生物数据库是一个大型的持久数据,通常与旨在更新,查询和检索系统中存储的数据组件的计算机软件相关联。一个简单的数据库可能是一个包含许多记录的单个文件,每个文件都包含相同的信息。它们包含来自研究领域的信息,包括基因组学,蛋白质组学和系统发育学。生物数据库中包含的信息包括基因功能,结构,定位(细胞和染色体),突变的临床效应以及生物序列和结构的相似性。生物数据库可以广泛地分为序列和结构数据库。核酸和蛋白质序列存储在序列数据库中,而结构数据库仅存储蛋白质。这些数据库是协助科学家分析和解释从生物分子结构及其相互作用的许多生物学现象的重要工具,以及生物体的整个代谢以及理解物种的进化。这些知识有助于促进对抗疾病的斗争,有助于开发药物,预测某些遗传疾病,并在生命史上发现物种之间的基本关系。当前,许多生物信息学工作都与数据库的技术有关。这些数据库包括GenBank或蛋白质数据库(PDB)等基因数据的“公共”存储库,以及涉及基因映射项目或生物技术公司持有的研究小组使用的私人数据库。使此类数据库通过像Web这样的开放标准访问非常重要,因为生物信息学数据的消费者使用了一系列计算机平台:从开发人员和策展人偏爱的功能更强大,更禁止的UNIX框到更友好的Mac通常创建了计算机Wary Biologists的实验室。RNA和DNA是存储有关生物体的遗传信息的蛋白质。这些大分子具有固定结构,可以在生物信息学的工具和数据库的帮助下由生物学家分析。
为了构建脑细胞,电路和区域的生物物理详细模型,越来越多地采用数据驱动的方法。这有助于获得一项模拟活动,该活动尽可能忠实地重现实验记录的神经动力学,并将模型转变为基于控制神经细胞性质的原理进行预测的有用框架。在这种情况下,对现有神经模型和数据的访问有助于计算神经科学家的工作,并促进了其新颖性,因为科学界的增长越来越大,神经模型的类型,大小和数量逐渐增加。尽管如此,即使保证可访问性,数据和模型也很少重复使用,因为很难检索,提取和/或了解相关信息,并且通常需要下载和修改单个文件,执行神经数据分析,优化模型参数,并借到自己的资源。虽然着重于构建海马细胞的生物物理和形态准确模型,但我们创建了一个在线资源,即Hippocampus Hub的构建部分 - 一种用于研究海马的科学门户网站,用于研究海马的数据,从不同的在线开放式存储库中收集了来自不同的在线开放式存储库,并允许他们作为单个蜂窝模型构建单个模型构建单个模型的收集。工具和数据的互操作性是我们介绍的工作的关键功能。通过简单的单击和收集程序,例如填写在线商店的购物车,研究人员可以直观地选择感兴趣的文件(即电生理记录,神经形态和模型组件),并开始构建数据驱动的海马神经元模型。这样的工作流程重要的是一个模型优化过程,该过程利用了透明授予用户的高性能计算资源,以及用于运行优化模型的模拟的框架,均通过Ebrains Hodgkin-Huxley神经元建筑商在线工具获得。
以电子方式提交计划(图纸)和文件步骤 1. 确认您已提交申请并支付费用。只有在公共门户上提交申请后,您才能提交图纸/计划和文件。在您提交计划和图纸之前,您还必须支付适用的费用。您将收到一封电子邮件,确认您何时可以将提交内容上传到 ProjectDox。步骤 2. 正确命名您的文件您必须以特定的方式单独命名图纸的每一页。这称为标准命名约定规划和许可部门命名约定:“图纸编号 - 图纸说明”(例如:001 - 封面)(例如:001-平面图)每个图纸页面都必须作为单个文件提交。其他文件(如信件)可以作为多页上传到文档文件夹。注意:如果不遵循命名约定,您的申请将不被接受。步骤 3. 留出空白处以加盖批准“批次”印章 为了获得图纸和计划的批准,弗雷德里克县会在计划的每一页左上角加盖印章(或图章)。请确保在左上角留出 4 x 4 的区域作为空白。 注意:所有新图纸都将执行此操作。 步骤 4. 登录电子计划审查系统 (ProjectDox) 在您支付申请费后,您将收到电子计划审查系统发送的电子邮件。电子邮件来自 donotreplyfcmd@avolvecloud.com。您应该按照此电子邮件中的链接登录以上传您的计划。您也可以通过点击此处访问 Project Dox (ePlans):https://frederickco-md-us.avolvecloud.com/ProjectDox/index.aspx 步骤 5. 上传您的计划/图纸和文件 登录后,您将看到一个选项屏幕。请阅读下文了解您必须采取的步骤。 • 如果您位于“任务”选项卡(左上角),请按项目编号或项目名称进行搜索/筛选。 • 选择项目编号以打开项目 • 单击“接受”操作按钮接受“申请人上传”任务 • 在申请人上传窗口中选择“图纸”文件夹 • 单击“选择要上传的文件”按钮 • 要上传文件,您可以选择“浏览文件”或“拖放”文件。
2024年1月7日,在植物基因调节中的博士后位置。由托比亚斯·乔尔斯(Tobias Jores)领导的新成立的艾美奖(Emmy Noether)小组在Heinrich Heine Heine UniversityDüsseldorf的合成生物学研究所(Tobias Jores)领导。项目摘要:候选人将成为由DFG Emmy Noether计划和旨在理解和工程植物基因调节的植物科学卓越计划(CEPLAS)资助的研究项目的一部分。尤其是该项目的重点是衡量植物核心启动子,增强子和终结者之间的兼容性。候选人将使用包括植物Starr-Seq在内的尖端技术,这是一种研究植物顺式调节元件的活性和计算建模的高通量测定,以系统地研究调节性DNA相互作用。候选人的工作将进一步了解我们对植物基因调控的理解,并为植物生物技术应用产生良好的表达盒。我们正在寻找的人:我们正在寻找对植物生物学深深兴趣的候选人,高度的动力,对实验的奉献精神,开放的学习和发展新技术以及协作的思维方式。分子或细胞生物学,生物化学,生物技术或相关领域的博士学位是先决条件。具有高通量测定,下一代测序,基因调节或植物生物学的经验是有优势的。首选的开始日期是2025年8月1日。我们提供的是:我们提供了3年的完全资助(TV-L E13,100%)的职位,并有机会在植物基因调节研究的最前沿从事一个令人兴奋且具有挑战性的项目。我们的年轻和热情的小组在国际环境中主持了合成生物学研究所。候选人将被整合到主机研究所内的联合课程中,并参加研讨会。海因里希海恩大学杜塞尔多夫的目标是增加受雇妇女的百分比,因此明确鼓励妇女申请。同样有资格的残疾申请人将被偏爱。请发送您的申请,包括简历,动机信以及两个参考文献的联系方式,作为Tobias Jores(pantgenereg@hhu.de)的单个文件。
2024年1月7日,植物合成生物学的博士后地位。由托比亚斯·乔尔斯(Tobias Jores)领导的新成立的艾米·诺伊特(Emmy Noether)小组在海因里希海恩大学杜塞尔多夫(Heinrich Heine UniversityDüsseldorf)的合成生物学研究所(Tobias Jores)领导,正在寻找博士后研究员(M/F/D,TV,TV-l e13,100%,3年),以设计和特征。项目摘要:候选人将是由DFG(德国),BBSRC(英国)和NSF(美国)资助的国际研究项目的一部分,该项目旨在旨在在工厂中进行工程基因调节以产生可预测的表达。特别是该项目着重于表征茉莉酸或铜诱导的调节性DNA图案,并结合这些基序以创建可调且可编程的调节元件。候选人将使用包括植物starr-seq在内的尖端技术,这是研究植物顺式调节元件的活性以及系统构建和研究可诱导的调节元件的高通量测定法。候选人的工作将进一步了解我们对植物基因调控的理解,并为植物生物技术应用产生良好的表达盒。我们正在寻找的人:我们正在寻找对植物生物学深深兴趣的候选人,高度的动力,对实验的奉献精神,开放的学习和发展新技术以及协作的思维方式。分子或细胞生物学,生物化学,生物技术或相关领域的博士学位是先决条件。具有高通量测定,下一代测序,基因调节或植物生物学的经验是有优势的。首选的开始日期是5月1日,2025年。我们提供的是:我们提供了3年的全部资金(TV-L E13,100%)职位,并有机会在植物基因调节研究和植物合成生物学的最前沿进行一个令人兴奋且具有挑战性的项目。我们的年轻和热情的小组在国际环境中主持了合成生物学研究所。候选人将被整合到主机研究所内的联合课程中,并参加研讨会。作为合作项目的一部分,候选人将与Nicola Patron博士(剑桥大学)和Christine Queitsch(华盛顿大学)的研究小组进行定期交流。海因里希海恩大学杜塞尔多夫的目标是增加受雇妇女的百分比,因此明确鼓励妇女申请。同样有资格的残疾申请人将被偏爱。请发送您的申请,包括简历,动机信以及两个参考文献的联系方式,作为Tobias Jores(pantgenereg@hhu.de)的单个文件。