2 威尔康奈尔医学科学研究生院计算生物学和医学三机构博士项目,美国纽约州纽约;3 加文-魏茨曼细胞基因组学中心,加文医学研究所,新南威尔士州达令赫斯特;4 新南威尔士大学医学科学学院,新南威尔士州悉尼
摘要:网络提供了一个强大的框架来分析空间OMICS实验。但是,我们缺少集成几种方法来轻松重建网络以与专用库进行进一步分析的工具。在附加过程中,选择适当的方法和参数可能具有挑战性。我们提出了python库Tysserand,以从空间解决的OMICS实验中重建空间网络。它是一种通用工具,生物信息学界可以添加新方法来重建网络,选择适当的参数,清洁结果网络和管道数据到其他库。可用性和实现:带有Jupyter笔记本的Tysserand软件和教程,可在https://github.com/verapancaldilab/tysserand上获得。联系人:Alexis.coullomb@inserm.fr或vera.pancaldi@inserm.fr补充信息:补充数据可在Bioinformatics Online上获得。
脑肿瘤是儿童最常见的实体肿瘤之一,也是儿童癌症相关死亡的原因(1)。脑肿瘤主要根据组织发生原理进行分类,该原理允许基于与几种假定的起源细胞及其假定的分化阶段的微观相似性对肿瘤进行分类(2)。髓母细胞瘤是一种常见的恶性脑肿瘤,发生于儿童期,占儿童脑肿瘤的 15- 20%(3, 4)。肿瘤通常发生在小脑,在三分之一的病例中常侵入第四脑室,并发展为整个脊髓转移(5)。相关症状不明显,诊断通常会延迟。然而,70% 至 80% 的病例在转移前被诊断出来,而 20% 至 30% 属于高危人群(6)。室管膜瘤是起源于中枢神经系统 (CNS) 的罕见肿瘤。世界卫生组织 (WHO) 已根据组织学将该病分为三类(I、II 或 III),其中
表S2:从209个RDKIT描述符中选择功能选择,用于预测聚合物的光节间隙以及XGBoost模型的性能指标,该模型的性能指标训练了具有成对Pearson相关系数(P对)的不同组合的descriptors(P对)的组合,并且与光带差距有关(P GAP)(P GAP)。粗体表示P对和P间隙值的最佳组合。RMSE和MAE以EV测量。