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World File Search System变异的
整个基因组测序（WGS）
b ioinformitic c of a nalysis WGS报告包括：•质量控制和测序指标（FASTQC）•过滤以关注变体•全面识别更改，包括单核苷酸变化（SNV）（SNV），插入和缺失（INDELS）（INDELS）（INDELS）•与种类和躯体变异的工作相关的变化范围•分离的变异范围•分离的变化范围•均分离范围，以•分离范围。在遗传或疾病相关样品之间进行比较，以鉴定基因和途径中的共享或新颖变异•其他分析可以评估变异的潜力改变蛋白质结构，功能，动力学或表达
人体组合体揭示了丘脑皮层途径中cacna1g基因变体的后果
丘脑和大脑皮层之间串扰的抽象异常被认为会导致严重的神经精神疾病，例如癫痫和精神病。CACNA1G基因中的致病变异，它编码富含丘脑的T型电压电压通道Cav3.1的α1G亚基与缺乏，智力残疾和精神分裂症有关，但这些遗传性变异是属于这些元素的人，与这些遗传性变异的疾病相关。在这里，我们开发了丘脑皮质途径的体外人组装模型，以系统地剖析T型钙通道中遗传变异的贡献。我们发现，与癫痫发作相关的CACNA1G变体（M1531V）导致人丘脑神经元中T型电流的变化，以及丘脑和皮质神经元在丘脑 - 皮质组件中的丘脑和皮质神经元的相关性。相反，与精神分裂症风险有关的CACNA1G损失导致异常的丘脑皮层连通性，这与自发性丘脑活性增加和异常的丘脑轴突预测有关。总的来说，这些结果说明了器官和组装系统在细胞和电路水平上询问人类遗传疾病风险变异的实用性。
非编码遗传变异的全基因组分析确定了与先天性巨结肠相关的多尺度调控元件扰动
1 香港中文大学计算机科学及工程学系，香港 2 香港大学李嘉诚医学院外科学系，香港 3 香港大学李达三博士研究中心，香港 4 香港大学李嘉诚医学院生物医学学院，香港 5 香港大学李嘉诚医学院精神病学系，香港 6 香港大学李嘉诚医学院基因组科学中心，香港 7 香港中文大学香港生物信息中心，香港 8 香港中文大学香港糖尿病及肥胖症研究所，香港 * 以上作者对本研究贡献相同
非编码遗传变异的全基因组分析确定了与先天性巨结肠相关的多尺度调控元件扰动
非编码遗传变异在许多人类疾病中发挥着重要作用这一点已得到广泛认可，但诸多挑战阻碍了对功能性疾病相关非编码变异的鉴定。非编码变异的数量可能是编码变异的许多倍；其中许多变异没有功能但与功能性变异处于连锁不平衡状态；不同的变异可能具有上位性效应；不同的变异可以在不同的个体中影响相同的基因或通路；一些变异彼此相关，不是通过影响相同的基因而是通过影响相同上游调节器的结合。为了克服这些困难，我们提出了一个新颖的分析框架，该框架考虑不同遗传变异对蛋白质结合的趋同影响，从而提供有关与疾病相关的调控元件、基因和通路扰动的多尺度信息。将其应用于 918 名短片段先天性巨结肠患者和匹配对照的全基因组测序数据，我们鉴定出标准单变异和基于区域的测试未检测到的各种新基因，功能上以神经嵴的迁移和发育为中心。我们的框架还鉴定出其结合受非编码变异影响的上游调节剂。使用人类神经嵴细胞，我们确认了列表中三个顶级新调控元件分别在 RET、RASGEF1A 和 PIK3C2B 基因座中的细胞阶段特定调控作用。在 PIK3C2B 调控元件中，我们进一步表明仅在患者中发现的非编码变异会影响神经胶质生成调节剂 NFIA 的结合，并相应地上调同一拓扑关联域中的多个基因。
对千人基因组计划样本进行高覆盖率纳米孔测序，建立人类遗传变异的综合目录
1 华盛顿大学儿科系遗传医学分部，美国华盛顿州西雅图 98195；2 华盛顿大学分子与细胞生物学项目，美国华盛顿州西雅图 98195；3 华盛顿大学基因组科学系、4 实验室医学与病理学系，美国华盛顿州西雅图 98195；5 华盛顿大学公共卫生遗传学研究所，美国华盛顿州西雅图 98195；6 南非约翰内斯堡 2193 威特沃特斯兰德大学健康科学学院悉尼布伦纳分子生物科学研究所；7 太平洋西北研究所，美国华盛顿州西雅图 98122；8 纽约大学生物系，美国纽约州纽约 10003；9 Alamya Health，美国路易斯安那州巴吞鲁日 70806； 10 应用和转化神经基因组学组，VIB 分子神经病学中心，VIB，安特卫普 2650，比利时；11 安特卫普大学生物医学科学系，安特卫普 2000，比利时；12 美国国家标准与技术研究所材料测量实验室，马里兰州盖瑟斯堡 20899，美国；13 田纳西大学健康科学中心遗传学、基因组学和信息学系，田纳西州孟菲斯 38163，美国；14 人类科技城，意大利米兰 20157；15 约翰霍普金斯大学计算机科学系，马里兰州巴尔的摩 21218，美国；16 墨西哥国立自治大学国际人类基因组研究实验室，人类基因组国际研究实验室，墨西哥城 76230，墨西哥； 17 纽约基因组中心，纽约，纽约州 10013，美国；18 Outlier Informatics Inc.，萨斯喀彻温省萨斯卡通 S7H 1L4，加拿大；19 西雅图儿童医院实验室部，华盛顿州西雅图 98195，美国；20 冷泉港实验室，纽约冷泉港 11724，美国；21 斯坦福大学遗传学系，22 计算机科学系，加利福尼亚州斯坦福 94305，美国；23 贝勒医学院人类基因组测序中心，德克萨斯州休斯顿 77030，美国；24 贝勒医学院分子和人类遗传学系，德克萨斯州休斯顿 77030，美国；25 莱斯大学计算机科学系，德克萨斯州休斯顿 77251，美国； 26 美国国立卫生研究院国家癌症研究所癌症数据科学实验室，马里兰州贝塞斯达 20892，美国；
最终评估文件 – Tepotinib 用于治疗 MET 基因变异的晚期非小细胞肺癌 第 1 页，共 21 页
最终评估文件 – Tepotinib 用于治疗 MET 基因变异的晚期非小细胞肺癌 第 10 页，共 21 页
