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离子通道调节肠道免疫 无尿细胞的DNA多仪检测MRD并预测膀胱癌患者的存活 1型糖尿病儿童糖尿病性酮症酸中毒后的认知功能 通过美国食品和药物管理局美国医学毒理学学院COVID-19毒物药物毒理学项目 数字共享@贝克尔 - 华盛顿大学 NRAS突变物黑色素瘤中对免疫检查点抑制剂治疗的客观反应：系统评价和荟萃分析 神经网络预测用体外膜氧合治疗的小儿患者的射线照相脑损伤 针对AML和ALL -Digital Commons@Becker 以CXCR4为目标 tert，CNS恶性肿瘤的启动子
循环肿瘤DNA（CTDNA）敏感性仍然是膀胱癌患者分子残留疾病（MRD）检测的敏感性。为了解决这个问题，我们专注于最靠近该疾病，尿液和分析的尿液肿瘤DNA的生物流体。我们通过深层测序（UCAPP-SEQ）将超低通的整个基因组测序（ULP-WGS）与尿癌个性化的亲填充（ULP-WGS）整合在一起，以实现敏感的MRD检测并预测总体存活。变体等位基因频率，推断的肿瘤突变负担和无尿细胞DNA（CFDNA）的拷贝数衍生肿瘤分数水平的明显预测的病理完全反应状态，远胜于血浆CTDNA的能力。将这些尿液CFDNA衍生的因子具有带有一口输出的交叉验证的随机森林模型，对于预测有关金标准手术病理学的残留疾病的敏感性为87％。Kaplan - Meier分析该模型的患者具有MRD，这是通过COX回归分析证实的。对肌肉侵入性，新辅助化疗和持有验证亚组进行的其他生存分析证实了这些发现。总而言之，我们促进了来自74例局部膀胱癌患者的尿液样本，并使用尿液CFDNA多词敏感地检测MRD并准确预测生存率。
基于新型特征描述符和特征选择技术预测谷氨酸棒状杆菌启动子
启动子是重要的非编码DNA调控元件，与RNA聚合酶结合激活下游基因的表达。工业上人工精氨酸主要由谷氨酸棒杆菌合成，特定启动子区域的复制可增加精氨酸的产量，因此需要对谷氨酸棒杆菌中的启动子进行准确定位。在湿实验中，启动子的识别依赖于sigma因子和DNA剪接技术，这是一项费力的工作。为了快速方便地识别谷氨酸棒杆菌中的启动子，我们发展了一种基于新型特征表示和特征选择的方法来完成这项任务，通过多种理化性质的统计参数描述DNA序列，结合方差分析和层次聚类过滤冗余特征，其预测准确率高达91.6%，灵敏度91.9%可以有效识别启动子，特异性91.2%可以准确识别非启动子。此外，我们的模型可以在400个独立样本中正确识别181个启动子和174个非启动子，证明了所开发的预测模型具有良好的稳健性。
神经网络预测用体外膜氧合治疗的小儿患者的射线照相脑损伤针对AML和ALL -Digital Commons@Beckertert，CNS恶性肿瘤的启动子
摘要随着细胞在有丝分裂过程中复制其DNA，由于DNA复制过程的固有局限性，端粒缩短了。维持端粒长度对于癌细胞克服端粒缩短引起的细胞衰老至关重要。端粒酶逆转录酶（TERT）是端粒酶的限速催化亚基，端粒酶是RNA依赖性的DNA聚合酶，可延长端粒DNA以维持端粒稳态。tert启动子突变。此外，TERT启动子高甲基化也会导致TERT转录增加，已在dend依膜瘤和小儿脑肿瘤中使用。在高度癌症的气氛中观察到的TERT失调的高频使端粒酶活性成为开发新型疗法的有吸引力的靶标。在这篇综述中，我们简要讨论正常人类细胞中TERT的正常端粒生物学以及TERT的结构，功能和调节。我们还强调了TERT在癌症生物学中的作用，重点是原发性中枢神经系统肿瘤。最后，我们总结了TERT启动子突变在癌症中的临床意义，这些突变促进造成肿瘤的分子机制以及针对TERT的癌症疗法的最新进展。
来自法洛的先天性四边形的ISL1基因启动子的遗传变异改变了细胞功能形成疾病基础
摘要：Fallot（TOF）的四边形是新生儿中最常见的氰基先天性心脏病。isl1是第二心脏场发育中的主要转录因子，而ISL1基因启动子在TOF患者中的作用尚未进行遗传研究。从601名人类受试者中提取总DNA，包括308名TOF患者和293例健康对照组，并进行了Sanger测序。仅在TOF患者中发现了ISL1基因启动子中的四种变体（包括一种新型杂合变体）。功能分析，并证明四种变体中的三个显着降低了HL1基因启动子在HL-1细胞中的转录活性（P <0.05）。此外，在线JASPAR数据库和电泳移动性转移测定法显示，这三种变体影响了转录因子的结合和ISL1表达水平的改变。总而言之，当前的第一次研究表明，从ISL1基因启动子区域鉴定的变体可能通过影响转录活性和改变ISL1表达水平而参与TOF的发展。因此，这些发现可能会为TOF的分子病因和潜在的治疗策略提供新的见解。
分析启动子对人类细胞中 CRISPR-Cas12a 系统的影响
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证永久有效。它是在预印本（未经同行评审认证）下提供的，作者/资助者已授予 bioRxiv 许可，可以在该版本中显示预印本。此版本的版权持有者于 2023 年 2 月 7 日发布。；https://doi.org/10.1101/2023.02.06.527393 doi：bioRxiv 预印本
分析启动子对人类细胞中 CRISPR-Cas12a 系统的影响
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证永久有效。它是在预印本（未经同行评审认证）下提供的，作者/资助者已授予 bioRxiv 许可，可以在该版本中显示预印本。此版本的版权持有者于 2023 年 2 月 7 日发布。；https://doi.org/10.1101/2023.02.06.527393 doi：bioRxiv 预印本
Lanco™stat电导率启动子
供应形式和标准包装•Estane®ZHF 80AT7以颗粒形式提供，并以50磅的袋子或1000磅的盒子包装。材料制备•在加工之前，必须在220°F（104°C）下干燥estane®ZHF 80AT7 2-4小时。•建议在干燥剂型干燥机中干燥材料。目标露点应为-40°C。•根据所应用的加工技术，最大水分水平应为0.02％。处理条件•可以在任何常规挤出机上处理estane®ZHF80AT7。
利用昆虫启动子进行基因工程控制蚊媒疾病
摘要：蚊子转基因和基因驱动技术为开发有前途的新型媒介传播疾病预防工具提供了基础，这些工具要么抑制野生蚊子种群，要么降低其传播病原体的能力。许多关于具有强大性别、组织和阶段特异性表达谱的基因的调控 DNA 和启动子的研究支持开发可以控制蚊媒疾病的新工具和策略。尽管可用的调控元件列表很重要，但只有有限的一组可以可靠地驱动时空表达。在这里，我们回顾了我们在蚊子中表达有益基因和其他基因的能力方面的进展，并强调了开发新的蚊虫控制和抗病策略所需的信息。
利用 CRISPR/Cas9 生成内源启动子驱动的荧光素酶报告系统，用于研究核心时钟基因 BMAL1 的转录调控
摘要：人类和其他生物体通过大气、饮用水、食物或直接接触不断接触成千上万种化学物质。这些化学物质中很大一部分浓度很低，即使在未观察到不良影响水平 (NOAEL) 下也可能产生协同作用。复杂的污染物混合物很难通过传统的毒理学方法进行评估。人们越来越关注不同污染物如何通过影响昼夜节律而诱导人体不良的生理功能。然而，从大量化学物质或其复杂混合物中筛选出具有昼夜节律破坏作用的化合物非常困难。我们通过 CRISPR/Cas9 建立了稳定的萤火虫荧光素酶报告基因敲入 U2-OS 细胞系，以筛选昼夜节律破坏污染物。荧光素酶基因插入核心时钟基因 BMAL1 下游并由内源启动子控制。与使用外源启动子的检测系统相比，这些细胞能够检测干扰 BMAL1 基因表达介导的昼夜节律系统的化合物。U2-OS 敲入细胞显示，当用 BMAL1 抑制剂和激活剂处理时，BMAL1 和荧光素酶活性发生了平行变化。此外，荧光素酶报告基因具有高灵敏度，比传统毒理学方法更快、更经济。敲入细胞系可用于高通量、高效筛选破坏昼夜节律的化学物质，例如药物和污染物。
MeiraGTx 的 AI 驱动启动子优化
合成了具有最高预测效力的构建体并在 HEK293T 细胞中进行了测试。第一代的结果表明，大多数增强子+启动子构建体的性能与母体 C6 启动子一样好或更好。特别是，构建体 C120 和 C124 分别表现出约 30% 和约 40% 的提高效力。同样，一些点突变导致性能提高 10% 到 30%。超突变构建体（采用迭代或贪婪方法）破坏了 HEK293T 细胞中的启动子活性。根据第一代的结果，我们合理地设计了一组新的构建体，这些构建体基于体外表达最高的构建体的组合。第二代在 HEK293T 细胞中进行了测试，所有构建体都表现出比亲本 C6 更高的表达。特别是，与原始 C6 构建体相比，构建体 C187 达到了约 2 倍的改善。