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wgbstools：用于DNA甲基化测序数据表示，可视化和分析
DNA甲基化的基因组研究经常使用Illumina Beadchip 450K/Epic阵列，该阵列在一组预定义的CpG位点上测量了平均DNA甲基化水平（β值），其中包括整个人类基因组的2800万CPG甲基化位点的2800万CPG甲基化位点的1.5-3％[9,9,10]。DNA测序技术的最新进展促进了一种以碎片为中心的观点，该观点以单分子分辨率捕获了多个相邻CpG位点的二进制DNA甲基化模式[4-8,11-14]。这些技术包括使用甲基化的DNA测序技术，例如牛津纳米孔技术（OXFORD NANANOPORE技术（Oxford）[17]或Pacbbio [18] [18] [18]，这些技术包括甲基[15]或酶甲基处理，然后进行测序（EM-SEQ）[16]，以及直接检测基础修饰。DNA甲基化信息可以在整个基因组中测量，也可以使用杂种捕获阵列，限制酶（RRB）或靶向PCR在目标区域富集[3-5,19-21]。尽管如此，用于处理，可视化和分析此类数据滞后的计算和算法工具。
通过 3D 相干 X 射线衍射成像可视化非经典结晶导致的方解石内部纳米结晶性
研究了使用两种方法合成的方解石样品的内部结晶度：溶液沉淀法和碳酸铵扩散法。扫描电子显微镜 (SEM) 分析表明，使用这两种方法沉淀的方解石产品具有明确的菱面体形状，与矿物的自形晶体习性一致。使用布拉格相干衍射成像 (BCDI) 表征这些方解石晶体的内部结构，以确定 3D 电子密度和原子位移场。使用碳酸铵扩散法合成的晶体的 BCDI 重建具有预期的自形形状，具有内部应变场和少量内部缺陷。相反，通过溶液沉淀合成的晶体具有非常复杂的外部形状和有缺陷的内部结构，呈现出零电子密度区域和明显的位移场分布。这些异质性被解释为由非经典结晶机制产生的多个结晶域，其中较小的纳米颗粒聚结成最终的自形颗粒。SEM、X 射线衍射 (XRD) 和 BCDI 的结合使用允许在结构上区分用不同方法生长的方解石晶体，为了解晶粒边界和内部缺陷如何改变方解石反应性提供了新的机会。
R2DTool：同工型分辨RNA特征的集成和可视化
标题：水凝胶的精密切割肺切片支持体内引起的肺部肺部病变的体内文化作者：Caroline Hauer 1，Rachel Blomberg 2，Rachel Blomberg 2，Kayla Sompel 1，Kayla Sompel 1，Chelsea M. Magin M. Magin M. Magin 1,2,3科罗拉多州Anschutz医疗校园Aurora，Co 80045，美国2生物工程系丹佛分校美国30045，美国30045，科罗拉多州科罗拉多大学Anschutz Medical Campus Aurora，Co 80045，美国运行标题：水凝胶embedded PCLS支持肺PML的肺部PML培养物：Meredith A.科罗拉多州的网球大学Anschutz医疗校园12700 E 19 Th Ave，Box C272 Aurora，Co 80045，美国Meredith.tennis@cuanschutz.edu利益冲突：C.M.M M. C.M.M担任Colorado Biosci-Biosci-Ence Institute董事会副主席。 所有其他作者都没有宣布潜在的利益冲突。 单词计数：4,500（包括材料和方法）数字：4科罗拉多州的网球大学Anschutz医疗校园12700 E 19 Th Ave，Box C272 Aurora，Co 80045，美国Meredith.tennis@cuanschutz.edu利益冲突：C.M.M M. C.M.M担任Colorado Biosci-Biosci-Ence Institute董事会副主席。所有其他作者都没有宣布潜在的利益冲突。单词计数：4,500（包括材料和方法）数字：4
可视化石墨烯中轨道角动量引起的单个波前脱位
相奇异性是波幅度为零的相位划分点，表现为相位顶点或波前位错。在光学和电子束的领域中，已经广泛探索了相位奇异性，证明了与轨道角度膜的密切联系。直接对轨道角动量对纳米级奇异性的影响的直接局部成像仍然具有挑战性。在这里，我们通过扫描隧道显微镜和光谱研究来研究轨道角动量在石墨烯中，尤其是在原子水平上的相位奇异性中的作用。我们的实验表明，由局部旋转对称性势能引起的不同轨道角动量状态之间的散射可以产生额外的相位单位，并在真实空间中导致稳健的单波偏位。我们的结果为探索轨道自由度对准粒子干扰过程中量子相的影响铺平了道路。
机器人辅助决策：揭示不确定性可视化和具体化的作用
机器人是具有具体行为能力的智能体，会在多种不确定性因素下行动。在协助人类完成协作任务时，机器人需要传达它们的不确定性以帮助做出决策。在本研究中，我们研究了在高风险辅助决策任务中可视化机器人不确定性的使用情况。具体来说，我们探讨了机器人传达的不同不确定性可视化形式（图形显示与机器人的具体行为）和置信度水平（低、高、100%）如何影响人类在协作任务中的决策和感知。结果表明，这些可视化显著影响了参与者如何做出决策，以及他们如何看待机器人在不同置信度水平下的透明度。我们强调了潜在的权衡，并为机器人辅助决策提供了启示。我们的工作为人类如何在关键的机器人辅助决策场景中利用机器人传达的不确定性可视化提供了实证见解。
脑磁图和脑电图脑波活动可视化
在这个项目中，我们最初使用 MNE 样本数据集作为基础数据集。这些数据是使用 MGH/HMS/MIT Athi-noula A. Martinos 生物医学成像中心的 Neuromag Vectorview 系统收集的。EEG 数据是使用 60 通道电极帽与 MEG 同时采集的。原始 MRI 数据集是使用带有 MPRAGE 序列的西门子 1.5 T Sonata 扫描仪获得的。在实验期间，在受试者的左、右视野中呈现棋盘格图案，并穿插着向左耳或右耳发出的音调。刺激之间的间隔设置为 750 毫秒。此外，视野中心偶尔会出现一个笑脸，提示受试者在笑脸出现时尽快用右手食指按下按键。样本数据集包含两个主要目录：MEG/sample（包含 MEG/EEG 数据）和 subject/sample（包含 MRI 重建）。
数据预处理和可视化机器学习模型及其在教育中的应用
私人公司现在非常有兴趣使用机器学习和人工智能[5]引入最新技术。最近，人工智能和机器学习领域的初创公司一直在积极开放，正在投资于这些行业的发展，这一趋势只会继续进行。使用人工智能和机器学习算法的自动化的一些关键优势是提高生产力，时间和经济效率，减少人类错误，加速业务决策，预测客户的偏好以及最大化销售[6]。需要分析和使用大量数据的大公司包含监视和维持数据质量的整个团队。这再次证明了数据质量对于将来使用的重要性。
可视化摩尔长读测序的DNA，而不是质量
NGS库准备期间的传统测量包括在特定尺寸范围内确定样品质量。该分析很容易用安捷伦自动电泳仪器进行，该仪器以数字凝胶图像和电图图的形式提供视觉结果。电文件图显示荧光信号作为图形表示，X轴上的大小和Y轴上的相对荧光单元（RFU）。因此，荧光信号的高度与给定尺寸的样品质量成正比。虽然该表示形式已被广泛用于剪切GDNA和最终NGS库的质量控制，但检查样品的摩尔性可能会提供更好的视觉表示，以显示样品可以产生的测序读数数量，尤其是用于长阅读测序。高分子重量样品。优势允许用户通过将Y轴从RFU切换到Nmole/L来可视化电处理图像作为质量或摩尔度的产物。通过可视化摩尔数中的数据并使用涂片分析，可以使用FEM脉冲来确定不同尺寸括号内发现的样品的摩尔数，并提供更好的长阅读测序读取长度的预测。