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World File Search System单细胞
celluntangler：用深层生成模型在单细胞数据中分离不同的生物学信号
单细胞RNA-seq数据为细胞内和细胞间13个过程提供了新的见解。由于多个过程在每个细胞中同时处于活动状态，例如14个细胞类型程序，分化，细胞周期和环境响应，因此它们的15个信号可以相互混淆，需要可以分离的方法可以分离和16个滤波不同的复杂生物学信号。每个这样的信号基于不同的基因17个性，可以定义细胞之间的不同关系。但是，现有方法18通常集中于单个过程或依靠过度限制的假设，从而消除了19，而不是解开生物学信号。在这里，我们开发了Celluntangler，这是一个深20个生成模型，将细胞嵌入由多个21个子空间组成的柔性潜在空间中，每个空间都设计了适当的几何形状以捕获独特的信号。22我们将Celluntangler应用于仅包含循环细胞和循环和23个非循环细胞的数据集，生成嵌入，其中细胞周期信号从非细胞周期特定信号（例如细胞类型或分化轨迹）中脱离了24个。我们25通过使用捕获和将空间26与非空间信号分开的空间26来证明Celluntangler的可扩展性。使用Celluntangler，我们可以获得27个捕获各种生物学信号并在基因28表达水平上进行增强或过滤的潜在嵌入，以进行下游分析。29
调节DNA的单细胞映射：蛋白质相互作用
由染色质结合因子（包括转录因子（TFS）和染色质重塑剂）策划的调节控制是负责维持细胞身份，执行细胞功能并响应环境刺激的基因表达程序的基础。这些DNA：蛋白质相互作用是通过表观遗传特征1引导的，例如组蛋白修饰和DNA甲基化（DNAME），它们建立染色质景观，调节特定因子的结合，从而根据细胞的需求雕刻功能基因组。重要的是，表观遗传失调与疾病，癌症和衰老的细胞功能障碍有关，在该疾病，癌和衰老中，异常染色质景观会改变TFS 2的结合景观，从而改变了细胞3的正常生物学过程。因此，了解TF跨不同
甲状腺癌进展的综合单细胞和空间转录图鉴定了预后成纤维细胞亚群
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2025年1月9日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.01.08.631962 doi：biorxiv preprint
使用酵母从某些食物废物产生的单细胞蛋白
生物转化将各种食物废物的生物转化为特定有价值的产品，例如单细胞蛋白（SCP）具有同时的潜力，可以通过获得经济食品和饲料产品来解决全球饮食蛋白缺乏症，并通过使用这些废物作为高营养价值生产的基质来获得环境污染物的大量缓解。因此，本研究旨在评估使用酿酒酵母和hansenii的酵母分离株生产SCP的可行性，并评估生成的SCP的蛋白质质量。结果表明，用于生长酵母菌株的马铃薯果皮培养基是生产SCP的最佳培养基，而酿酒酵母大于D. hansenii，用于生产更高量的生物质，粗蛋白，总氨基酸和核黄素。各种废物中各种特定有价值的SCP的生物转化代表了解决蛋白质缺乏问题并通过利用食物废物作为底物来减少环境污染物的有希望的前景。关键词：单细胞蛋白，食物废物，酵母液态发酵，生物量，氨基酸，核黄素。
新兴的单细胞微流体技术用于微生物学
2023年是自罗德尼·劳登（Rodney Loudon）的经典和有影响力的教科书《光量子理论》 [1]出版以来的50年。可悲的是，这也是他去世后的一年。这两个事件的并置使我们建议进行哲学交易，这是一个特殊问题，在该问题中，受邀作者可能至少呈现Rodney和其他先驱者启发的现代量子光学范围的至少一部分。在这篇简短的文章中，我们最简要介绍了量子光学领域及其开发方式。我们的目标只是为随后的论文提供设置。有了事后看来，我们可以看到光量子理论的三个版本如何[1-3]，请参见图1与量子光学领域保持同步并标记其进步。
Illumina单细胞3'RNA准备训练包
还建议在用户指南中查看“ PipSeq Dry Bath操作”指令，以了解如何在不同的干浴协议之间进行更改以及如何为每个程序手动设置盖子模式（请参阅用户指南第3.2.3节）。选择程序时不会自动设置盖模式。您必须选择正确的程序，然后选择“编辑”，然后使用编辑屏幕底部的“ Lidmode”按钮，以切换到正确的盖子模式设置。“ +5.0”设置用于细胞裂解（程序A），“ 105”设置用于核裂解（程序B）和cDNA合成（程序C）。选择“保存/返回”以返回操作屏幕。另外，请确保将正确的管块安装在干浴中以用于使用的套件（T2/T10的0.5 ml管块，T20的1.5 ml管块，T100的5 ml管块）。
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使用MMI Cellcut（一种提供精确的单细胞隔离的高级激光显微解剖（LMD）系统）解锁研究的全部潜力。此功能强大的工具对于精确样本准备至关重要，为您提供了在各个研究领域成功下游实验所需的明确定义的起始材料。样品安装在载玻片和载体膜之间，以确保有效防止污染的无接触式切割过程。体验LMD作为您的基础研究资产的准确性和效率差异。
转录组和文本的多模式学习启用与自然语言聊天的交互式单细胞RNA-seq数据探索
此预印本版的版权持有人于2024年12月17日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.12.16.628764 doi：biorxiv Preprint
回顾了肺巨噬细胞在单细胞基因组时代慢性阻塞性肺疾病发病机理中的作用
慢性阻塞性肺疾病（COPD）是一种以持续气流限制为特征的异质呼吸道疾病。COPD进展的多种致病机制尚未完全理解。巨噬细胞是呼吸道中最具代表性的免疫细胞，构成了先天免疫防御的第一线，并保持肺免疫稳态。最近的进步为肺巨噬细胞的表型和功能改变提供了更深入的见解及其在COPD发病机理中的作用。值得注意的是，单细胞RNA测序的出现彻底改变了我们对COPD中巨噬细胞分子异质性的理解。在此，我们回顾了有关肺巨噬细胞影响COPD的复杂机制，包括炎症介质产生，蛋白酶/抗蛋白酶释放和吞噬活性的复杂机制的主要研究。此外，我们从可用的文献中综合了有关COPD中所有已鉴定的肺巨噬细胞亚群的发现，从而提高了我们对COPD复杂病理生理机制的巨噬细胞异质性的理解。
BD Rhapsody HT单细胞分析系统
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