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World File Search System同源性
DCAMKL1（N-14）：SC-46312
lissencephaly（光滑的大脑）是由不完全的神经元迁移和光滑的大脑表面特征的大脑发育异常，表现为严重的智力低下。遗传分析已经确定了两种在某些情况下突变的蛋白质，这些蛋白在某些情况下被指定为Lissencephaly-1蛋白（LIS1，也称为血小板激活因子45 kDa）和Doublecortin。lis1显示出与异源三聚体G蛋白的β-抑制的序列同源性，而双核素含有一个consensus abl磷酸化位点。此外，DCAMKL1（DoubleCortin-like和cam激酶样1）蛋白显示了与双铁蛋白的同源性。所有三种蛋白质在发育中的大脑中都高度表达，并且可以共同发挥作用以调节与神经元迁移有关的微管。DCAMKL1蛋白编码一种功能激酶，该功能激酶能够能够呈磷酸化髓磷脂碱性蛋白质及其本身，但其激酶活性似乎并不影响其微管聚合活性。
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课程单元目录1。序列分析 - 了解DNA序列，序列相似性，身份和同源性的基本概念，数据库搜索：BLAST，FASTA，FASTA和其他序列分析工具分配同源性。底漆设计，PCR和Sanger序列分析。2。转录组分析 - RNA-seq数据分析中的概念：数据预处理和数据处理步骤：映射算法，例如BWA和BOWTIE2；使用RNA-seq数据，统计方法，各种平台的相对优点进行差异基因表达分析。下游验证的底漆设计。从RNA-seq数据中测量基因，lncRNA，siRNA。3。微生物组分析-16S rRNA数据分析，基于比对的聚类/系统发育树，基于组成的聚类。基于数据库，主组件分析和其他聚类工具的注释。4。SNP分析 - 靶基因或整个基因组，基因预测算法，变体的鉴定 - SNP/SNV的鉴定。基因组广泛关联研究背后的概念。介绍各种
博士课程课程单元英语面额...
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IDT_使用 Alt-R CRISPR Cas9 系统和 HDR 供体寡核苷酸进行同源性定向修复快速参考指南 (RUO21-0213_002 02/22)
30 多年来，IDT 的创新基因组学应用工具和解决方案一直在推动进步，激励科学家敢于梦想，实现下一个突破。IDT 开发、制造和销售核酸产品，为学术和商业研究、农业、医疗诊断和药物开发等领域的生命科学行业提供支持。我们拥有全球业务，提供个性化的客户服务。
利用 CRISPR–Cas9 平铺筛选对人类有丝分裂基因进行功能解析
人类蛋白质编码基因的身份众所周知，但我们对其分子功能和域结构的深入了解仍然受到基于同源性的预测和专注于全基因耗竭的实验方法的缺陷的限制。为了弥补这一知识空白，我们开发了一种方法，利用 CRISPR - Cas9 诱导的蛋白质编码基因突变来先验地识别序列水平的功能区域。作为一个测试案例，我们将这种方法应用于 48 个人类有丝分裂基因，揭示了细胞增殖所需的数百个区域，包括实验表征的区域、基于同源性预测的区域和新区域。我们验证了 15 个区域的筛选结果，包括 Mad1 的 387 - 402 个氨基酸，这些氨基酸以前未被表征，但有助于 Mad1 着丝粒定位和染色体分离保真度。总之，我们证明基于 CRISPR - Cas9 的平铺诱变可以从头识别蛋白质编码基因中的关键功能域，从而阐明功能突变体的分离并允许跨人类蛋白质组的功能注释。
alphafold加速了针对痕量胺相关受体1
人工智能正在革新蛋白质结构预测，为药物设计提供了前所未有的机会。为了评估对配体发现的潜在影响，我们使用Alphafold机器学习方法和传统同源性建模产生的蛋白质结构比较了虚拟筛选。将超过1600万种化合物停靠到痕量胺相关受体1（TAAR1）的模型，这是一种未知结构的G蛋白 - 偶联受体，也是治疗神经精神疾病的靶标。分别来自Alphafold和同源模型筛选的30和32个高度排名化合物。中有25个是TAAR1激动剂，其功能范围为12至0.03μM。AlphaFold屏幕的产生的命中率（60％）比同源性模型高两倍以上，并且发现了最有效的前身。具有有希望的选择性曲线和类似药物的特性的TAAR1激动剂在野生型中显示出生理和抗精神病药样作用，但在TAAR1敲除小鼠中却没有。这些结果表明，αFOLD结构可以加速药物发现。
克隆，表征和表达的大肠杆菌中的CpG DNA甲基酶的基因中的大肠杆菌中的克隆，表征和表达。菌株MQ1（M SSSI） 一种用于检测蛋白质的酵母交配选择方案 快速板法，用于筛选透明质酸酶和软骨素硫酸硫酸酶 - 生产微生物 schizosacchomyces pombe突变体在细胞壁中有缺陷的孤立和表征（1-3）1-d-葡聚糖 数学模型用于研究遗传变异的限制性核酸内切酶 在体外向海马的层特异性纤维投影形成 回顾文章的DNA复制和损坏检查点和减数分裂细胞周期控制，并在酵母中进行酵母 DNA依赖性腺病毒基因A ... 的转录 核酸研究 kilodalton核帽结合蛋白
噬菌体FD，FL和OX174是已知的最小病毒之一。它们属于具有单链圆形DNA作为其遗传物质（1-4）的一组良好特征的副觉。他们的DNA的分子量约为2 x 106，仅包含有限数量的基因。fd和fl是丝状噬菌体，在血清学和遗传上相关。ox174是一个显然与丝状噬菌体无关的球形噬菌体。dev> deNhardt和Marvin（5）通过DNA-DNA杂交进行了表明，尽管这两种类型的噬菌体（即丝状和球形）在每种类型的DNA之间没有检测可检测的同源性，尽管在每种类型内部都有很高的同源性。最近，已经推出了一种相对较快的分馏和序列大嘧啶寡核苷酸的技术。已经确定了9-20个基碱残基的FD DNA中长嘧啶裂纹的序列（6）。在本报告中，提出了来自FL和OX174 DNA的大嘧啶产物的序列。将这些序列与先前从FD DNA获得的序列进行了比较。
针对 SARS-CoV-2 主蛋白酶的抗病毒候选药物的结构设计
2019 年 12 月下旬，中国武汉市报告了由新型冠状病毒 (CoV) 引起的聚集性肺炎病例（1-3）。基因组测序表明，这种致病冠状病毒与蝙蝠冠状病毒的序列同源性为 96.2%，与 SARS-CoV 的序列同源性为 79.5%（4-6）。国际病毒分类委员会将这种新型冠状病毒命名为严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2)，世界卫生组织 (WHO) 于 2020 年 2 月 11 日将这种肺炎命名为 COVID-19（7）。疫情迅速蔓延至 212 多个国家，世卫组织宣布其为全球卫生紧急事件（8）。目前尚无临床有效的疫苗或特异性抗病毒药物可用于预防和治疗 COVID-19 感染。 α-干扰素与抗 HIV 药物洛匹那韦/利托那韦（Kaletra®）的组合已被使用，但疗效仍然非常有限，并且可能存在毒性副作用（9）。吉利德科学公司开发的广谱抗病毒药物瑞德西韦也正在被探索用于
生物医学工程系-Douglas C. Noll博士
出版物出版物摘要，2018年12月 - 引用：> 19,000，h -index：58。Google Scholar的出版摘要，2019年11月 - 总引用：> 30,000，H -Index：70。指导期刊文章：1。Noll DC，Nishimura DG，Macovski A.磁共振成像中的同源性检测。ieee trans。医学成像，10（2）：154-163，1991。