摘要 目的 由肝细胞核因子-1α ( HNF1A ) 变异 ( HNF1A -MODY ) 导致的年轻人成年型糖尿病是一种常见的单基因糖尿病。尽管 HNF1A -MODY 患者可能特别受益于磺酰脲类药物治疗,但现有的筛查这种特定类型糖尿病的方法并不具有成本效益。本研究旨在建立一种基于多种生物标志物优化的临床策略,以区分 HNF1A -MODY 患者和临床诊断的早发性 2 型糖尿病 (EOD) 患者,并在中国人群中进行基因检测。研究设计和方法进行一项病例对照研究,包括 125 名无血缘关系的年轻 EOD 患者和 15 名 HNF1A -MODY 先证者 (队列 1),以评估已报道的 HNF1A -MODY 生物标志物。以150例代谢综合征成分正常的健康人群的第97.5百分位数(队列2)为空腹胰岛素(Fins)水平的截断值,筛选出明显胰岛素抵抗(Fins<102 pmol/L)的个体。建立优化的临床筛查策略(HNF1A-CSS),并在另一组410例年轻EOD患者(队列3)中评估其有效性。结果在队列1中,体质指数(BMI)、血清高密度脂蛋白胆固醇(HDL-c)和高敏C反应蛋白(hs-CRP)水平被证实可用于HNF1A-MODY的鉴别诊断。在队列3中,共识别出8例HNF1A-MODY先证者。在队列 3 和患有 HNF1A -MODY 的年轻亲属中,符合四项标准中的三项(BMI <28 kg/m 2 、hs-CRP <0.75 mg/L、Fins <102 pmol/L 和 HDL-c >1.12 mmol/L),HNF1A -CSS 的敏感性和特异性分别为 100% 和 69.3%。在所有年轻患者的汇总分析中,HNF1A -CSS 对在临床诊断为 EOD 的患者中识别 HNF1A- MODY 患者显示出 90.5% 的敏感性和 73.6% 的特异性。结论我们的 HNF1A -CSS 可用于在中国年轻人群中区分 HNF1A -MODY 患者和 EOD 患者。
抽象背景肿瘤突变负担(TMB)定义为询问的基因组序列的每个兆班堡的体细胞突变数量,证明了对鉴定癌症患者的预测性生物标志物潜力,最有可能对免疫检查点抑制剂做出反应。TMB是通过整个外显子组测序(WES)最佳计算的,但是下一代测序的目标面板以时间效率且具有成本效益的方式提供TMB估计。然而,除了潜在的生物信息学管道外,面板大小和基因覆盖范围的差异是跨实验室TMB估计值的已知驱动因素。通过直接比较来自参与实验室的基于面板的TMB估计值,本研究旨在表征基于面板的TMB估计的理论可变性,并提供有关TMB报告,分析验证要求和参考标准一致性的指南,以维持跨平台TMB估计的一致性。方法十一项实验室使用了来自多种癌症(MC3)样本中的癌症基因组多中心突变的WES数据,并使用其自身的生物信息信息线(PANEL TMB)限制在其目标面板覆盖的基因的外部基因的子集中计算了TMB。使用统一的生物信息学管道从整个外显子组中计算出参考TMB值,所有成员都同意(WES TMB)。线性回归分析,以研究所有32种癌症类型的WES和面板TMB之间的关系。在各种WES TMB值下的面板TMB值的可变性也使用95%的预测限制进行了量化。
(未经同行评审认证)是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者此版本于 2020 年 2 月 13 日发布。;https://doi.org/10.1101/2020.02.12.946533 doi:bioRxiv preprint
我想感谢以下人员以各种形式给予我的帮助。Ray Tedman 博士是一位出色的导师,他付出了额外的时间和精力,帮助我成长为一个会走路、会说话的解剖学家。Greg Bain 博士是一位出色的联合导师,他总是说正确的话。你们对这个项目的热情给了我不可估量的帮助。Wesley Fisk 先生为博士生提供了所有可能需要的技术和社会支持。感谢你们所做的一切,希望你们能给予我更多帮助。Stelios Michas 先生(你该有自己的产品线了!)感谢你的帮助和友谊。每当事情看起来行不通时,你总能找到办法让它成功。医学和兽医学研究所的 Rob Moore 博士和他的技术人员 Greg 和 Beverly 对脱钙标本进行了 x 射线检查。妇女儿童医院的 Nick Zabanias 先生负责做所有的 x 射线和 CT 检查。 Aman Sood 博士完成了四角融合手术,并给出了许多很好的建议。医学和兽医学研究所的 Nicola Fazzalari 博士提供了所有建议并允许我使用您的大冰箱!Tavik Morgenstern 先生是一位好伙伴,不时借给我艺术眼光。我保证不会再弄乱您的扫描仪了!Maciej Henneberg 教授和阿德莱德大学解剖科学系的全体工作人员,激励我(有意或无意地)成为最好的解剖学家,让上班感觉不那么像工作。Ian Gibbins 教授看到了别人没有看到的东西,给了我工作,并时不时地问我“可怕的问题”。Don 是一位很棒的好朋友,尽管写这样的东西会让我感到疯狂,但他总是在我身边。妈妈和爸爸从第一天起就给予我所有的支持和建议。最后,但绝非最不重要的一点,感谢 Kara,她是我生命中最重要的人,我珍惜她。这是献给你的。
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