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Zseeker：一种用于基因组序列中Z-DNA检测的优化算法
抽象Z-DNA是一种替代的DNA的左手螺旋形式，具有锯齿形的主链，与右手规范的B-DNA螺旋不同。Z-DNA已与各种生物学过程有关，包括转录，复制和DNA修复，并可以诱导遗传不稳定性。交替的嘌呤和嘧啶的重复序列具有采用Z-DNA结构的潜力。Zseeker是一种开发的新型计算工具，用于准确检测基因组中潜在的Z-DNA形成序列，从而解决了先前方法的局限性。通过引入一种通过实验数据知情和验证的新方法，Zseeker可以很好地检测潜在的Z-DNA形成序列。同时构建了独立的Python软件包，又是可访问的Web界面，Zseeker允许用户通过可下载的可视化来输入基因组序列，调整检测参数并查看潜在的Z-DNA序列分布和Z分数。我们的Web平台提供了用于Z-DNA标识的无代码解决方案，重点是可访问性，用户友好性，速度和自定义性。通过提供有效的高通量分析和增强的检测准确性，Zseeker具有支持在理解Z-DNA在正常细胞功能，遗传不稳定性及其在人类疾病中的影响方面的作用方面的重大进步。可用性：Zseeker以GPL许可证作为多平台应用程序作为Python包发行，可在以下网址获得：https：//github.com/georgakopoulos-soares-soares-lab/zseeker。Zseeker的Web-Interface可在https://zseeker.netlify.app/上公开获得。关键字：Z-DNA，算法设计，搜索工具，Web接口
三维Rydberg原子阵列中的量子自旋冰
量子自旋液体是物质的外来阶段，其低能物理学被描述为新兴仪表理论的解构相。通过最新的理论建议和一个实验，显示了z 2拓扑顺序的初步迹象[G. Semeghini等。，Science 374，1242（2021）]，Rydberg Atom阵列已成为实现量子自旋液体的有前途的平台。在这项工作中，我们提出了一种在三个空间维度中实现U（1）量子旋转液体的方法，这是由pyrochlore lattice rydberg rydberg原子阵列中的U（1）量规理论的解缩相描述的。我们研究了拟议的Rydberg系统的基态相图作为实验相关参数的函数。在我们的计算中，我们发现通过调整拉比频率，可以访问由“磁性”单极子的扩散和HIGGS转变驱动的限制 - 限制过渡，以及由出现量规理论的“电动”电荷驱动的。我们建议将解剖相和有序相区分的实验探针。这项工作是在基于Rydberg的量子模拟器上三个空间维度中访问限制性转换的建议。
●在与多种肿瘤类型的完整PDO队列中，我们观察到对SOC疗法的一系列反应，提供了一个更好地理解
我证明该患者已经收到了有序测试的目的，风险和好处的解释。我的签名证明了测试的医学必要性（包括测试结果将为治疗计划提供信息），并进一步证明我有权下令进行测试，并且患者已提供了满足适用法律的tempus法律要求的知情同意，或者参考了：（a）收集和使用遗传材料（包括遗传材料）和健康的信息和健康信息（包括遗传材料），并有序（包括遗传材料）和健康的信息（s）; （b）根据需要报销或处理保险索赔（如果适用），获取，接收和发布健康信息（包括测试结果）； （c）按照tempus同意，收集，使用和保留从患者那里获得的样本和信息，并符合患者签署的基因组测试形式。
EU/英国申请表 - 2025.02.11 国际申请表 - 2025.02.11 HRD验证 EU/英国申请表 - 2025.02.11 申请表格指南 ●在与多种肿瘤类型的完整PDO队列中，我们观察到对SOC疗法的一系列反应，提供了一个更好地理解的平台 摘要＃618：患者衍生的肿瘤器官的体内药物分型为胆道C 患者识别个性化治疗选择 国际申请表 - 2025.02.11 遗传性癌症测试申请表2025.01.07 申请表格指南 肿瘤免疫微环境的表征（... 国际申请表 - 2025.02.11 摘要＃618：患者衍生的肿瘤器官的体内药物分型为胆道C 患者识别个性化治疗选择 背景Bradley R. Corr1，Ashley Haggerty2，Stefan M. ... 摘要＃618：患者衍生的肿瘤器官的体内药物分型为胆道C 患者识别个性化治疗选择
我证明该患者已经收到了有序测试的目的，风险和好处的解释。我的签名证明了测试的医学必要性（包括测试结果将为治疗计划提供信息），并进一步证明我有权下令进行测试，并且患者已提供了满足适用法律的tempus法律要求的知情同意，或者参考了：（a）收集和使用遗传材料（包括遗传材料）和健康的信息和健康信息（包括遗传材料），并有序（包括遗传材料）和健康的信息（s）; （b）根据需要报销或处理保险索赔（如果适用），获取，接收和发布健康信息（包括测试结果）； （c）按照tempus同意，收集，使用和保留从患者那里获得的样本和信息，并符合患者签署的基因组测试形式。
整个HCP队列中白质的与性别相关的变异性
1。Archer J.人类心理性别差异的现实和进化意义。Biol Rev Camb Philos Soc。2019年8月; 94（4）：1381–415。2。Hyde JS。 性别相似性假设。 am Psychol。 2005; 60（6）：581–92。 3。 giudice MD，Booth T，IrwingP。火星与金星之间的距离：测量全球性别差异。 PLOS ONE。 2012年1月4日； 7（1）：E29265。 4。 van Essen DC，Smith SM，Barch DM，Behrens Tej，Yacoub E，Ugurbil K等。 Wu-Minn Human Connectome项目：概述。 神经图像。 2013年10月15日; 80：62–79。 5。 Avants BB，Epstein CL，Grossman M，Gee JC。 与交叉相关的对称差异图像注册：评估老年人和神经退行性大脑的自动标记。 MED图像肛门。 2008年2月; 12（1）：26–41。 6。 Descoteaux M，Angelino E，Fitzgibbons S，DericheR。正规化，快速和可靠的分析Q-Ball成像。 登录元。 2007年9月; 58（3）：497–510。 7。 Koch MA，Norris DG，Hund-Georgiadis M.使用磁共振成像研究功能和解剖连通性的研究。 神经图像。 2002年5月1日; 16（1）：241–50。 8。 Guevara P，Poupon C，RivièreD，Cointepas Y，Marrakchi-Kacem L，Descoteaux M等。 使用两级聚类策略推断Hardi Fiber束地图集。 2010年1月1日; 13：550–7。 9。 （计算机科学中的讲义）。Hyde JS。性别相似性假设。am Psychol。2005; 60（6）：581–92。3。giudice MD，Booth T，IrwingP。火星与金星之间的距离：测量全球性别差异。PLOS ONE。 2012年1月4日； 7（1）：E29265。 4。 van Essen DC，Smith SM，Barch DM，Behrens Tej，Yacoub E，Ugurbil K等。 Wu-Minn Human Connectome项目：概述。 神经图像。 2013年10月15日; 80：62–79。 5。 Avants BB，Epstein CL，Grossman M，Gee JC。 与交叉相关的对称差异图像注册：评估老年人和神经退行性大脑的自动标记。 MED图像肛门。 2008年2月; 12（1）：26–41。 6。 Descoteaux M，Angelino E，Fitzgibbons S，DericheR。正规化，快速和可靠的分析Q-Ball成像。 登录元。 2007年9月; 58（3）：497–510。 7。 Koch MA，Norris DG，Hund-Georgiadis M.使用磁共振成像研究功能和解剖连通性的研究。 神经图像。 2002年5月1日; 16（1）：241–50。 8。 Guevara P，Poupon C，RivièreD，Cointepas Y，Marrakchi-Kacem L，Descoteaux M等。 使用两级聚类策略推断Hardi Fiber束地图集。 2010年1月1日; 13：550–7。 9。 （计算机科学中的讲义）。PLOS ONE。2012年1月4日； 7（1）：E29265。4。van Essen DC，Smith SM，Barch DM，Behrens Tej，Yacoub E，Ugurbil K等。Wu-Minn Human Connectome项目：概述。神经图像。2013年10月15日; 80：62–79。5。Avants BB，Epstein CL，Grossman M，Gee JC。与交叉相关的对称差异图像注册：评估老年人和神经退行性大脑的自动标记。MED图像肛门。2008年2月; 12（1）：26–41。6。Descoteaux M，Angelino E，Fitzgibbons S，DericheR。正规化，快速和可靠的分析Q-Ball成像。登录元。2007年9月; 58（3）：497–510。 7。 Koch MA，Norris DG，Hund-Georgiadis M.使用磁共振成像研究功能和解剖连通性的研究。 神经图像。 2002年5月1日; 16（1）：241–50。 8。 Guevara P，Poupon C，RivièreD，Cointepas Y，Marrakchi-Kacem L，Descoteaux M等。 使用两级聚类策略推断Hardi Fiber束地图集。 2010年1月1日; 13：550–7。 9。 （计算机科学中的讲义）。2007年9月; 58（3）：497–510。7。Koch MA，Norris DG，Hund-Georgiadis M.使用磁共振成像研究功能和解剖连通性的研究。神经图像。2002年5月1日; 16（1）：241–50。 8。 Guevara P，Poupon C，RivièreD，Cointepas Y，Marrakchi-Kacem L，Descoteaux M等。 使用两级聚类策略推断Hardi Fiber束地图集。 2010年1月1日; 13：550–7。 9。 （计算机科学中的讲义）。2002年5月1日; 16（1）：241–50。8。Guevara P，Poupon C，RivièreD，Cointepas Y，Marrakchi-Kacem L，Descoteaux M等。使用两级聚类策略推断Hardi Fiber束地图集。 2010年1月1日; 13：550–7。 9。 （计算机科学中的讲义）。使用两级聚类策略推断Hardi Fiber束地图集。2010年1月1日; 13：550–7。9。（计算机科学中的讲义）。MED图像计算计算辅助间隔MICCAI INT CONC MED MED MED IMAGE计算计算辅助间隔。Campello RJGB，Moulavi D，Sander J.基于层次密度估计的基于密度的聚类。in：PEI J，Tseng VS，Cao L，Motoda H，Xu G，编辑。知识发现和数据挖掘的进步。柏林，海德堡：施普林格； 2013年。 160–72。10。Zhang H，Schneider T，Wheeler-Kingshott CA，Alexander DC。 noddi：实用的体内神经突导向分散和人脑的密度成像。 卷。 61，神经图像。 2012。 1000–16。Zhang H，Schneider T，Wheeler-Kingshott CA，Alexander DC。noddi：实用的体内神经突导向分散和人脑的密度成像。卷。61，神经图像。2012。 1000–16。
Epirmex新生儿的Epirmex队列中的自动脑MRI指标：与2年的神经发育结果相关
Baptiste Morel，Pierre Bertault，GéraldineFavrais，Elsa Tavernier，Barthelemy Tosello等。诊断和介入成像，2021，102（4），pp.225-232。10.1016/j.diii.2020.10.009。hal-03324508
南非出生队列中母亲和婴儿的缺铁性贫血：炎症背景下的患病率和概况
& 神经科学研究所，开普敦大学，南非 * Khula 南非数据收集团队：Layla E. Bradford、Simone R. Williams、Lauren Davel、Tembeka Mhlakwaphalwa、Bokang Methola、Khanyisa Nkubungu、Candice Knipe、Zamazimba Madi、Nwabisa Mlandu 通讯作者：Jessica E. Ringshaw：jess.ringshaw@uct.ac.za Kirsten A. Donald 教授：kirsty.donald@uct.ac.za
使用自由能量优化的互补工作记忆来学习序列中的特征和结构
摘要 — 我们提出了一个整体框架，用于对皮质基底系统 (CX-BG) 和额叶纹状体系统 (PFC-BG) 进行建模，以生成和回忆音频记忆序列；即声音感知和语音产生。我们真正的模型基于称为 INFERNO 的神经结构，代表循环神经网络的迭代自由能优化。自由能 (FE) 对应于内部或外部噪声的预测误差。FE 最小化用于在 PFC 中探索、选择和学习在 BG 网络中执行的最佳操作选择（例如声音产生），以便尽可能准确地重现和控制代表 CX 中声音的脉冲序列。两种工作记忆之间的差异依赖于神经编码本身，它基于 CX-BG 网络中的时间排序（脉冲时间依赖可塑性）和 PFC-BG 网络中序列的排序（门控或增益调制）。我们在这篇短文中详细介绍了负责以几毫秒的顺序对音频基元进行编码的 CX-BG 系统，以及负责学习序列中时间结构的 PFC-BG 系统。使用小型和大型音频数据库进行的两个实验展示了神经架构在检索音频基元以及基于结构检测的长距离序列方面的探索、泛化和抗噪能力。虽然两种学习机制都是用相同的顺序编码算法实现的，但 CX-BG 系统实现了无模型循环神经网络 (INFERNO)，而 PFC-BG 系统实现了门控循环神经网络 (INFERNO GATE)。
EU/英国申请表 - 2025.02.11 申请表格指南 ●在与多种肿瘤类型的完整PDO队列中，我们观察到对SOC疗法的一系列反应，提供了一个更好地理解的平台 摘要＃618：患者衍生的肿瘤器官的体内药物分型为胆道C 患者识别个性化治疗选择 国际申请表 - 2025.02.11 遗传性癌症测试申请表2025.01.07 申请表格指南 肿瘤免疫微环境的表征（... 国际申请表 - 2025.02.11 摘要＃618：患者衍生的肿瘤器官的体内药物分型为胆道C 患者识别个性化治疗选择 背景Bradley R. Corr1，Ashley Haggerty2，Stefan M. ... 摘要＃618：患者衍生的肿瘤器官的体内药物分型为胆道C 患者识别个性化治疗选择
我下面的签名证明（1）患者已经收到了有序测试的目的，风险和益处的解释； （2）在医学上需要进行有序测试，并将告知患者的治疗计划； （3）除非在这种形式上另外规定，否则患者具有复发，复发，难治性，转移性或晚期阶段III或IV癌； （4）患者已提供知情同意，符合TEMPUS或其参考实验室适用法律的要求：（a）收集和使用患者的样本（包括遗传材料）和健康信息，并执行有序测试； （b）根据需要报销或处理保险索赔的必要条件，获取，接收和发布健康信息（包括测试结果）； （c）根据适用法律保留并使用样本和健康信息在不限期的时间内； （d）根据适用的法律，将这些样本和信息取消识别并使用并共享由此产生的取消识别样本和信息。
里德伯镊子阵列中的超固体性
在本文中，我们预测在原子阵列中存在超固体相，其中所有原子都被激发到它们的里德堡态。我们专注于两个具有相反宇称的里德堡态的系统，其中两个态之间的轨道角动量 l 相差一，即∆ l = 1。在这里，原子对之间的共振偶极-偶极相互作用通常比色散范德华相互作用强得多，后者从二阶偶极-偶极相互作用产生到非共振对势。我们建议使用具有不同主量子数∆ n,0 的两个里德堡态，其中两个里德堡态之间的偶极矩阵元素急剧减小。这使我们能够进入相反的区域，其中范德华相互作用占主导地位并且预计存在超固体，正如我们使用大规模 QMC 模拟所证实的那样。我们研究了各种里德堡态 | nS 1 / 2 ⟩,|在不同的主量子数 n 和 n ′ 下，87 Rb 的 nP J ⟩ 和 | nD J ⟩ 。对于里德堡原子对 | nS 1 / 2 ⟩ 和 | n ′ PJ ⟩ ，对于典型的主量子数，共振偶极-偶极相互作用随 ∆ n 下降得太快。因此，t / V 要么太大，以致我们预期不会存在超固体相，要么太小，以致很难通过实验观察到。对于状态 | nD J ⟩ 和 | n ′ PJ ⟩ ，如果 n = n ′ − 1，我们预测有趣的参数区域。对于相关的主量子数，两个里德堡态在能量上相距不到 10 GHz，从而能够使用最先进的微波技术实现有效耦合。我们进一步通过磁量子数 m J 以及磁场 B 来微调相互作用。我们选择磁场垂直于原子平面，使得原子平面中原子之间的相互作用与相互作用原子对的方向无关。此外，偶极-偶极相互作用取决于磁场 B 的大小，因为它混合了两个里德堡态的精细结构能级，这会影响它们的偶极矩阵元素。额外的限制是 t 和 V 的相对符号，它取决于 m J 。我们仅当 t / V > 0 时才预期系统支持超固体相。最后，我们收敛到状态 | ⟩ = | 60 P 3 / 2 , mj = 3 / 2 ⟩ 和 | ⟩ = | 59 D 3 / 2 ，mj = 3 / 2 ⟩ ，场幅度B = 50 G。这些状态的另一个优势是D态原子对之间的范德华相互作用相对较弱。这使得原子阵列能够有效地激发到| ⟩状态，这是所提出的状态制备的重要组成部分。在正文的图2中，已经讨论了里德堡对| ⟩和| ⟩之间的相互作用包含一个共振非对角项∝1 / R 3 ，它会引起偶极交换并混合两个项，以及对角线贡献1 / R 6 。在短距离处，我们期望额外的贡献（例如非对角交换相互作用 ∝ 1 / R 6 ）会对此进行修改。这些项对于我们特定的里德堡对来说很小，但通常不为零。