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World File Search System分枝杆菌
重新探索水杨酰基支架，以抑制结核分枝杆菌中的霉菌酸合成
全球结核病报告2023。（世界卫生组织，日内瓦，2023年）； Butler，M。S。等。对具有新作用模式的抗菌候选者的审查。ACS感染。dis。10，3440–3474（2024）; Gavalda，S。等。PKS13/FADD32串扰结核分枝杆菌中霉菌酸的生物合成。生物学杂志284，19255–19264（2009）; Galandrin，S。等。用于鉴定分枝杆菌FADD32活性抑制剂的测定开发。SLAS Discovery 18，576–587（2013）; Le，N.-H。等。针对分枝杆菌脂肪酰基 - A酰基 - AM-AMP连接酶FAAL32的药物筛查方法更新了Salicylanilide药物团在抗结结核病中的兴趣。生物有机和药物化学71，116938（2022）。
重新编程内源性 III-A 型 CRISPR-Cas 系统用于结核分枝杆菌的基因组编辑、RNA 干扰和 CRISPRi 筛选
。CC-BY 4.0 国际许可（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2020 年 3 月 9 日发布。；https://doi.org/10.1101/2020.03.09.983494 doi：bioRxiv 预印本
基于多模式的基于机器学习模型，用于区分非结核分枝杆菌与结核分枝杆菌
结果：基于临床数据的模型包含年龄，性别和IL-6，而RandomForest算法则达到了最佳学习模型。确定了CT图像的两个关键放射线特征，然后用于建立放射线模型，发现Logistic算法的模型是最佳的。多模型模型包含年龄，IL-6和2个放射线特征，最佳模型来自LightGBM算法。与最佳的临床或放射线学模型相比，最佳的多模型模型具有最高的AUC值，准确性，灵敏度和负预测值，并且在外部测试数据集中还验证了其“优惠性能”（准确性= 0.745，敏感性= 0.900）。此外，多模型模型的性能优于放射科医生，NGS检测和现有机器学习模型的性能，其精度分别为26％，4和6％。
肠球菌的分泌组抑制结核分枝杆菌复合分枝杆菌的生长
肠球菌Mundtii是一种共生肠道细菌，可抑制某些结核分枝杆菌的生长（MTC）物种，引起人类和哺乳动物的结核病。为了进一步探索这一初步观察，我们使用标准化的定量琼脂良好的扩散测定法对五个MTC物种的五个E. mundtii菌株和七个MTC菌株代表。在10 Macfarland校准的所有五个E. mundtii菌株都抑制了所有具有各种敏感性曲线的结核分枝杆菌菌株的生长，但在较低的接种物中观察到没有抑制作用。Further, eight E. mundtii freeze-dried cell-free culture supernatants (CFCS) inhibited the growth of M. tuberculosis , Mycobacterium africanum, Mycobacterium bovis and Mycobacterium canettii , the most susceptible MTC species (inhibition diameter 25±1 mm), proportionally to CFCS protein concentra- tions.此处报告的数据表明，大肠杆菌的分泌组抑制了所有MTC的医疗利益物种的生长，该物种拓宽了先前报道的数据。在肠道中，大肠杆菌分泌组可能调节结核病的表达，表现出抗结核作用，在人类和动物健康中具有一些保护作用。
鉴定结核分枝杆菌的新CLPC1-NTD粘合剂
展出的CLPC1是针对结核病1-4的最有前途的药物靶标之一。这种AAA +进化酶与CLPP1P2蛋白酶合作起作用，是至少四种天然产物抗生素（NPA）的靶标：环粒蛋白5 - 8，Ecumicin 9，10，Lassymycin 11，12和Rufonycin 13-15。的确，艾普素，环瘤，鲁霉素和lassomycin均针对CLPC1，是最近出现的最强大的抗TB分子之一。例如，欧洲蛋白酶显示出有效的选择性抗结核活性，其MIC值比利福平或异尼氏酶低50倍，这是治疗结核病10的第一行药物。clpc1是II类AAA +蛋白质家族的成员，其中包含N末端结构域（NTD）和两个不同的ATP结合模块D1和D2。我们最近确定了CLPC1在其APO和2种不同抗生素结合状态2的全长结构2。尽管仅代表了全蛋白的一小部分，但所有NPA都被证明与CLPC1-NTD结构域结合，结合位点的高分辨率X射线结构可用于环粒蛋白，古素蛋白和rufomycin（图。1 A – C）5、9、12、13。最近，与lassomycin结合的CLPC1-NTD的X射线结构也发表了12。虽然这允许对NPA的结合口袋进行正确的映射，但仍不清楚与NTD结合如何转化为剩余蛋白质的功能障碍。
基于CRISPR的检测，结核分枝杆菌复杂谱系的鉴定和分类
摘要临床样品中基于聚合酶链反应（PCR）的检测是基于结核分枝杆菌（M.结核病）复合物（M. toberculosis）复合物（MTC），是一种诊断临床微生物学实验室中结核病的第一线方法。在这项研究中，使用繁荣的3,156个分枝杆菌基因组的全基因组培养确定了CRISPR-CSM4基因作为MTB的特定。实时（RT）-PCR和CRISPR-CSM4的PCR序列，对20 MTC和5个无效的分枝杆菌进行了测试，并确认了20个MTC分离株，而未检测到5个无效的分离株。此外，有65个剩余的临床样本，包括25个GenExpert阳性和40个GenExpert阴性样品，用于评估在临床微生物实验室环境中CRISPR-CSM4-MTB分析的评估，在每种情况下都会产生预期的预期结果，从而进一步允许M. tonberculculsis M. tonbercijing Lineage。rt-PCR和CRISPR-CSM4的PCR序列可以植入临床微生物学实验室，以补充当前使用的测定法，并有可能增加负责结核病的MTC病原体的规范。
分枝杆菌病的孟德尔易感性
摘要背景分枝杆菌包括各种毒力的普遍存在种。然而，环境和个体特定因素，特别是宿主遗传因素，在接触分枝杆菌的结果中起着至关重要的作用。单基因分枝杆菌易感性的第一个分子证据来自对分枝杆菌病 (MSMD) 孟德尔易感性的研究，这是一种罕见的 IFN-γ 免疫先天缺陷，即使对低毒力分枝杆菌感染也具有选择性易感性，患者大多为儿童，常规检查中没有可识别的免疫缺陷。本文全面、最新地描述了所有已知的 MSMD 单基因缺陷最重要的分子、细胞和临床特征。结果 在过去的 20 年中，已发现 MSMD 患者中有 19 个基因发生突变（IFNGR1、IFNGR2、IFNG、IL12RB1、IL12RB2、IL23R、IL12B、ISG15、USP18、ZNFX1、TBX21、STAT1、TYK2、IRF8、CYBB、JAK1、RORC、NEMO 和 SPPL2A），这些基因位点的等位基因异质性已导致 35 种不同的遗传缺陷的定义。尽管存在临床和遗传异质性，但几乎所有 MSMD 的遗传病因都会改变干扰素 γ (IFN- γ ) 介导的免疫力，方法是削弱或消除 IFN- γ 的产生或对该细胞因子的反应，或两者兼而有之。已证明人类 IFN- γ 水平是决定分枝杆菌感染结果的数量性状。结论 这些单基因缺陷的研究有助于了解人类分枝杆菌感染的分子机制，并有助于开发新的诊断和治疗方法以改善护理和预后。这些发现还弥合了简单的孟德尔遗传与复杂的人类遗传学之间的差距。关键词 分枝杆菌病、单基因、先天性免疫缺陷、孟德尔易感性、IFN-γ
危险因素和长期预后，用于共同感染无结核分枝杆菌肺疾病和慢性肺曲霉菌病：日本的多中心观察性研究
保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。（未经同行评审证明）是作者/资助者，他已授予Medrxiv的许可证，以永久显示预印本。
无抗分枝杆菌肺疾病是由分枝杆菌复合物引起的：开发治疗药物
I.引言本指南的目的是协助赞助商进行药物2的临床开发，以治疗由分枝杆菌（MAC）引起的非结核分枝杆菌肺疾病（NTM-PD）。具体来说，本指南涉及食品药物管理局（FDA）关于临床试验设计问题，试验人群的选择以及治疗幼稚和难治性NTM-PD的当前思维。在FDA公共研讨会上讨论了新药治疗NTM-PD的临床试验的设计。3本指南不包含对统计分析或临床试验设计的一般问题的讨论。这些主题在国际统一委员会（ICH）行业E9临床试验统计原理（1998年9月），E9（R1）临床试验的统计原理：附录：附录：临床试验中的估计和敏感性分析（2021年5月2021日），以及对照组和相关问题的临床试验中（5月2001年）（2001年5月2001年）。4此外，该指南并未解决旨在治疗由MAC以外病原体引起的NTM-PD患者的药物，因为这些患者的临床特征可能与MAC引起的NTM-PD患者不同。赞助商对
深度学习驱动的细菌细胞学分析以确定结核分枝杆菌的抗菌机制
结核病 (TB) 是由结核分枝杆菌引起的，仍然是全球健康的重大威胁，估计 2022 年将影响 1060 万人。耐多药和广泛耐药菌株的出现迫使人们开发新型有效药物。加快确定这些药物的作用机制 (MOA) 对于推进结核病治疗至关重要。本研究介绍了 MycoBCP，这是针对结核分枝杆菌量身定制的独特细菌细胞学分析 (BCP)，利用 BCP 中的卷积神经网络 (CNN) 来克服传统图像分析技术带来的挑战。使用 MycoBCP，我们分析了各种抗菌化合物对结核分枝杆菌的形态学影响，捕捉广泛的模式而不是依赖精确的细胞分割。这种方法避免了结核分枝杆菌中普遍存在的细胞聚集和染色不均匀等问题。在盲测中，MycoBCP 准确识别了 96% 化合物的作用机理，只有一次错误分类，即利福布汀，它被错误地归类为影响翻译而不是转录。转录和翻译抑制产生的相似形态表明需要进一步改进以更有效地区分它们。将 MycoBCP 应用于一系列抗结核药物，成功识别了已知的作用机理并揭示了独特的作用，证明了其在早期药物发现和开发中的实用性。我们的研究结果强调了基于 CNN 的 BCP 在提高作用机理测定的准确性和效率方面的潜力，特别是对于结核分枝杆菌等具有挑战性的病原体。MycoBCP 代表了结核病药物开发的重大进步，为高通量筛选抗菌化合物提供了一种强大且适应性强的方法。