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World File Search System同源
指向有关人类（同源）细胞材料供应的指南
FDA建议公司为人类细胞材料的收集，存储和运输实施标准程序，尤其是如果在多个地点发生收集的情况下，FDA建议公司实施公司来收集，存储和运输人类细胞材料的标准程序，尤其是在多个地点发生的情况下，在多个地点在符合GMP标准的情况下，没有得出结论。
项目 9 驯服花卉同源异型基因的 miRNA
背景：花的结构显著影响被子植物与环境的相互作用，尤其是因为它决定了植物授粉的物种集合。花器官特征如何发展的遗传基础在很大程度上已被阐明：主要有三类花同源基因，称为 A 类、B 类和 C 类基因，它们以组合方式决定在花中形成哪些器官 [1, 2]。根据所谓的花发育 ABC 模型，仅 A 类基因的表达会导致萼片的发育，A 类和 B 类基因的共同表达会导致花瓣的形成，B 类和 C 类基因的共同表达决定雄蕊，而 C 类基因的单独表达则会产生心皮。所有 ABC 基因都编码转录因子。然而，编码微小 RNA (miRNA) 的基因也已被证明对发育具有重要意义 [有关综述，请参阅参考文献 3]。ABC 基因和 miRNA 甚至可以一起起作用。已发现一种 miRNA，即 miR5179，可以调控 B 类基因的一个分支的成员，即兰花中的 DEF 样基因 [4]。这种 miRNA 非常引人注目。虽然编码 miRNA 的基因（miR 基因）通常具有较高的出生和死亡率，因此在进化时间尺度上仅存在很短的时间，但很少有基因获得重要的发育功能，因此在广泛的分类群中保存了数亿年。然而，miR5179 并不符合这两种模式。我们实验室对基因组、转录组和 miRNome 数据的分析表明，miR5179 可能起源于大约 2 亿年前的开花植物茎群，并在多个植物谱系中得到保存。因此，它出现在许多现存物种中，如猕猴桃（猕猴桃）、柑橘（橙子）、野芭蕉（香蕉）和水稻（水稻），表明 miR5179 具有重要作用。然而，相比之下，miR5179 在许多其他开花植物谱系中已经独立消失，例如在 Vitales、Malvales 和 Pandanales 目中，这表明 miR5179 在这些情况下是可有可无的。因此，miR5179 提出了一个有趣的难题：它很古老，但并未普遍保存。为什么它在某些植物中具有重要的功能，但在其他植物中却可有可无？
有关前列腺癌诊断的同源持久特征的机器学习技术
摘要图像处理设备和技术的快速演变确保了新型图片分析方法的发展。是测量功能拓扑特性的最强大但计算可能的代数技术之一是持续的同源性。这是一个代数不变的，可以在不同的空间分辨率下捕获拓扑细节。持续的同源性使用一组采样点（例如像素）研究了空间的拓扑特征。它可以跟踪由被称为过滤的操作产生的嵌套空间变化引起的拓扑特征的外观和消失，在这种操作中，在我们的情况下，参数量表增加了像素的强度，以检测在各种尺度范围内研究空间的变化。此外，在机器学习的层面上，最近有许多研究和文章目睹了同源性持久性与机器学习算法之间的结合。在另一个层面上，前列腺癌被诊断为描述称为格里森评分的癌症严重程度的评分标准。经典的格里森系统定义了五种组织学生长模式（等级）。在我们的研究中，我们建议研究从新的光学显微镜技术发行的一些腺体上的格里森评分，称为Slim。这种新的光学显微镜技术在光成像中结合了两个经典的思想：Zernike的相比显微镜和Gabor的全息图。在这些图像上计算持续的同源性特征。我们建议将这些图像分类为相应的格里森评分。在同源持久性特征上应用的机器学习技术在这些图像中检测前列腺癌的正确格里森评分非常有效，并且表现出高于95％的精度。
生物工程分泌的蛋白酶将不同的RCR3直系同源物和旁系同源物转化为细胞外免疫受体
。cc-by 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权所有，于2024年5月23日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.02.14.580413 doi：Biorxiv Preprint
使用合成的同源供体构建体进行 CRISPR 介导的同源重组，为果蝇基因标记提供扩展工具包
摘要 之前，我们描述了大量果蝇菌株，每个菌株都携带一个人工外显子，其中包含一个基于 CRISPR 介导的同源重组插入目标基因内含子中的 T2AGAL4 盒。这些等位基因可用于多种应用，并且已被证明非常有用。最初，基于同源重组的供体构建体具有较长的同源臂（>500 bps），以促进大型构建体（>5 kb）的精确整合。最近，我们表明，供体构建体的体内线性化使得能够使用短同源臂（100-200 bps）将大型人工外显子插入内含子中。较短的同源臂使得商业合成同源供体成为可能，并最大限度地减少了供体构建体生成的克隆步骤。不幸的是，大约 58% 的果蝇基因缺乏适合所有注释异构体中人工外显子的编码内含子整合。在这里，我们报告了新构建体的开发，这些构建体允许用 KozakGAL4 盒替换缺乏合适内含子的基因的编码区，从而产生与目标基因类似地表达 GAL4 的敲除/敲入等位基因。我们还开发了定制载体骨架，以进一步促进和改善转基因。在包含目标基因 sgRNA 的定制质粒骨架中合成同源供体构建体，无需注射单独的 sgRNA 质粒，并显著提高了转基因效率。这些升级将使几乎所有果蝇基因都能靶向，无论外显子-内含子结构如何，成功率为 70-80%。
可变的旁系同源物表达是表型变异的基础
摘要 人类的面孔是多变的；我们看起来各不相同。颅面疾病进一步增加了面部变化。为了了解颅面变异及其如何缓解，我们分析了斑马鱼 mef2ca 突变体。当这种转录因子编码基因发生突变时，斑马鱼会出现变化极大的颅面表型。多年来针对突变表型的低和高渗透性的选择性育种产生了对 mef2ca 突变具有弹性或敏感的菌株。在这里，我们比较了这些菌株之间的基因表达，结果显示选择性育种分别在低和高渗透性菌株中丰富了高和低 mef2ca 旁系同源物的表达。我们发现 mef2ca 旁系同源物的表达在未经选择的野生型斑马鱼中是可变的，这引发了这样的假设：旁系同源物表达的可遗传变异是突变表型严重程度和变异的基础。作为支持，对 mef2ca 旁系同源物、mef2aa、mef2b、mef2cb 和 mef2d 进行诱变，证明了旁系同源物的模块化缓冲作用。具体来说，一些旁系同源物缓冲严重性，而另一些则缓冲多变性。我们提出了一种新颖的表型变异机制模型，其中可变的残留旁系同源物表达缓冲发育。这些研究是理解面部变异机制的重要一步，包括一些具有遗传弹性的个体如何克服有害突变。
CRISPR CAS9和CAS12A同源指导维修的优化设计参数
CRISPR – CAS蛋白是用于在靶向基因组基因座上引入双链断裂（DSB）的RNA引导的核酸酶。DSB通过内源性细胞途径（例如非同源末端连接（NHEJ）和同源指导修复（HDR））修复。在修复过程中提供外源DNA模板，可以通过HDR途径有意，精确地掺入所需的突变。但是，与更快但准确的NHEJ介导的修复相比，HDR的维修率通常很慢。在这里，我们使用单链寡脱氧核苷酸（SSODN）供体模板描述了全面的设计注意事项和优化的高效HDR方法，用于包括S.P.Cas9，S.P。 cas9 d10a nickase和A.S. CAS12A作为核糖核蛋白（RNP）配合物传递。 针对指导RNA选择，供体链的偏好以及在供体模板中的阻止突变的掺入以防止重新切断的功能，并在新颖的在线工具中实现了HDR供体模板设计。 这些发现允许在多个哺乳动物细胞系中使用HDR进行高频率的精确修复。 工具可用性：https：//www.idtdna。com/hdrCas9，S.P。cas9 d10a nickase和A.S. CAS12A作为核糖核蛋白（RNP）配合物传递。针对指导RNA选择，供体链的偏好以及在供体模板中的阻止突变的掺入以防止重新切断的功能，并在新颖的在线工具中实现了HDR供体模板设计。这些发现允许在多个哺乳动物细胞系中使用HDR进行高频率的精确修复。工具可用性：https：//www.idtdna。com/hdr
基因模型drosophila ananassae中EIF4E1的直系同源
（a）果蝇和D. ananassae中eIF4E1基因组社区的同步比较。薄的下面箭头指示了DNA链，其中基因– EIF4E1位于D. melanogaster（顶部）和D. ananassae（底部）基因组中。指向左侧的细箭头表明eif4e1在D. ananassae和D. melanogaster中的负（ - ）链上。指向EIF4E1的方向相同方向的宽基因箭头相对于薄的下层箭头在相同的链上，而指向EIF4E1相反方向的宽基因箭头相对于薄的底层箭头相反。白色基因箭头D. Ananassae表示与Melanogaster中相应基因的矫形学。D. ananassae基因箭头中给出的基因符号表示D. melanogaster中的直系同源基因，而基因座标识符是特定于D. ananassae的。（b）GEP UCSC轨道数据中心中的基因模型（Raney等，
通过工程CAS12A元基因组发现的cas12a直系同源
1农业动物遗传学，育种和繁殖，教育部和猪遗传学和育种部关键实验室，农业和农村事务部，瓦兹洪农业大学，430070 Wuhan，P.R。R.中国。2 Yazhouwan国家实验室（YNL），Sanya Hainan 572025，P。R.China。 3瓦兹胡农业大学的可持续猪生产合作创新中心，430070 Wuhan，P。R.中国。 4 Hubei Hongshan实验室，Huazhong农业大学，Wuhan 430070，P。R.China。 5胰腺疾病实验室，吉安格大学医学院第一家附属医院，杭州310058，P。R.China。 这些作者也同样贡献：Dagang Tao，Bingrong Xu，Sheng Li和Hailong Liu。 *电子邮件：ssxie@mail.hzau.edu.cn; shzhao@mail.hzau.edu.cn; xyli@mail.hzau.edu.cn2 Yazhouwan国家实验室（YNL），Sanya Hainan 572025，P。R.China。3瓦兹胡农业大学的可持续猪生产合作创新中心，430070 Wuhan，P。R.中国。4 Hubei Hongshan实验室，Huazhong农业大学，Wuhan 430070，P。R.China。 5胰腺疾病实验室，吉安格大学医学院第一家附属医院，杭州310058，P。R.China。 这些作者也同样贡献：Dagang Tao，Bingrong Xu，Sheng Li和Hailong Liu。 *电子邮件：ssxie@mail.hzau.edu.cn; shzhao@mail.hzau.edu.cn; xyli@mail.hzau.edu.cn4 Hubei Hongshan实验室，Huazhong农业大学，Wuhan 430070，P。R.China。5胰腺疾病实验室，吉安格大学医学院第一家附属医院，杭州310058，P。R.China。这些作者也同样贡献：Dagang Tao，Bingrong Xu，Sheng Li和Hailong Liu。*电子邮件：ssxie@mail.hzau.edu.cn; shzhao@mail.hzau.edu.cn; xyli@mail.hzau.edu.cn
映射人类基因组中所有旁系同源物的遗传相互作用
此预印本版的版权持有人于2024年7月19日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.07.16.603642 doi：Biorxiv Preprint