Hannah P. Gideon, 1 , 2 , 23 Travis K. Hughes, 3 , 4 , 5 , 23 Constantine N. Tzouanas, 3 , 4 , 5 , 23 Marc H. Wadsworth II, 3 , 4 , 5 , 6 Ang Andy Tu, 7 Todd M. Gierahn, 7 Joshua M. Peters, 4 , 7 Forrest F. Hopkins, 4 , 8 Jun-Rong Wei, 4 , 8 Conner Kummerlowe, 9 Nicole L. Grant, 1 Kievershen Nargan, 10 Jia Yao Phuah, 1 H. Jacob Borish, 1 Pauline Maiello, 1 Alexander G. White, 1 Caylin G. Winchell, 1 , 2 , 11 Sarah K. Nyquist, 3 , 4 , 5 , 9 , 12 Sharie Keanne C. Ganchua, 1 Amy Myers, 1 Kush V. Patel, 1 Cassaundra L. Ameel, 1 Catherine T. Cochran, 1 Samira Ibrahim, 3 , 4 , 5 Jaime A. Tomko, 1 Lonnie James Frye, 1 Jacob M. Rosenberg, 4 , 8 , 13 Angela Shih, 13 Michael Chao, 4 , 8 Edwin Klein, 14 Charles A. Scanga, 1 , 2 Jose Ordovas-Montanes, 4 , 5 Bonnie伯格(Berger),约书亚·T·马蒂拉(Joshua T. Shalek 3,4,5,6,6,18,24,25, * 1微生物学和分子遗传学系,匹兹堡大学医学院,宾夕法尼亚州匹兹堡,宾夕法尼亚州匹兹堡研究中心,匹兹堡,宾夕法尼亚州匹兹堡大学,美国宾夕法尼亚州匹兹堡大学,美国3号宾夕法尼亚州匹兹堡大学3.哈佛大学,马萨诸塞州剑桥,美国5麻省理工学院和哈佛大学,马萨诸塞州剑桥市6美国6化学系,马萨诸塞州理工学院,马萨诸塞州剑桥市,美国7 7生物工程系),sfortune@hsph.harvard.edu(S.M.F.美国马萨诸塞州波士顿,马萨诸塞州波士顿公共卫生学院9计算与系统生物学计划,马萨诸塞州技术研究所,美国马萨诸塞州剑桥市,美国10号非洲卫生研究所,南非德班,南非,肺部,过敏和重症监护医学司,匹兹堡大学,匹兹堡大学,匹兹堡,帕特斯堡,帕特斯堡,帕特斯堡,帕特斯堡,帕特斯堡,美国12级计算机。美国马萨诸塞州剑桥市技术,13美国马萨诸塞州马萨诸塞州马萨诸塞州综合医院,美国马萨诸塞州波士顿,美国14号实验室动物研究部,匹兹堡大学,匹兹堡宾夕法尼亚州匹兹堡大学15美国匹兹堡,匹兹堡大学匹兹堡大学的传染病学系,美国15南非德班,纳塔尔17化学工程系,马萨诸塞州剑桥,马萨诸塞州剑桥市,美国马萨诸塞州剑桥研究所18宾夕法尼亚州剑桥市的马萨诸塞州综合癌症研究所,马萨诸塞州科技研究所19 of KwaZulu-Natal, Durban, South Africa 21 Department of Infection and Immunity, University College London, London, UK 22 Department of Microbiology and Physiological Systems, University of Massachusetts Medical School, Worcester, MA, USA 23 These authors contributed equally 24 These authors contributed equally 25 Lead contact *Correspondence: joanne@pitt.edu (J.L.F.),shalek@mit.edu(A.K.S。)https://doi.org/10.1016/j.immuni.2022.04.004
* 通讯作者:李友军,武汉大学生命科学学院、泰康生命与医学科学中心、免疫与代谢前沿科学中心,湖北省细胞稳态重点实验室,湖北武汉 430072。liy7@whu.edu.cn;Michael Karin,加利福尼亚大学医学院药理学系,加利福尼亚州圣地亚哥 92093,美国。karinoffice@ucsd.edu;Edward V. Prochownik,匹兹堡大学医学中心匹兹堡儿童医院血液学/肿瘤科、微生物学和分子遗传学系、匹兹堡肝病研究中心和匹兹堡大学医学中心希尔曼癌症中心,宾夕法尼亚州匹兹堡 15224,美国。 prochownikev@ upmc.edu 学术编辑:Sufi Thomas,堪萨斯大学医学中心,美国 收稿日期:2023年4月27日 接受日期:2023年9月26日 发布日期:2023年10月31日
1 波士顿学院心理学系,美国马萨诸塞州波士顿 02467 16 2 卡内基梅隆大学和匹兹堡大学认知神经基础中心,宾夕法尼亚州匹兹堡 15213 18 3 卡内基梅隆大学神经科学研究所,宾夕法尼亚州匹兹堡 15213 19 4 卡内基梅隆大学机器学习系,宾夕法尼亚州匹兹堡 20 15213 21 5 匹兹堡大学医学中心神经外科系,宾夕法尼亚州匹兹堡 22 15213 23 6 麻省总医院神经外科系,马萨诸塞州波士顿 24 02144 25 7 哈佛医学院,马萨诸塞州波士顿 02115 26 8 匹兹堡大学神经科学中心,宾夕法尼亚州匹兹堡15213 27 ∗ 通讯作者 28 电子邮件:stefano.anzellotti@bc.edu (SA) 29 30 31 页数:35 32 图表数量:5 33 表格数量:1 34 多媒体数量:0 35 3D 模型数量:0 36 摘要字数:242 37 意义陈述字数:120 38 介绍字数:779 39 讨论字数:2093 40 利益冲突:作者报告没有利益冲突。 41 致谢:本研究得到了美国国家科学基金会职业资助 1943862(SA)、美国国立卫生研究院 R01MH107797 和 R21EY030297(AG)以及美国国家科学基金会 1734907(AG)的职业资助。我们要感谢参与 iEEG 实验的患者以及 UPMC 长老会癫痫监测部门的工作人员和管理人员对我们研究的协助和合作。我们感谢 Michael Ward 对数据收集的帮助。49
该银行CRA计划的一个关键组成部分是其对威尔金斯堡社区发展公司,费耶特县文化信托基金会,麦基斯摇滚社区发展公司的多年财务和服务承诺匹兹堡MSA的中等收入社区。此外,为了支持低收入和中等收入学生的学术成就,该银行的CRA计划与初级成就匹兹堡和费城,匹兹堡社区学院和费城附近学院,匹兹堡Promise,Promise,Drexel Neumann Academy,Drexel Neumann Academy,Cristo Ray Philadelphia High Schoolsspect和Scholaster Schoolship。
在GWAS基因座附近发现的从头变体的功能注释,有或没有left裂的嘴唇sarah W. Curtis 1,Laura E. Cook 3,Kitt Paraiso 3,Kitt Paraiso 3,Axel Visel 2,3,Axin L. Cotney 4,Justne L. Cotney 4,Justney 5 J. Leslie-Clarkson 1 * 1-人类遗传学系,埃默里大学医学院,亚特兰大,佐治亚州亚特兰大,30322 2-美国能源部联合基因组研究所,劳伦斯·伯克利国家实验室,加利福尼亚州伯克利,加利福尼亚州伯克利,3-环境基因组和系统生物学部,加利福尼亚州伯克利,加利福尼亚州伯克利。4- - 费城儿童医院,宾夕法尼亚州费城儿童医院研究所,19104年5月5日 - 爱荷华州爱荷华大学儿科学系,爱荷华州,爱荷华州,52242 6-流行病学系,约翰·霍普金斯·布卢姆伯格公共卫生部,巴尔蒂群岛,哥伦比亚省,约翰斯·霍普金斯·布卢姆伯格(Johns Hopkins Bloomberg)宾夕法尼亚州匹兹堡匹兹堡大学生物学,15261 8-匹兹堡大学人类遗传学系,宾夕法尼亚州匹兹堡,匹兹堡,15621 9-匹兹堡生物统计学和健康数据科学系,匹兹堡,匹兹堡,匹兹堡,宾夕法尼亚大学,15261年,宾夕法尼亚大学15261年。颅面出生缺陷,影响700分的分娩,有强大的遗传基础,家庭内部复发风险很高。 因此,我们从1,409个三重点重新分析了现有的DNV数据集,其OFC经过了已知的OFC相关基因座的靶向测序。 然后,我们通过在人类颅面发育过程中从预测的表观遗传功能数据集中提供了这些DNV的注释。- 费城儿童医院,宾夕法尼亚州费城儿童医院研究所,19104年5月5日 - 爱荷华州爱荷华大学儿科学系,爱荷华州,爱荷华州,52242 6-流行病学系,约翰·霍普金斯·布卢姆伯格公共卫生部,巴尔蒂群岛,哥伦比亚省,约翰斯·霍普金斯·布卢姆伯格(Johns Hopkins Bloomberg)宾夕法尼亚州匹兹堡匹兹堡大学生物学,15261 8-匹兹堡大学人类遗传学系,宾夕法尼亚州匹兹堡,匹兹堡,15621 9-匹兹堡生物统计学和健康数据科学系,匹兹堡,匹兹堡,匹兹堡,宾夕法尼亚大学,15261年,宾夕法尼亚大学15261年。颅面出生缺陷,影响700分的分娩,有强大的遗传基础,家庭内部复发风险很高。因此,我们从1,409个三重点重新分析了现有的DNV数据集,其OFC经过了已知的OFC相关基因座的靶向测序。然后,我们通过在人类颅面发育过程中从预测的表观遗传功能数据集中提供了这些DNV的注释。尽管以前的许多研究都将常见的,非编码的遗传基因座与OFC相关联,但在OFC案例中,先前对从头变异的研究(DNV)的研究重点是编码可能对蛋白质结构产生功能影响的变体,并且对非编码DNV对OFC形成的贡献也没有被忽略,并且已被忽略了。在预测的增强子或启动子区域内。两个DNV落在相同的增强子区域(HS1617)之内,这超出了偶然性的预期(p = 0.0017)。预计由这些DNV引起的序列变化将创建在转录因子PAX6和ZBTB7A的参考序列中未见的结合位点,并破坏了STAT1和STAT3的结合位点。该增强子区域与HHAT,SERTAD4和IRF6在同一拓扑相关的域内,所有这些区域都参与颅面发育。这三个基因在人神经rest细胞中高度表达。HHAT和IRF6的基因敲除小鼠具有异常的胚胎发育,包括left裂,IRF6及其周围的变体与人类OFC的非综合症和综合综合症形式有关。综上所述,这表明非编码DNV有助于OFC的遗传结构,在增强子区域中,OFC Trios的DNV负担在已知的OFC相关基因附近。总的来说,这增加了我们对OFC形成基础的遗传机制的理解。
更多信息请联系 Vance Williams (匹兹堡) (412) 221-1100 分机 2230 vwilliams@csdengineers.com Michael Friedrich (匹兹堡) (412) 275-6384 mfriedrich@csdengineers.com
病理学系分子诊断司(2011 - 2012年),美国宾夕法尼亚州匹兹堡大学匹兹堡大学医学中心病理学系临床病理学居民(2009年至2011年)美国宾夕法尼亚州匹兹堡匹兹堡医学中心BioGiangineering系哲学博士(博士)(2001 - 2007年)。美国宾夕法尼亚州宾夕法尼亚州立大学,宾夕法尼亚州,美国论文主题:研究脂质膜的分子动力学的综合实验,计算和理论方法科学硕士(M.S.),电气工程系(2001 - 2005年)。美国宾夕法尼亚州大学公园宾夕法尼亚州立大学,美国焦点区域:光学电气工程。医学学士学位,手术学士学位(M.B; B.S.),(1992 - 1999)。
神经心理学和康复心理学分部隶属于匹兹堡大学医学院和匹兹堡大学医学中心 (UPMC) 的物理医学和康复系。我们的部门是 UPMC 康复研究所的所在地,该研究所是该地区最大的康复服务网络。匹兹堡大学的物理医学和康复系是美国国立卫生研究院 (NIH) 获得研究资助的第二大机构,匹兹堡 UPMC 儿童医院位列《美国新闻与世界报道》荣誉榜。神经心理学和康复心理学分部由 12 名神经心理学教师组成(人数还在不断增加),为儿童和成人提供住院和门诊临床服务,开展外部资助的临床研究,并从事教学和培训。