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World File Search System切除修复
紫外线对免疫的调节
荧光太阳灯的紫外线确实能抑制 CHS 的诱发，而窄带 UVB（3 1 1-312 um）却不能，尽管这两种光源都会导致尿刊酸的光异构化 [26]。因此，尿刊酸是否是皮肤中唯一的光感受器仍存在疑问。Kripke 等人的研究表明，DNA 也可能充当光感受器。这些研究使用了两种实验方法。Apple gate 等人观察到，在紫外线暴露后用光复活光照射有袋动物 Monodelphis domestica 可逆转紫外线引起的 CHS 抑制 [63]。因为用可见光照射 M. domestica 会激活修复嘧啶二聚体的光复活酶 [64]，所以这些研究表明 DNA 是光感受器。第二种方法是利用脂质体将噬菌体切除修复酶 T4 核酸内切酶 V 引入小鼠体内 [64]。动物暴露在 UVR 下，然后将悬浮在水凝胶载体中的脂质体涂到小鼠皮肤上。当将含酶的脂质体涂抹到受辐射动物的皮肤上时，紫外线诱导的 CHS 和 DTH 抑制均受到抑制。当将含有热灭活酶制剂的对照脂质体涂抹到皮肤上时，没有观察到抑制的抑制。此外，
基因编辑技术的进展
随着大核酸酶、锌指核酸酶、TALEN 和 CRISPR/Cas 等工具的发展，精确修改人类基因的能力已经成为可能。这些技术现在使得产生靶向缺失、插入、基因敲除和点变异成为可能；通过将转录因子或表观遗传机制靶向 DNA 来调节基因表达；或靶向和修改 RNA。内源性修复机制用于对 DNA 进行所需的修改；它们包括非同源末端连接、同源性定向修复、同源性独立的靶向整合、微同源性介导的末端连接、碱基切除修复和错配修复。可以使用计算机预测和测序来监测脱靶效应，并使用具有更高精度的 Cas 蛋白（例如高保真度 Cas9、增强特异性 Cas9 和超精确 Cas9）将其最小化。已发现 Cas9 的替代品，包括 Cpf1、Cas12a、Cas12b 和较小的 Cas9 直系同源物（如 CjCas9）。基因编辑成分的递送是使用标准技术在体外进行，或使用 AAV、脂质纳米颗粒或细胞穿透肽在体内进行。基因编辑技术的临床开发正在多个领域取得进展，包括癌症治疗中的免疫疗法、HIV 感染的抗病毒疗法以及治疗遗传性疾病，如 b 地中海贫血、镰状细胞病、溶酶体贮积症和视网膜营养不良症。我们在此回顾这些技术进步及其临床实施面临的挑战。
这是ELF1的存储库副本，可促进Rad26与病变降落的POL II的相互作用进行转录耦合修复。
转录 - 耦合的核苷酸切除修复（TC -NER）是一种高度保守的DNA修复途径，可去除转录基因组中的笨重病变。Cockayne综合征B蛋白（CSB）或其酵母直系同源物RAD26以DEC的闻名，可以在病变中起重要作用 - TC -NER的识别步骤。最近将另一种保守的蛋白质ELOF1或其酵母直系同源物ELF1鉴定为核心转录 - 耦合修复因子。RAD26如何区分RNA聚合酶II（POL II）在DNA病变或其他障碍物处停滞不前，以及ELF1在此过程中的作用何种作用仍然未知。在这里，我们提出了Pol II -Rad26复合物的冷冻结构，该结构停滞在不同的障碍物处，表明Rad26使用一种共同的机制来识别停滞的Pol II，当Pol II在病变处逮捕时，其他相互作用进行了其他相互作用。病变的冷冻 - EM结构 - 被捕的Pol II -RAD26与ELF1结合的rad26表明ELF1诱导了Rad26和病变之间的进一步相互作用 - 被捕的Pol II。生化和遗传数据支持TC -NER启动中ELF1和RAD26之间相互作用的重要性。一起，我们的结果提供了重要的机理见解，即如何在初始病变识别步骤的转录识别步骤 - 耦合修复的初始病变识别步骤中一起工作。
5'-磷酸盐增强了人线粒体基因组维持外核酸酶1（MGME1）
在较高的真核生物中，线粒体在能量生产，信号传导和生物合成中起多种作用。线粒体具有多个线粒体DNA（mtDNA）的副本，该线粒体DNA（mtDNA）编码了37个对于线粒体和细胞功能必不可少的基因。当mtDNA受到内在和外源性因素和外源性因素的挑战时，MTDNA经历修复，降解和补偿性合成。mtDNA降解是mtDNA损伤响应和维持中的新兴途径。涉及的关键因素是人线性基因组维持外切酶1（MGME1）。尽管以前的生化和功能研究，但关于MGME1介导的DNA裂解的极性存在争议。此外，DNA序列如何影响MGME1的活性仍然难以捉摸。这种信息不仅是对MGME1的理解的基础，而且对于决定mtDNA降解机制至关重要。在此，我们使用定量测定来检查底物结构和序列对MGME1的DNA结合和酶促活性的影响。我们证明了MGME1与单链DNA底物的5 0端结合并切割，尤其是在5 0-磷酸盐存在下，在DNA结合和MGME1的最佳裂解中起重要作用。此外，MGME1在末端耐受某些修饰，例如在基础切除修复中形成的5 0-脱氧核糖磷酸磷酸盐中间体。我们表明，MGME1通过不同的效率处理不同的序列，而DT和DC序列分别是最多，有效地消化的序列。我们的结果提供了对MGME1的酶促特性的见解，以及MGME1与MTDNA降解中DNA聚合酶γ的3 0 - 5 0外核酸酶活性的配位基本原理。
tlr-2和
摘要遗传物质的稳定性和完整性对于维持和延续生活至关重要。人类基因组由三十亿对碱基组成，编码30,000-40,000个基因，并不断受到内源性反应性代谢产物，治疗药物和众多影响其完整性的环境诱变药物的攻击。因此，很明显，基因组的稳定性必须在连续监测之下。这是通过DNA修复机制实现的，DNA修复机制已开发出来去除或耐受DNA损伤和误差。在生物体中存在的DNA修复机制中，它们可以分为：i）基础切除修复（BER），ii）核苷酸切除（NER），iii）基本MALPASE（MMR）和IV）DNA修复，通过非同型末端（NHEJ）。对于这些机制正常工作，很明显，负责修复功能的蛋白质之间相互作用的重要性，以及对负责提到的机制的蛋白质正确位置的核进口调节。在负责调节核进口的机制中，由进口异二聚体α/β组成的经典途径是位移的主要机制之一。某些修复蛋白似乎仅与进口α（IMP）的某些同样蛋白相互作用，表明对修复过程的额外调节，但对这些蛋白质的核位置序列（NLS）的识别知之甚少。通过这些结果，阐明了包含NLSS KU80和FEN1的结构。这项工作特别涉及使用晶体学技术与蛋白质相关DNA修复的NLSS肽的IMP复合物的结构复合物的研究。进行了在其N末端部分截断的Musculus印象的表达和纯化，以及与DNA相关蛋白的NLS肽的IMP偶然化，对应于KU80，PMS2和MLH1蛋白质和MLH1蛋白质和BIPARTARTARTARTATTITE序列的单型序列。X射线衍射数据，并以2.1-2.38Å的分辨率进行处理。肽NLS KU80与NHEJ修复有关，与主连接位点上的IMPα相似，类似于SV40 T抗原的NLS（S 1）。已经与ber修复有关的NLS FEN1肽与Sitia S 1和次级位点（S 2）有关，证明是两部分序列。此外，仅具有10种废物的Fen1肽接头区域使与IMPα的联系更好，并且与具有11-12废物的肽的连接相比，与IMPα的连接更扩展，可能更有利的构象。在连接位点上的特定位置被确认为必不可少的，以及在这些区域中保守的残留物，表明这些位点中分子间相互作用的重要性。此信息表明这些蛋白质可以通过IMP-α独立运输到核心，而无需与有关修复的其他蛋白质形成复合物。关键字：进口α，核进口，NLS，射线晶体学-X，KU80，FEN1，PMS2，MLH1。
8. 2024 年南加州基因组研讨会计划
8:30 - 9:00 am 注册和咖啡/茶 9:00 - 9:10 am 欢迎致辞（吴晓华，斯克里普斯研究中心） 9:10 - 10:25 am 报告环节 1：DNA 修复和基因组稳定性（环节主席：Rémi Buisson，UCI） 9:10 - 9:25 am Tony Fernandez 博士（希望之城沈丙辉实验室）DNA2 和 MSH2 活动共同去除化学稳定的 G4 以实现高效端粒复制 9:25 - 9:40 am Pedro Ortega 博士(Rémi Buisson 实验室，加州大学欧文分校) 复制灾难期间的叉断裂机制 9:40 - 9:55 am Christine Joyce (Chris Richardson 实验室，加州大学圣塔芭芭拉分校) FANCD2-FANCI 异二聚体在双链断裂后调节 DNA 修复活性和细胞周期进程 9:55 - 10:10 am Ting Zhao (Yinsheng Wang 实验室，加州大学欧文分校) N2-烷基-Dg 结合蛋白的鉴定和功能特性 10:10 - 10:25 am Nadejda Butova (Irene Chiolo 实验室，南加州大学) Ulp1：异染色质修复的时钟 10:30 – 11:00 am 海报闪电演讲 11:10 – 12:45 pm 海报会议 12:45 – 1:30 pm 午餐 1:30 – 2:45 pm 演讲第 2 场：基因组学和基因编辑（会议主席：Shannon Miller，斯克里普斯研究中心） 下午 1:30 – 1:45 Peter Chovanec 博士（加州大学洛杉矶分校 Yi Yin 实验室）面向体内自发基因组不稳定性事件的单细胞图谱 下午 1:45 – 2:00 Xiaoyu (Lydia) Chen（加州大学欧文分校 Audrone Lapinaite 实验室）从结构到功能：脱氨酶结构域二聚化和 Cas9 相互作用如何提高 ABE8e 中的碱基编辑效率 下午 2:00 – 2:15 Mallory Evanoff 博士（加州大学圣地亚哥分校 Alexis Komor 实验室）定向进化逆转分析产生最小突变的腺嘌呤碱基编辑器变体，并提高效率和精度。 2:15 – 2:30 pm Seanmory Sothy（Linlin Zhao 实验室，UCR）基于质谱的碱基切除修复中间体定量 2:30 – 2:45 pm Shuvro P. Nandi 博士（Ludmil B. Alexandrov 实验室，UCSD）UDSeq：一种用于精确全基因组识别体细胞突变的通用双链测序。 2:45 – 3:15 pm 咖啡休息 3:15 – 4:30 pm 讲座环节 3：染色体重排和癌症治疗（环节主席：Irene Chiolo，南加州大学） 3:15 – 3:30 pm Sameer Shah 博士(Xiaohua Wu 实验室，斯克里普斯研究中心) 53BP1 缺陷导致通过断裂诱导复制 (BIR) 的过度重组 3:30 – 3:45 pm Kaela Makins (Jeremy Stark 实验室，希望之城) 定义染色体断裂修复过程中 DNA-Pkcs 和 RIF1-53BP1 之间的相互作用 3:45 – 4:00 pm Megha Raghunathan (Svasti Haricharan 实验室，SDSU) 错配修复基因特异性对乳腺肿瘤形成、进展和基因组不稳定性的影响 4:00 – 4:15 pm Shuangshuang Xie 博士（加州理工学院 Dan Semlow 实验室）微生物组衍生的 Colibactin 基因毒素可激活 cGAS-STING 依赖的促炎症信号传导 4:15 – 4:30 pm Ya Allen Cui 博士（加州大学魏李实验室）串联重复变异与人类健康和疾病的关系 4:30 – 4:45 pm 海报奖颁奖（斯克里普斯研究中心 Katja Lamia）闭幕词 5：00 – 6:30 pm 晚餐 (与教授见面：职业发展) 6:30 pm 研讨会结束