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通过局部单倍体人类多能干细胞对 BRCA2 基因变体进行功能注释
BRCA2 基因突变与散发性和家族性癌症有关，可导致基因组不稳定并使癌细胞对聚（ADP-核糖）聚合酶 (PARP) 抑制敏感。本文表明，删除一个 BRCA2 拷贝的人类多能干细胞 (hPSC) 可用于注释此基因的变体并测试其对 PARP 抑制的敏感性。通过使用 Cas9 编辑局部单倍体 hPSC 和从其分化的成纤维细胞中的功能性 BRCA2 等位基因，我们鉴定了该基因中的必需区域以识别允许突变和功能丧失突变。我们还使用 Cas9 直接测试单个氨基酸的功能，包括由意义不明确的临床 BRCA2 变体编码的氨基酸，并鉴定了对用作 BRCA2 缺陷型癌症治疗标准的 PARP 抑制剂敏感的等位基因。局部单倍体人类多能干细胞可以促进基因的详细结构功能分析以及临床观察到的突变的快速功能评估。
腺相关病毒工具包可靶向多种脑细胞
重组腺相关病毒 (AAV) 是神经科学研究中常用的基因传递载体。它们具有两个可工程化的特征：衣壳（外部蛋白质壳）和货物（封装的基因组）。可以修改这些特征以分别增强细胞类型或组织向性并控制转基因表达。已经鉴定出几种具有独特向性的工程化 AAV 衣壳，包括具有增强的中枢神经系统转导、细胞类型特异性和神经元逆向运输的变体。将这些 AAV 与现代基因调控元件和最先进的报告、传感器和效应货物配对，可以实现高度特异性的转基因表达，以对脑细胞和回路进行解剖和功能分析。在这里，我们讨论了最近的进展，这些进展提供了一个全面的（衣壳和货物）AAV 工具包，用于遗传访问分子定义的脑细胞类型。
一种通用且快速的 CRISPR 脱靶位点检测工具
背景：II 型成簇的规律间隔短回文重复序列 (CRISPR) 和 CRISPR 相关蛋白 (Cas) 是一种强大的基因组编辑技术，在基因功能分析中越来越受欢迎。在 CRISPR/Cas 中，RNA 引导 Cas 核酸酶到靶位点进行 DNA 修饰。结果：CRISPR/Cas 的性能取决于精心设计的单向导 RNA (sgRNA)。然而，sgRNA 的脱靶效应会导致基因组中出现不良突变，从而限制了 CRISPR/Cas 的使用。在此，我们介绍了一种通用且快速的 CRISPR 脱靶检测工具 OffScan。结论：OffScan 不受错配数量的限制，并允许自定义原型间隔区相邻基序 (PAM)，这是 Cas 蛋白的靶位点。此外，OffScan 采用 FM 索引，可有效提高查询速度并减少内存消耗。
全基因组shot弹枪测序揭示了环境微生物共感染对严重小儿感染性疾病的治疗功效的影响
儿童更容易受到严重感染的影响，这些感染可能对患者产生重大的身体和经济后果（Tiru等，2015； Sultana等，2021）。因此，对致病细菌的准确鉴定对于有效治疗至关重要（Brook，2017）。宏基因组下一代测序（NGS）已成为诊断严重感染的宝贵临床工具，尤其是由罕见病原体引起的（Wu等人，2019年；共识专家群在元素下一代测序中应用于临床和严重性感染中的病原体诊断中的专家组，;在技术能力方面，与16S rRNA测序相比，shot弹枪测序提供了更强大的工具（Bender and Dien，2018）。其较高的分辨率和功能分析能力使其成为一种有利的方法，尤其是因为很少有研究在小儿种群中应用宏基因组测序。
比较转录组分析，用于鉴定候选性别相关的基因和深红色Seabream（Parargyrops Edita）中的途径
硬骨鱼在动物中显示最大的性别确定系统，导致各种生殖策略。对硬骨植物中与性别相关的基因的研究将扩大我们对过程的理解，并对脊椎动物中性别确定过程的可塑性提供重要的见解。Crimson Seabream（Parargyrops Edita Tanaka，1916年）是整个亚洲最有价值，最丰富的鱼类资源之一。但是，有关P. Edita的基因组信息很少。在本研究中，用RNA-Seq技术对男性和女性P. Edita的转录组进行了测序。从库中生成了总共388,683,472读。过滤和组装后，用2,921 bp的N50获得了总共79,775个非冗余单基因。The unigenes were annotated with multiple public databases, including NT (53,556, 67.13%), NR (54,092, 67.81%), Swiss-Prot (45,265, 56.74%), KOG (41,274, 51.74%), KEGG (46,302, 58.04%), and GO （11,056，13.86％）数据库。对P. Edita不同性别的单基因的比较表明，在男性和女性之间，有差异表达了11,676个单基因（女性为9,335，男性为2,341个）。在女性中特别表达了5,463个，在男性中特别表达了1,134个。此外，确认了十个单基因的表达水平，以通过QRT-PCR验证转录组数据。此外，在含SSR的序列中鉴定出34,473个简单的序列重复序列（SSR），然后随机选择50个基因座以进行引物发育。和途径（MAPK信号通路，p53信号通路等）成功扩增了36个基因座，19个基因座是多态性的。最后，我们的比较分析确定了许多与性别相关的基因（ZP，AMH，GSDF，SOX4，CYP19A等）P. Edita的。 此内容丰富的转录组分析提供了有价值的数据，以增加P. Edita的基因组资源。 结果将有助于阐明性别确定的分子机制以及对性相关基因的未来功能分析。。此内容丰富的转录组分析提供了有价值的数据，以增加P. Edita的基因组资源。结果将有助于阐明性别确定的分子机制以及对性相关基因的未来功能分析。
干细胞报告
精原干细胞 (SSC) 是生产转基因动物的资源。然而，对 SSC 的基因操作取得的成功有限。在这里，我们展示了通过慢病毒 (FV-LV) 使用融合蛋白 (F) 将基因有效转移到 SSC 中，融合蛋白是一种参与病毒体/细胞膜融合的仙台病毒 (SV) 包膜蛋白。FV-LV 比传统 LV 更有效地转导培养的 SSC。虽然感染 SV 的 SSC 无法产生后代，但用 FV-LV 转导的 SSC 具有生育能力。体内微注射表明 FV-LV 不仅可以穿透曲细精管的基底膜，还可以穿透血睾屏障，从而成功转导生精细胞和睾丸体细胞。用表达针对 Kit 或 Sycp3 的药物诱导型 CRISPR/Cas9 的 FV-LV 转染培养的 SSC 在移植和体内药物治疗后表现出精子发生受损。因此，FV-LV 为涉及 SSC 和精子发生的基因的功能分析提供了一种有效的方法。
植物开发中GRAS转录因子网络...
GRAS转录因子的植物特异性家族已广泛地与调节转录重编程有关，与从植物发育过程到压力反应的生物学功能多样性相关。在硅质O结构和比较分析中支持的GRAS转录因子的功能分析正在出现并阐明与其生物学作用相关的调节网络。在本综述中，对GRAS蛋白结构和生化特征的详细分析表明，这些特征如何影响亚细胞位置，分子机制和功能。与GRAS分类相关的术语分类相关的术语问题，尤其是如何影响生物学功能的假设。洞悉推动该基因家族演变的机制，以及GRA的遗传和表观遗传调节如何提供有助于下功能化。最后，这篇评论辩论挑战和未来的观点，即对这个复杂但有前途的基因家族的应用来改善作物，以应对环境过渡的挑战。
数据科学的数学和计算基础
该课程涵盖了数据科学的几个主题，重点介绍了该领域许多发展以及算法及其计算方面的关键数学和统计概念和技术思想。重点是基本数学思想（包括基本功能分析和近似理论，概率和几何学观点的集中不平等，对图的分析和图），核心统计技术（例如线性回归，参数和非参数方法），无监督的机器学习技术（例如，聚类，多种学习），监督（分类，回归）和半监督学习。上述算法和计算方面及其基础，包括数值线性代数的基础，以及线性和非线性优化的基础，以以计算有效的方式实现上述问题的解决方案。应用程序将包括统计信号处理，成像，反问题，图形处理以及统计/机器学习与物理/动态系统的交集的问题（例如学习基于代理模型的学习相互作用内核，随机动力学系统的模型降低）。
Gunma大学科学研究生院和...Gunma大学科学研究生院和...
包括配位化合物hideki amii amii@ ・开发合成有机反应及其应用MD。Zakir Hossain Zakir@ ・ sic基板上的外延石墨烯的化学修改Okutsu Okutsu@ ・物理化学，光化学和晶体生长Hiroaki Ozaki ozaki ozaki h-ozaki h-ozaki@ sumiyoshi y-sumiyoshi@ ・研究由激进分子组成的瞬时物种和复合物的分子结构研究Masashi sonoyama sonoyama@ ・生物分子科学，蛋白质的生物物理化学，蛋白质的生物物理化学，生物镜，生物信息信息，生物信息，生物信息hiroshi takahashashashashashashashashashashashashashase@ shig shig shusta thaug thagi y thaber thagial thabera thabera thagia thage thabera thage thabera thabera thabera thabera thabera thabera thabera模型stakeda@ ・受体的功能分析，蛋白质自组装的表征和应用Nakamura nakamura@@新型π共轭系统的结构和属性，包括
使用 i-GONAD 生成 Flag/DYKDDDDK 表位标签敲入小鼠，可检测内源性 CaMKII 和蛋白质
摘要：特异性抗体对于蛋白质复合物的细胞和组织表达、生化和功能分析必不可少。然而，制备特异性抗体通常费时费力。将内源性蛋白质的表位标记在适当的位置可以克服这个问题。在这里，我们使用 AlphaFold2 蛋白质结构预测研究了表位标签位置，并结合 CRISPR-Cas9 基因组编辑和电穿孔 (i-GONAD) 开发了 Flag/DYKDDDDK 标签敲入 CaMKII α 和 CaMKII β 小鼠。使用 i-GONAD，可以将长达 200 bp 的小片段插入目标基因的基因组中，从而实现高效便捷的小表位标记。使用市售的抗 Flag 抗体进行实验，可以通过蛋白质印迹、免疫沉淀和免疫组织化学轻松检测内源性 CaMKII α 和 β 蛋白。我们的数据表明，通过 i-GONAD 生成 Flag/DYKDDDDK 标签敲入小鼠是一种有用且方便的选择，特别是在没有特定抗体的情况下。