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利用图像可读的碱基编辑器记录重建空间中的细胞历史
了解单个细胞的祖先状态和谱系关系可以揭示发育背后的动态程序。通过设计细胞来主动记录自身基因组 DNA 中的信息可以揭示这些历史，但现有的记录系统信息容量有限或会破坏空间背景。在这里，我们介绍了 baseMEMOIR，它结合了碱基编辑、顺序杂交成像和贝叶斯推理，可以重建高分辨率细胞谱系树和细胞状态动态，同时保留空间组织。BaseMEMOIR 随机且不可逆地将工程二核苷酸编辑为三种备选图像可读状态之一。通过基因组整合可编辑二核苷酸阵列，我们构建了一个具有 792 位可记录、图像可读内存的胚胎干细胞系，比最先进的技术增加了 50 倍。模拟表明，这种内存大小足以准确重建深层谱系树。通过实验，baseMEMOIR 可以精确重建胚胎干细胞群落中 6 代或更多代的谱系树。此外，它还允许从端点图像推断祖先细胞状态及其定量细胞状态转换率。因此，baseMEMOIR 提供了一个可扩展的框架，用于重建空间组织的多细胞系统中的单细胞历史。
数据表 TX-02 Berkeley Mono™ 字体
TX-02 Berkeley Mono™ 是一封献给计算机黄金时代的情书。那个时代催生了一代人，他们庆祝自动化并沉迷于计算的乐趣，晶体管取代了齿轮，机器可读的字体也得到了开发，人类和机器真正以前所未有的规模进行交互。
一种用于在锑和SBML之间转换的工具
摘要：我们描述了一个基于Web的工具MakeBML（https://sys-bio.github.io/makesbml/），该工具提供了用于创建，编辑和搜索基于SBML的Mod-Mod-els的生物模型存储库的安装应用程序。MakeBML是一个基于客户端的Web应用程序，它将以人类可读锑表达为系统生物学标记语言（SBML）和反之亦然的模型。由于MakeBML是一个基于Web的应用程序，因此不需要用户的一部分安装。当前，MakeBML托管在GITHUB页面上，基于客户端的设计使移动到其他主机变得微不足道。此软件部署模型还可以降低维护成本，因为不需要活动服务器。SBML建模语言通常用于系统生物学研究中，以描述复杂的生化网络，并使复制模型变得更加容易。，SBML被设计为计算机可读，而不是可读的。因此，我们采用人类可读的锑语言来易于创建和编辑SBML模型。
一种用于在锑和SBML之间转换的工具
摘要：我们描述了一个基于Web的工具MakeBML（https://sys-bio.github.io/makesbml/），该工具提供了用于创建，编辑和搜索基于SBML的Mod-Mod-els的生物模型存储库的安装应用程序。MakeBML是一个基于客户端的Web应用程序，它将以人类可读锑表达为系统生物学标记语言（SBML）和反之亦然的模型。由于MakeBML是一个基于Web的应用程序，因此不需要用户的一部分安装。当前，MakeBML托管在GITHUB页面上，基于客户端的设计使移动到其他主机变得微不足道。此软件部署模型还可以降低维护成本，因为不需要活动服务器。SBML建模语言通常用于系统生物学研究中，以描述复杂的生化网络，并使复制模型变得更加容易。，SBML被设计为计算机可读，而不是可读的。因此，我们采用人类可读的锑语言来易于创建和编辑SBML模型。