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World File Search System单细胞
新兴的单细胞微流体技术用于微生物学
2023年是自罗德尼·劳登（Rodney Loudon）的经典和有影响力的教科书《光量子理论》 [1]出版以来的50年。可悲的是，这也是他去世后的一年。这两个事件的并置使我们建议进行哲学交易，这是一个特殊问题，在该问题中，受邀作者可能至少呈现Rodney和其他先驱者启发的现代量子光学范围的至少一部分。在这篇简短的文章中，我们最简要介绍了量子光学领域及其开发方式。我们的目标只是为随后的论文提供设置。有了事后看来，我们可以看到光量子理论的三个版本如何[1-3]，请参见图1与量子光学领域保持同步并标记其进步。
人类生命周期内前额叶皮层的单细胞转录组图谱
附属机构 1 疾病神经基因组学中心，2 弗里德曼脑研究所，3 精神病学系，4 遗传学和基因组科学系，5 神经科学系，6 人工智能与人类健康系，纽约州纽约市伊坎西奈山医学院，邮编 10029，美国，7 匹兹堡大学医学院精神病学系，美国宾夕法尼亚州匹兹堡 8 精准医学和转化治疗中心，9 精神疾病研究、教育和临床中心 VISN2，詹姆斯 J. 彼得斯 VA 医疗中心，纽约州布朗克斯，美国。10 美国马里兰州贝塞斯达国家心理健康研究所-内部研究项目人类大脑收集核心。11 PsychAD 联盟。 *这些作者对这项工作做出了同等贡献# 通信至：KG（kiran.girdhar@mssm.edu）和 PR（panagiotis.roussos@mssm.edu）
单细胞RNA-SEQ分析揭示了BHLHE40驱动Pro
抽象的客观先天免疫在胰腺导管腺癌（PDAC）中起着重要作用，作为非T细胞富集的肿瘤。中性粒细胞是先天免疫系统的主要参与者。在这里，我们旨在探索PDAC中嗜中性粒细胞的异质性和促肿瘤机制。Design We analysed single-cell transcriptomes of peripheral blood polymorphonuclear leucocytes (PMNs) and tumour-infiltrating immune cells from five patients with PDAC, and performed immunofluorescence/ immunohistochemistry staining, multi-omics analysis and in vitro experiments to validate the discoveries of bioinformatics analysis.结果探索了肿瘤相关嗜中性粒细胞（TAN）的异质性的结果表明，与预后不良，炎症亚群（TAN-2）相关的终末分化了肿瘤的亚群（TAN-1），炎症亚群（TAN-2），这是一种过渡性的过渡阶段，这些阶段刚刚迁移到肿瘤的微观群（TAN-STERIMED STERMATIENT）竞争（TAN-3）和sumportuntim profestratient profestration profestration propperting（TAN-3） （tan-4）。糖酵解特征沿中性粒细胞过渡轨迹上调，而TAN-1则具有过度激活的糖酵解活性。TAN的糖酵解开关通过转录组学，蛋白质组学和代谢组学分析的综合多词方法验证。通过LDHA过表达通过中性粒细胞样分化的HL-60（DHL-60）细胞激活糖酵解活性。促肿瘤和免疫抑制功能。的机理研究表明，BHLHE40在低氧下游和内质网应激下游是中性粒细胞对TAN-1表型的极化的关键调节剂，并且通过染色体素免疫原蛋白免疫原化鉴定证明了tan-1标记基因上BHLHE40的直接转录调节。重要的是，PDAC组织的免疫组织化学分析揭示了BHLHE40 +中性粒细胞的不利预后值。结论本研究揭示的晒黑棕褐色的动态特性将有助于推进针对先天免疫力的PDAC治疗。
单细胞转录组学揭示了细胞层次结构和1
抽象动机：识别抗原表位在医疗应用中至关重要，例如免疫诊断试剂发现，疫苗设计和药物开发。计算方法可以补充低吞吐量，耗时和代价高昂的表位实验确定。当前可用的预测方法在预测表位上具有适度的成功，这限制了其适用性。表位预测可能会使多个表位位于相同的抗原上，并且完全不可用的实验数据更加复杂。结果：在这里，我们介绍了抗原表位预测程序ISPIPAB，该程序结合了来自两种基于特征方法的信息和一种基于对接的方法。我们证明，ISPIPAB的表现优于其每个分类器以及其他最先进的方法，包括专门为表位预测设计的方法。通过将预测算法与层次聚类相结合，我们表明我们可以有效捕获与可用的实验数据一致的表位，同时还揭示了未来实验研究的其他新颖目标。联系人：raji@yu.edu补充信息：可通过BioInformatics在线获得补充数据。
单细胞技术和预测药物反应的深度学习
当前研究癌症耐药性治疗的研究方法概述随着分子靶向疗法，免疫疗法，化学疗法和放射疗法的发展已取得了重大进展[1]。 靶向药物 - 由分子靶向疗法使用的单克隆抗体和小分子 - 在肿瘤中达到了最高水平的细胞毒性水平，因为它们能够精确靶向癌细胞[2]。 这些治疗方法的可用性大大改善了患者预后。 更重要的是，如果所有肿瘤亚群都共享药物治疗的特征，则靶向药物可以完全缓解该疾病。 但是，癌性肿瘤很少同质。 它们由不同的基因组和转录组划分的各种细胞亚群，每个细胞亚群都可以产生对给定药物的独特反应和敏感性[3]。 结果，具有非同质性动态特征的异质性癌症亚群通常表现出对单药治疗的抵抗力，从而完全消除了该疾病[4]。 一旦消除了绝大多数肿瘤，少数剩余的癌细胞（最小残留疾病（MRD，请参见词汇表）生存下来，并继续增殖[4]。 不可避免的复发具有现在对初始治疗的疾病。 除了某些具有固有耐药性的肿瘤亚群外，癌细胞还可以通过多种机制获得抗药性，例如药物失活，靶替代和药物外排[1，5，6]。当前研究癌症耐药性治疗的研究方法概述随着分子靶向疗法，免疫疗法，化学疗法和放射疗法的发展已取得了重大进展[1]。靶向药物 - 由分子靶向疗法使用的单克隆抗体和小分子 - 在肿瘤中达到了最高水平的细胞毒性水平，因为它们能够精确靶向癌细胞[2]。这些治疗方法的可用性大大改善了患者预后。更重要的是，如果所有肿瘤亚群都共享药物治疗的特征，则靶向药物可以完全缓解该疾病。但是，癌性肿瘤很少同质。它们由不同的基因组和转录组划分的各种细胞亚群，每个细胞亚群都可以产生对给定药物的独特反应和敏感性[3]。结果，具有非同质性动态特征的异质性癌症亚群通常表现出对单药治疗的抵抗力，从而完全消除了该疾病[4]。一旦消除了绝大多数肿瘤，少数剩余的癌细胞（最小残留疾病（MRD，请参见词汇表）生存下来，并继续增殖[4]。不可避免的复发具有现在对初始治疗的疾病。除了某些具有固有耐药性的肿瘤亚群外，癌细胞还可以通过多种机制获得抗药性，例如药物失活，靶替代和药物外排[1，5，6]。对治疗的不敏感性现在可以恢复到90％的癌症相关死亡[7]。因此，必须提高我们对耐药性传播机制的理解，并准确预测哪种组合药物治疗将是针对特定癌症的最有效的。
单细胞分辨率的计算机空间转录组编辑
动机：生成对抗网络 (GAN) 在文本引导的自然图像编辑方面取得了令人印象深刻的表现。然而，对于具有匹配基因表达和生物医学图像数据的空间转录组学 (ST) 技术，GAN 的类似效用仍未得到充分研究。结果：我们提出了硅基空间转录组编辑，可以实现基因表达引导的免疫荧光图像编辑。使用从正常和肿瘤组织切片中提取的细胞级 ST 数据，我们在 GAN（反转）框架下训练该方法。为了模拟细胞状态转换，我们将编辑后的基因表达水平输入到训练模型中。与正常细胞图像（基本事实）相比，我们成功地模拟了从肿瘤到正常组织样本的转变，并以可量化和可解释的细胞特征来衡量。可用性和实施：https://github.com/CTPLab/SST-editing 。
估计大型单细胞测序项目的完整性
在胚胎发育过程中，细胞将分化为高度专业的细胞类型。利用单细胞RNA测序，已经投入了大量资源，以通过其跨性别的pro文件来分类这些差异化的细胞类型。尽管为涉及杂货器官及其细胞组成而做出了广泛的努力，但我们缺乏评估测序项目完整性的指标。在这种细胞生物多样性分析中，我们利用了日益获得的单细胞数据以及统计方法，原始开发了用于评估生态群落的物种丰富性，以估计基于单细胞填充技术的数据的任何ORGAN的细胞多样性。从这种细胞丰富度估计中，我们建立了一个统计框架，可以评估任何大型单细胞专业填充项目的完整框架，此后，其他的测序工作不再揭示出对器官细胞组成的新信息。这种估计值可以作为正在进行的单细胞测序项目的停止点，因此指导对各种人体组织的pro填充的成本更明确。
SF9单细胞克隆用于重组蛋白的产生。
1。Hong，M。Et。 al。，杆状病毒insect细胞系统的基因工程，以改善蛋白质的产生。 正面。 Bioeng。 Biotechnol。，2022。 2。 MA，H。等。 al。，Spodoptera frugiperda SF9细胞系是色夫病毒感染和病毒阴性细胞的异质种群：含有色齿病毒X基因变体和病毒阴性细胞Clone的细胞克隆的分离和表征。 病毒学，2019年。 3。 Brogee，P。，朝向C31INIT具有能力的SF9细胞系的发展。 UWSpace，2018年。 4。 Zitzmann，J。等。 al。，单细胞克隆可以选择更有生产力的果蝇Melanogaster S2细胞以进行重组蛋白表达。 生物技术。 REP。，2018。Hong，M。Et。al。，杆状病毒insect细胞系统的基因工程，以改善蛋白质的产生。正面。Bioeng。Biotechnol。，2022。2。MA，H。等。 al。，Spodoptera frugiperda SF9细胞系是色夫病毒感染和病毒阴性细胞的异质种群：含有色齿病毒X基因变体和病毒阴性细胞Clone的细胞克隆的分离和表征。 病毒学，2019年。 3。 Brogee，P。，朝向C31INIT具有能力的SF9细胞系的发展。 UWSpace，2018年。 4。 Zitzmann，J。等。 al。，单细胞克隆可以选择更有生产力的果蝇Melanogaster S2细胞以进行重组蛋白表达。 生物技术。 REP。，2018。MA，H。等。al。，Spodoptera frugiperda SF9细胞系是色夫病毒感染和病毒阴性细胞的异质种群：含有色齿病毒X基因变体和病毒阴性细胞Clone的细胞克隆的分离和表征。病毒学，2019年。3。Brogee，P。，朝向C31INIT具有能力的SF9细胞系的发展。UWSpace，2018年。4。Zitzmann，J。等。al。，单细胞克隆可以选择更有生产力的果蝇Melanogaster S2细胞以进行重组蛋白表达。生物技术。REP。，2018。REP。，2018。
利用基因和细胞疗法中的单细胞工具
单细胞分子工具在过去的五年中以令人难以置信的速度开发了，随着测序成本继续下降，并且已经与测序读数进行了许多分子测定。技术发展的快速时期促进了单个分子特征的描述，包括基因组，转录组，表观基因组和单个细胞的蛋白质组，从而导致了控制复杂生物学系统的分子网络的前所未有的分辨率。通过在细胞异质性是关键特征（例如干细胞生物学，免疫学和肿瘤细胞生物学）的系统中，单细胞分子筛选的巨大功能特别强调了。单细胞 - 词素技术已经有助于鉴定出新型疾病生物标志物，细胞亚群，治疗靶标和诊断，其中许多是通过大量测序方法无法检测到的。最近，将单细胞多摩斯与单细胞功能输出和/或物理位置集成在一起的努力已经具有挑战性，但导致了很大的进步。也许最令人兴奋的是，有一些新兴的机会可以超越对静态细胞状态的描述，而最近通过CRISPR技术调节细胞的进步，尤其是基础编辑者的发展，这极大地提高了细胞和基因疗法的前景。在这篇综述中，我们简要概述了新兴的单细胞技术，并讨论了当前整合单细胞分子筛选并为临床应用进行单细胞多媒体的发展。我们还讨论了如何将单细胞分子测定与功能数据结合在一起，以取消细胞决策的机制。最后，我们反映了引入空间转录组学和蛋白质组学的引入，其与单细胞RNA测序（SCRNA-SEQ）（SCRNA-SEQ）的互补作用以及在细胞和基因治疗中的潜在应用。