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NucleoMag® DNA FFPE
收集和储存福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 临床样本是世界各地医院的标准程序，是回顾性分析的宝贵资源。为了分解和识别致癌作用、患者治疗和疾病结果之间的分子相关性，纯化大量高质量 DNA 至关重要。然而，在使用 FFPE 材料进行后续下游分子应用时存在几个问题。固定过程会导致核酸交联，从而导致严重碎片化。此外，FFPE 提取方案通常涉及繁琐的手动步骤和二甲苯等危险化学品。
头颈部鳞状细胞癌中 NRF2 信号和预测生物标志物的靶向蛋白质组学定量
NFE2L2 (NRF2) 致癌基因和转录因子驱动基因表达程序，促进癌症进展、代谢重编程、免疫逃避和放化疗抗性。根据 NRF2 活性对患者进行分层可指导治疗决策以改善结果。在这里，我们开发了一种基于内部标准触发平行反应监测的质谱靶向蛋白质组学检测，以量化 69 种 NRF2 通路成分和靶标，以及 21 种在头颈部鳞状细胞癌 (HNSCC) 中具有广泛临床意义的蛋白质。我们改进了现有的内部标准触发平行反应监测采集算法 SureQuant，以提高吞吐量、灵敏度和精度。在 27 种肺癌和上消化道癌细胞模型上测试优化平台，发现了 35 种 NRF2 反应蛋白。在福尔马林固定石蜡包埋的 HNSCC 中，NRF2 信号强度与 NRF2 激活突变和 SOX2 蛋白表达呈正相关。滤过性 T 细胞的蛋白质标记物彼此呈正相关，并与人乳头瘤病毒感染状态呈正相关。CDKN2A (p16) 蛋白表达与人乳头瘤病毒致癌 E7 蛋白呈正相关，并证实存在翻译活性病毒。这项工作建立了一种临床上可行的 HNSCC 蛋白质生物标志物检测方法，能够在 90 分钟内量化来自冷冻或福尔马林固定石蜡包埋的存档组织中的 600 多种肽。
使用 Enrichment Dx 进行 Illumina DNA 制备
Illumina DNA Prep with Enrichment Dx 是一种文库制备和富集解决方案，符合欧盟 (EU) 关于体外诊断医疗器械的法规 2017/746，并受美国食品药品管理局 (FDA) 监管。它支持来自人体细胞和组织的各种基因组 DNA (gDNA) 的文库制备，包括从全血或福尔马林固定、石蜡包埋 (FFPE) 组织中提取的 gDNA（表 1）。作为下一代测序 (NGS) 工作流程的一部分，Illumina DNA Prep with Enrichment Dx 使临床实验室能够将有针对性的测序富集面板添加到其诊断应用程序中（图 1）。
8-OHdG DNA 损伤定量直接试剂盒（比色法）
用途：EpiQuik™ 8-OHdG DNA 损伤定量直接试剂盒（比色法）适用于直接使用从任何物种（例如哺乳动物、植物、真菌、细菌和病毒）中分离的 DNA 检测氧化 DNA 损伤（8-OHdG）状态，这些 DNA 以多种形式存在，包括但不限于培养细胞、新鲜和冷冻组织、石蜡包埋组织和体液样本。输入 DNA：每次检测的 DNA 量可以为 100 ng 至 300 ng。为了获得最佳定量，输入 DNA 量应为 300 ng，因为基础 8-OHdG 通常少于总 DNA 的 0.01%。起始材料：起始材料可以包括各种组织或细胞样本，例如来自烧瓶或微孔板培养细胞的细胞、新鲜和冷冻组织、石蜡包埋组织、血液、体液样本等。内部控制：该试剂盒提供阴性和阳性 DNA 对照。可以绘制标准曲线（范围：5 至 200 pg 的 8-OHdG）或使用单一数量的 8-OHdG 作为阳性对照。因为 8-OHdG 含量在不同组织、正常和患病状态以及治疗和未治疗条件下会有所不同，所以建议运行重复样本以确保产生的信号得到验证。该试剂盒将允许用户量化 8-OHdG 的绝对量并确定两个不同 DNA 样本的相对 8-OHdG 状态。注意事项：为避免交叉污染，请小心地将样品或溶液移液到试纸条孔中。使用防气溶胶移液器吸头，并在每次液体转移之间更换吸头。在整个过程中都要戴手套。如果手套和样品接触，请立即更换手套。
三阴性乳腺癌患者肿瘤组织中雄激素受体及PIM1的表达
无论是否存在雄激素，其转录活性都会受到影响。我们评估了 AR 和 PIM1 的表达及其在 TNBC 中的预后意义。材料和方法：通过定量逆转录聚合酶链式反应对 141 例 TNBC 患者的福尔马林固定石蜡包埋肿瘤中的 AR 和 PIM1 转录本进行量化。结果：38.3% 表达 AR，10.6% 表达 PIM1，而在 7/141 例（5.0%）中检测到 AR 和 PIM1 共同表达。AR 或 PIM1 对总体或无病生存期没有预后意义。结论：只有一小部分 TNBC 患者存在 AR 和 PIM1 共同表达。应在更大的患者队列中研究这一发现对 TNBC 患者治疗管理的意义。
Lim - 表观遗传学在头部疾病诊断和预后中的应用......
缩写：AcCC，腺泡细胞癌；AdCC，腺样囊性癌；EOLP，糜烂性口腔扁平苔藓；F，冰冻；Fe，女性；FFPE，福尔马林固定石蜡包埋；FoM，口底；HNSCC，头颈部鳞状细胞癌；HPV，人乳头瘤病毒；M，男性；MEC，粘液表皮样癌；N，数量；NEOLP，非糜烂性口腔扁平苔藓；NR，未报告；OKC，口腔角化囊肿；OL，口腔白斑；OLP，口腔扁平苔藓；OP，口腔癌前病变；OPSCC，口咽鳞状细胞癌；OSCC，口腔鳞状细胞癌；PA，多形性腺瘤；PBMC，外周血单核细胞；R，范围；rOSCC，复发性口腔鳞状细胞癌； SGT，涎腺肿瘤；WA，沃辛瘤。
QIAGEN 推出全新文库制备试剂盒，助力多组学研究并推进精准医疗
研究人员还可以使用 QIAseq 多模态 DNA/RNA 文库试剂盒生成仅含 DNA 或仅含 RNA 的文库。这是市场上第一款可兼容多种输入样本的 NGS 多模态试剂盒，包括血液、福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 样本和无细胞 DNA (cfDNA)。这在转化研究中尤其重要，例如在癌症研究中，可能会有不同类型的样本。该试剂盒灵敏度高，可检测 DNA 和 RNA 稀有变异。使用 QIAseq 多模态 DNA/RNA 文库试剂盒生成的 DNA 和 RNA 文库可直接与不同的测序平台兼容，例如 Illumina 仪器和 Element Aviti，并且可以通过增加转换步骤在其他测序仪上进行测序（Complete Genomics/MGI、Singular Genomics 和 Ultima Genomics）。
子宫肌瘤治疗的新选择
两项发现使得注射药物输送的新测试成为可能，以评估通过局部注射治疗子宫肌瘤的效果。为了进行这项研究，北卡罗来纳中央大学的化学家们开发了标准操作程序，用于制备大批量（20 克）的 LiquoGel TM，其纯度超过 98%，这已由核磁共振波谱证实。LiquoGel TM 载体在室温下为液体，在正常体温下转变为凝胶。这可以保护局部输送的治疗药物。此类药物和其他物质可以“包埋”在水凝胶共聚物的“孔隙”中。该团队还能够开发出具有更牢固（共价）结合物质（LiquoGel TM –R）的 LiquoGel TM 批次，这些物质也可以装载其他药物。更牢固结合的物质可用作治疗或诊断应用的标记或“信标”。与杜克大学的临床医生和科学家合作，他们随后收集了人类子宫肌瘤组织
低输入/FFPE 样本的选项
福尔马林固定石蜡包埋组织 (FFPE) 中的基因组 DNA 是基因组研究的常见来源，但由于固定损伤、碎片化和提取 DNA 的产量低，文库制备和测序具有挑战性。面对需要评估全基因组体细胞变异调用、正常边缘变异调用和甲基化状态的研究设计，输入的 FFPE DNA 数量和质量变得有限。用于生成全基因组测序和甲基化数据的既定方法（长读测序或标准短读 + 甲基化测序或阵列）需要高输入 DNA 数量和质量。生物模态 evoC 文库制备方法提供了一种替代化学方法，可实现标准全基因组测序，对 DNA 的输入要求低（<80ng），同时提供 5mC（和 5hmC 选项）调用。