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World File Search System分离的
从富营养化池塘中分离的絮凝黄杆菌（Luteibacter flocculans sp. nov.）以及 LuteibacterPhage vB_LflM-Pluto 的分离和表征
Luteibacter 属是 Rhodanobacteraceae 科的一部分，属于变形菌门的 γ 亚纲。该科包含 17 个属，分别是 Aerosticca、Ahniella、Aquimonas、Chiayiivirga、Denitratimonas、Dokdonella、Dyella、Frateuria、Fulvimonas、Luteibacter、Oleiagrimonas、Pinirhizobacter、Pseudofulvimonas、Rehaibacterium、Rhodanobacter、Rudaea 和 Tahibacter，其中两个属尚未有效发表（Denitratimonas 和 Pinirhizobacter）[1]。Luteibacter 属由 Johansen 等人 [2] 基于 Luteibacter rhizovicinus DSM 16549 T 种建立。该属目前包含 5 个种，其中 3 个已有效发表：L. rhizovicinus DSM 16549 T [ 2 ]、L. yeojuensis DSM 17673 T [ 3 , 4 ]、L. anthropi CCUG 25036 T [ 4 ]，以及 L. jiangsuensis [ 5 ] 和 L. pinisoli [ 6 ]。Luteibacter 属的成员分离自各种环境，例如根际土壤 [ 2 , 6 ]、温室土壤 [ 3 ] 和人体血液 [ 4 ]。它们被描述为具有运动能力的、需氧的革兰氏阴性菌，呈杆状，呈黄色。此外，它们是过氧化氢酶和氧化酶阳性和脲酶阴性的。迄今为止，Luteibacter 或甚至是 Rhodanobacterceae 相关噬菌体都是未知的。噬菌体或细菌噬菌体是感染细菌的病毒。虽然温和噬菌体可以整合到细菌基因组中，但溶菌噬菌体在感染后直接开始繁殖。温和噬菌体会将其整合的基因组与宿主基因组一起复制，从而产生原噬菌体和溶原性细菌。通过添加其遗传物质，原噬菌体可以提供新的能力，保护宿主免受相关和不相关病毒的感染 [ 7 ]。在之前的研究中，我们从位于德国哥廷根的一个富营养化池塘中分离出一种环境 Luteibacter sp. nov. 菌株。分离 Luteibacter 菌株作为预期模型菌株，以研究与细菌感染相关的局部病毒多样性。
评估从açai（euterpe oleracea）单一文化中种植的无吻蜜蜂（Scaptotrigonaaff。postica）蜂蜜分离的细菌的抗菌能力
摘要：许多抗菌化合物一直在寻求保护人体免受致病性微生物感染的影响。最近，由于不当使用抗生素，病原体对现有药物的抗性具有相当大的增长。在本研究中，从亚马逊本地的无刺蜜蜂蜂蜜中分离出的细菌，称为Scaptotrigona Aff。后ica和apis mellifera用于确定其潜在的抗菌特性，并表征了用分离细菌培养的培养基。结果表明抑制了九种分离株。在这些分离株中，SCA12，SCA13和SCA15显示出与万古霉素相似的抑制活性，该活性被用作阳性对照。SCA13菌株用针对已测试病原体的抗菌提取物获得了最佳结果。该物种被鉴定为粪肠球菌，其冻干提取物的特征是温度，pH和胰蛋白酶，其中它们表现出抗菌活性。这项工作表明，从无刺的蜜蜂蜂蜜（Scaptotrigona Aff）中分离出来的细菌。postica，有可能产生抗菌物质。
从...分离的微生物的生物技术潜力
摘要：从阿根廷 Hombre Muerto 盐沼的土壤和水溶液样本中分离出细菌菌株。共对 141 株菌株进行了表征，并评估了其对氯化钠的耐受性。我们进行了筛选，以寻找具有生物技术意义的分子：类胡萝卜素（11%）、乳化剂（95%）和胞外多糖（6%），并评估了酶的产生，包括蛋白水解酶（39%）、脂肪分解酶（26%）、溶血酶（50%）和过氧化氢酶活性（99%）；选择了 25 种细菌菌株进行进一步研究。其中一些菌株产生了生物膜，但只有芽孢杆菌属 HA120b 在所有测定条件下都表现出这种能力。虽然 21 株菌株能够形成乳液，但乳化指数 Kocuria sp. M9 和芽孢杆菌属。 V3a 培养物大于 50%，当细菌在较高盐浓度下生长时，乳液更稳定。只有有色的 Kocuria sp. M9 在橄榄油培养基上表现出脂肪分解活性，并且在没有和有 4 M NaCl 的情况下培养时能够产生生物膜。在 Micrococcus sp. SX120 中观察到黄色色素、脂肪酶活性和生物表面活性剂的产生。总之，我们发现所选细菌产生了具有多种工业应用的非常有趣的分子，其中许多在高盐浓度下发挥作用。
评估迅速分离的软骨细胞和干细胞的共培养物在三层胶原蛋白的支架上播种在caprine骨软骨缺损模型
都柏林市大学的机械与制造工程学院，都柏林9，爱尔兰B医学工程研究中心（Medeng），都柏林城市大学，都柏林9号，爱尔兰C先进加工技术研究中心，都柏林城市大学，都柏林9号，爱尔兰D组织Distrue Engineerering工程小组，解剖学和恢复医学。 Stephen's Green, Dublin 2, Ireland e Trinity Centre for Biomedical Engineering (TCBE), Trinity Biomedical Sciences Institute, Trinity College Dublin (TCD), Dublin 2, Ireland f Advanced Materials and Bioengineering Research (AMBER) Centre, RCSI & TCD, Ireland g Department of Mechanical, Manufacturing and Biomedical Engineering, School of Engineering, Trinity College爱尔兰的都柏林，h国家脊柱损伤部门，Mater Misericordiae大学医院，都柏林，爱尔兰I IBET，Biologia de Biologia de Biologia实验性ETecnológica，2781-901 Oeiras，葡萄牙J. Instituto j Instituto j Instituto d de tecnologiaquímicaebiológicaEbiológicanioantounio xavia de llboboa dea dea dea dea dea dea dea dea dea a dea a dea a dea。 Oeiras，葡萄牙K Cappagh国家骨科医院，弗拉斯，都柏林11号，爱尔兰l部分兽医临床科学，兽医学院，都柏林大学学院兽医学院，都柏林4，爱尔兰都柏林市大学的机械与制造工程学院，都柏林9，爱尔兰B医学工程研究中心（Medeng），都柏林城市大学，都柏林9号，爱尔兰C先进加工技术研究中心，都柏林城市大学，都柏林9号，爱尔兰D组织Distrue Engineerering工程小组，解剖学和恢复医学。Stephen's Green, Dublin 2, Ireland e Trinity Centre for Biomedical Engineering (TCBE), Trinity Biomedical Sciences Institute, Trinity College Dublin (TCD), Dublin 2, Ireland f Advanced Materials and Bioengineering Research (AMBER) Centre, RCSI & TCD, Ireland g Department of Mechanical, Manufacturing and Biomedical Engineering, School of Engineering, Trinity College爱尔兰的都柏林，h国家脊柱损伤部门，Mater Misericordiae大学医院，都柏林，爱尔兰I IBET，Biologia de Biologia de Biologia实验性ETecnológica，2781-901 Oeiras，葡萄牙J. Instituto j Instituto j Instituto d de tecnologiaquímicaebiológicaEbiológicanioantounio xavia de llboboa dea dea dea dea dea dea dea dea dea a dea a dea a dea。 Oeiras，葡萄牙K Cappagh国家骨科医院，弗拉斯，都柏林11号，爱尔兰l部分兽医临床科学，兽医学院，都柏林大学学院兽医学院，都柏林4，爱尔兰
从厌氧木质素中分离的 Sodalis ligni 菌株 159R
摘要 具有木质素解聚、分解代谢或两者兼有能力的新型细菌分离物可能与木质纤维素生物燃料应用有关。在本研究中，我们旨在识别能够解决微生物介导的生物技术所面临的经济挑战（例如需要曝气和混合）的厌氧细菌。利用从温带森林土壤中接种并在缺氧条件下以有机溶剂木质素作为唯一碳源进行富集的菌体，我们成功分离出一种新型细菌，命名为 159R。根据 16S rRNA 基因，该分离物属于 Bruguierivoracaceae 科的 Sodalis 属。全基因组测序显示基因组大小为 6.38 Mbp，GC 含量为 55 mol%。为了确定 159R 的系统发育位置，使用 (i) 其最亲属的 16S rRNA 基因、(ii) 100 个基因的多位点序列分析 (MLSA)、(iii) 49 个直系同源群 (COG) 结构域簇和 (iv) 400 个保守蛋白质重建了它的系统发育。分离株 159R 与枯木相关的 Sodalis 行会密切相关，而与采采蝇和其他昆虫内共生体行会关系较弱。估计的基于基因组序列的数字 DNA-DNA 杂交 (dDDH)、基因组保守蛋白质百分比 (POCP) 以及 159R 与 Sodalis 进化枝物种之间的比对分析进一步支持分离株 159R 属于 Sodalis 属的一部分和 Sodalis ligni 的一个菌株。我们建议将之命名为 Sodalis ligni str。 159R (=DSM 110549 = ATCC TSD-177)。
诱导型 CRISPR/Cas9 可在集胞藻 PCC 6803 中进行多重和快速分离的单靶基因组编辑
诱导型 CRISPR/Cas9 可在 Synechocystis sp. PCC 6803 中进行多路复用和快速分离的单目标基因组编辑 Ivana Cengic a、Inés C. Cañadas b、Nigel P. Minton b、Elton P. Hudson a * a 瑞典皇家理工学院化学、生物技术和健康工程科学学院、生命科学实验室，斯德哥尔摩，瑞典 b BBSRC/EPSRC 合成生物学研究中心 (SBRC)、诺丁汉大学生命科学学院，诺丁汉，NG7 2RD，英国 * 通讯作者：huds@kth.se 摘要 建立各种合成生物学工具对于开发用于生物技术的蓝藻至关重要，尤其是那些允许以时间高效的方式进行精确和无标记基因组编辑的工具。这里我们描述了一个核糖开关诱导的 CRISPR/Cas9 系统，该系统包含在一个单一的复制载体上，用于模型蓝藻 Synechocystis sp. PCC 6803。茶碱反应性核糖开关可以严格控制 Cas9 表达，从而能够将 CRISPR/Cas9 载体可靠地转化为 Synechocystis 。CRISPR/Cas9 的诱导介导了各种类型的基因组编辑，特别是不同大小的删除和插入。编辑效率因目标和预期编辑而异；较小的编辑总体上表现更好，例如，将 FLAG 标签插入 rbcL 时达到 100%。重要的是，本文描述的单载体 CRISPR/Cas9 系统还被证明可以在 Synechocystis 中同时介导多达三个目标的多重编辑。所有单靶和几个双靶突变体在第一轮诱导后也完全分离，增加了该系统的实用性。此外，由镍单独诱导并包含在 CRISPR/Cas9 载体本身上的载体固化系统将固化效率提高了大约 4 倍，使最终的突变体真正成为无标记的。关键词：CRISPR、Cas9、蓝藻、可诱导、核糖开关、多重引言
评估炭疽疫苗对伊朗绵羊、山羊和豚鼠土壤中分离的高毒力炭疽杆菌菌株的攻击效果
糖皮质激素具有广泛的药理活性。一般而言，类固醇药物，例如地塞米松 (DEX)，会对不同器官的组织学产生严重的副作用。事实上，糖皮质激素被称为是能够治愈炎症并与免疫系统协同作用以治疗多种健康问题的强效药物。因此，本研究旨在调查 DEX 对肝脏和肾脏组织学变化以及血液生化参数的影响。总共将 13 只无特定病原体的雄性 Lepus cuniculus 兔子随机分成三组，年龄 8-10 月龄，平均体重为 1.12±0.13 公斤。第一组 (n=3) 未接受 DEX，仅接受生理盐水作为安慰剂（对照组）。第 II 组（n=5）动物接受 0.25 mg DEX/kg 体重/天，共治疗 56 天，第 III 组（n=5）动物接受 0.5 mg DEX/kg 体重/天，共治疗 56 天。从兔子耳缘静脉抽取血液。所有血液样本以 3000×g 离心 10 分钟，分离血清样本。测定血脂和微量元素（锌、铜、钙和铁）。通过观察组织的组织学变化对肝脏和肾脏组织进行显微镜分析。结果显示，身体和器官重量以及血清中微量元素的浓度显著（P ≤0.05）下降。另一方面，脂质谱显示胆固醇、甘油三酯和低密度脂蛋白显著增加（P ≤0.05）。然而，与对照组相比，两个 DEX 治疗组的高密度脂蛋白均显著下降。组织学评估结果显示，治疗组的肾脏和肝脏组织出现一定程度的变性、坏死、细胞空泡和淋巴细胞浸润。关键词：地塞米松、必需矿物质、组织学、脂质谱
从伊娃瓦（Etawah）山羊牛奶制成的开菲尔分离的乳酸细菌的抗生素耐药性
1食品工程部，PoliteKnik Negeri Jember，Mastrip Po Box 164，Jember 68101 East Java，印度尼西亚 *电子邮件：titik_budiati@polije.ac.ac.ac.id摘要。该研究的目的是确定从埃塔瓦山羊牛奶制成的开菲尔分离的乳酸细菌（LAB）的抗生素耐药性。从埃塔瓦山羊牛奶，酸奶和开菲尔中分离出25种分离株。实验室分离株对头孢啶（CAZ，100％），头孢曲松（CRO，100％），克林霉素（DA，100％），林科霉素（LI，100％），利福平（RD，100％）和毒素（Tob，Tob，100％）。细菌易受磺胺甲氧唑 - 三甲氧苄啶（SXT，60％）和四环素（TE，40％）的影响。发现LAB的抗生素耐药性百分比在40％至100％之间。良好细菌中抗生素耐药性的存在可能会将水平遗传转移引入不良细菌，这有可能破坏人类健康。1。引言是自2020年以来一直袭击世界的Covid-19，杀死了超过400万人，有阳性案例的covid 19人数达到了2亿多人[1]。用于减少病例的策略是3M，即戴口罩，保持距离和洗手[2]。目前正在进行的预防性努力是为地球上整个人群提供疫苗，以便能够提高草药免疫力[3]。提高免疫力的另一项努力是食用含有益生菌的食物[4] [5]。各种研究检查了提供益生菌以预防和降低Covid 19.发生这种情况是因为益生菌含有良好的活微生物，因此它们能够与生活在人类消化区域中的不良微生物作斗争。好生物和坏微生物之间的竞争可能导致不良微生物种群的减少。这有望增加人类免疫力并降低19 [2，4，5]的风险。然而，在益生菌的自然条件下，即对抗生素的抗药性存在另一个问题。这可能是由于动物中抗生素的过度服用[6]。乳制品是益生菌生长的良好天然培养基。这对牛奶加工产生的各种产品产生了影响。抗生素将影响居住在其中的益生菌的遗传特性[6]。这些抗性特性可以在微生物之间垂直或水平传播[7] [8] [9] [10]。如果这些特性传输到不良微生物中，则将导致人类治愈疾病的大问题[11]。etawah山羊的牛奶和各种加工产品是众所周知的含有高营养并可以增加人类免疫力的产品，并可以治愈人类的各种消化疾病[12]。加工的山羊奶产品之一是开菲尔[13]。开菲尔是一种发酵产物，含有益生菌，含有非常多种微生物，例如乳酸菌细菌[14]。出现的担忧是
从硝酸盐和重金属污染含水层中分离的红杆菌菌株的基因组特征和普遍负选择
摘要 Rhodanobacter 菌种在受到酸、硝酸盐、金属放射性核素和其他重金属污染的橡树岭保留区 (ORR) 地下环境中占主导地位。为了揭示适应这些混合废物环境的基因组特征并指导遗传工具开发，我们对从 ORR 地点分离的八株 Rhodanobacter 菌株进行了全基因组测序。基因组大小范围为 3.9 至 4.2 Mb，包含 3,695 至 4,035 个蛋白质编码基因，GC 含量约为 67%。根据全长 16S rRNA 序列，七株菌株被归类为 R. denitricans，一株菌株 FW510-R12 被归类为 R. thiooxydans。根据基因注释，全基因组扩增率（泛/核心基因比率）最高的两个直系同源物簇（COG）是“复制、重组和修复”和“防御机制”。除NosZ中预测的蛋白质结构差异外，反硝化基因具有高度的DNA同源性。相反，重金属抗性基因多种多样，其中7％至34％位于基因组岛中，这些结果表明起源于水平基因转移。对四个菌株的甲基化模式分析揭示了独特的5mC甲基化基序。与类型菌株2APBS1相比，大多数直系同源物（78％）的非同义替换与同义替换之比（dN/dS）小于1，表明负选择普遍存在。总体而言，结果为水平基因转移和负选择在污染田间基因组适应中的重要作用提供了证据。罗丹诺杆菌菌株中复杂的限制-修饰系统基因和独特的甲基化基序表明其对基因操作具有潜在的抵抗力。
从硝酸盐和重金属污染含水层中分离的红杆菌菌株的基因组特征和普遍负选择
摘要 Rhodanobacter 菌种在受到酸、硝酸盐、金属放射性核素和其他重金属污染的橡树岭保留区 (ORR) 地下环境中占主导地位。为了揭示适应这些混合废物环境的基因组特征并指导遗传工具开发，我们对从 ORR 地点分离的八株 Rhodanobacter 菌株进行了全基因组测序。基因组大小范围为 3.9 至 4.2 Mb，包含 3,695 至 4,035 个蛋白质编码基因，GC 含量约为 67%。根据全长 16S rRNA 序列，七株菌株被归类为 R. denitricans，一株菌株 FW510-R12 被归类为 R. thiooxydans。根据基因注释，全基因组扩增率（泛/核心基因比率）最高的两个直系同源物簇（COG）是“复制、重组和修复”和“防御机制”。除NosZ中预测的蛋白质结构差异外，反硝化基因具有高度的DNA同源性。相反，重金属抗性基因多种多样，其中7％至34％位于基因组岛中，这些结果表明起源于水平基因转移。对四个菌株的甲基化模式分析揭示了独特的5mC甲基化基序。与类型菌株2APBS1相比，大多数直系同源物（78％）的非同义替换与同义替换之比（dN/dS）小于1，表明负选择普遍存在。总体而言，结果为水平基因转移和负选择在污染田间基因组适应中的重要作用提供了证据。罗丹诺杆菌菌株中复杂的限制-修饰系统基因和独特的甲基化基序表明其对基因操作具有潜在的抵抗力。