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resfinderfg v2.0：通过功能宏基因组学获得的抗生素抗性基因数据库
宏基因组学可用于监测抗生素耐药基因的扩散（ARGS）。args在诸如分解和纸牌原理等数据库中发现的源自可培养和致病性细菌，而来自不可培养和非病原细菌的ARG仍然研究了。功能元素基于表型基因的选择，并且可以从具有与已知ARGS共享的潜在低认同性的不可培养的Bacteria中识别出ARG。在2016年，创建了ResfinderFG V1.0数据库，以从功能性研究中收集ARG。在这里，我们介绍了数据库Resfinderfg v2.0的第二个范围，该v2.0可在基因组流行语Web服务器中心（https：//cge.food.dtu.dtu.dk/ services/ resfinderfg/）中获得。它包括3913 ARG，由50个精心策划的数据集的功能性宏基因组学鉴定。我们评估了与肠道，土壤和水（海洋 +淡水）全球微型基因目录（https://gmgc.embl.de）相比，我们评估了其检测ARG的潜力。res- finderfg v2.0允许检测未检测到使用其他数据库检测的ARG。这些包括对β-甲酰胺，环素，苯酚，糖肽 /环烯烯和甲氧苄啶 /磺胺酰胺的抗性。因此，ResfinderFG v2.0可用于识别与常规数据库中发现的ARG，从而改善了抗抗性的描述。
NAR突破性文章-Lirias
An enzymatic method has been successfully es- tablished enabling the generation of partially base- modified RNA (previously named RZA) constructs, in which all G residues were replaced by isomorphic fluorescent thienoguanosine ( th G) analogs, as well as fully modified RZA featuring th G, 5-bromocytosine, 7- deazaadenine and 5-氯酸。被发现的Extigive RZA的转录效率从使用各种T7 RNA聚合酶变体中受益。此外，可以通过TAQ DNA聚合酶以及其他三个基型型核苷酸将D Th G掺入PCR产物中。值得注意的是，在体外CRISPR- CAS9裂解测定中，获得的RNA产物以及与5-溴细胞的RNA产物一起与天然SGRNA一样有效地发挥作用。n 1-甲基丙啶也被证明是尿苷的忠实非典型的肠道构造，当掺入SGRNA时，可以指导Cas9核酸酶切割。7-二氮嘌呤的CAS9失活表明，在SGRNA和PAM位点，嘌呤的7-氮原子的重要性对于实现了有效的Cas9裂解。与SGRNA-蛋白质和PAM的显着性讨论了这项研究的其他方面 - 蛋白相互作用，这些相互作用并未由Cas9 – Sgrna -DNA复杂晶体结构突出显示。这些发现 -
原创文章 Elimusertib ATR 抑制剂对三阴性乳腺癌细胞中 ATR/Chk1 通路的抑制
摘要：目的：癌细胞基因组不稳定性是基于脱氧核糖核酸（DNA）损伤反应和修复机制的异常激活。近年来，针对毛细血管扩张性共济失调和Rad3相关（ATR）抑制的癌症治疗引起了人们的关注。在本研究中，我们首次旨在确定ATR抑制剂Elimusertib对三阴性乳腺癌（TNBC）的抗癌作用。方法：通过水溶性四唑1（WST-1）、膜联蛋白V、细胞周期和吖啶橙/碘化丙啶染色分析Elimusertib的细胞毒性和凋亡作用。此外，还评估了Elimusertib诱导的线粒体损伤和细胞内活性氧。此外，通过蛋白质印迹分析分析了ATR-检查点激酶1（Chk1）DNA损伤反应的抑制和凋亡的诱导。结果：我们的初步研究结果表明，Elimusertib 显著降低了 MDA-MB-231 TNBC 细胞的存活率，并对 MCF-10A 细胞产生毒性（P<0.05）。Elimusertib 通过间隙期 (G0)/生长 1 期 (G1) 积累、caspase-3 活性和线粒体损伤导致细胞凋亡。此外，Elimusertib 显著抑制了基于 ATR 的 DNA 损伤反应和介导的细胞周期检查点。结论：我们的研究结果表明 Elimusertib 抑制了 TNBC 细胞中基于 ATR 的 Chk1 通路。因此，Elimusertib 抑制 ATR 可能是一种潜在的治疗策略，尤其是在肿瘤蛋白 p53 (p53) 突变型 TNBC 患者中。
指令nrl ro praha-úkzúz
用于确定质量DNA，使用0.8％的凝胶，并使用2％琼脂敏凝胶用于放大片段的夜间。Erlenm e yer的烧瓶被称重给定数量的粉末状琼脂症（2），精度为0.1 g，并添加了1×TAE缓冲液的工作溶液（请参阅5.1.3）。粉末琼脂症（2）和1×TAE缓冲液的量取决于浇注浴的大小。在电磁混合物（15-200）分钟上以（150-200）°C煮熟，直到溶液完全敲击，即使在圆形混合物后，气泡也会消失。还准备浇注浴和合适的梳子。在凝胶中添加轻微冷却后，用于使DNA可见（例如Ethidiumbromide工作解决方案，请参见5。1.4），混合1分钟。插图染料的体积取决于制备的凝胶的体积（对于乙啶溴化物，其最终浓度约为0.013％）。然后去除混合器，然后用梳子将琼脂氧化倒入浴缸中。在实验室温度下冷却约15分钟。为了完美的凝固，将凝胶放在冰箱中30分钟。可以用梳子小心地除去，并将凝胶从浇注浴缸中将凝胶传递到电泳浴中，并使用Tae Pufru的工作解决方案。可以将2个梳子放入浇注浴缸中，以便在切割后获得两个较小的凝胶。5.3琼脂症凝胶中的电泳
AAMA介导的基因组宽基因的表观遗传控制...
收到2022年12月4日； 2023年8月3日接受；出版于2023年8月17日作者隶属关系：1分子环境微生物学实验室，韩国首尔韩国环境科学与生态工程系，韩国共和国。*信件：Woojun Park，WPARK@韩国。AC。KR关键词：抗生素耐药性；生物膜； DNA甲基化；外排泵；表观遗传学；甲基转移酶。缩写：AR，抗生素耐药性； Azi，阿奇霉素； CCCP，羰基氰化物3-氯苯基氢气； Col，Colistin； Ery，红霉素； Etbr，溴化乙锭； Gen，庆大霉素； IPD，脉间持续时间； Kan，Kanamycin； 6mA，n -6-甲基丹宁； 4MC，n -4-甲基环肽； 5MC，5-甲基胞嘧啶； MEM，MeropeNem； MIC，最小抑制浓度； MTase，甲基转移酶；小睡，核苷相关蛋白；也不，诺福路吗？ OMV，外膜外囊泡； PMB，多粘蛋白B; rif，利福平； RM，限制修改； SEM，扫描电子显微镜； SMRT-SEQ，单分子实时测序； TF，转录因子； TMP，甲氧苄啶。†这些作者对此工作数据声明也同样贡献：本文或通过补充数据文件中提供了所有支持数据，代码和协议。本文的在线版本可以使用三个补充数据和六个补充表。001093©2023作者
如何引用：Mendes T，Sales LS，Danelon M，Brighenti FL。建立用于体外生物膜生长的唾液供体选择。 Odontol Rev Unesp。 20
简介：使用唾液作为接种物的多生物生物膜的使用是研究体外致癌生物膜的有前途的模型。但是，仍然没有选择唾液供体的标准化。目的：这项研究的目的是建立一种使用微生物唾液因子和生物膜的体外特征选择唾液供体的方法。材料和方法：为唾液捐赠，选择了二十名志愿者。志愿者在唾液收集之前持续24小时而无需刷牙和禁食2小时。评估了以下参数：总厌氧菌和突变链球菌的可行性；洗具辛定氨酸的最小抑制（CIM）浓度和最小杀菌浓度（CBM）；生物量生物膜形成能力；以及生物膜对氯己定的敏感性。结果：唾液的细菌生存能力，生物膜形成能力以及生物膜对洗涤辛的敏感性以平均水平和置信区间（95％）表示。通过学生t检验比较了0.9％NaCl和0.2％二乙酸盐治疗后，生物膜可行性（Mutans straptococci和Total Clacteria）之间的差异，其显着性水平为5％。厌氧菌（中值）细菌的总生存力为7.28 log 1+UFC/mL（菌落/mL形成单位）。唾液中链球菌突变的可行性的中位数为5.47 log 1+ufc/ml。生物膜形成中值生物量为0.1172至570。结论：洗手甲啶的治疗显着降低了链球菌突变和细菌的总生存能力。成功建立了选择唾液供体的方法。
一种新的土壤遗迹DNA去除方法
微生物在土壤中发挥着至关重要的生态作用，但先前微生物留下的残留 DNA 会导致对活体微生物功能和多样性的估计不准确。为了解决这个问题，我们提出了一种使用 Benzonase 核酸内切酶去除土壤中残留 DNA 的新方法，并将其与广泛应用于活体微生物组研究的叠氮丙啶 (PMA) 和 DNase I 进行了比较。与 PMA 不同，Benzonase 不需要光激活，适用于土壤等不透明介质。因此，其去除土壤残留 DNA 的效率 (40%−60%) 是 PMA (0−30%) 的两倍。此外，我们的结果表明，Benzonase 在大多数土壤中的表现优于 DNase I，这可能是因为与 DNase I 相比，它的操作条件范围更广。除了更高的残留 DNA 去除效率外，Benzonase 对土壤活体微生物群落的影响较弱。随后，利用 Benzonase 去除天然土壤中的残留 DNA，结果表明，残留 DNA 去除导致微生物多样性和丰富度平均降低约 10%。值得注意的是，它导致特定类群（如芽孢杆菌和鞘氨醇单胞菌）的相对丰度发生显著变化。这些发现揭示了土壤中总微生物组和活体微生物组之间的差异。我们的研究不仅为土壤残留 DNA 去除提供了一种可靠的方法，而且强调了残留 DNA 去除对活体土壤微生物组评估的必要性，为推进土壤微生物生态学研究奠定了方法论基础。
柠檬醛在乳腺癌多细胞肿瘤球体（MTS）中的靶向潜力
简介：由于乳腺癌的高发性在全球范围内产生了深远的影响，迫切需要改善患者的临床结果，包括努力利用生物活性天然产物作为治疗或预防措施。据报道，柠檬醛（柠檬草精油）对乳腺癌细胞系具有细胞毒性。本研究的目的是确定柠檬醛靶向乳腺癌细胞中醛脱氢酶阳性（ALDH +）细胞的能力。方法：在无血清培养基中培养 MCF-7 和 MDA-MB-231 细胞以产生多细胞肿瘤球体，以评估柠檬醛作为抗增殖剂的作用。用已确定的 IC 50（分别为 50±4.30 µM 和 56±3.17 µM 的柠檬醛）处理细胞以研究柠檬醛的细胞毒性。使用碘化丙啶 (PI) 和 Hoechst 33342 进行染色以确定细胞增殖和活力。最后，通过 ALDEFLUOR 测定法对 ALDH+ 细胞进行量化。通过方差分析 (ANOVA) 和独立 t 检验进行差异分析，p<0.05 被认为具有统计学意义。结果：用柠檬醛处理后，两种癌细胞系中的球体尺寸均减小。PI 和 Hoechst 33342 染色还显示柠檬醛产生了正常细胞和正在发生凋亡和坏死的细胞混合物。ALDE FLUOR 测定法分析显示柠檬醛显着 (p<0.05) 抑制了 MCF7 细胞中 ALDH+ 细胞的数量。结论：证明柠檬醛通过抑制 ALDH 活性减少了 MCF7 乳腺癌球体中的 ALDH+ 细胞群。
HSA的COVID-19疫苗安全更新＃14（30 ...
这是一个八岁女孩的情况，她因呼吸急促，发烧，大型皮疹和呕吐而被录取。五个星期前，她留下了髋骨髓炎和D组沙门氏菌菌血症。她接受了静脉（IV）头孢曲松治疗，并接受了脓肿的超声引导引流。改进后，她在口服甲氧苄啶 - 磺胺甲氧唑（TMP-SMX）上出院，用于治疗骨髓炎。服用TMP-SMX 19天后，她的发烧复发，没有其他症状或臀部疼痛。，她每天两次给予强力霉素70mg，以使可能的立克感染。尽管如此，她仍然呕吐，继续发热。然后，她在手上出现了大pas骨皮疹，并散布在她的身体和脸上。在TMP-SMX的第25天和强力霉素的第6天，她出现了急性呼吸困难，导致了目前的演讲。，她以双侧散布的疗程减少了较低的胸部的空气进入，并且呈弥漫性的瘙痒性网状大型刺皮疹，没有粘膜受累。胸部X射线和计算机断层扫描（CT）显示出弥漫性的地面玻璃变化，涉及整个肺具有顶端基质梯度，以及广泛的肺炎，双侧性气胸和皮下注射（图1和2）。微咽镜检查和支气管镜检查（MLB）和食管镜检查显示出正常的气管，轻度的食管炎，没有气管或食道穿孔。她需要机械通气，以使其与严重的小儿急性呼吸窘迫综合征（PARS）一致的严重氧合失败。
热力学循环预测进化酶的竞争性抑制结果
在分子水平上理解竞争性抑制对于揭示酶-抑制剂相互作用的动力学和预测抗性突变的进化结果至关重要。在本研究中，我们提出了一个框架，将竞争性抑制与炼金术自由能扰动 (FEP) 计算联系起来，重点关注大肠杆菌二氢叶酸还原酶 (DHFR) 及其被甲氧苄啶 (TMP) 抑制的情况。使用热力学循环，我们将实验测得的结合常数 (K i 和 K m ) 与野生型和突变型 DHFR 相关的自由能差异联系起来，平均误差为 0.9 kcal/mol，从而深入了解 TMP 抗性的分子基础。我们的研究结果强调了局部构象动力学在竞争性抑制中的重要性。DHFR 突变对底物和抑制剂结合亲和力的影响不同，从而影响 TMP 选择压力下的适应度景观。我们的 FEP 模拟表明，抗性突变通过特定的结构和/或动力学效应稳定抑制剂结合或底物结合状态。这些效应的相互作用在某些情况下显示出显著的上位性。单独评估底物和抑制剂结合的能力提供了有价值的见解，从而可以更精确地解释突变效应和上位性相互作用。此外，我们确定了 FEP 模拟中的关键挑战，包括由电荷改变突变和长距离变构效应引起的收敛问题。通过整合计算和实验数据，我们提供了一种有效的方法来预测抗性突变的功能影响及其对进化适应度景观的贡献。这些见解为构建强大的突变扫描方案和设计更有效的抗耐药细菌菌株治疗策略铺平了道路。