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环状单链 DNA 是一种优良的同源性 - ...
（未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者此版本于 2022 年 12 月 2 日发布。；https://doi.org/10.1101/2022.12.01.518578 doi：bioRxiv preprint
单光子自我对被困离子链的运动分析...
观察捕获离子的振荡是最先进的量子1和基本2物理实验的必不可少的技术。裸露振荡频率的估计用于提供剩余能量的精确值3原子的估计中微子质量的关键作用。4在精确光谱实验5中还研究了振荡频率的差异，以测量基本颗粒的旋转磁因子，这与QED的测试相关，6，并在物质和反物质之间寻找不对称性。7笔陷阱中的常规方法是检测陷阱电极上离子图像电荷引起的电流。2正在探索新方法，以使用第二离子对运动敏感更高敏感性进行精确测量。8附加离子应具有有利的电子结构，以通过量子逻辑光谱法制备和读取互动的离子特性。9量子逻辑方案需要几个控制的激光脉冲来操纵辅助离子。该离子是通过激光冷却制备的，然后通过使用狭窄的过渡来解决链的运动边带来审问。过去已经探索了依赖散射光的分析的边带光谱进行运动检测的替代技术。10–14这些技术基于
abasic位点和DNA单链破裂的影响
抽象的可言位置被认为是最常发生的细胞DNA损伤，并且是自发产生的，也是由于化学或辐射对DNA的损害而产生的。与无碱性位点对DNA聚合酶的影响的丰富信息相反，这些病变与RNA聚合酶如何相互作用知之甚少。使用体外转录系统来确定无碱性位点和单链断裂对转板伸长的影响。DNA模板是构建的，其中包含来自两个不同启动子的独特位置放置在独特位置的单个障碍物或划痕，并由SP6和Escherichia coli RNA聚合酶转录。sp6 RNA聚体最初停滞在Abasic部位，随后，这些病变的有效旁路。大肠杆菌RNA聚合酶也绕过了无碱性位点。相比之下，在无碱性位点引起的单链破裂完全阻断了两个RNA聚合酶的进展。全长转录本的序列分析表明，SP6和大肠杆菌RNA聚合酶插入了原始的，即使不是精心抗拒的腺嘌呤残基与无碱性位点相反。这种FMDing表明，在转录水平上，无碱性位点在体内可能是高度诱变的。
通过双链DNA片段的单链DNA寡桥构建SGRNA-CAS9表达载体
总结本申请说明证明了将SGRNA序列插入靶向DNA组件的9.5 kb载体中的便利性。与传统的克隆方法不同，必须合成和重新弥补两个寡核体，该新协议提供了一种设计寡核的简单方法，并与所需的向量组装。Nebuilder HIFI DNA组装主混合物对传统方法的实质性改进，特别是节省时间，易用性和成本。
通过双链DNA片段的单链DNA寡桥构建SGRNA-CAS9表达载体
功能活性（粘性终端连接）：20μl含有0.5 µL快速T4 DNA连接酶，12μgHindiii消化的lambda DNA和1x T4 DNA连接酶在37°C下孵育37°C，过夜，由Agarose gelorophoresis确定的片段，在> 95％的片段中，> 95％的片段。重新消化的连接产物，50μl反应，其中含有6μg连接的片段，40个单位Hindiii和1x的Nebuffer 2在37°C下孵育2小时，导致未检测到的未检测到的未发现的片段，因为琼脂糖凝胶电基果实确定。
双链到单链的转变在 DNA 折纸纳米结构中引起力和运动
除静态纳米结构外，DNA纳米技术还能构建动态和自主开关。[18] 这些动态开关的操作可分为两大类：第一，通过分子相互作用操作；第二，通过外部刺激操作。用于控制纳米尺度运动的主要分子相互作用是DNA杂交（主要是立足点介导的链置换）和碱基堆积。由分子相互作用控制的此类运动的例子包括可重构等离子体装置、[19] 铰链、[20,21] 镊子、[18,22] 旋转装置、[23–26] 助行器、[27] 药物载体 [28,29] 和对分子或纳米颗粒进行分选的机器人。[30,31] 作为驱动机制的其他分子相互作用包括靶分子结合 [32,33] 和适体 [28,29] 以及核小体相互作用。 [34] 通过任何分子相互作用进行的操作（包括上述所有机制）具有可控分子识别和特异性的优点。 然而，操作速度受到分子扩散和相互作用动力学的限制，因此通常非常慢。 值得注意的是，已经开发出多种方法来提高动态 DNA 装置的响应速度。 另一方面，外部刺激如光、[35,36] 温度、[37] 离子、[11,23] pH、[38–40] 和电场 [21,41] 通常能够使操作速度提高很多个数量级。[41] 例如，Karna 等人利用相邻纳米结构域之间可逆的、pH 依赖性的 i-基序形成来促进卷曲 DNA 纳米弹簧的驱动，进而通过整合素偶联影响培养细胞的运动性。 [40] 然而，我们在此称之为外部刺激的任何一种，都存在着整体作用的局限性，而且缺乏分子识别所能提供的特异性。
分析高压氧气后成骨细胞中单链DNA损伤
摘要：（1）背景：高压氧（HBO）暴露会诱导可能导致DNA损伤的氧化应激，在人外周血血液淋巴细胞或非人类细胞中已经观察到了DNA损伤。在这里，我们研究了高压条件对两个人类成骨细胞系的影响：原代人成骨细胞，HOB和成骨肿瘤细胞系SAOS-2。（2）方法：在实验性高压腔（4 ATA，100％氧，37℃和4 H）或假暴露（1 ATA，空气，37℃和4小时）中，将细胞暴露于HBO。DNA损伤在暴露于碱性彗星测定后直接，在暴露后24小时检查，并检测γH2AX+53BP1共定位双链断裂（DSB）灶和细胞凋亡。用QRT-PCR测量了参与抗氧化功能的TGFß-1，HO-1和NQO1的基因表达。（3）结果：碱性彗星测定法显示HBO 4小时后两个细胞系的DNA损伤水平显着升高，而DSB焦点类似于假。γH2AX分析表明，这两种细胞系的凋亡都略有增加。暴露后HO-1在HOB和SAOS-2中的表达增加表明在这些细胞中诱导了抗氧化反应。此外，暴露后4小时，在HOB细胞中TGF-ß1的表达受到负面影响。（4）结论：总而言之，这项研究表明成骨细胞对高压高氧的DNA损伤作用敏感，HBO诱导的DNA损伤很大程度上由单链DNA断裂组成，这些损伤迅速修复。
重新组合：使用单链寡聚>的体内基因工程效率高度
重新组合提供了对任何DNA序列进行快速，精确和廉价的遗传改变的能力，无论是在染色体中还是克隆到载体上，以在大肠杆菌（或其他重新组合的培养细菌）中复制的载体，并以高效的方式进行。可以在重新组合的几天内创建不可能用体外基因工程制造的复杂遗传构建体。与单链DNA（ssDNA）重新组合可用于创建单个或多个聚类点突变，小或大（最大或最大（最高10KB）缺失）以及小（10-20个基本）插入（例如序列标签）。使用优化的条件，可以使用如此高的频率进行点突变，以至于无需选择就可以找到它们。这项技术在创建定向和随机突变方面表现出色。
工程大肠杆菌菌株用于生产长的单链DNA
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。它是此预印本版本的版权持有人，该版本发布于2024年2月29日。 https://doi.org/10.1101/2024.02.29.582813 doi：Biorxiv Preprint