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评估报告-EDC-表观遗传学和细胞命运
“Epigénétiqueet destin Cellulaire”（EDC）专门研究与分化，发育和疾病调节有关的表观遗传过程的研究。它的研究主要是基本的，依赖于对细胞状态的表观遗传学贡献的表型和机械研究。他们使用一系列哺乳动物的细胞系统和小鼠模型，以及分子，生化和细胞方法的结合。在此学期中，该单元由从事相关主题的七个团队组成：— -1“表观遗传动力学和细胞分化”；着重于组蛋白在基因沉默和细胞命运中的作用，肌肉发育和癌症的细胞命运变化。- 团2“哺乳动物中DNA甲基化的动力学和解释”；在胚胎干细胞和癌症中的DNA甲基化机制上工作。- 团体3“开发与环境接口”；分析应激对罕见神经发育疾病中细胞身份的影响。- 4个“表观基因组完整性”；研究对哺乳动物细胞中DNA损伤的响应染色质可塑性。- 团5“非编码RNA，分化和发展”；着重于小鼠和灵长类动物中X染色体灭活的调节和后果。- 6个“细胞表型的可塑性”；对通过细胞内寄生虫转化白细胞转化期间调节染色质结构和基因表达的赖氨酸修饰感兴趣。- 团体7“健康与疾病中的DNA甲基化和非编码RNA”；对基因组非编码区域的转录及其在DNA甲基化机制和细胞命运调节上的转录感兴趣。
可解释的机器学习，以预测地下水中五氯苯酚的命运和运输
五氯苯酚（PCP）是一种常见的顽固和有毒的地下水污染物，可抵抗降解，生物蓄积，并具有远程环境运输的潜力。采取适当的措施处理生命周期后果的污染物，需要更好地了解其在地下的行为。我们认识到，随着机器学习（ML）技术在环境应用中的到来，在受污染的地下水站点增强决策的巨大潜力。我们使用ML来增强对地下PCP传输特性动力学的理解，并确定影响其运输和命运的关键水力化学和水文地质驱动因素。我们证明了通过数据驱动方法提供的这种互补知识如何在两个高度受污染的瑞典地下水站点进行更有针对性的MONI进行和修复计划，并在此验证了该方法。我们评估了6种可解释的ML方法，3个线性回归器和3个非线性（即基于树的）回归体，以预测地下水中的PCP浓度。建模结果表明，发现简单的线性ML模型在没有任何缺失值的数据集的观察结果中很有用，而基于树的回归器更适合包含缺失值的数据集。考虑到在受污染的现场调查期间收集的数据集中缺少值很常见，这对于受污染的现场计划者和经理来说可能非常重要，最终降低了现场调查和监视成本。此外，我们使用SHAP（Shapley添加说明）方法解释了所提出的模型，以破译不同驱动因素在关键水力地球化学变量的预测和模拟中的重要性。其中，氯苯酚的总和在分析中具有最高的意义。除了模型，四氯苯酚，溶解有机碳和电导率外，还设置了该设置。因此，可以使用ML方法来改善对地下水污染运输动力学的理解，填补使用更复杂的确定性建模方法时仍然存在的知识空白。
核酸递送系统的尺寸对其在癌症治疗中命运的影响
核酸疗法正在成为一类有前途的药物，在基因水平上为癌症提供独特的治疗选择。然而，核酸疗法的药物适用性受到其低稳定性、差的膜通透性和低生物利用度的根本限制，因此必须使用递送载体。已经开发了各种用于核酸疗法的递送载体。已建立的核酸递送系统 (NADS) 在体内的命运大大影响递送效率和治疗效果。NADS 的物理化学性质（例如大小、电荷、形状等）对于 NADS 与体内各种生物屏障的相互作用至关重要，从而决定了 NADS 在体内的命运。纳米颗粒 (NP) 尺寸是决定 NADS 的血液循环、分布、肿瘤积聚和细胞摄取的重要参数。本综述简要介绍了NADS在癌症治疗中的各种生物学屏障，重点讨论了运载载体的粒径对NADS在体内命运及其治疗效果的影响，为NADS的合理设计提供了新的见解。
NCI PDMC财团中的患者衍生癌症模型 父母组蛋白的对称遗传有助于维护分化过程中小鼠胚胎干细胞的命运 eif4a控制雌激素受体α的翻译，是晚期乳腺癌的治疗靶标 Mark2/Mark3激酶是YAP的催化共依赖性... 肿瘤内NKT细胞积累促进胰腺癌的抗肿瘤免疫力 Med12和ΔNP63之间的相互作用激活了胰腺导管腺癌中的基础同一性
1 Cold Spring Harbour Laboratory，Long Island，NY 11724，美国； habowsk@cshl.edu（A.N.H.）; poornim@cshl.edu（D.P.B.）; caligiu@cshl.edu（G.C。）2美国盐湖城汉斯曼癌症研究所肿瘤科学系，美国盐湖城，美国犹他州84112； sandra.scherer@hci.utah.edu 3儿童研究所和德克萨斯大学西南部达拉斯大学的儿科，美国德克萨斯州75235，美国； Arin.aurora@utsouthwestern.edu 4 Jackson Laboratory，Farmington，CT 06032，美国； Bill.Flynn@jax.org 5美国俄勒冈州健康与科学大学肿瘤学科学系，美国97239； langere@ohsu.edu 6美国俄勒冈州俄勒冈州健康与科学大学外科系，美国97239； Brodyj@ohsu.edu 7分子与医学遗传学系，俄勒冈州健康与科学大学，波特兰，美国97239，美国； searsr@ohsu.edu 8 Ospedale San Raffaele，20054年意大利米兰； foggetti.giorgia@hsr.it 9 New Haven，纽黑文市CT 06520，内科。 anna.arnal@yale.edu 10病理学系，耶鲁大学，纽黑文，CT 06520，美国； don.nguyen@yale.edu（d.x.n. ）; katerina.politi@yale.edu（K.A.P。） 11 Terasaki生物医学创新研究所，美国加利福尼亚州90024，美国； xiling.shen@terasaki.org 12美国杜克大学杜克大学医学系，美国北卡罗来纳州27710； shiaowen.hsu@duke.edu 13美国加利福尼亚州旧金山分校的放射学和生物医学成像系，美国加利福尼亚州94158； donna.peehl@ucsf.edu（D.M.P. ）; john.kurhanewicz@ucsf.edu（J.K。）; renuka.sriram@ucsf.edu（R.S.） 14美国芝加哥西北大学Lurie儿童医院儿科，美国伊利诺伊州60611； msuarezpalacios@luriechildrens.org（M.S.2美国盐湖城汉斯曼癌症研究所肿瘤科学系，美国盐湖城，美国犹他州84112； sandra.scherer@hci.utah.edu 3儿童研究所和德克萨斯大学西南部达拉斯大学的儿科，美国德克萨斯州75235，美国； Arin.aurora@utsouthwestern.edu 4 Jackson Laboratory，Farmington，CT 06032，美国； Bill.Flynn@jax.org 5美国俄勒冈州健康与科学大学肿瘤学科学系，美国97239； langere@ohsu.edu 6美国俄勒冈州俄勒冈州健康与科学大学外科系，美国97239； Brodyj@ohsu.edu 7分子与医学遗传学系，俄勒冈州健康与科学大学，波特兰，美国97239，美国； searsr@ohsu.edu 8 Ospedale San Raffaele，20054年意大利米兰； foggetti.giorgia@hsr.it 9 New Haven，纽黑文市CT 06520，内科。 anna.arnal@yale.edu 10病理学系，耶鲁大学，纽黑文，CT 06520，美国； don.nguyen@yale.edu（d.x.n.）; katerina.politi@yale.edu（K.A.P。）11 Terasaki生物医学创新研究所，美国加利福尼亚州90024，美国； xiling.shen@terasaki.org 12美国杜克大学杜克大学医学系，美国北卡罗来纳州27710； shiaowen.hsu@duke.edu 13美国加利福尼亚州旧金山分校的放射学和生物医学成像系，美国加利福尼亚州94158； donna.peehl@ucsf.edu（D.M.P.）; john.kurhanewicz@ucsf.edu（J.K。）; renuka.sriram@ucsf.edu（R.S.）14美国芝加哥西北大学Lurie儿童医院儿科，美国伊利诺伊州60611； msuarezpalacios@luriechildrens.org（M.S.14美国芝加哥西北大学Lurie儿童医院儿科，美国伊利诺伊州60611； msuarezpalacios@luriechildrens.org（M.S.）; sophia.xiao@northwestern.edu（s.x.）; yuchdu@luriechildrens.org（y.d。）; xli@luriechildrens.org（X.-N.L.）15杰维尔医学肿瘤学系，戴维·科赫·科赫（David H. nnavone@mdanderson.org（n.m.n。 ）; elabanca@mdanderson.org（E.L。）16阿拉巴马大学伯明翰伯明翰伯明翰市阿拉巴马州阿拉巴马州35233的辐射肿瘤学系 *通信：cwilley@uabmc.edu;电话。 ： +1-205-934-567015杰维尔医学肿瘤学系，戴维·科赫·科赫（David H. nnavone@mdanderson.org（n.m.n。）; elabanca@mdanderson.org（E.L。）16阿拉巴马大学伯明翰伯明翰伯明翰市阿拉巴马州阿拉巴马州35233的辐射肿瘤学系 *通信：cwilley@uabmc.edu;电话。： +1-205-934-5670
慢性暴露于糖皮质激素会在器官中人类神经发育过程中扩增抑制性神经元细胞命运
一个部门基因和环境，麦克斯·普朗克精神病学研究所，德国慕尼黑80804。b国际马克斯·普朗克（Max Planck）转化精神病学研究院（RIVS-TP），80804，德国慕尼黑。C计算生物学研究所，计算健康中心，Helmholtz Munich，85764，德国Neuherberg。 d Tum Life Sciences Weihenstephan，慕尼黑技术大学，85354，德国Freising。 e瑞典斯德哥尔摩卡罗林斯卡研究所生理学和药理学系。 f生理基因组学，生物医学中心（BMC），LMU慕尼黑医学学院，82152，PlaneGG-Martinsried，德国。 G Max Planck精神病学研究所，德国慕尼黑80804。 H TUM计算，信息和技术学院，慕尼黑技术大学，85748，德国Garching Bei Muenchen。C计算生物学研究所，计算健康中心，Helmholtz Munich，85764，德国Neuherberg。d Tum Life Sciences Weihenstephan，慕尼黑技术大学，85354，德国Freising。e瑞典斯德哥尔摩卡罗林斯卡研究所生理学和药理学系。f生理基因组学，生物医学中心（BMC），LMU慕尼黑医学学院，82152，PlaneGG-Martinsried，德国。G Max Planck精神病学研究所，德国慕尼黑80804。H TUM计算，信息和技术学院，慕尼黑技术大学，85748，德国Garching Bei Muenchen。
电磁场调节钙介导的细胞命运...
抽象电磁场（EMF）作为一种安全且无创疗法的流行程度越来越高。一方面，人们普遍认为，EMF可以调节干细胞的增殖和分化，从而促进能够成骨生成，血管生成和软骨细胞分化的未分化细胞以实现骨修复目的。另一方面，EMF可以抑制肿瘤干细胞的增殖并促进凋亡以抑制肿瘤生长。作为必不可少的第二使者，细胞内钙在调节细胞周期中起作用，例如增殖，分化和凋亡。越来越多的证据表明，EMF对细胞内钙离子的调节导致不同干细胞的差异结果。本综述总结了通过EMF诱导的钙振荡对通道，转移器和离子泵的调节。它进一步讨论了通过EMF依赖性钙振荡激活的分子和途径在促进骨骼和软骨修复中的作用，并抑制肿瘤干细胞的生长。关键词电磁场，钙离子，钙振荡，干细胞，肿瘤干细胞，生物安全
有针对性的CRISPR-CAS9筛选确定转录因子网络控制着鼠血质 - 内皮命运承诺
1）瑞士苏黎世大学实验免疫学研究所。2）瑞士苏黎世大学疾病分子机制。3）瑞士苏黎世分子生命科学系4）奥地利科学学院（IMBA）的分子生物技术研究所，维也纳生物中心（VBC），维也纳，奥地利，奥地利。5）欧洲分子生物学实验室，EMBL罗马 - 意大利蒙特诺多的表观遗传学和神经生物学单位。6）荷兰乌得勒支大学生物学与生物复杂研究所，生物动力与生物复杂研究所，荷兰乌特雷赫特生物学系。7）新星科学技术学院，葡萄牙2829 - 516年，新星科学技术学院生命科学学院，诺维亚科学与技术学院生命科学系， 7）。 8）副实验室I4HB - 诺斯博亚大学科学技术学院卫生与生物经济学研究所，葡萄牙2829-516 CAPARICA，葡萄牙7）。8）副实验室I4HB - 诺斯博亚大学科学技术学院卫生与生物经济学研究所，葡萄牙2829-516 CAPARICA，葡萄牙
解密脑脊液对干细胞命运的影响是增强临床疗法发育的新机制
神经干细胞（NSC）由于其强大的神经保护性和再生性质而成为细胞治疗的候选者的非常重要的希望。使用NSC的临床前研究表明，有足够的令人鼓舞的结果，可以对更深入的临床应用进行更深入的研究。 然而，我们对神经发生及其潜在机制的了解仍然不完整。 为了更好地理解它们，似乎有必要表征神经干细胞生态位的所有组成部分，并发现它们在生理和病理学中的作用。 使用NSC在体内带来挑战，包括有限的细胞存活和宿主组织内的整合不足。 识别可能影响这些结果的被忽视因素变得关键。 在这篇综述中，我们对大脑中存在的基本元素，脑脊液（CSF）的影响进行了更深入的研究，该元素仍然相对尚未探索。 其在神经发生中的作用可能有助于帮助找到神经系统疾病的新型治疗解决方案，最终促进了我们对中枢神经系统（CNS）再生和修复的知识。使用NSC的临床前研究表明，有足够的令人鼓舞的结果，可以对更深入的临床应用进行更深入的研究。然而，我们对神经发生及其潜在机制的了解仍然不完整。为了更好地理解它们，似乎有必要表征神经干细胞生态位的所有组成部分，并发现它们在生理和病理学中的作用。使用NSC在体内带来挑战，包括有限的细胞存活和宿主组织内的整合不足。识别可能影响这些结果的被忽视因素变得关键。在这篇综述中，我们对大脑中存在的基本元素，脑脊液（CSF）的影响进行了更深入的研究，该元素仍然相对尚未探索。其在神经发生中的作用可能有助于帮助找到神经系统疾病的新型治疗解决方案，最终促进了我们对中枢神经系统（CNS）再生和修复的知识。
心肌梗塞后单核细胞命运决定的遗传图
炎症有助于心脏病的发病机理，并代表了心力衰竭的可行治疗靶点。心脏损伤引起中性粒细胞，单核细胞和T细胞的募集。单核细胞及其后代表示高度丰富，表现出令人难以置信的功能多样性，并且是心肌炎症的关键决定因素。关于指导单核命运决策的机制和信号事件还有很多尚待学习。，我们使用CCR2 CRERT2 ROSA2 LSL-TDDOMATO小鼠设计了一种遗传谱系追踪策略，并结合了单细胞RNA的顺序，以绘制单核细胞的命运和分化轨迹，这些单核细胞的命运和分化轨迹在抑制心脏后渗入心脏后，后者渗透了心脏梗死（MI）。我们观察到单核细胞募集仅限于MI后的前5天。浸润单核细胞产生转录不同的和空间限制的巨噬细胞和树突状细胞样子集，随着时间的流逝动态转移，并且在心肌内长期持续存在。伪分析分析预测了最初将单核细胞衍生的巨噬细胞的两个分化轨迹分别分配到边界和梗塞区域。在这些轨迹中，我们表明表达I型IFN响应签名的巨噬细胞是位于边界区域内的中间人群并促进心肌保护。共同发现了梗塞心脏中单核细胞分化的新复杂性，并表明调节单核细胞命运决策可能具有临床意义。