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World File Search System同源性
GENESPACE 追踪多个基因组中的感兴趣区域和基因拷贝数变异
摘要 许多分类群中多个染色体规模的参考基因组序列的开发已产生对分子进化模式和过程的高分辨率视图。尽管如此，利用跨多个基因组的信息仍然是几乎所有真核生物系统中的重大挑战。这些挑战包括研究染色体结构的进化、寻找数量性状基因座的候选基因以及检验有关物种形成和适应的假设。在这里，我们提出了 GENESPACE，它通过整合保守的基因顺序和直系同源性来解决这些挑战，以确定所有基因在多个基因组中的预期物理位置。我们通过从三个生物组织水平剖析存在-缺失、拷贝数和结构变异来证明这一实用性：跨越 3 亿年的脊椎动物性染色体进化、跨禾本科（草类）植物家族的多样性以及 26 个玉米品种。 GENESPACE R 包中构建和可视化同源直系同源性的方法为现有的基因家族和同源性程序提供了重要的补充，特别是在多倍体、杂交和其他复杂基因组中。
在嗜热厌氧杆菌Aotearoense SCUT27中
(Pldh-ldh)与野生型相近，因此我们推测本菌株中质粒pIKM1大多为1个拷贝，这与Walker在C. thermocellum中的重测序数据一致，虽然最初已知该质粒在C. thermocellum中具有10-1000个拷贝数[9]，这可能可以解释电转化后MTCK平板上菌落数少的原因。如图5所示，使用组成型启动子表达sgRNA，在没有同源性定向修复的情况下，无论转入多少个质粒，细胞都会因染色体断裂而死亡。而在有同源性定向修复的情况下，只要转入一个质粒，细胞也会因质粒断裂而死亡(失去卡那霉素抗性)；
辐射肿瘤学研究务虚会，2024年5月4日，星期六，上午7:30，下午12:00
重新审查持续的同源性和经典放射线特征/探索HCC临床预测建模中的放射线整合的比较分析 - Jalen Crump
IDT_使用 Alt-R CRISPR-Cas9 系统和 Megamer ssDNA 片段进行同源性定向修复参考指南 (RUO21-0211_002 02/22)
30 多年来，IDT 的创新工具和基因组学应用解决方案一直在推动进步，激励科学家敢于梦想，实现下一个突破。IDT 开发、制造和销售核酸产品，为学术和商业研究、农业、医学诊断和药物开发等领域的生命科学行业提供支持。我们拥有全球业务，提供个性化的客户服务。
使用 CRISPR/Cas9 和 53BP1 抑制技术通过靶向 CYBB cDNA 插入来修复 X-CGD 患者的 HSPC，从而增强同源性定向修复
蛋白质。我们在此报告了通过同源定向修复在患者造血干细胞/祖细胞 (HSPC) 中进行基因校正，使用 CRISPR/Cas9 将腺相关病毒供体的 CYBB 外显子 1-13 或 2-13 cDNA 靶向插入内源性 CYBB 外显子 1 或外显子 2 位点。外显子 1-13 cDNA 的靶向插入不会恢复生理 gp91 phox 水平，这与 CYBB 表达对内含子 1 的要求一致。然而，外显子 2-13 cDNA 的插入完全恢复了吞噬细胞分化时 gp91 phox 和 ROS 的产生。添加土拨鼠肝炎病毒转录后调控元件不会进一步增强外显子 2-13 校正细胞中的 gp91 phox 表达，表明保留内含子 1 足以实现最佳 CYBB 表达。使用 i53 mRNA 暂时抑制非同源末端连接，靶向校正增加了约 1.5 倍。在 NSG 小鼠中植入后，校正后的 HSPC 产生了吞噬细胞，并恢复了 gp91 phox 和 ROS 的产生。我们的研究结果证明了
霍奇金病和其他人类疾病中的病毒相关 RNA...
摘要 利用与 Rauscher 白血病病毒 RNA 互补的放射性标记 DNA 分子杂交来探测人类淋巴瘤中的同源 RNA。32 个样本中有 22 个含有与小鼠白血病病毒 RNA 具有同源性的 RNA，但与导致小鼠乳腺肿瘤或鸡成髓细胞增多症的无关病毒的 RNA 不具有同源性。正常成人和胎儿组织未显示出显著水平的白血病特异性 RNA。看来人类淋巴瘤含有与已知导致实验动物白血病和淋巴瘤的病毒剂中发现的 RNA 序列同源的 RNA 序列。人类白血病和肉瘤也含有这种类型的 RNA，这一事实进一步强调了小鼠和人类来源的相应肿瘤之间的惊人相似性。我们利用分子杂交技术检测肿瘤中的病毒特异性 RNA (1)，发现鼠类和人类来源的相应肿瘤具有显著的相似性。因此，人类乳腺癌含有 (2) 与小鼠乳腺肿瘤病毒 (MMTV) 具有序列同源性的 RNA。这种类型的 RNA 是恶性腺癌和髓样癌所特有的，在正常乳腺组织和诸如纤维囊性疾病和纤维腺瘤等良性病变中检测不到。与已知的白血病病毒和乳腺肿瘤病毒无关的事实一致，我们发现乳腺癌 RNA 不会与 Rauscher 白血病病毒 (RLV) RNA 互补的 DNA 杂交。最后，也是最引人注目的是，人类白血病细胞 (3) 和人类肉瘤 (4) 都含有与 Rauscher 白血病病毒同源的 RNA，而不是与小鼠乳腺肿瘤病毒同源的 RNA。研究小鼠和人类肿瘤之间的这种有趣的一致性显然很有意思。从病因和细胞病理学的角度来看，小鼠淋巴瘤与白血病和肉瘤有关。此外，值得注意的是，一些人类淋巴瘤伴有外周白血病的临床表现。无论如何，如果人类肿瘤与小鼠中观察到的肿瘤相似，那么可以预期人类淋巴瘤将像白血病和肉瘤一样，含有与小鼠白血病病原体唯一同源的 RNA。我们在此报告了对这一预期的确认。人类淋巴瘤（包括霍奇金病、淋巴肉瘤和网状细胞肉瘤）含有与劳舍尔白血病病毒 RNA 具有同源性的 RNA，但与小鼠乳腺肿瘤病毒或禽类髓母细胞瘤病毒 (AMV) 的无关 RNA 不具有同源性的 RNA。
GX HTKB SARS-COV-2测试-EUA摘要
发现来自硅交叉反应性分析中的16种微生物与SARS-COV-2引物/探针集中的一种引物或探针之一具有≥80％的同源性（请参阅表6）。进行了一项微生物干扰研究，以进一步评估这些生物的潜在干扰。为了评估微生物干扰，通过在3倍LOD处脱离SARS-COV-2并在巢基矩阵中的阴性拭子中高浓度的微生物进行一式三份样品。一个没有微生物的样品进行了测试，以作为参考。结果表明，在呼吸标本中通常发现的高浓度的微生物，并且与SARS-COV-2引物或探针具有≥80％同源性或探针同源时不会干扰低浓度时SARS-COV-2的检测。
DNA组装与合成生物学
用户友好的DNA工程方法可以实现多个PCR片段组件，核苷酸序列改变和定向克隆。靶DNA分子和克隆载体由PCR产生，而相邻片段之间具有6-10个同源性碱基。pCR引物包含一个二氧化神经菌残基（DU），该残基（DU）在同源性区域的3´末端，可以容纳核苷酸取代，插入和/或缺失。然后使用引物用离散的重叠片段扩增向量和靶DNA，这些片段在两端都包含DU。随后使用用户酶对PCR片段进行处理会在每个DU上产生一个单个核苷酸间隙，从而导致PCR片段侧翼，侧面有SS延伸，使定制DNA分子的无缝和方向组装成线性化的载体。多碎片组件和/或各种诱变变化。
第54届年度报告（2023年4月1日至2024年3月31日）LS 430a计算生物学和生物信息学2学分
同源性的成对对齐 - 概念 - 具有差距和仿射差距的评分模型 - 全球（Needleman和Wunsch）和局部对齐（Smith - Waterman）算法， - PAM和Blosum评分矩阵，DOT图及其相关性。