XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System剪接
定量分析质疑MECP2作为替代剪接的全球调节剂的作用
meCP2是成熟神经细胞中丰富的蛋白质，它与含甲基化胞嘧啶的DNA序列结合。MECP2基因中的突变引起严重的神经疾病RETT综合征（RTT），引发对基本分子机械性的深入研究。已经提出了多个功能，其中之一涉及剪接中的调节作用。在这里，我们利用高质量转录组数据集的最新可用性来定量探测MECP2对替代剪接的潜在影响。使用可以同时捕获线性和非线性关联的各种机器学习方法，我们表明MECP2级别差异很大，对三种不同系统中的替代剪接具有最小的影响。替代剪接显然也不对DNA甲基化水平的心理变化无动于衷。我们的结果表明，剪接的调节不是MECP2的主要功能。他们还强调了多变量定量分析在制定生物学假设中的重要性。
植物病原体重编程主机替代mRNA剪接
替代剪接（AS）是真核生物中进化保守的细胞过程，其中从单个基因中产生了多个Messenger RNA（mRNA）转录本。随着增加转录组复杂性和蛋白质组多样性的概念，它引入了一种新的观点，以理解植物病诱导的宿主变化作为原因疾病。最近，人们已经认识到，在寄生，共同和符号相互作用期间代表了植物免疫系统的组成部分。在这里，我提供了最近的进展概述，详细介绍了植物病的重编程以及疾病表型的功能性影响。此外，我讨论了免疫受体在调节植物免疫中的重要功能，以及phy-topathogen如何使用效应子蛋白来靶向剪接机械的关键成分，并利用免疫调节剂的交替剪接变体来否定防御反应。最后，在植物 - 病原体界面的背景下，AS和废话介导的mRNA衰变之间的功能关联被概括。
1 BRCA1二级剪接位点突变驱动外显子...
。cc-by-nd 4.0国际许可证可永久提供。是作者/资助者，他已授予Medrxiv的许可证，以显示预印本（未经同行评审证明）预印版本的版权所有者此版本发布于2023年8月28日。 https://doi.org/10.1101/2023.03.20.23287465 doi：medrxiv preprint
1 BRCA1二级剪接位点突变驱动外显子...
保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。永久性。预印本（未经Peer Review认证）是作者/资助者，他已授予Medrxiv的许可证，以在2023年3月21日发布此版本中显示此版本的版权所有者。 https://doi.org/10.1101/2023.03.20.23287465 doi：medrxiv preprint
可变剪接、RNA 编辑和下一代测序的当前限制
摘要：下一代测序 (NGS) 的出现促进了不同病理学中基因表达分析的基本分析策略的转变，这些分析可用于研究、药理学和个性化医疗。从基因表达阵列时代开始，曾经高度集中于单个信号通路或通路成员的研究已经变成了对基因表达的全局分析，有助于识别新的通路相互作用、发现新的治疗靶点以及建立疾病相关性图谱以评估进展、分层或治疗反应。但是，这种分析存在一些重大缺陷，无法构建完整的图景。由于缺乏对公共数据库的及时更新以及科学数据“随意”地存放到这些数据库中，大量可能重要的数据被归为“垃圾”，这不禁让人想问：“我们到底错过了多少？”这个简短的观点旨在强调 RNA 结合/修饰蛋白和 RNA 处理对我们当前使用 NGS 技术治疗癌症所带来的一些限制，以及不充分认识到当前 NGS 技术的局限性可能会对长期治疗策略产生负面影响。
调节 RNA 剪接可增强白血病对 BCL2 抑制的反应。
Eric Wang, 1, 10, * Jose Mario Bello Pineda, 2, 3, 4, 10 Won Jun Kim, 5, 10 Sisi Chen, 5 Jessie Bourcier, 5 Maximilian Stahl, 6 Simon J. Hogg, 5 Jan Phillipp Bewersdorf, 5 Cuijuan Han, 1 Michael E. Singer, 5 Daniel Cui, 5 Caroline E. Erickson, 5 Steven M. Tittley, 5 Alexander V. Penson, 5 Katherine Knorr, 5 Robert F. Stanley, 5 Jahan Rahman, 5 Gnana Krishnamoorthy, 7, 8 James A. Fagin, 7, 8 Emily Creger, 9 Elizabeth McMillan, 9 Chi-Ching Mak, 9 Matthew Jarvis, 9 Carine Bossard, 9 Darrin M. Beaupre, 9 Robert K. Bradley, 2 , 3 , * 和 Omar Abdel-Wahab 5 , 11 , * 1 杰克逊基因组医学实验室，美国康涅狄格州法明顿 06032 2 美国华盛顿州西雅图弗雷德哈钦森癌症研究中心公共卫生科学和基础科学部 3 美国华盛顿州西雅图华盛顿大学基因组科学系 4 美国华盛顿州西雅图华盛顿大学医学科学家培训计划 5 美国纽约州纽约市纪念斯隆凯特琳癌症中心斯隆凯特琳研究所分子药理学项目 6 美国马萨诸塞州波士顿丹娜—法伯癌症研究所肿瘤内科系 7 美国纽约州纽约市纪念斯隆凯特琳癌症中心人类肿瘤学和发病机制项目 8 美国纽约州纽约市纪念斯隆凯特琳癌症中心医学系、内分泌学分部 9 Biosplice Therapeutics Inc.，美国加利福尼亚州圣地亚哥 10 这些作者贡献相同 11 主要联系人 *通信地址：eric.wang@jax.org (EW)、rbradley@fredhutch.org (RKB)、abdelwao@mskcc.org (OA-W.) https://doi.org/10.1016/j.ccell.2022.12.002
抗纤连蛋白额外结构域 B 剪接变体抗体-...
摘要 ◥ 纤维连接蛋白的额外结构域 B 剪接变体 (EDB + FN) 是一种由肿瘤相关纤维母细胞沉积的细胞外基质蛋白 (ECM)，与肿瘤生长、血管生成和侵袭有关。我们假设 EDB + FN 是使用抗体-药物偶联物 (ADC) 进行治疗干预的安全且丰富的靶点。我们描述了针对 EDB + FN (EDB-ADC) 的 ADC 的产生、药理学、作用机制和安全性概况。EDB + FN 广泛表达于胰腺癌、非小细胞肺癌 (NSCLC)、乳腺癌、卵巢癌、头颈癌的基质中，而在正常组织中则受到限制。在患者来源的异种移植 (PDX)、细胞系异种移植 (CLX) 和小鼠同源肿瘤模型中，EDB-ADC 通过位点特异性技术与 auristatin Aur0101 结合，表现出强效的抗肿瘤生长抑制作用。在
引导癌症 mRNA 剪接研究走向临床转化
剪接因子受几种血液和实体恶性肿瘤中复发性体细胞突变和拷贝数变异的影响，这通常被视为剪接异常可驱动癌症发生和发展的初步证据。然而，许多剪接体成分也在 DNA 修复和其他细胞过程中“兼职”，因此很难确定它们在癌症中的确切作用。尽管如此，很少有人会否认，失调的 mRNA 剪接是大多数癌症的普遍特征。正确解释这些分子指纹可以揭示新的肿瘤弱点和尚未开发的治疗机会。然而，多重技术挑战、挥之不去的误解和悬而未决的问题阻碍了临床转化。首先，由于短读 RNA 测序的局限性（不擅长解析完整的 mRNA 异构体），以及长读 RNA 测序固有的浅读深度（尤其是在单细胞水平上），癌症中剪接异常的总体情况尚不明确。尽管已知个别癌症相关亚型会促进癌症进展，但广泛的剪接变异可能同样重要，而且可能更容易对人类癌症采取行动。也就是说，除了“修复”错误剪接的转录本外，可能的治疗途径还包括使用小分子剪接体抑制剂加剧剪接畸变、使用合成致死方法靶向复发性剪接畸变以及训练免疫系统识别剪接衍生的新抗原。
picln调节植物中的替代剪接和光/温度响应
[a]Martínez-Martínez等人提供的EHS的实验测量的底物滥交水平。1。[b]基于Arpigny和Jaeger分类的家族35。[C] TopScore预测的全蛋白误差估计比较模型15。[d]在Pymol中“ Alignto”确定的PDB结构的模型之间的均方根偏差；在Å。[E] EHS的催化活性残基。 [F]基于预测的H type2，EHS具有EHS的全局灵活性。 [g]基于预测的RC IJ，邻居的EHS催化活性残基的局部灵活性。[E] EHS的催化活性残基。[F]基于预测的H type2，EHS具有EHS的全局灵活性。 [g]基于预测的RC IJ，邻居的EHS催化活性残基的局部灵活性。[F]基于预测的H type2，EHS具有EHS的全局灵活性。[g]基于预测的RC IJ，邻居的EHS催化活性残基的局部灵活性。