动机:细胞的分子身份是由于异质分子层之间的复杂相互作用而产生的。单细胞测序技术的最新进展已经开放了测量这种调节分子层的可能性。结果:在这里,我们提出了鹰嘴豆泥,这是一种从单细胞多摩管数据中推断监管机制的新方法。与最先进的鹰嘴豆泥不同,鹰嘴豆泥捕获了生物学大分子之间的合作,并且可以轻松地包括分子调节的其他层。我们在配对和未配对的多摩尼斯数据集上的最先进的鹰嘴豆泥基准了鹰嘴豆泥。我们的结果证明了鹰嘴豆泥在转录因子(TF)目标,TF结合基序和调节区域预测方面提供的改进。最后,一旦应用于小鼠脑皮层的SNMC-Seq,SCATAC-SEQ和SCRNA-SEQ数据,Hummus启用了鹰嘴豆泥,可以准确地群集SCRNA轮廓并识别潜在的驱动程序TF。
单细胞分析软件提供了可立即追踪的克隆性证据图。DispenCell 的单细胞分配单元配有传感尖端,可检测细胞的通过。随着每个细胞的前进,会触发独特的电信号。这种独特的电迹会被立即记录下来,让用户在分配细胞后立即检查克隆性证据。全套数据存储在克隆性证据报告中。DispenCell 的技术已获得专利。
高通量组学技术的最新突破彻底改变了我们对人类生物学和疾病的理解。新兴的单细胞和空间多组学在空间背景下以单细胞分辨率提供了组织内细胞组成和分子景观的整体视图。这些进步从整体组织或细胞类型过渡到单细胞和空间水平,开启了各种新的生物学发现,例如基因表达、细胞杂合性、微环境和疾病发病机制之间错综复杂的相互作用。这些技术已成为单细胞组学和多细胞分辨率空间技术的标志,并得到了非常先进的分析工具的支持。本期《基因》特刊欢迎评论和原创论文,涵盖人类疾病或小鼠模型中任何类型的单细胞或细胞核空间基因组学、转录组学和表观遗传学的最新遗传学研究。将特别关注综合单细胞组学研究。
SCRNA-SEQ使我们能够:•表征复杂细胞种群中的细胞异质性•识别罕见但重要的细胞类型•探索细胞 - 细胞通信和相互作用•追踪开发过程中不同细胞谱系的轨迹
单细胞分析软件提供了可立即追踪的克隆性证据图。DispenCell 的单细胞分配装置配有传感尖端,可检测细胞的通过。随着每个细胞的前进,会触发独特的电信号。这种独特的电迹会被立即记录下来,让用户在分配细胞后立即检查克隆性证据。全套数据存储在克隆性证据报告中。DispenCell 的技术已获得专利。
肿瘤内异质性高和癌细胞群进化是血液系统恶性肿瘤和实体瘤治疗耐药性的主要驱动因素 1–5 。在急性髓系白血病 (AML) 中,大量单细胞基因组分析已在细胞亚群水平上绘制了疾病进展和治疗耐药性的克隆进化过程,并破译了与化疗耐药性、复发和临床结果有关的白血病细胞亚群中的细胞层次和重编程 6–9 。同样,在实体瘤中,高级别浆液性卵巢癌 (HGSC) 患者的克隆分析和纵向取样揭示了进化轨迹,具有与治疗反应相关的不同基因组和形态学特征 10 。尽管有如此丰富的信息,我们仍然缺乏针对化疗耐药亚群的方法,以提高复发患者的二线治疗效果,或通过同时抑制具有足够高效力的多个白血病细胞亚群来避免对一线疗法产生耐药性
(未通过同行评审认证)是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2024年3月6日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.03.04.583414 doi:Biorxiv Preprint