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World File Search System同源性
基于同源性的候选基因的候选基因，用于高地棉花中的男性无菌性编辑（gossypium hirsutum L.）
高地棉花（Gossypium hirsutum L.）占全球棉花生产的90％以上，为全球纺织品和油料种子工业提供了天然材料。提高高地棉花产量的一种策略是增加了杂种的采用。然而，棉花的灭绝是非常耗时的，棉花雄性不育的遗传来源受到限制。在这里，我们回顾了已知的植物核男性不育（NMS）的生物化学模式，通常称为植物遗传性不育（GMS），并将其表征为四组：转录调控，剪接，脂肪酸的运输和加工以及糖的运输和加工和加工。我们已经探索了30个单子叶植物（玉米，大米和小麦）和三个双子（拟南芥，大豆和番茄）的30 gms基因的蛋白序列同源性。我们已经分析了单子植物和双子DICOT GMS基因之间的进化关系，以描述这些基因鉴定的相对相似性和相关性。五个是较低的源物种，四种是单子叶植物独有的，五核，在所有物种中有14个高度保守，而另外则有两个。使用此源，我们已经在高地棉质基因组中鉴定了23个潜在的候选基因，用于开发用于杂交棉花育种的新雄性无菌种质。将基于同源性的研究与基因组编辑结合使用可以允许发现和验证GMS基因，这些GMS基因以前在棉花中未观察到多样性，并且可能允许在杂化棉产生中使用理想的雄性无菌突变体。
环状单链 DNA 是一种优良的同源性 - ...
（未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者此版本于 2022 年 12 月 2 日发布。；https://doi.org/10.1101/2022.12.01.518578 doi：bioRxiv preprint
利用持久同源性分割脑血管 3D 多光子图像的拓扑编码卷积神经网络
临床证据表明，认知障碍与脑血管功能障碍和脑血流减少有关。因此，从功能上理解大脑功能和血管网络之间的联系至关重要。然而，系统地定量描述和比较像脑血管这样复杂结构的方法还很缺乏。多光子显微镜等 3D 成像模式使研究人员能够以高空间分辨率捕获脑血管网络。尽管如此，图像处理和推理是涉及成像的生物医学研究的一些瓶颈，该领域的任何进步都会影响许多研究小组。在这里，我们提出了一种基于持久同源性的拓扑编码卷积神经网络来分割脑血管的 3D 多光子图像。我们证明我们的模型在 Dice 系数方面优于最先进的模型，并且在灵敏度等其他指标方面也具有可比性。此外，我们模型的分割结果的拓扑特征模仿了人工基本事实。我们的代码和模型在 https://github.com/mhaft/DeepVess 上开源。
四元数代数和基于同源性的密码学 - LIX
2 Deuring 对应 32 2.1 三幕范畴等价 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ... . ... 50 2.4.3 非最大阶的情况 . ...
通过影响细胞周期来改善基因组编辑实验中的同源性定向修复
摘要：基因组编辑目前广泛应用于生物医学研究；然而，由于其效率低下和可能的副作用，这种方法在临床上的应用仍然受到限制。此外，纠正导致人类疾病的突变似乎极其重要且有希望。许多提高哺乳动物细胞中同源定向修复介导的突变校正效率的尝试都集中在影响细胞周期上。已知同源定向修复仅发生在细胞周期的晚期 S 和 G2 期，因此研究人员正在寻找安全的方法来用细胞周期这些阶段的细胞丰富细胞培养物。本综述概述了基因组编辑实验（主要使用 Cas9）中影响细胞周期的主要方法，例如使用细胞周期同步剂、有丝分裂原、影响细胞周期依赖性激酶的物质、低温、抑制 p53 等。尽管所有这些方法对细胞周期都有可逆的影响，但仍需谨慎使用，因为细胞在细胞周期停滞期间会积累突变，这可能会导致其恶性转化。
使用TALEN，CRISPR-CAS9和CRISPR-CAS12A与AAV6同源性供体组合恢复XLP
X连接的淋巴细胞增生性疾病是一种罕见的遗传免疫疾病，是由SH2D1A基因中的突变或缺失引起的，它编码了细胞内适配器蛋白SAP（SLAM相关蛋白）。SAP对于介导多种关键免疫过程至关重要，并且在缺失的情况下，免疫系统（尤其是T细胞）失调。患者出现了各种临床表现，包括淋巴淋巴细胞增多症（HLH），肿瘤性肿瘤性血症，淋巴瘤和自身免疫性。治疗选择是有限的，患者很少能够在成年中生存，而没有同种异体造血干细胞移植（HSCT）。但是，此过程在不匹配的供体设置中或在有活跃的HLH的情况下会产生较差的结果，从而剩下未满足的临床需求。自体造血干细胞或T细胞疗法可以提供替代的治疗选择，从而消除了为HSCT找到合适的供体的需求，并具有出现同质性的任何风险。SAP具有严格控制的表达方式，即常规的慢病毒基因输送平台可能无法完全复制。一种基因编辑方法可以保留更多控制SAP表达的内源性调节元素，并可能提供更佳的治疗。在这里，我们评估了使用Adeno相关的Serotype 6（AAV6）基于供体模板的adeno相关病毒血清型6（AAV6）的载体，可以在SH2D1A基因座的第一个外显子上推动SAP cDNA的靶向插入SH2D1A基因座的第一个外显子的能力。所有核酸酶平台均能够具有高效率基因编辑，并使用无血清AAV6转导方案进行了优化。我们表明，通过基因编辑工具纠正的XLP患者的T细胞恢复了SAP基因表达的生理水平并恢复了SAP依赖性免疫功能，这表明XLP患者具有新的治疗机会。
嵌合RNA：DNA TracrRNA提高同源性
摘要 近 90% 的人类致病突变是由微小的基因变异引起的，有效纠正这些错误的方法至关重要。进行微小 DNA 改变的一种方法是提供单链寡脱氧核苷酸 (ssODN)，该单链寡脱氧核苷酸包含一个改变，并在基因组的目标位点处与靶向双链断裂 (DSB) 相结合。将 ssODN 供体与 CRISPR-Cas9 介导的 DSB 结合是引入微小改变的最简化方法之一。然而，在许多系统中，这种方法效率低下，并且会在基因连接处引入不精确的修复。我们在此报告一种使用 ssODN 和 CRISPR-Cas9 的时空定位来改进基因改变的技术。我们表明，通过将 ssODN 模板与反式激活 RNA (tracrRNA) 融合，我们可以恢复精确的基因改变，并且在体外和体内的整合度和精确度都有所提高。最后，我们表明该技术可用于与其他基因编辑工具（如转录激活因子如效应核酸酶）一起增强基因转换。
IDT_使用 Alt-R CRISPR Cas9 系统和 HDR 供体寡核苷酸进行同源性定向修复快速参考指南 (RUO21-0213_002 02/22)
30 多年来，IDT 的创新基因组学应用工具和解决方案一直在推动进步，激励科学家敢于梦想，实现下一个突破。IDT 开发、制造和销售核酸产品，为学术和商业研究、农业、医疗诊断和药物开发等领域的生命科学行业提供支持。我们拥有全球业务，提供个性化的客户服务。
IDT_使用 Alt-R CRISPR-Cas9 系统和 Megamer ssDNA 片段进行同源性定向修复参考指南 (RUO21-0211_002 02/22)
30 多年来，IDT 的创新工具和基因组学应用解决方案一直在推动进步，激励科学家敢于梦想，实现下一个突破。IDT 开发、制造和销售核酸产品，为学术和商业研究、农业、医学诊断和药物开发等领域的生命科学行业提供支持。我们拥有全球业务，提供个性化的客户服务。
使用 dCas9 控制人类干细胞中的同源性定向修复结果
（未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者此版本于 2021 年 12 月 16 日发布。；https://doi.org/10.1101/2021.12.16.472942 doi：bioRxiv preprint