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安全性和有效性数据摘要 (ssed)
MI Cancer Seek 需要从 FFPE 组织标本中分离 TNA。福尔马林固定、石蜡包埋 (FFPE) 肿瘤组织标本的收集和制备遵循标准病理学实践。FFPE 标本可以未染色的载玻片或 FFPE 组织块的形式接收。在进行 MI Cancer Seek 检测之前，需要准备并由委员会认证的病理学家进行苏木精和伊红 (H&E) 染色的载玻片，以确认存在侵袭性癌症，并确保有足够的组织和肿瘤内容进行检测。最小组织面积为 25 mm 2 ZLWK • WXPRU FRQWHQW LV UHTXLUHG IRU 0, &DQFHU 6HHN 必要时，Caris 将对标本进行手动显微切割，以增加检测的细胞密度并尽可能避免干扰物。 H&E 载玻片将进行注释以进行手动显微切割，并将进行显微切割以丰富肿瘤内容和/或避免可能干扰的区域，例如坏死组织、脂肪细胞或黑色素。建议解剖 120 mm 2 组织面积作为 TNA 提取的最佳组织输入。
牙源性角化囊肿的分子通路
简介牙源性囊肿和肿瘤包括源自牙齿形成装置的组成部分及其残留结构的多种病变。根据 2017 年世界卫生组织头颈部肿瘤分类，牙源性肿瘤分为上皮性、混合性和间叶性肿瘤，而牙源性囊肿则分为炎性囊肿或发育性囊肿。牙源性肿瘤以良性为主，恶性肿瘤可能源于良性前体或自发出现。1-29牙源性病变包括多种可能具有共同起源的疾病，但需要不同的治疗方法。含牙囊肿 (DC) 起源于受压、包埋或未萌出的牙冠。作为最常见的牙源性囊肿类型，DC 是由减少的牙釉质上皮和牙冠部分之间的液体积聚引起的。牙釉质母细胞瘤 (AB) 是另一种罕见的牙源性病变。尽管 AB 是良性的并且生长速度缓慢，但它可以侵入下颌骨和上颌骨等局部组织。牙源性角化囊肿 (OKC) 是另一类牙源性病变。值得注意的是，在牙源性囊肿中，OKC 和 DC 表现出最高的恶性转化倾向。9,24-29 术语“牙源性角化囊肿 (OKC)”由 Philipsen 于 1956 年正式提出。牙源性角化囊肿是一种源自牙源性组织的良性骨内病变，
研究基因表达、生物标志物和多分析物测试
代码 编号 描述 CPT 0006M 肿瘤学（肝脏），利用新鲜肝细胞癌肿瘤组织，测定 161 个基因的 mRNA 表达水平，包括甲胎蛋白水平，以算法报告风险分类器 0007M 肿瘤学（胃肠道神经内分泌肿瘤），利用全外周血对 51 个基因进行实时 PCR 表达分析，以算法报告肿瘤疾病指数的列线图 0019M 心血管疾病，血浆，通过基于适体的微阵列分析蛋白质生物标志物，以算法报告高危人群中 4 年发生冠状动脉事件的可能性 0041U 伯氏疏螺旋体，通过免疫印迹检测 5 个重组蛋白组抗体，IgM 0042U 伯氏疏螺旋体，通过免疫印迹检测 12 个重组蛋白组抗体，IgG 0063U 神经病学（自闭症），通过 LCMS/MS 检测 32 个胺，使用血浆，算法报告为与自闭症谱系障碍相关的代谢特征 0108U 胃肠病学（巴雷特食管），全幻灯片数字成像，包括形态分析、9 种蛋白质生物标志物（p16、AMACR、p53、CD68、COX-2、CD45RO、HIF1a、HER- 2、K20）的计算机辅助定量免疫标记和形态学、福尔马林固定石蜡包埋组织，算法报告为进展为高度发育不良或癌症的风险 0170U 神经病学（自闭症谱系障碍 [ASD]），RNA，下一代测序，唾液，算法分析，结果报告为 ASD 诊断的预测概率 0258U 自身免疫（牛皮癣），mRNA，下一代测序，50-100 个基因的基因表达谱，使用粘性贴片进行皮肤表面收集，算法报告为对牛皮癣生物制剂的反应可能性0263U 神经病学（自闭症谱系障碍 [ASD]），16 种中心碳代谢物（即 α 酮戊二酸、丙氨酸、乳酸、苯丙氨酸、丙酮酸、琥珀酸、肉碱、柠檬酸、富马酸、次黄嘌呤、肌苷、苹果酸、S-磺基半胱氨酸、牛磺酸、尿酸和黄嘌呤）的定量测量，液相色谱串联质谱法 (LC-MS/MS)，血浆，算法分析，结果报告为阴性或阳性（针对 ASD 的代谢亚型）0288U 肿瘤学（肺），mRNA，11 个基因（BAG1、BRCA1、CDC6、CDK2AP1、ERBB3、FUT3、IL11、LCK、RND3、SH3BGR、WNT3A）和 3 个参考基因（ESD、TBP、YAP1）的定量 PCR 分析，福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 肿瘤组织，算法解释报告为复发风险评分 0289U 神经病学（阿尔茨海默病），mRNA，通过 24 个基因的 RNA 测序进行基因表达分析，全血，算法报告为预测风险评分 0290U 疼痛管理，mRNA，通过 36 个基因的 RNA 测序进行基因表达分析，全血，算法报告为预测风险评分
2021 年 9 月 21 日 Paige.AI, Inc. Emre Gulturk 高级监管事务总监 ...
Paige Prostate 是一款纯软件设备，旨在帮助病理学家在检查前列腺针吸活检扫描全切片图像 (WSI) 时，发现疑似癌症的病灶，该图像来自苏木精和伊红 (H&E) 染色的福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 组织。病理学家对 WSI 进行初步诊断检查后，如果 Paige Prostate 检测到疑似癌症的组织形态，它会在图像上最有可能患上癌症的单个位置提供坐标 (X,Y)，以供病理学家进一步检查。Paige Prostate 旨在与使用飞利浦超快速扫描仪数字化并使用 Paige FullFocus WSI 查看软件可视化的切片图像一起使用。Paige Prostate 是一种辅助计算机辅助方法，其输出不应作为主要诊断。病理学家应仅将 Paige Prostate 与幻灯片图像的完整护理标准评估结合使用。FDA 得出结论，该设备应归类为 II 类。因此，该命令将 Paige Prostate 以及这种通用类型的实质上等效的设备归类为 II 类，通用名称为软件算法设备，用于协助用户进行数字病理学。FDA 将此通用类型的设备标识为：
Tempus 综合治疗选择
xT CDx 是一种基于定性下一代测序 (NGS) 的体外诊断设备，旨在用于检测 648 个基因中的替换（单核苷酸变异 (SNV) 和多核苷酸变异 (MNV)）和插入和缺失变异 (INDEL)，以及微卫星不稳定性 (MSI) 状态，使用从福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 肿瘤组织标本中分离的 DNA，以及从匹配的正常血液或唾液标本中分离的 DNA，这些标本来自先前诊断为实体恶性肿瘤的癌症患者。该测试旨在作为伴随诊断 (CDx)，以根据批准的治疗产品标签识别可能从伴随诊断适应症表中列出的靶向治疗中受益的患者。此外，xT CDx 旨在提供肿瘤突变分析，供合格的医疗保健专业人员根据肿瘤学专业指南对先前诊断为实体恶性肿瘤的患者使用。除了伴随诊断指征表中列出的基因发现之外，其他基因组发现对于任何特定治疗产品的标示用途都不是规定性的或决定性的。xT CDx 是在伊利诺伊州芝加哥的 Tempus Labs, Inc. 进行的单点检测。如需完整的 xT CDx 标签，包括伴随诊断指征和重要风险信息，请访问 tempus.com/xt-cdx-label/
Tempus 综合治疗选择
xT CDx 是一种基于定性下一代测序 (NGS) 的体外诊断设备，旨在用于检测 648 个基因中的替换（单核苷酸变异 (SNV) 和多核苷酸变异 (MNV)）和插入和缺失变异 (INDEL)，以及微卫星不稳定性 (MSI) 状态，使用从福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 肿瘤组织标本中分离的 DNA，以及从匹配的正常血液或唾液标本中分离的 DNA，这些标本来自先前诊断为实体恶性肿瘤的癌症患者。该测试旨在作为伴随诊断 (CDx)，以根据批准的治疗产品标签识别可能从伴随诊断适应症表中列出的靶向治疗中受益的患者。此外，xT CDx 旨在提供肿瘤突变分析，供合格的医疗保健专业人员根据肿瘤学专业指南对先前诊断为实体恶性肿瘤的患者使用。除了伴随诊断指征表中列出的基因发现之外，其他基因组发现对于任何特定治疗产品的标示用途都不是规定性的或决定性的。xT CDx 是在伊利诺伊州芝加哥的 Tempus Labs, Inc. 进行的单点检测。如需完整的 xT CDx 标签，包括伴随诊断指征和重要风险信息，请访问 tempus.com/xt-cdx-label/
Tempus 综合治疗选择
xT CDx 是一种基于定性下一代测序 (NGS) 的体外诊断设备，旨在用于检测 648 个基因中的替换（单核苷酸变异 (SNV) 和多核苷酸变异 (MNV)）和插入和缺失变异 (INDEL)，以及微卫星不稳定性 (MSI) 状态，使用从福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 肿瘤组织标本中分离的 DNA，以及从匹配的正常血液或唾液标本中分离的 DNA，这些标本来自先前诊断为实体恶性肿瘤的癌症患者。该测试旨在作为伴随诊断 (CDx)，以根据批准的治疗产品标签识别可能从伴随诊断适应症表中列出的靶向治疗中受益的患者。此外，xT CDx 旨在提供肿瘤突变分析，供合格的医疗保健专业人员根据肿瘤学专业指南对先前诊断为实体恶性肿瘤的患者使用。除了伴随诊断指征表中列出的基因发现之外，其他基因发现对于任何特定治疗产品的标示用途都不是规定性的或决定性的。xT CDx 是在伊利诺伊州芝加哥的 Tempus Labs, Inc. 进行的单点检测。如需完整的 xT CDx 标签，包括伴随诊断指征和重要风险信息，请访问 tempus.com/xt-cdx-label/
安全性和有效性数据摘要 (SSED)
FoundationOneCDx (F1CDx) 是专门作为实验室服务进行的，使用从福尔马林固定、石蜡包埋 (FFPE) 肿瘤样本中提取的 DNA。该检测采用两种提取方法（DNAx 或 CoExtraction，一种自动化 DNA/RNA 共提取方法）从常规 FFPE 活检或手术切除标本中提取 DNA；50-1000 ng DNA 将进行全基因组散弹枪文库构建和基于杂交的捕获，捕获 309 个癌症相关基因的所有编码外显子、一个启动子区域、一个非编码 (ncRNA) 以及 34 个常见重排基因的选定内含子区域，其中 21 个还包括编码外显子（有关 F1CDx 中包含的基因的完整列表，请参阅表 2 和表 3）。因此，该检测总共可检测到 324 个基因的变异。使用 Illumina® HiSeq 4000 平台，杂交捕获选定文库可测序至高均匀深度（靶向 > 500X 中值覆盖率，覆盖率 > 100X 时外显子覆盖率 > 99%）。然后使用定制分析流程处理序列数据，该流程旨在检测所有类型的基因组改变，包括碱基替换、插入/缺失、拷贝数改变（扩增和纯合缺失）和选定的基因组重排（例如基因融合）。表 2 中列出的目标基因之一的重排可与其唯一标识的基因组伴侣一起报告，后者可以是任何基因
尼泊尔三级医院晚期肺腺癌常见驱动突变的流行情况
方法 对所有接受 DGM 检测（这是标准治疗方法）的晚期肺腺癌患者进行了回顾性横断面研究。该研究是在获得国家医学科学院 Bir 医院的机构批准后进行的。从文件记录中收集了 2022 年 1 月至 2023 年 7 月期间与晚期肺腺癌的年龄、性别和 DGM 相关的数据。使用非概率便利抽样技术进行数据收集。DGM 测试使用直接测序或聚合酶链反应 (PCR) 或下一个基因测序 (NGS) 技术检测 EGFR 突变，荧光原位杂交 (FISH)/PCR/NGS 检测 ALK 和 FISH 或 NGS 检测 ROS1，使用福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 组织样本。测试是通过单一测序技术或作为目标面板测试或 NGS 的一部分进行的，具体取决于活检样本和患者对测试方法的决定。所有 DGM 测试均在外包实验室进行，因为这些测试在公司内部无法进行。收集了 EGFR、ALK 和 ROS 1 突变报告，因为这三种是尼泊尔最常见的 DGM 测试，因为这些突变的治疗药物很容易获得，如果进行其他不常见的突变，也会收集。使用 SPSS-20 和描述性统计工具分析收集的数据。在描述性统计中，计算了分类变量的频率和百分比，然后使用饼图和条形图呈现数据。
临床适用微环境分类器作为软组织肉瘤肿瘤缺氧生物标志物的技术开发和验证
背景：软组织肉瘤 (STS) 是罕见的异质性肿瘤，需要生物标志物来指导治疗。我们之前得出了一个预后肿瘤微环境分类器（24 基因缺氧特征）。在这里，我们开发/验证了一种用于临床应用的检测方法。方法：在 28 份前瞻性收集的福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 活检样本中比较了靶向检测 (Taqman 低密度阵列、nanoString) 的技术性能。通过与临床样本中的 HIF- 1 α /CAIX 免疫组织化学 (IHC) 进行比较，对 nanoString 检测进行了生物学验证。曼彻斯特 (n = 165) 和 VORTEX III 期试验 (n = 203) 队列用于临床验证。主要结果是总生存期 (OS)。结果：两种检测均表现出极好的可重复性。 nanoString 检测在体外缺氧条件下检测到 24 个基因特征的上调，而在体内 CAIX 表达高的肿瘤中，16/24 个缺氧基因上调。在曼彻斯特队列（HR 3.05，95% CI 1.54 – 5.19，P = 0.0005）和 VORTEX 队列（HR 2.13，95% CI 1.19 – 3.77，P = 0.009）中，缺氧高肿瘤患者的 OS 较差。在合并队列中，缺氧高肿瘤患者的 OS 独立预后（HR 2.24，95% CI 1.42 – 3.53，P = 0.00096）并与较差的局部无复发生存期相关（HR 2.17，95% CI 1.01 – 4.68，P = 0.04）。结论：本研究全面验证了更适合 FFPE STS 活检的微环境分类。未来用途包括：(1) 选择高风险患者进行围手术期化疗；(2) 生物标志物驱动的缺氧靶向治疗试验。