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World File Search System剪接
标题：为 ALS/FTD 精准医疗创建从头隐蔽剪接 1
作者：Oscar G. Wilkins 1,2 *、Max ZYJ Chien 1,2 †、Josette J. Wlaschin 3,4 †、Simone Barattucci 1 、Peter Harley 1 、2
编码淋巴细胞寄托受体CD44的基因组结构至少揭示了12个剪接外显子
摘要CD44分子已知表现出大小的异质性，这既归因于替代剪接和差异糖基在繁殖域内的差异糖基化。尽管从cDNA测序中部分推断出了几个替代外显子的存在，但据我们所知，尚未描述CD44基因的精确内含子外观。在本研究中，我们描述了人类CD44基因的结构，该基因至少包含19个外显子DNA的大约50个基因酶。我们已经确定了10个在细胞外域内的剪接外显子，包括1个以前没有报道的外显子。除了整个外显子的cluson或辩解外，还通过在单个外显子2中的内部剪接供体和受体位点的uztion产生更多的多样性。先前报道的细胞质结构域的变异表明是由2个外显子的替代剪接引起的。CD44的基因组结构揭示了显着的复杂性，我们证实了替代剪接作为CD44分子中结构和功能多样性的基础的作用。
抗纤连蛋白额外结构域 B 剪接变体抗体-...
摘要 ◥ 纤维连接蛋白的额外结构域 B 剪接变体 (EDB + FN) 是一种由肿瘤相关纤维母细胞沉积的细胞外基质蛋白 (ECM)，与肿瘤生长、血管生成和侵袭有关。我们假设 EDB + FN 是使用抗体-药物偶联物 (ADC) 进行治疗干预的安全且丰富的靶点。我们描述了针对 EDB + FN (EDB-ADC) 的 ADC 的产生、药理学、作用机制和安全性概况。EDB + FN 广泛表达于胰腺癌、非小细胞肺癌 (NSCLC)、乳腺癌、卵巢癌、头颈癌的基质中，而在正常组织中则受到限制。在患者来源的异种移植 (PDX)、细胞系异种移植 (CLX) 和小鼠同源肿瘤模型中，EDB-ADC 通过位点特异性技术与 auristatin Aur0101 结合，表现出强效的抗肿瘤生长抑制作用。在
可变剪接、RNA 编辑和下一代测序的当前限制
摘要：下一代测序 (NGS) 的出现促进了不同病理学中基因表达分析的基本分析策略的转变，这些分析可用于研究、药理学和个性化医疗。从基因表达阵列时代开始，曾经高度集中于单个信号通路或通路成员的研究已经变成了对基因表达的全局分析，有助于识别新的通路相互作用、发现新的治疗靶点以及建立疾病相关性图谱以评估进展、分层或治疗反应。但是，这种分析存在一些重大缺陷，无法构建完整的图景。由于缺乏对公共数据库的及时更新以及科学数据“随意”地存放到这些数据库中，大量可能重要的数据被归为“垃圾”，这不禁让人想问：“我们到底错过了多少？”这个简短的观点旨在强调 RNA 结合/修饰蛋白和 RNA 处理对我们当前使用 NGS 技术治疗癌症所带来的一些限制，以及不充分认识到当前 NGS 技术的局限性可能会对长期治疗策略产生负面影响。
基因组测序和群体增强的实用性，以支持Marfan综合征中的剪接变体解释
此预印本版的版权持有人于2025年2月23日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.02.18.25321172 doi：medrxiv preprint
肌营养不良蛋白DP71剪接变体的表达在啮齿动物脑发育期间受到时间调节
摘要肌营养不良蛋白DP71是大脑中Duchenne肌肉营养不良（DMD）基因的主要产物，其在DMD患者和小鼠模型中的丧失会导致认知障碍。dp71表示为一系列蛋白质，该蛋白质是由外显子71至74和78的替代剪接产生的，该蛋白在主DP71D和DP71F组中分类为包含特定C端端的dp71d和DP71F组。但是，尚不清楚每个同工型在大脑发育的不同细胞类型，大脑区域和/或阶段中是否具有特定的作用。在本研究中，我们表征了胎儿（E10.5，E15.5）和产后（P1，P7，P14，P14，P21和P60）小鼠和大鼠脑发育期间DP71同工型的表达。我们通过RT-PCR和在全脑和不同大脑结构中的样品中的RT-PCR和克隆测定方法很好地量化了几个DP71转录本的表达。检测到以下DP71转录本：DP71D，DP71D ∆71，DP71D ∆74，DP71D ∆71,74，DP71D ∆71d ∆71-74，DP71F，DP71F，DP71F，DP71F，DP71F ∆71，DP71F ∆1F ∆1F ∆1FΔ74，dpp0071,71,71,71,71,71,007,71,00f ∆71,了Δ71-74。我们发现DP71F同工型是在E10.5（> 80％）中表达的主要转录物，而其表达则逐渐降低并被DP71D组的同工型从E15.5到产后和成年年龄所代替。第三代纳米孔测序证实了这一主要发现。此外，我们发现特定DP71同工型的表达水平随产后阶段和大脑结构的函数而变化。我们的结果表明，DP71同工型在胚胎和产后脑发育过程中具有不同的和互补的作用，很可能参与了不同细胞类型的各种成熟过程。
细胞到患者的机器学习转移方法揭示了替代剪接变体中的新型基底样乳腺癌预后标记
背景：乳腺癌是全球女性死亡的十大原因之一。约 20% 的患者被误诊，导致早期转移、治疗耐药和复发。许多临床和基因表达谱已成功用于将乳腺肿瘤分为 5 种主要类型，这些类型具有不同的预后和对特定治疗的敏感性。不幸的是，这些谱未能将乳腺肿瘤细分为更多亚型，以提高诊断率和存活率。可变剪接正在成为一种新的高度特异性生物标志物来源，用于将肿瘤分为不同等级。利用乳腺癌细胞系 (CCLE) 和乳腺癌肿瘤 (TCGA) 中的大量公共转录组学数据集，我们已经解决了可变剪接变体对高度侵袭性乳腺癌进行细分的能力。
从红树林土壤和药物废水中分离出来的velezensis和cupriavidus basilensis对新霉素的有效降解 抗生素负载的骨水泥和负压伤口疗法的临床疗效在多药耐药的生物中糖尿病足溃疡：回顾性分析 T淋巴细胞中调节免疫受体的替代剪接：一种新鉴定的抗癌药物免疫疗法的机制 Marfan综合征：动物模型的见解 STEM教育中的计算思维：当前最新... 功能多样性对哥斯达黎加可可农林系统中生态系统服务的影响 携带MCR的临床大肠杆菌的传播... 随机临床试验的荟萃分析 每周一次的半卢比特单药治疗在患有Prader-Willi综合征，肥胖和2型糖尿病的年轻受试者中的功效和安全性：病例报告 比较分析
新霉素是一种氨基糖苷抗生素，被广泛用于预防疾病的兽医医学。生物降解是从环境中去除新霉素的关键途径。迄今为止，仅记录了Ericae的白rot真菌versicolor和Ericoid Mycorrhizal真菌rongus rhizoscyphus ericae，以有效地降解新霉素。然而，尚无报道称为新霉素能力的细菌物种，突显了与新霉素修复有关的微生物研究的显着差距。在这项研究中，分别通过富集培养和逐渐适应性化，从药物废水和无新霉素的红树林土壤中分离出了cuprividus basilensis和velezensis。这些分离株显示新霉素的降解速率为46.4和37.6％，在96小时内，100 mg·l -1新霉素作为唯一的碳源。cuprividus basilensis的补充硫酸铵的降解率达到50.83％，而velezensis芽孢杆菌的降解速率为58.44％的可溶性淀粉的优质降解效率为58.44％。我们的发现为新霉素的微生物降解提供了宝贵的见解。首次分离出两种新霉素的细菌。在4天内，这两种物种都将新霉素降解为唯一的碳源或在合成代谢条件下。微生物适应新霉素应激，并超过了受污染源的微生物。这挑战了以下假设：抗生素降解的微生物主要起源于污染的环境。这些发现扩大了已知的新霉素降解微生物的多样性，并证明了它们从药物废水中去除难治性新霉素的潜力。
病例报告：EDA 基因剪接位点突变导致少汗性外胚层发育不良，出现特应性皮炎样皮肤表现
少汗性外胚层发育不良 (HED) 是一种罕见疾病。患有 HED 的患者从小就表现出头发稀疏、牙齿发育不良和无汗症，以及特应性皮炎样皮肤表现。我们报告了一名 20 岁的男性 HED 患者，他患有特应性皮炎样皮肤，经度匹鲁单抗成功治疗。基因分析发现 EDA 基因中存在剪接突变，NG_009809.2 (NM_001399.5):c.793 + 3A > C r.742_ 793del p.Pro248Ilefs Ter15，这是以前从未报道过的。该患者因全身瘙痒加剧而到我们科室就诊。根据皮疹的分布，患者被诊断为特应性皮炎并开始使用度匹鲁单抗。治疗第三个月皮疹减轻。dupilumab 在治疗与 Th2 免疫相关的遗传性皮肤病方面的潜力是已知的。尽管皮疹与 HED 的特应性皮炎样皮肤表现或独立的特应性皮炎有关尚不清楚，但 dupilumab 可能是治疗伴有特应性皮炎皮肤的 HED 的候选药物。
引导癌症 mRNA 剪接研究走向临床转化
剪接因子受几种血液和实体恶性肿瘤中复发性体细胞突变和拷贝数变异的影响，这通常被视为剪接异常可驱动癌症发生和发展的初步证据。然而，许多剪接体成分也在 DNA 修复和其他细胞过程中“兼职”，因此很难确定它们在癌症中的确切作用。尽管如此，很少有人会否认，失调的 mRNA 剪接是大多数癌症的普遍特征。正确解释这些分子指纹可以揭示新的肿瘤弱点和尚未开发的治疗机会。然而，多重技术挑战、挥之不去的误解和悬而未决的问题阻碍了临床转化。首先，由于短读 RNA 测序的局限性（不擅长解析完整的 mRNA 异构体），以及长读 RNA 测序固有的浅读深度（尤其是在单细胞水平上），癌症中剪接异常的总体情况尚不明确。尽管已知个别癌症相关亚型会促进癌症进展，但广泛的剪接变异可能同样重要，而且可能更容易对人类癌症采取行动。也就是说，除了“修复”错误剪接的转录本外，可能的治疗途径还包括使用小分子剪接体抑制剂加剧剪接畸变、使用合成致死方法靶向复发性剪接畸变以及训练免疫系统识别剪接衍生的新抗原。