•提取优化:用1或3小时的孵育提取16个FFPE样品。使用随附的QPCR评估提取的DNA的浓度和质量。•连接研究:测试了缩短的程序,并针对原始条件分析了关键的测序指标,以减少图书馆的准备工作。•较高的吞吐量研究:合并,测序并与8个样本进行了汇总,测序。•变体灵敏度:用Avenio CGP KIT V2对317 FFPE DNA样品进行测序。变体检测与参考方法F1CDX进行了比较。样品包括由QPCR评估的多种DNA质量。测序是在每个样品读取> 60m的Illumina NextSeq序列上进行的。使用FoundationOneⓡ分析平台进行数据分析。结果
a 德国马格德堡大学医院泌尿外科、泌尿肿瘤科、机器人辅助和局部治疗科;b 美国宾夕法尼亚州费城佩雷尔曼先进医学中心;c 意大利米兰圣拉斐尔生命健康大学;d 英国贝尔法斯特皇后大学帕特里克·G·约翰斯顿癌症研究中心;e 美国宾夕法尼亚州费城托马斯杰斐逊大学 Sidney Kimmel 癌症中心泌尿外科;f 西班牙巴塞罗那 Vall d'Hebron 大学医院 Vall d'Hebron 肿瘤研究所 (VHIO);g 法国克莱蒙费朗 Jean Perrin 中心克莱蒙奥弗涅大学;h 德国海德堡大学医院病理学研究所;i 加拿大温哥华不列颠哥伦比亚大学温哥华前列腺中心;j 瑞典马尔默斯科讷大学医院泌尿外科;k 瑞典隆德大学转化医学系
摘要在过去的二十年中,生物正交化学对各种与化学相关的领域进行了深远的影响,包括化学生物学和药物递送。这种变革性的进步源于涉及化学家和生物学家的协作努力,强调了跨学科研究的重要性。在此帐户中,我们在拉德布德大学的分子与材料研究所内的生物正交化学发展。化学因素从狭窄的炔烃和烷烃跨越了药物释放和生物缀合策略,反映了生物正交化学提供的广泛范围。通过反思起源于拉德布德大学的化学反应,该帐户强调团队合作是在推动生物方性化学方面取得重大进展的重要性。1引言2提供BCN作为化学生物学和3的强大生物串管工具,以便于可用的点击释放式转换 - 环状烯4给出分子指南5下一代生物缀合策略:动态点击化学6结论6结论
Federica Esposito,1 Fabio Dell'aquila,1,2 Manuel Rhiel,3,4 Stefano Auricchio,1 Kay Ole Chmielewski,3,4,5 Geoffroy Andrieux,6,7 Rita ferla,1 paula sureda horrach,1 paula sureda horrach,1 arjun padmanabhan,1 rlar llar llard llard llard llard llard llard llard llard llAld llAld llAde llAld llard ,1 Melanie Boerries,6,7,8 Margherita Dell'anno,1 Edoardo Nusco,1 Agnese Padula,1 Sofia Nutarelli,9 Tatjana I. Cornu,3,4,7 Nicolina Cristina Sorrentino 12, * 1 Telethon遗传与医学研究所(Tigem),意大利波佐利 2 意大利那不勒斯费德里科二世大学高级生物医学科学系医学遗传学 3 德国弗莱堡大学医学中心输血医学和基因治疗研究所 4 德国弗莱堡大学医学中心慢性免疫功能中心 (CCI) 5 德国弗莱堡大学生物学院博士课程 6 德国弗莱堡大学医学中心医学生物信息学和系统医学研究所 7 德国弗莱堡大学医学院 8 德国癌症联盟 (DKTK),弗莱堡合作伙伴站点,DKFZ 与德国弗莱堡大学医学中心合作成立 9 意大利罗马圣心天主教大学生命科学与公共卫生系 10 意大利那不勒斯费德里科二世大学临床医学与外科系 11 基因治疗联合实验室意大利那不勒斯费德里科二世大学高级生物医学科学系和转化医学系 12 主要联系人 *通信地址:auricchio@tigem.it https://doi.org/10.1016/j.xcrm.2024.101619
摘要 简介:基于成簇的规律间隔的短回文重复序列及其相关蛋白 (CRISPR-Cas) 的技术通过诱导位点特异性双链断裂 (DSB) 在宿主基因组中产生靶向修饰,而位点特异性双链断裂可作为体外和体内模型中同源定向修复 (HDR) 的底物。HDR 通路可以增强外源 DNA 模板掺入 CRISPR-Cas9 介导的 DSB 位点。由于 HDR 通路的速率低,精确基因组编辑的效率降低。提高 HDR 的效率可以提供基于 CRISPR-Cas9 技术的快速、简便和准确的技术。方法:本研究概述了基于小分子和改进的 CRISPR-Cas9 系统的精确基因组编辑策略的尝试。结果:为了提高靶细胞中的 HDR 率,已经引入了几种合理的策略,例如生成 CRISPR 效应嵌合蛋白、抗 CRISPR 蛋白、用供体模板修饰的 Cas9,以及使用经过验证的合成或天然小分子来抑制非同源末端连接 (NHEJ)、刺激 HDR 或同步细胞周期。最近,高通量筛选方法已被用于鉴定与 CRISPR 系统一起可以通过 HDR 调节精确基因组编辑的小分子。结论:刺激 HDR 成分或抑制 NHEJ 可以提高 CRISPR-Cas 介导的工程系统的准确性。生成嵌合可编程内切酶提供了这种机会来引导 DNA 模板靠近 CRISPR-Cas 介导的 DSB。小分子及其衍生物还可以有效地阻断或激活某些 DNA 修复途径,并为提高 HDR 效率带来新的视角,尤其是在人类细胞中。此外,小分子库的高通量筛选可以发现更多有前景的化学物质,从而改善 HDR 效率和 CRISPR-Cas9 系统。
。cc-by 4.0国际许可证(未经同行评审证明)获得的是作者/资助者,他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可,以永久显示预印本。这是该版本的版权所有,于2024年5月23日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.02.14.580413 doi:Biorxiv Preprint
基于核酸酶的基因组编辑的治疗应用将受益于通过同源定向修复 (HDR) 进行转基因整合的改进方法。为了提高 HDR 效率,我们筛选了六种 DNA 依赖性蛋白激酶催化亚基 (DNA-PKcs) 的小分子抑制剂,DNA-PKcs 是替代修复途径非同源末端连接 (NHEJ) 中的关键蛋白,可产生基因组插入/缺失 (INDEL)。从这次筛选中,我们确定 AZD7648 是最有效的化合物。使用 AZD7648 可显著增加 HDR(高达 50 倍)并同时降低各种治疗相关的原代人类细胞类型中不同基因组位点的 INDEL。在所有情况下,HDR 与 INDEL 的比率均显著增加,并且在某些情况下,实现了无 INDEL 的高频 (>50%) 靶向整合。这种方法有可能提高基于细胞的疗法的治疗效果并扩大靶向整合作为研究工具的使用范围。
RecA/Rad51家族蛋白诱导的DNA结构的内在动态特性:DNA作为基因组材料可能比RNA更具优势”。美国国家科学院院刊98.15(2001):8425-8432。
。cc-by 4.0未经同行评审获得的未获得的国际许可证是作者/筹款人,他已授予Biorxiv的许可证,以永久显示预印本。它是此预印本的版权持有人(该版本发布于2024年5月11日。; https://doi.org/10.1101/2023.06.17.545412 doi:biorxiv preprint
抽象复发性难治性白血病代表了患者的困难人群。感知到的好处和潜在的副作用之间的平衡以及管理耐多药败血症的重要财务负担是决定挽救方案选择的因素。在这里,我们介绍了氟达拉滨,黄体,粒细胞 - 骨质刺激因子与硼替佐米的结合。形态完整的反应率为58%,50%的患者达到完全缓解。只有三名患者需要在缓解诱导期间接受重症监护病房的入院,66.6%的患者继续接受成功的造血干细胞移植。因此,事实证明,这是对其他挽救方案的可能性,更安全的替代品,同时使大量的患者能够获得缓解并继续进行同种异体干细胞移植。