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World File Search System启动子
基于新型特征描述符和特征选择技术预测谷氨酸棒状杆菌启动子
启动子是重要的非编码DNA调控元件，与RNA聚合酶结合激活下游基因的表达。工业上人工精氨酸主要由谷氨酸棒杆菌合成，特定启动子区域的复制可增加精氨酸的产量，因此需要对谷氨酸棒杆菌中的启动子进行准确定位。在湿实验中，启动子的识别依赖于sigma因子和DNA剪接技术，这是一项费力的工作。为了快速方便地识别谷氨酸棒杆菌中的启动子，我们发展了一种基于新型特征表示和特征选择的方法来完成这项任务，通过多种理化性质的统计参数描述DNA序列，结合方差分析和层次聚类过滤冗余特征，其预测准确率高达91.6%，灵敏度91.9%可以有效识别启动子，特异性91.2%可以准确识别非启动子。此外，我们的模型可以在400个独立样本中正确识别181个启动子和174个非启动子，证明了所开发的预测模型具有良好的稳健性。
甲基化状态启动子MGMT确定基于神经胶质MRI的深度学习方法
MGMT启动子甲基化是一个表观遗传事件。 表观遗传事件在功能上是相关的，但不涉及核苷酸序列的变化。 因此，虽然MGMT启动子甲基是一个重要的预后标记，但它并不能定义胶质瘤的分离子集。 MGMT是一种DNA修复酶，可保护鼻孔和gliomacellsalsymacellsylatingchemotherapeen剂。 MGMT启动子的甲基化是表观遗传沉默的一个例子，导致MGMT酶功能损失及其对神经胶质瘤细胞的保护作用。 MGMT启动子甲基化在用替莫唑胺（TMZ）治疗的患者中产生的表面益处。。MGMT启动子甲基化是一个表观遗传事件。表观遗传事件在功能上是相关的，但不涉及核苷酸序列的变化。因此，虽然MGMT启动子甲基是一个重要的预后标记，但它并不能定义胶质瘤的分离子集。MGMT是一种DNA修复酶，可保护鼻孔和gliomacellsalsymacellsylatingchemotherapeen剂。MGMT启动子的甲基化是表观遗传沉默的一个例子，导致MGMT酶功能损失及其对神经胶质瘤细胞的保护作用。MGMT启动子甲基化在用替莫唑胺（TMZ）治疗的患者中产生的表面益处。1随后的Stupp等人2的工作表明，在接受放射线和替莫唑胺的患者中，MGMT促进甲基化改善了中值的中位数生存期（相比之下，甲基化的中位数（21.7 vs 12.7个月）。2
人类基因启动子处的 G-四链体蛋白质相互作用组
基因启动子处的 DNA-蛋白质相互作用在基因表达中起着至关重要的作用。人类细胞的启动子富含富含鸟嘌呤的序列，这些序列可以形成四链 G-四链体 (G4) 结构。G4 正在成为基因调控中一类独特的基于结构的调控元件，它们与蛋白质的相互作用对于 G4 的作用至关重要。目前，我们对 G4-蛋白质相互作用的理解主要是基于个案，没有系统信息。在这项工作中，我们使用来自 ENCODE 项目的数据检查了共识 G4 形成区 G4(+) 周围 1,183 种人类 DNA 结合蛋白（包括转录因子、组蛋白及其修饰酶）的空间占有率。我们发现 G4(+)、其近端侧和远端侧是三个主要的蛋白质结合位点。几乎所有蛋白质在这些位点上都富集或耗尽，这可能是由于竞争或位点之间的时空转换，导致不同程度的变化或持久性，在细胞/组织类型内或跨细胞/组织类型。值得注意的是，组蛋白被排除在 G4(+) 的近端之外，它们与 G4(+) 的结合分别通过乙酰化和甲基化打开和关闭。此外，远端优先富集 H3K23me2 和 H3K4me2。我们的实验还揭示了相应的 G4-蛋白质相互作用模式。总之，我们的结果表明 G4 在动态定义和协调基因启动子处的染色质结构和 DNA-蛋白质相互作用以进行转录调控方面发挥着普遍作用，而这项任务不太可能通过基于序列的 DNA 识别来完成。
启动子是监管领域的新参与者，具有潜在的多效性作用
图 5 与疾病相关的 E 启动子变异示例。（A）变异 rs11672691 与前列腺癌相关，位于内部 PCAT19 启动子内。替代变异切换相对启动子和增强子活性，导致最上游 PCAT19 启动子和远端基因 CEACAM21 上调。（B）变异 rs1046496 与甲状腺功能减退症相关，位于 BAZ2B 启动子内。替代变异降低 MARCHF7 基因的转录。（C）变异 rs922483 与系统性红斑狼疮相关，位于 BLK 启动子内。替代变异降低 BLK 基因的转录，同时增加 FAM167A 基因的表达。（D）包含主要变异 rs10900585 的五个变异的单倍型与严重疟疾相关，位于 ATP2B4 的内部启动子内。替代变体切换了相对启动子和增强子活性，导致最上游的 ATP2B4 启动子的上调。
pan-cancer分析显示，在肿瘤发育期间，双价启动子的H3K4ME1在二价启动子上DNA高甲基化，并确定了DNA甲基化在组蛋白修饰方面的调节作用
©作者2023。Open Access本文是根据Creative Commons Attribution 4.0 International许可获得许可的，该许可允许以任何媒介或格式使用，共享，适应，分发和复制，只要您对原始作者和来源提供适当的信誉，请提供与创意共享许可证的链接，并指出是否进行了更改。本文中的图像或其他第三方材料包含在文章的创意共享许可中，除非在信用额度中另有说明。如果本文的创意共享许可中未包含材料，并且您的预期用途不受法定法规的允许或超过允许的用途，则您需要直接从版权所有者那里获得许可。要查看此许可证的副本，请访问http：//创建ivecommons。org/licen ses/by/4。0/。Creative Commons公共领域奉献豁免（http：//创建ivecommons。Org/publi cdoma in/Zero/1。0/1。0/）适用于本文中提供的数据，除非在数据信用额度中另有说明。
了解结核病的 tNGS 前景
抗菌基因座 异烟肼 katG 、furA-katG 启动子、mabA 、inhA 、mabA-inhA 启动子、oxyR-ahpC 启动子 利福平 rpoB 吡嗪酰胺 pncA 启动子 乙胺丁醇 embB 、embC-A 启动子 氟喹诺酮类 gyrA 、gyrB 链霉素 rrs、rpsL 卡那霉素 eis 启动子、rrs 阿米卡星 rrs 乙硫异烟胺 ethA
对小麦启动子中的 430 万个突变进行测序，以了解和修改基因
小麦是全球粮食安全的重要贡献者，为了养活不断增长的人口，小麦需要进一步改良。功能遗传学和基因组学工具可以帮助我们了解不同基因的功能并设计有益的变化。在这项研究中，我们使用启动子捕获分析对四倍体小麦品种 Kronos 的 1,513 株诱变植物中所有高置信度注释基因上游 2 kb 区域进行测序。我们鉴定了 430 万个诱发突变，准确率为 99.8%，突变密度为每 kb 41.9 个突变。我们还将 Kronos 外显子组捕获读数重新映射到 Chinese Spring RefSeq v1.1，鉴定了 470 万个突变，并预测了它们对注释基因的影响。使用这些预测，我们鉴定出的非同义替换比原始研究多 59%，截断突变多 49%。为了展示启动子数据集的生物学价值，我们选择了 VRN - A1 春化基因启动子内的两个突变。这两个突变都位于转录因子结合位点内，显著改变了 VRN - A1 的表达，一个突变减少了每个穗的小穗数量。这些公开可用的测序突变数据集提供了快速且廉价的途径，可以获取大多数小麦基因启动子和编码区中诱导的变异。这些突变可用于了解和调节基因表达和表型，用于基础和商业应用，有限的政府监管可以促进部署。这些突变集合与基因编辑一起，为加速这种经济重要作物的功能遗传研究提供了宝贵的工具。
昆虫粉和昆虫抗菌肽作为牲畜生产中抗生素和生长启动子的替代品
Abstract: The extensive use of antibiotics in animal production has led to the development of antibiotic-resistant microorganisms and the search for alternative antimicrobial agents in animal production.一种这样的化合物可以是抗菌肽（AMP），其特征在于广泛的杀生物活性。According to scientific data, insects produce the largest number of antimicrobial peptides, and the changing EU legislation has allowed processed animal protein derived from insects to be used in feed for farm animals, which, in addition to a protein supplement, may prove to be an alternative to antibiotics and antibiotic growth promoters due to their documented beneficial impact on livestock health.In animals that were fed feeds with the addition of insect meals, changes in their intestinal microbiota, strengthened immunity, and increased antibacterial activity were confirmed to be positive effects obtained thanks to the insect diet.This paper reviews the literature on sources of antibacterial peptides and the mechanism of action of these compounds, with particular emphasis on insect antibacterial peptides and their potential impact on animal health, and legal regulations related to the use of insect meals in animal nutrition.
二价启动子的北野DNA甲基化通过PRC2位移诱导基因激活
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版本的版权持有人于2025年2月8日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.02.07.636872 doi：Biorxiv Preprint
使用 CRISPR/Cas9 在水稻 Oryza sativa L. 中编辑 OsGTL1 启动子。
摘要：GT2-LIKE1（GTL1）基因是气孔发育的负调控基因，它调节植物气孔的数量。CRISPR/Cas9 系统已用于改造OsGTL1启动子。本研究旨在筛选出带有OsGTL1启动子改造的无Cas9水稻。设计Cas9特异引物对8个T 3 水稻品系的所有分蘖进行Cas9筛选。只有一个T 3 品系在所有分蘖中都是无Cas9的，而8个品系中有3个品系的所有分蘖中都有Cas9。从5个独立品系中可获得无Cas9分蘖的种子。改造植株与野生型（WT）的叶绿度、每株分蘖数和每株叶子数无显著差异。然而，8个改造品系中有7个品系的叶片显著小于WT。一些无Cas9植物中OsGTL1启动子的核苷酸序列揭示了OsGTL1启动子的修饰，包括在目标区域内的小的缺失、插入和大的缺失。