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World File Search System原位杂交
分子细胞遗传学法和CMA
结构变化的精确识别对于准确的基因型 - 表型相关性很重要。分子细胞遗传学技术，例如荧光原位杂交（FISH）和微阵列CGH，已演变为识别此类基因组重排的强大诊断工具。
健康和疾病中的假基因介导的 ceRNA 网络：多维调控视角
缩写：Ψ，假基因；ceRNA，竞争内源性RNA；MRE，微小RNA反应元件；miRNA，微小RNA；TSG，肿瘤抑制基因；mRNA，信使RNA；PP，加工假基因；UP，未加工假基因；UPG，单一假基因，RT，逆转录转座；LINE，长散在核元件；siRNA，短干扰RNA；circRNA，环状RNA；AD，阿尔茨海默病；FTH1，铁蛋白重链；；PTENP1，PTENP1假基因；HMGEC，人乳腺上皮细胞；CRDP，环状RNA衍生的假基因；；HMGA1P，高迁移率族AT-Hook 1假基因；RBP，RNA结合蛋白；；lncRNA，长非编码RNA；CRC，染色质重塑复合物；ERK，细胞外信号调节激酶； BRAF，B-Raf原癌基因；PI3K，磷酸肌醇3-激酶；AKT，丝氨酸/苏氨酸激酶；MAPK，丝裂原活化蛋白激酶；qRT-PCR，定量逆转录聚合酶链反应；FISH，荧光原位杂交；ceRNA假说，竞争性内源性RNA假说；PTPN11，蛋白酪氨酸磷酸酶，非受体型11；NDs，神经退行性疾病；EGFR，上皮生长因子受体；TNF，肿瘤坏死因子；早期生长反应蛋白1（EGR1），HMGA，高迁移率族at-hook 1基因；PMOM，精准医疗肿瘤学市场；scRNA-seq，单细胞RNA测序；ISH，原位杂交；RNAi，RNA干扰；LNP，脂质纳米颗粒； BCL，B 细胞淋巴瘤；AI，人工智能；IP，免疫沉淀；RIP，RNA 免疫沉淀；HRISH，高分辨率原位杂交
在下呼吸道微生物群中检测甲烷摩托杆菌史密斯和甲烷摩布杆菌口腔
摘要：甲烷的甲烷产生甲烷的甲烷，是人类厌氧微生物群中常见的古细菌。甲烷植物作为与营养不良相关的机会病原体的出现，并且在厌氧脓肿中也被检测和培养。他们在呼吸道中的存在尚不清楚。是对908个呼吸道样品的前瞻性研究，使用多重指导方法结合了PCR测序，实时PCR，原位杂交（FISH）和甲烷植物培养。在21 /527（3.9％）痰样品中检测到甲烷摩托杆菌史密斯和甲烷素的口腔DNA序列，2/188（1.06％）支气管肺泡灌洗，也没有193个Tracheo-Bronchial ChialChialChialChial Chial Chial Chial Chial Chipations。此外，在三个痰液中检测到的荧光原位杂交检测到了用棍子形态的样品研究的标本，暗示了M. oralis，而在另一种支气管肺泡灌洗样本中，研究了次生斑的形态，提示Smithii M. Smithii。这些观察结果将已知的甲烷植物领土扩展到呼吸道，并在任何以后从支气管肺泡灌洗和肺部隔离的情况下进一步解释其检测为病原体。
基因选择，用于从单细胞转录组数据中对细胞位置的最佳预测
单细胞RNA-Sequencing（Scrnaseq）技术正在迅速发展。尽管在标准的scrnaseq概述中非常有用，但是丢失了原始组织中细胞的空间组织。相反，旨在维持细胞定位的空间RNA-seq技术的吞吐量和基因覆盖率有限。将SCRNASEQ映射到具有空间信息的基因上，在提供空间位置时会增加覆盖范围。但是，执行此类映射的方法尚未标记。为了填补这一差距，我们组织了梦想的单细胞转录组学挑战，重点是从scrnaseq数据中从果蝇胚胎中的细胞进行空间重新构造，利用了银标准，并带有银色标准基因，具有原位杂交数据，来自伯克利果蝇转录网络项目的原位杂交数据。34个参与的团队使用了不同的算法选择进行基因选择和位置预测，同时能够正确定位细胞的簇。选择预测基因对于此任务至关重要。预测基因的表达熵相对较高，空间聚类较高，并包括显着的发育基因，例如间隙和成对基因和组织标记。将前10种方法应用于斑马鱼胚胎数据集，产生了相似的性能和
曲妥珠单抗（Enhertu）
简介 乳腺癌 (BC) 是加拿大女性最常见的癌症。2022 年，加拿大女性预计有 28,600 例新发病例和 5,500 例因 BC 导致的癌症相关死亡。生物检测是确定标准治疗和疾病分期的标准方法。根据免疫组织化学 (IHC) 或原位杂交 (ISH) 或荧光原位杂交是否存在 HER2 扩增和/或过表达和/或扩增，历史上将 BC 分类为 HER2 阳性或 HER2 阴性。HER2 阴性 BC 定义为 IHC 0、1+ 或 2+，且 ISH 结果为阴性。1,2现在，IHC 评分为 1+ 或 2+，且 ISH 结果为阴性，定义为 HER2-low BC。在加拿大，HER2-low BC 的患病率估计显示，激素受体 (HR) 阳性疾病占主导地位 (89%)，而 HR 阴性疾病占主导地位 (11%)。对于历史上被归类为 HER2 阴性和 HR 阳性的患者，建议在病情进展时接受一线内分泌治疗 (ET) 联合细胞周期蛋白依赖性激酶 (CDK) 4/6 抑制剂；如果对 ET 有抵抗力，建议使用单药化疗。对于历史上被归类为 HER2 阴性和 HR 阴性的患者，标准治疗是连续单药化疗，并根据程序性死亡配体 1 状态添加派姆单抗。
使用 IKAROS 创建智能核型图
在临床细胞遗传学中，实验室专业人员分析染色体的数值和结构畸变，以诊断遗传疾病或癌症。MetaSystems 在医学和生命科学领域拥有超过 35 年的载玻片扫描自动化经验，为创建核型图和荧光原位杂交 (FISH) 提供了全面的解决方案，适合时间紧迫且精确的程序。深度学习的创新帮助 Ikaros 用户在高效创建核型图方面取得了重大进展。
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我们目前对早期果蝇中基因表达的调节的理解来自一次观察到几个基因的观察，就像原位杂交或观察基因表达水平，而没有构成图案的观察，就像RNA测序一样。单核RNA序列有潜力，有可能立即对许多基因的基因表达调节进行新的见解，同时基于图案化的基因表达，同时保留有关每个核之前的每个核位置的信息。为了在细胞化之前建立果蝇胚胎中单核RNA测序的使用，我们在这里查看对照和绝缘蛋白中的基因表达，DCTCF，dctcf，母体null null胚胎在核循环14。我们发现，根据基因表达，可以将早期的胚胎核分组为不同的簇。从虚拟和原位杂交中出版，我们还发现这些簇对应于胚胎的空间区域。最后，我们提供了候选差异表达的基因的资源，该基因可能显示对照和母体DCTCF无效核之间的基因表达的局部变化，而在整体中无可检测到的差异表达。这些结果突出了单核RNA测序的潜力，以揭示对早期Dro-sophila melanogaster胚胎中基因表达调节的新见解。