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peel-1负选择促进秀丽隐杆线虫中无筛查的CRISPR-CAS9基因组编辑
改进的基因组工程方法可以使大型和精确的编辑自动化对于系统研究基因组功能至关重要。我们将Peel-1负选择适用于秀丽隐杆线虫中CRISPR-CAS9基因组工程的优化双标志物选择（DMS）盒式方案，并观察到多种效率测量的强大提高，这些效率均一致，这些效率是一致的。使用Peel-1-DMS选择杀死了具有转基因的动物，这些动物具有转基因，并保留了基因组编辑的整合体，通常会规避视觉筛查以识别基因组编辑的动物。为了证明该方法的适用性，我们会在推定的蛋白酶体亚基PBS-1和未表征的基因K04F10中删除等位基因。3并使用机器视觉自动表征其表型促进，从而揭示了纯合基本和杂合行为表型。这些结果为快速产生和表型基因组编辑的动物提供了强大而可扩展的方法，而无需通过眼睛进行筛查或评分。
通过整合酶进行基因编辑
免疫缺陷病毒 1 型 DNA 的体外整合。美国国家科学院院刊，87：4164-4168。6. Brown PO、Bowerman B、Varmus HE、Bishop JM（1987 年）逆转录病毒 DNA 的体外正确整合。Cell 49：347-356。7. Yin Z、Craigie R（2010 年）HIV-1 整合体建模：整合酶抑制剂靶标的原型视图。Viruses 2(12)：2777-2781。8. Lee K、Ambrose Z、Martin TD（2010 年）HIV-1 对核输入途径的灵活使用。Cell Host Microbe 7(3)：221-233。9. Zheng RL、Ghirlando R、Lee MS、Mizuuchi K、Krause M 等人（2000）屏障自整合因子（BAF）在离散的高阶核蛋白复合物中桥接DNA。美国国家科学院院刊97（16）：8997-9002。
重复元素处 R 环的调节和功能 - ArTS
R 环是一种非典型的三链核酸结构，包含一段 RNA：DNA 杂合体和一个不成对的单链 DNA 环。R 环具有生理相关性，可作为基因表达、染色质结构、DNA 损伤修复和 DNA 复制的调节剂。然而，非计划和持续的 R 环具有诱变性，可介导复制-转录冲突，如果不加以控制，会导致 DNA 损伤和基因组不稳定。详细的转录组分析表明，85% 的人类基因组（包括重复区域）都具有转录活性。这预示着 R 环管理在基因组的调控和完整性中起着核心作用。预计此功能对占人类基因组 75% 的重复序列具有特别的相关性。在这里，我们回顾了 R 环对着丝粒、端粒、rDNA 阵列、转座因子和三联体重复扩增等重复区域的功能和稳定性的影响，并讨论了它们与相关病理状况的相关性。
机器学习与无理论理想-Philsci-Archive
在过去的十年中，机器学习的前景（ML）在CERN的大型强子集合体中采用了基于ML的基于ML的方法，用于对粒子碰撞事件的重要性（Duarte等，2018）和DeepMind进行排序（Duarte et al。氨基酸序列数据的第四纪蛋白结构有效地解决了生物学最复杂和持久的开放问题之一。在公共生活的所有领域，尤其是科学领域的学习吸收的速度和无处不在，引发了人们对其性质及其广泛使用的下游后果的猜测。从文化评论员，记者和媒体人物发出了这种猜测，这些研究人员和工程师生产了ML的工具以及在学术和流行场所中部署它们以及哲学家的科学家的工具。的回答着重于ML的认知状况及其对科学的预测影响，已经回应了机器学习的效果，即机器学习与普遍的建模，统计或科学疾病截然不同，这些陈述预计被预计以改变科学发现或科学企业的认知果实的性质的方式，这些陈述被预计。
Alt-R HDR 设计工具和 HDR 供体寡核苷酸
图 1.与其他修饰相比，具有 Alt-R HDR 修饰的供体寡核苷酸表现出更高的 HDR 效率。 图 1.与其他修饰相比，具有 Alt-R HDR 修饰的供体寡核苷酸表现出更高的 HDR 效率。 （A）供体寡核苷酸修改的示意图。 （B）每次修改的 HDR 效率。使用 4D-Nucleofector™ 系统（Lonza）将四个靶向基因位点的 RNP 复合物（2 µM）与 0.5 µM 单链 HDR 供体寡核苷酸通过电穿孔共转染到 Jurkat 和 HeLa 细胞中。使用的 RNP 复合物是 Alt-R Sp HiFi Cas9 Nuclease V3，以及 Alt-R CRISPR-Cas9 crRNA 和 tracrRNA。 使用了三种类型的供体寡核苷酸：未经任何修饰的寡核苷酸（未修饰的）、具有硫代磷酸酯键的寡核苷酸（PS 修饰的）和具有 Alt-R HDR 修饰的寡核苷酸（Alt-R HDR 修饰的）。 电穿孔后 48 小时 (HeLa) 或 72 小时 (Jurkat) 提取基因组 DNA。通过在 Illumina™ MiSeq™ 系统 (v2 化学、150 bp 双端读取) 上进行扩增子测序来测量 HDR 效率。
课程DR。 awesh kumar yadav
教育证书博士D.在药学科学中，2008年H. S. Gour University Sagar博士（MP）。论文：纳米关节的开发和表征可用于输送抗癌药物。M. Pharm。 药品，2003年H. S. Gour University Sagar博士（MP）。 论文：“用于递送primaquine phospahate的聚丙烯酰胺糖胶合体” B. Pharm，2000 H. S. Gour University Sagar博士（MP）。 高级证书考试，1995年M.P. 中学教育委员会博帕尔，硕士 高中证书考试1993 M.P. 中学教育委员会博帕尔，硕士 计算机熟练度Microsoft Office，Windows和Internet应用程序协会✓印度制药教师协会终身会员（MP/LM-368）。 ✓药物教育与研究协会成员（SPER/LM/MP/022）✓✓民族药理学学会成员，博帕尔分会学术奖项✓杰出的药物学教授Apti MP State由2018年Apti MP State Brach在2018年。M. Pharm。药品，2003年H. S. Gour University Sagar博士（MP）。 论文：“用于递送primaquine phospahate的聚丙烯酰胺糖胶合体” B. Pharm，2000 H. S. Gour University Sagar博士（MP）。 高级证书考试，1995年M.P. 中学教育委员会博帕尔，硕士 高中证书考试1993 M.P. 中学教育委员会博帕尔，硕士 计算机熟练度Microsoft Office，Windows和Internet应用程序协会✓印度制药教师协会终身会员（MP/LM-368）。 ✓药物教育与研究协会成员（SPER/LM/MP/022）✓✓民族药理学学会成员，博帕尔分会学术奖项✓杰出的药物学教授Apti MP State由2018年Apti MP State Brach在2018年。药品，2003年H. S. Gour University Sagar博士（MP）。论文：“用于递送primaquine phospahate的聚丙烯酰胺糖胶合体” B. Pharm，2000 H. S. Gour University Sagar博士（MP）。高级证书考试，1995年M.P.中学教育委员会博帕尔，硕士 高中证书考试1993 M.P. 中学教育委员会博帕尔，硕士 计算机熟练度Microsoft Office，Windows和Internet应用程序协会✓印度制药教师协会终身会员（MP/LM-368）。 ✓药物教育与研究协会成员（SPER/LM/MP/022）✓✓民族药理学学会成员，博帕尔分会学术奖项✓杰出的药物学教授Apti MP State由2018年Apti MP State Brach在2018年。中学教育委员会博帕尔，硕士高中证书考试1993 M.P.中学教育委员会博帕尔，硕士 计算机熟练度Microsoft Office，Windows和Internet应用程序协会✓印度制药教师协会终身会员（MP/LM-368）。 ✓药物教育与研究协会成员（SPER/LM/MP/022）✓✓民族药理学学会成员，博帕尔分会学术奖项✓杰出的药物学教授Apti MP State由2018年Apti MP State Brach在2018年。中学教育委员会博帕尔，硕士计算机熟练度Microsoft Office，Windows和Internet应用程序协会✓印度制药教师协会终身会员（MP/LM-368）。✓药物教育与研究协会成员（SPER/LM/MP/022）✓✓民族药理学学会成员，博帕尔分会学术奖项✓杰出的药物学教授Apti MP State由2018年Apti MP State Brach在2018年。✓最佳纸质纸奖2005年国际药品杂志✓FOC。研究（M.pharm。）✓授予博士学位的ICMR-SRF。 ✓由IIT Kanpur进行的合格门。课外活动✓在药房质量改进期间积极参与，管理和举办各种活动
1 1 2大规模侵袭细胞器DNA驱动核...
1 2 Massive invasion of organellar DNA drives nuclear genome evolution in 3 Toxoplasma 4 5 Sivaranjani Namasivayam a,1 , Cheng Sun b,1 Assiatu B Bah c , Jenna Oberstaller d , Edwin Pierre- 6 Louis e , Ronald Drew Etheridge e , Cedric Feschotte f , Ellen J. Pritham c,2 and Jessica C.基辛格G，2 7 8 A遗传学系，佐治亚大学，乔治亚州雅典30602，美国；目前的地址：9临床微生物组，宿主免疫和微生物组实验室，NIAID，NIH，BETHESDA，10 MD 20892，美国11 12 B得克萨斯大学阿灵顿分校的生物学系，美国德克萨斯州阿灵顿，美国德克萨斯州76019；目前13地址：中国北京100048的生命科学学院14 15 C生物学系，德克萨斯大学阿灵顿分校，德克萨斯州阿灵顿，德克萨斯州76019 16 17 D遗传学系，乔治亚州乔治亚大学，乔治亚州乔治亚州乔治亚州大学，乔治亚州30602，美国；现在的地址：18佛罗里达州南佛罗里达大学全球卫生部，佛罗里达州坦帕市，33620，美国19 20 E蜂窝生物学系，热带和新兴全球疾病中心，21乔治亚大学，乔治亚州21号大学，雅典，乔治亚州30602，美国22 23 2 23 2 23 F德克萨斯州阿林顿，Arlington，TX 76019;目前的地址：24分子生物学和遗传学系，康奈尔大学，纽约州伊萨尔大学，纽约州14853-2703，美国25 26 G遗传学系，生物信息学研究所，热带和新兴全球27疾病中心，乔治大学，乔治大学，雅典，雅典，雅典，雅典，GA 30602，USA 28 29 29 1 S.N.38 39竞争利益声明：作者声明没有竞争利益。和C.S对这项工作也同样贡献30 2应向其通信31 32 33电子邮件：jkissing@uga.edu 34 35作者贡献：EJP，JCK和CF设计和监督研究； SN，CS，AB，36 JO，EPL和RDE进行了研究； SN，CS，EJP，JCK和RLP分析了数据； SN，CS，37 CF，JCK和EJP撰写了论文。40 41 42关键字：线粒体DNA的核整合体 - 数字，塑料DNA的核整合体43- nupts，nupts，Organlar Stumelar的核DNA -Nuot，Apicomplexa，Coccidia，Coccidia，Coccidia，非态态44最终连接修复 - NHEJ 45 46 This Prabele -47 46 Text 47 47 47 47：47 47：47 48：47 48：47 48：47 48：47 48：47 48。
系统研究多个 SV40 核定位信号融合对纯化 SpCas9 基因组编辑活性的影响
摘要：CRISPR-Cas9技术的出现彻底改变了基础和转化生物医学研究。为了使Cas9核酸酶发挥基因组编辑活性，通常将源自猿猴病毒40（SV40）T抗原的核定位信号（NLS）作为基因融合体安装，以引导细胞内的Cas9蛋白进入细胞核。值得注意的是，先前的研究表明，多个SV40 NLS融合可以提高Cas9衍生的基因组编辑和碱基编辑工具的靶向活性。此外，多NLS融合可以以组成性表达和直接递送Cas9-引导RNA核糖核蛋白（RNP）复合物的形式增加Cas9的细胞内活性。然而，NLS融合与细胞内Cas9活性之间的关系尚不完全清楚，包括活性对NLS融合数量或组织的依赖性。在本研究中，我们构建并纯化了一组在蛋白质的 N 端或 C 端含有 1 至 4 个 NLS 重复序列的化脓性链球菌 Cas9 (SpCas9) 变体，并系统地分析了多 NLS 融合对 SpCas9 RNPs 活性的影响。我们发现，多 NLS 融合可以提高脂质转染或核转染 Cas9 RNPs 的细胞内活性。重要的是，多 NLS 融合可以增强 SpCas9 RNPs 在原代细胞、干细胞/祖细胞和小鼠胚胎中的基因组编辑活性。
通过多元模式分析揭示大脑连接的长期和冥想特定调节
摘要 神经影像学研究已经提供了证据，表明大量的冥想练习会改变人类大脑的功能和结构特性，例如大规模大脑区域的相互作用。然而，不同的冥想风格如何参与这些大规模大脑网络的调节仍不清楚。在这里，我们使用机器学习和 fMRI 功能连接，研究了集中注意力和开放监控冥想风格如何影响大规模大脑网络。具体来说，我们训练了一个分类器来预测两组受试者的冥想风格：专家上座部佛教僧侣和新手冥想者。我们表明，分类器只能区分专家组的冥想风格。此外，通过检查训练后的分类器，我们观察到前部显着性和默认模式网络与分类相关，这与它们在冥想中参与情绪和自我相关调节的理论一致。有趣的是，结果还强调了调节注意力和自我意识的关键区域与处理和整合体感信息相关区域之间的特定耦合的作用。最后，我们观察到左半球间连接在分类中的作用更大。总之，我们的研究支持了以下证据：大量的冥想练习会调节大规模的大脑网络，而不同的冥想风格会对有助于特定风格功能的连接产生不同的影响。
DNA甲基化与Bumblebee物种中的密码子变性有关
社会昆虫在性别和种姓之间表现出极端的表型差异，即使潜在的基因组几乎相同。表观遗传过程已被提出是介导这些表型差异的可能机制。使用皇后区，男性和生殖女性工人的整个基因组纤维纤维测序，我们表征了大黄蜂炸弹式地面的性别和种姓特异性甲基。我们已经确定了可能影响性别和种姓表型差异的组蛋白修饰过程中DNA甲基化的潜在作用。我们还发现差异化甲基化基因通常显示出低水平的DNA甲基化，这可能暗示了介导转录可塑性中低甲基化基因的单独功能，这与通常参与家政功能的高度甲基化基因不同。我们还使用了同一皇后和男性的整个基因组重新测序，研究了潜在的基因组与甲基化合体之间的关系。我们发现DNA甲基化富含零折的位点。我们建议DNA甲基化可能在这些位点起到靶向诱变作用，从而通过非同义基因组中的非同义变化提供了底物。但是，我们在样品中没有看到DNA甲基化与阳性选择速率之间的任何关系。为了充分评估自适应过程中DNA甲基化的可能作用，需要使用自然人群数据进行特定设计的研究。