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环状单链 DNA 是一种优良的同源性 - ...
（未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者此版本于 2022 年 12 月 2 日发布。；https://doi.org/10.1101/2022.12.01.518578 doi：bioRxiv preprint
鉴定含有决定简单 NNGG PAM 识别的保守丝氨酸残基的 SaCas9 直系同源物
1 复旦大学中山医院生命科学学院遗传工程国家重点实验室，上海，2 伊利诺伊大学医学院药理学系，美国伊利诺伊州芝加哥，3 伊利诺伊大学医学院医学系心脏病学分部，美国伊利诺伊州芝加哥，4 苏州大学苏州医学院第一附属医院心血管外科及心血管科学研究所、血液学协同创新中心、放射医学与防护国家重点实验室，苏州，5 东南大学生命科学与技术学院中大医院耳鼻咽喉头颈外科国家生物电子学重点实验室、生命健康高等研究院、江苏省生物医学研究高技术重点实验室，南京，6 南通大学神经再生协同创新中心，南通，7 四川省人民医院耳鼻咽喉头颈外科中国电子科技大学，成都，中国，8 上海工业微生物工程研究中心，上海，中国
肥厚型心肌病大鼠模型中 MYBPC3 基因突变的同源定向修复
对照 1098hom 大鼠的心脏功能受损。对照 1098hom 大鼠的射血分数 (EF) 为 61%，而 WT 组为 78%。对照 1098hom 大鼠的缩短分数 (FS)、最大 dP/dt 和最小 dP/dt 也下降。HDR 治疗部分恢复了受损的心脏功能（图 4a、b、c、d 和表 S2）。此外，心房利钠肽 (ANP) 和脑利钠肽 (BNP) 是心力衰竭的生物标志物，在对照 1098hom 大鼠心脏中升高，通过 HDR 编辑标准化（图 4e、f）。心脏切片的天狼星红染色显示对照 1098hom 大鼠的心脏纤维化增加，HDR 治疗可减轻这种纤维化。有无对照的 1098hom 大鼠的心脏肥大和心脏功能没有显着差异
引用：Tang L，Zhang Y，Wang F等。同源灭活疫苗BOO
目标两次Covid-19爆发发生在2022年初在河南省发生，其中一个是三角洲的爆发，另一个是Omicron变体爆发。疫苗在爆发时使用的疫苗被灭活，为91.8％；蛋白质亚基，7.5％；和腺病毒5向量，0.7％的疫苗。暴发提供了一个机会，可以评估同源灭活的Covid-19疫苗促进剂剂量的特异性突破性感染率和相对的保护效果，以抗症状感染和肺炎。设计回顾性队列研究方法我们使用时间依赖性的COX回归模型对感染个体的密切接触进行回顾性队列研究，评估了相对疫苗有效性（RVE）。人口统计学和流行病学数据是从当地疾病控制和预防中心获得的；临床和实验室数据是从Covid-19指定医院获得的。疫苗接种历史是从国家Covid-19-19疫苗接种数据集获得的。所有数据均通过国家识别号链接。在784个SARS-COV-2感染中的结果，379（48.3％）是由三角洲引起的，405（51.7％）是由Omicron引起的，突破性率分别为9.9％和17.8％。增强个体的突破率为8.1％和4.9％。结论中国共同疫苗接种在中国疫苗接种提供了良好的保护，以防止有症状的Covid-19和Covid-19-19，由三角洲和Omicron变体引起的肺炎。保护后6个月疫苗接种后6个月下降，但通过在初级系列后6个月给定的同源灭活助推器剂量恢复。与感染前接种初次疫苗接种序列≥180天的受试者相比，Cox回归模型表明，同源的促进疫苗接种在统计学上与统计学上显着相关，这与防护剂的保护症具有显着相关性（RVE 59％； RVE 59％; 95％CI 13％至80％至80％）和DELTA引起的7％和OM 62％; 95％CI; 95％ci; 95％; 95％; 95％; 95％; 95％; 95％; 95％； （RVE 87％； 95％CI 3％至98％）。
重新组合：使用同源重组的细菌基因工程
要进行重新组合，需要表达噬菌体重组系统的细菌菌株。噬菌体可以从其自己的启动子或异源调节启动子中表达。从其内源性噬菌体启动子中表达基因的基因赋予了紧密调控和坐标表达的优势，从而导致更高的重组频率。这是一个重要的优势，因为在许多情况下，高重组频率对于获得所需的重组至关重要。该单元的作者通常使用位于大肠杆菌染色体上的有缺陷的预言，最近将该预言的关键要素转移到了许多不同的质粒中（Thomason等，2005；另请参见评论）。在此预言系统中，噬菌体重组功能受到肉毒噬菌温度敏感的C I 857抑制剂的控制。在低温（30至34 C）下，重组基因会严重抑制，但是当细菌培养的温度转移到42 C时，它们会从P L启动子中高水平表达。在Datsenko和Wanner（2000）的质粒构建体中，重组基因位于质粒上，并从阿拉伯糖启动子表示。DATSENKO和WANNER质粒以及某些作者的质粒构建体具有DNA复制的温度敏感性。基于质粒的系统具有迁移率的优势 - 它们可以在不同的大肠杆菌菌株中转移到鼠伤寒沙门氏菌和其他革兰氏阴性细菌。但是，如果重新组合针对质量，则使用位于细菌染色体上的预言系统更容易。在诱导重组函数后，将修饰的DNA（DS）（DS）PCR产物或合成单链（SS）寡核苷酸（Oligo）引入到预防菌株中，通过电穿孔引入预防菌株中。通过选择或筛选存活电穿孔的细胞种群获得重新组件。一旦获得了所需的构建体，就可以通过另一个重组去除预言。或者，染色体上的工程等位基因可以通过P1转导将不同的宿主移动到另一个宿主中。具有温度敏感复制起源的质粒可能会因在适当温度下的生长而从重组菌株中丢失。
重组工程：利用同源重组进行细菌遗传工程”。引自：分子生物学最新协议
细菌染色体和细菌质粒可通过同源重组在体内进行改造，使用 PCR 产物和合成寡核苷酸作为底物。这是可能的，因为噬菌体编码的重组蛋白可以有效地重新组合同源序列，这些序列短至 35 到 50 个碱基。重组允许插入或删除 DNA 序列，而不考虑限制位点的位置。本单元首先描述了表达重组功能的电转化感受态细胞的制备及其用 dsDNA 或 ssDNA 的转化。然后，它介绍了支持协议，这些协议描述了几种两步选择/反选择方法，这些方法可以在不留下目标 DNA 中任何不必要的变化的情况下进行遗传改变，以及一种从大肠杆菌染色体或共电穿孔 DNA 片段中将遗传标记（通过检索进行克隆）检索到质粒上的方法。附加方案描述了筛选未选择突变的方法、从重组菌株中去除有缺陷的原噬菌体的方法和其他有用的技术。Curr. Protoc. Mol. Biol. 106:1.16.1-1.16.39。C 2014 by John Wiley & Sons, Inc.
使用同源-NCI在Frederick的基因工程
■摘要在过去的几年中，体内技术已经出现，由于其效率和简单性，可能有一天会取代标准的基因工程技术。可以在质粒上或直接通过同源重组从PCR产物或合成寡核苷酸的大肠杆菌染色体上制成。这是可能的，因为噬菌体编码的重组函数有效地将序列与同源性序列短至35至50个碱基对。这项称为重新组合的技术正在提供修改染色体基因和片段的新方法。本综述不仅描述了重新组合及其应用，而且总结了大肠杆菌中的同源重组以及同源重组的早期使用以修饰细菌染色体。最后，基于噬菌体介导的重组功能在复制叉时的前提，提出了特定的分子模型。
可变的旁系同源物表达是表型变异的基础
摘要 人类的面孔是多变的；我们看起来各不相同。颅面疾病进一步增加了面部变化。为了了解颅面变异及其如何缓解，我们分析了斑马鱼 mef2ca 突变体。当这种转录因子编码基因发生突变时，斑马鱼会出现变化极大的颅面表型。多年来针对突变表型的低和高渗透性的选择性育种产生了对 mef2ca 突变具有弹性或敏感的菌株。在这里，我们比较了这些菌株之间的基因表达，结果显示选择性育种分别在低和高渗透性菌株中丰富了高和低 mef2ca 旁系同源物的表达。我们发现 mef2ca 旁系同源物的表达在未经选择的野生型斑马鱼中是可变的，这引发了这样的假设：旁系同源物表达的可遗传变异是突变表型严重程度和变异的基础。作为支持，对 mef2ca 旁系同源物、mef2aa、mef2b、mef2cb 和 mef2d 进行诱变，证明了旁系同源物的模块化缓冲作用。具体来说，一些旁系同源物缓冲严重性，而另一些则缓冲多变性。我们提出了一种新颖的表型变异机制模型，其中可变的残留旁系同源物表达缓冲发育。这些研究是理解面部变异机制的重要一步，包括一些具有遗传弹性的个体如何克服有害突变。
利用持久同源性分割脑血管 3D 多光子图像的拓扑编码卷积神经网络
临床证据表明，认知障碍与脑血管功能障碍和脑血流减少有关。因此，从功能上理解大脑功能和血管网络之间的联系至关重要。然而，系统地定量描述和比较像脑血管这样复杂结构的方法还很缺乏。多光子显微镜等 3D 成像模式使研究人员能够以高空间分辨率捕获脑血管网络。尽管如此，图像处理和推理是涉及成像的生物医学研究的一些瓶颈，该领域的任何进步都会影响许多研究小组。在这里，我们提出了一种基于持久同源性的拓扑编码卷积神经网络来分割脑血管的 3D 多光子图像。我们证明我们的模型在 Dice 系数方面优于最先进的模型，并且在灵敏度等其他指标方面也具有可比性。此外，我们模型的分割结果的拓扑特征模仿了人工基本事实。我们的代码和模型在 https://github.com/mhaft/DeepVess 上开源。
靶向卵巢癌的同源重组缺乏症：parp抑制剂：影响整体生存的合成致命策略
简单的摘要：癌症治疗的合成致死性方法涉及将事件结合起来引起癌细胞死亡。使用这种策略，在治疗同源重组修复（HRR）途径缺陷的卵巢癌的女性方面已经取得了重大进展。由于HRR途径有缺陷，由于基因（例如BRCA1或BRCA2）的突变或表观遗传变化，细胞无法再精确地修复双链断裂（DSB）。利用这种弱点，对修复单链断裂（SSB）的聚（ADP-核糖）聚合酶（PARP）的药理抑制作用会导致HRR有缺陷的细胞中的合成致死性。PARP抑制剂（PARPIS），包括Olaparib，Niraparib和Rucaparib，被批准用于卵巢癌女性的临床管理。理解和克服对PARPIS的抵抗力的问题，扩展了这些策略，以使更多的患者受益，并将PARPI与其他药物（包括免疫疗法）相结合，在当今的领域中是很高的优先事项。