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World File Search System分类学
教学大纲 - 喀拉拉邦大学录取
学生将了解形态学，分类学，解剖学，生态学，生理学，代谢，分子化学，细胞生物学，遗传学和分子生物学的概念。他们还将在植物科学的高级领域中获得概念，例如植物生物技术，分子水平的植物病原体相互作用和发育植物学。
印度尼西亚海绵生物多样性
我在此指出，题为“印度尼西亚的海绵生物多样性：外围精子群中的海洋海绵的分类学和生态学”是我在监督委员会中的指导的真正工作（Ir.Rohani Ambo-Rappe，硕士作为促进者，教授博士ir。Jamaluddin Jompa，硕士 作为副企业-1和教授博士妮可·乔伊·德·沃格德（Nicole Joy de Voogd）作为联合宣传员2）。 这项科学工作尚未提交，也没有以任何形式提交给任何三级机构。 文本中提到了来自其他作者的作品或未发表的作品的源源或引用的信息来源，并在本论文的书目中说明了。 本论文的某些内容已发表在《期刊》（Zootaxa，vol。div。 5298，不。 1：1-74，doi：10.11646/Zootaxa.5298.1.1）作为专着，标题为“两个世纪的海绵（Perylum Porifera）在印度尼西亚（1820-2021）的分类学研究（1820-2021）：检查清单和书目和书目”。 如果将来证明了这一点，或者可以证明本论文的一部分是他人的工作，那么我愿意根据适用的规则对这些行为进行制裁。Jamaluddin Jompa，硕士作为副企业-1和教授博士妮可·乔伊·德·沃格德（Nicole Joy de Voogd）作为联合宣传员2）。这项科学工作尚未提交，也没有以任何形式提交给任何三级机构。文本中提到了来自其他作者的作品或未发表的作品的源源或引用的信息来源，并在本论文的书目中说明了。本论文的某些内容已发表在《期刊》（Zootaxa，vol。div。5298，不。 1：1-74，doi：10.11646/Zootaxa.5298.1.1）作为专着，标题为“两个世纪的海绵（Perylum Porifera）在印度尼西亚（1820-2021）的分类学研究（1820-2021）：检查清单和书目和书目”。 如果将来证明了这一点，或者可以证明本论文的一部分是他人的工作，那么我愿意根据适用的规则对这些行为进行制裁。5298，不。1：1-74，doi：10.11646/Zootaxa.5298.1.1）作为专着，标题为“两个世纪的海绵（Perylum Porifera）在印度尼西亚（1820-2021）的分类学研究（1820-2021）：检查清单和书目和书目”。如果将来证明了这一点，或者可以证明本论文的一部分是他人的工作，那么我愿意根据适用的规则对这些行为进行制裁。
从跨编码数据中预测生物地球化学周期的粗粒表示
抽象动机：由于DNA测序的进步，现在常规地进行了环境微生物群落的分类学分析。确定这些群落在全球生物地球化学周期中的作用需要鉴定其代谢功能，例如氢氧化，还原和碳固定。这些功能可以直接从宏基因组学数据中推断出来，但是在许多环境应用中，MetabarCoding仍然是选择的方法。从元法编码数据及其整合到地球化学循环的粗粒表示中，代谢功能的重建仍然是当今有效的生物信息学问题。结果：我们开发了一条称为Tabigecy的管道，该管道利用分类学官员来预测构成生物地球化学周期的代谢功能。在第一个步骤中，Tabigecy使用该工具Esmecata从输入液位中预测共识蛋白质组。为了优化此过程，我们生成了一个预先计算的数据库，其中包含来自Uniprot的2,404个分类单元的信息。使用BigeCyhmm搜索了共有的蛋白质组织，BigeCyhmm是一个新开发的Python软件包，依靠隐藏的Markov模型来识别参与生物地球化学周期代谢功能的关键酶。然后将代谢功能投射到周期的粗粒表示上。我们将塔博基（Tabigecy）应用于两个盐洞数据集，并通过对样品进行的微生物活性和水力化学测量结果验证了其预测。结果突出了研究微生物群落对地理化学过程的影响的方法。关键字：微生物群落，生物地球化学周期，代谢功能，分类学官员
零废物循环经济（ZWCE）
我们需要停止投资（并从中脱离）解决方案，例如废物到能量的焚化，塑料到燃料和焚化水泥厂中的垃圾燃料，因为它们是不可持续的，它们会损害我们的健康和星球，并与分类学的目的相矛盾，这与低消散的分类法相矛盾。
新的长读元基因组装方法增加了宿主和环境微生物组的高质量磁质量
1。冯等人。2022。高保真长读的元基因组组装，用hifiasm-meta读取。自然方法，19：671–674。2。Benoit等。2024。使用MetAMDBG的长期准确读取的高质量元基因组组件。 自然生物技术，https://doi.org/10.1038/s41587-023-01983-6 3。 Chklovski等。 2023。 checkm2：一种使用机器学习评估微生物基因组质量的快速，可扩展和准确的工具。 Biorxiv，https://doi.org/10.1101/2022.07.11.499243 4。 Kang等。 2019。 metabat 2：一种自适应分解算法，用于元基因组组件的稳健有效基因组重建。 peerj，7：e7359。 5。 Pan等。 2023。 semibin2：自我监督的对比学习可以为短而长阅读的测序提供更好的磁磁。 生物信息学，39：I21 – I29。 6。 Sieber等。 2018。 通过消除，聚合和评分策略从宏基因组中恢复基因组。 自然微生物学，3：836–843。 7。 Chaumeil等。 2019。 GTDB-TK：一种将基因组与基因组分类学数据库进行分类的工具包。 生物信息学，35：1925-1927。使用MetAMDBG的长期准确读取的高质量元基因组组件。自然生物技术，https://doi.org/10.1038/s41587-023-01983-6 3。Chklovski等。2023。checkm2：一种使用机器学习评估微生物基因组质量的快速，可扩展和准确的工具。Biorxiv，https://doi.org/10.1101/2022.07.11.499243 4。Kang等。 2019。 metabat 2：一种自适应分解算法，用于元基因组组件的稳健有效基因组重建。 peerj，7：e7359。 5。 Pan等。 2023。 semibin2：自我监督的对比学习可以为短而长阅读的测序提供更好的磁磁。 生物信息学，39：I21 – I29。 6。 Sieber等。 2018。 通过消除，聚合和评分策略从宏基因组中恢复基因组。 自然微生物学，3：836–843。 7。 Chaumeil等。 2019。 GTDB-TK：一种将基因组与基因组分类学数据库进行分类的工具包。 生物信息学，35：1925-1927。Kang等。2019。metabat 2：一种自适应分解算法，用于元基因组组件的稳健有效基因组重建。peerj，7：e7359。5。Pan等。2023。semibin2：自我监督的对比学习可以为短而长阅读的测序提供更好的磁磁。生物信息学，39：I21 – I29。6。Sieber等。 2018。 通过消除，聚合和评分策略从宏基因组中恢复基因组。 自然微生物学，3：836–843。 7。 Chaumeil等。 2019。 GTDB-TK：一种将基因组与基因组分类学数据库进行分类的工具包。 生物信息学，35：1925-1927。Sieber等。2018。通过消除，聚合和评分策略从宏基因组中恢复基因组。自然微生物学，3：836–843。7。Chaumeil等。 2019。 GTDB-TK：一种将基因组与基因组分类学数据库进行分类的工具包。 生物信息学，35：1925-1927。Chaumeil等。2019。GTDB-TK：一种将基因组与基因组分类学数据库进行分类的工具包。生物信息学，35：1925-1927。
DNA条形码和分子分类法的进步
DNA条形码和分子分类法的进步5与分类法相关的程序发展简介其应用和未来的DNA技术在物种识别中的应用和未来的方向Gulab Khedkar1和S. bijoy Nandan2 1Paul Heber dna dna barcoding and Biodortity研究中心电子邮件：gkhedkar.phcdbs@bamu.ac.in 2海洋生物学和生物化学系海洋科学学院，科萨，喀拉拉邦，科萨，喀拉基。电子邮件：bijoynandan@cusat.ac.c.在远古时代命名“事物”的命名史是人类交流的一部分，这是通过单词和相关语言的一部分。人们认识到他们的经历的对象，这是日常分类学不可或缺的一部分。基于对象的相似性和差异，观察者组识别，命名和分类。使用名称的使用，作为嵌入不同语言的许多不同种类的名词，将命名法连接到理论语言学，而人类的方式与单词含义和经验相关的是与语言哲学有关的方式。这种做法进一步发展到了诸如“ nomastics”之类的结构化过程中，（研究专有名称，其起源以及文化领域），人类学象征性（与人类名称有关），替代名称（对地名的研究）和词源（历史和使用）（历史和使用），如比较和描述性语言所示。对自然世界命名对象的简单，稳定和国际接受系统的科学需求产生了许多正式的命名系统。可能是这些命名自然系统中最著名的是管理有机体的拉丁语科学名称的五个生物命名法。拉丁语术语nenclatura是指名称列表，命名词词组也可以指示提供商或名称的播音员。DNA条形码和分子分类学的进步6命名法中的文化关注点不太清楚，构成和命名法之间的区别并不清楚：对大多数人来说，Onomastics是一种不熟悉的纪律，并且在学术意义上使用命名词也不是通常的。尽管两个字段集成，但命名法更涉及用于形成名称的规则和约定。由于社会，政治，宗教和文化动机，可能会给出不同名称的事物，而不同的事物可能会得到相同的名字；密切相关的类似事物可能被认为是分开的，而另一方面，事物的显着不同。名称为我们提供了一种在脑海中构造和绘制世界的方式。从某种意义上说，名称代表了我们经验的对象。阐明名词和名词之间的联系，含义，以及我们感知世界为普通人提供了丰富的研究领域。这种本能已诞生了术语“ Folk分类学”。民间分类学现代科学分类学被描述为“基本上是民间分类原理的文艺复兴时期的编纂”。科学命名和分类的形式系统以生物分类为例。所有分类系统都是出于目的的。科学分类系统将每个生物体锚定在国际接受分类类别的嵌套层次结构中。该系统的维护涉及正式的命名规则和
特刊 - 肌动型的多样性和分类法
拥有大约35,000种描述的物种，Scarabaeoidea是最大的甲虫超家族之一，包括多样化和受欢迎的群体，例如粪甲虫，鹿肉甲虫，六月甲虫，花奶酪，花香糖和犀牛。在化石记录中表现得很好，自侏罗纪以来就已经存在。它们是共生的，死亡的，植物的，腐生的和木质的，有些甚至是食肉。一些物种与人类竞争资源，被认为是严重的害虫，例如在棕榈中发展的日本甲虫和犀牛甲虫；其他人非常有益，例如甲虫，可以改善土壤质量和植物的生长。具有高度多样性的生态需求，全球分布和巨大的物种多样性，因此，甲壳虫是一个流行的研究目标，涵盖了从化学生态学到分类学和害虫控制的学科。本期特刊将展示Scarabaeoid研究的这些不同方面，特别关注分类法和多样性的各个方面。您可以选择我们的分类学共同特刊。
理解大数据 – 它能否改变运营方式...
原创性/价值 这项工作以 Kranzberg (1986) 和技术影响以及 Fosso Wamba 等人 (2015) 为基础，通过开发系统应用程序框架来进一步从实践角度理解大数据，从而扩展他们的研究分类学见解，为服务运营管理做出了贡献。我们的案例研究展示了如何使用 BD 来提高运营绩效。
肠道细菌群落的基本结构
摘要：肠道细菌群落为动物提供了许多功能，例如食物消化，营养提供或免疫力。某些社交哺乳动物和昆虫是独一无二的，因为它们的肠道微生物群落在个体之间是稳定的。在这篇综述中，我们着重于肠道昆虫的肠道细菌群落，包括蜜蜂，蚂蚁和白蚁，以概述其社区结构，并深入了解其结构基础的任何一般方面。假单胞菌和芽孢杆菌是通常在这三个昆虫群中检测到的细菌门，但它们的组成在较低的分类学水平上是不同的。eusocial昆虫具有独特的肠道细菌群落，它们在宿主物种中共享，而其稳定性取决于宿主的生理学和生态学。具有狭窄饮食习惯的物种，例如美食蜜蜂，具有高度稳定且含量的微生物群落，而诸如大多数蚂蚁物种等机构则表现出相对多样化的社区结构。种姓差异可能会影响社区成员的相对丰度，而不会显着改变分类学组成。
丝毫延伸-Crisis-a-plea-Science-Policymakers- ...
物种的灭绝率目前估计是天然背景率的1000倍，无数的植物，动物和微生物在被记录之前就消失了。生物多样性的丧失不仅侵蚀了生态系统所依赖的生活网络，而且通过破坏诸如授粉，营养循环和疾病调节之类的生态系统服务来破坏人类的福祉。此外，每个灭绝物种代表着独特的进化谱系，也代表了医学，农业和生物技术的潜在遗传资源的潜在来源。同时，分类学领域 - 识别，描述和分类物种的科学 - 正面临着自己的危机。随着资金减少，职业前景有限以及缺乏认可，分类学家正在努力进行基本工作。结果，许多物种仍然没有描述，分类学专业知识有可能永远消失的危险。这种分类能力的丧失不仅阻碍了保护生物多样性的努力，还阻碍了我们对自然世界的理解和应对紧迫环境挑战的能力。科学决策者和立法者必须优先考虑生物多样性保护和对分类研究的支持[1,2]。