1,Hyashi K,Ohta H,Kurimoto K,Saitou M(2011111111 11通过多能干细胞在培养中对小鼠生殖细胞指定途径的重构。单元格,146,519 -2, Gafni O, Weinberger L, Mansour AA, Manor YS, Chom- sky E, Ben-Yosef D, Kalma Y, Viukov S, Maza I, Zviran A, Rais Y, Shipony Z, Mukamel Z, Krupalnik V, Zerbib M, Geula S, Caspi I, Schneir D, Shwartz T, Gilad S, Amann-Zalcenstein D,Benjamin S,Amit I,Tanay A,More-S-RWA R,Novershtern N,Hanna JH(2013年,新型人类基态幼稚的多能干细胞的脱颖而出。 自然,504,282 - 3,Irie N,Weinberger L,Tang WWC,Kobayashi T,Viukov S,Manor YS,Dietmann S,Hanna JH,Surani MA(2015 17是人类原始LOM LOM细胞脂肪的关键特征。 单元格,160,253 - 4, Sasaki k, yokayashi s, namurara t, okamoto i, yabot y, kurimoto k, ohta H, moritoki y, iwatani C, tsuciya h, nakura s, sekiguchi k, sakuma t, yamomomomomoto t, t, yamamoto s, yamamoto m, yamamoto m。 M((2015年)在体外耐心诱导人类生殖细胞脂肪中的人类生殖细胞脂肪。 细胞干细胞,17,178 - 5,Kobayashi T,Zhang H,Tang WWC,Irie N,Withey S,Klipsch D,Syrirna,Dietmann S,Contreras,Webb R,Erlelegio R,Ellelegio R,Soup MA (2 自然,546,416 - 6,Tang WWC,Castillo-Venzor A,Gruhn WH,Kobayashi T,Penfold CA,Morgan MD,Sun D,Irie N,Surani MA (20222222222222222,Sequeential Enlancer State reamoulines Remoulines remoulines hu-man enferine hu-man enterline能力和指定。 nat Cell Biol,24,448 -2, Gafni O, Weinberger L, Mansour AA, Manor YS, Chom- sky E, Ben-Yosef D, Kalma Y, Viukov S, Maza I, Zviran A, Rais Y, Shipony Z, Mukamel Z, Krupalnik V, Zerbib M, Geula S, Caspi I, Schneir D, Shwartz T, Gilad S, Amann-Zalcenstein D,Benjamin S,Amit I,Tanay A,More-S-RWA R,Novershtern N,Hanna JH(2013年,新型人类基态幼稚的多能干细胞的脱颖而出。自然,504,282 -3,Irie N,Weinberger L,Tang WWC,Kobayashi T,Viukov S,Manor YS,Dietmann S,Hanna JH,Surani MA(2015 17是人类原始LOM LOM细胞脂肪的关键特征。 单元格,160,253 - 4, Sasaki k, yokayashi s, namurara t, okamoto i, yabot y, kurimoto k, ohta H, moritoki y, iwatani C, tsuciya h, nakura s, sekiguchi k, sakuma t, yamomomomomoto t, t, yamamoto s, yamamoto m, yamamoto m。 M((2015年)在体外耐心诱导人类生殖细胞脂肪中的人类生殖细胞脂肪。 细胞干细胞,17,178 - 5,Kobayashi T,Zhang H,Tang WWC,Irie N,Withey S,Klipsch D,Syrirna,Dietmann S,Contreras,Webb R,Erlelegio R,Ellelegio R,Soup MA (2 自然,546,416 - 6,Tang WWC,Castillo-Venzor A,Gruhn WH,Kobayashi T,Penfold CA,Morgan MD,Sun D,Irie N,Surani MA (20222222222222222,Sequeential Enlancer State reamoulines Remoulines remoulines hu-man enferine hu-man enterline能力和指定。 nat Cell Biol,24,448 -3,Irie N,Weinberger L,Tang WWC,Kobayashi T,Viukov S,Manor YS,Dietmann S,Hanna JH,Surani MA(2015 17是人类原始LOM LOM细胞脂肪的关键特征。单元格,160,253 -4, Sasaki k, yokayashi s, namurara t, okamoto i, yabot y, kurimoto k, ohta H, moritoki y, iwatani C, tsuciya h, nakura s, sekiguchi k, sakuma t, yamomomomomoto t, t, yamamoto s, yamamoto m, yamamoto m。 M((2015年)在体外耐心诱导人类生殖细胞脂肪中的人类生殖细胞脂肪。 细胞干细胞,17,178 - 5,Kobayashi T,Zhang H,Tang WWC,Irie N,Withey S,Klipsch D,Syrirna,Dietmann S,Contreras,Webb R,Erlelegio R,Ellelegio R,Soup MA (2 自然,546,416 - 6,Tang WWC,Castillo-Venzor A,Gruhn WH,Kobayashi T,Penfold CA,Morgan MD,Sun D,Irie N,Surani MA (20222222222222222,Sequeential Enlancer State reamoulines Remoulines remoulines hu-man enferine hu-man enterline能力和指定。 nat Cell Biol,24,448 -4, Sasaki k, yokayashi s, namurara t, okamoto i, yabot y, kurimoto k, ohta H, moritoki y, iwatani C, tsuciya h, nakura s, sekiguchi k, sakuma t, yamomomomomoto t, t, yamamoto s, yamamoto m, yamamoto m。 M((2015年)在体外耐心诱导人类生殖细胞脂肪中的人类生殖细胞脂肪。细胞干细胞,17,178 -5,Kobayashi T,Zhang H,Tang WWC,Irie N,Withey S,Klipsch D,Syrirna,Dietmann S,Contreras,Webb R,Erlelegio R,Ellelegio R,Soup MA (2自然,546,416 -6,Tang WWC,Castillo-Venzor A,Gruhn WH,Kobayashi T,Penfold CA,Morgan MD,Sun D,Irie N,Surani MA (20222222222222222,Sequeential Enlancer State reamoulines Remoulines remoulines hu-man enferine hu-man enterline能力和指定。nat Cell Biol,24,448 -7,Yamashiro C,Sasaki K,Yabuta Y,Kojima Y,成熟T,Okamoto I,Yokayashi S,Murase Y,Shirara Y,Shirane K,Sasaki K,Sasaki H,Sasaki H,Yamamoto T,Yamamoto T,Saitou M( 201818年)Pluripot pluripot pluripot pluripot celped pluripot pluripot cel celed pluripot pluripot celed pluripot celed细胞的pluripot卷成pluripot。科学,362,356 -8,Hwang YS,Suzuki S,Seita Y,ITTO J,Sa Sato Y,Dog Y,Sato K,Sato K,Hermann BP,Sasaki K (2020020020重建了繁荣症状的spefiification in Verrom,该spefiification in Verrom a Verrom受到了诱发的PACECACE PAMAPOPOTENT SPOS SPOS细胞。nat commun,11,Kobayashi T,Kobayashi H,Goto T,Takashima T,Oakawa M,Ikeda H,Terada R,Yoshida F,Sanbo M,Ukida H,Kurrimoto K,Hirabayashi M (2020 U 2020 U型生殖器开发Kobayashi T,Kobayashi H,Goto T,Takashima T,Oakawa M,Ikeda H,Terada R,Yoshida F,Sanbo M,Ukida H,Kurrimoto K,Hirabayashi M (2020 U 2020 U型生殖器开发
可以使用不同颜色的荧光蛋白同时对基因进行成像(Miyawaki,2011;Han et al.,2019)。由于分子成像探针的发展取得了最新进展,可以获得不同细胞和组织状态下的细胞基因表达模式信息(Sakaue-Sawano et al.,2008;Kohl et al.,2014;Lin and Schnitzer,2016;Sakaguchi et al.,2018)。除了荧光蛋白成像外,生物发光成像也有助于定量分析基因表达动态(Shimojo 等,2008;Imayoshi 等,2013;Imayoshi and Kageyama,2014;Isomura 等,2017;Suzuki and Nagai,2017;Sueda 等,2019)。尽管生物发光探针的多色成像最初在技术上受到限制,但最近开发的短波长和长波长荧光素酶
Kai Xiong, 1 Karen Julie la Cour Karottki, 1 Hooman Hefzi, 2,5 Songyuan Li, 1 Lise Marie Grav, 1 Shangzhong Li, 2,6 Philipp Spahn, 2,5 Jae Seong Lee, 3 Ildze Ventina, 1 Gyun Min Lee, 1,4 Nathan E. Lewis, 2,5,6 Helene Faustrup Kildegaard, 1 和 Lasse Ebdrup Pedersen 1,7,8,* 1 丹麦技术大学诺和诺德基金会生物可持续性中心,丹麦灵比 2 加州大学圣地亚哥分校诺和诺德基金会生物可持续性中心,美国加利福尼亚州拉霍亚 3 亚洲大学分子科学与技术系,韩国水原 16499 4 韩国科学技术研究院生物科学系,大田 5加州大学圣地亚哥分校儿科,美国加利福尼亚州拉霍亚 6 加州大学圣地亚哥分校生物工程系,美国加利福尼亚州拉霍亚 7 丹麦技术大学生物工程系,丹麦林比 8 主要联系人 *通信地址:laeb@dtu.dk https://doi.org/10.1016/j.crmeth.2021.100062
将载脂蛋白 B mRNA 编辑酶、催化性多肽样胞苷脱氨酶与催化功能受损的 Cas 蛋白(例如 nCas9 或 dCas9)融合,提供了一种新型基因编辑技术,即碱基编辑,可高效地实现靶向碱基替换。然而,在碱基编辑中观察到全基因组和全转录组脱靶突变,这引发了对治疗应用的安全性担忧。之前,我们开发了一种新的碱基编辑系统,即 transformer 碱基编辑器 (tBE),可在哺乳动物细胞和小鼠中诱导高效编辑,且不会观察到全基因组或全转录组脱靶突变。这里我们描述了设计和应用 tBE 的详细方案。本方案包括设计单向导 RNA (sgRNA) 和辅助 sgRNA 对、构建构建体、确定全基因组和转录组范围的脱靶突变、生产含有 tBE 的腺相关病毒、将腺相关病毒递送到小鼠体内以及检查体内编辑效果的步骤。使用 sgRNA-辅助 sgRNA 对,tBE 的高精度碱基编辑可以在 2-3 周内(在哺乳动物细胞中)或 6-8 周内(在小鼠中)完成。整个过程可以由研究人员使用分子生物学、生物信息学和小鼠饲养的标准技术共同完成。
小分子诱导基因回路是生物学中最重要的工具之一,因为它们提供了一种方便的方式来精确调节生物系统。这些系统通常旨在在多个层面上控制基因激活、抑制或破坏,例如通过基因组修饰、转录、翻译或蛋白质活性的翻译后调节。由于它们的重要性,过去几年已经创建了许多新系统来满足不同的需求或提供正交性。它们可以根据所使用的诱导剂、调节模式和实现调节的效应蛋白进行广泛的表征。此外,每个合成电路都有不同的性能指标和设计考虑因素。在这里,我们对最近开发的工具进行了简要比较,并推荐了标准化指标来评估它们作为生物检测剂或治疗剂的性能和潜力。
TN5转座子标记双链DNA和RNA/DNA杂交产生的核酸,这些核酸准备被放大以进行高通量测序。必须探索TN5转座子的核酸底物以增加TN5的应用。在这里,我们发现TN5转座子可以将寡核酸转置超过140个核苷酸的单链DNA的5'端。基于TN5的此属性,我们开发了一种基于标记和启用连接的单链DNA测序方法,称为Table-Seq。通过一系列反应温度,时间和酶浓度测试,我们将表格seq应用于链特异性的RNA测序,从总RNA的30 pg开始。此外,与传统的基于DUTP特异性的RNA测序相比,该方法检测到更多的基因,具有较高的链特异性,并且在基因之间显示出更均匀分布的读数。一起,我们的结果提供了有关TN5转座子特性的见解,并扩展了TN5在尖端测序技术中的应用。
摘要:尽管有多种共价蛋白质修饰,但很少有用于定量细胞中蛋白质生物结合的技术。在这里,我们描述了一种通过与Halotag共价键形成在纤维素蛋白生物偶联中量化的新方法。这种方法利用不自然的氨基酸(UAA)诱变选择性地在蛋白质表面上安装小而生物串管的反应性手柄。我们利用了反电子二极管的快速动力学和高选择性 - 评估四嗪苯丙氨酸(TETF)与紧张的反甲环烯 - 氯酸酯(STCO-CA)(STCO-CA)和跨循环链烯(TETR-caclecten)(TETR-CATRE)的反应(TETF)与TETRECANE(TETRE)(TETER-CARORE(TETRE)。生物缀合后,叶绿素配体暴露于释放酶标记,以通过简单的蛋白质印迹分析直接定量生物缀合。我们证明了该工具的多功能性,以快速,准确地确定不同UAA/氯烷烃对的生物缀合效率以及对不同蛋白质的不同位点(包括EGFP和雌激素相关的受体ERR)的不同位点。■简介
1 Heilongjiang福利利用的主要实验室,在寒冷地区,动物科学与兽医学院,Heilongjiang Bayi农业大学,No./div>5 Xinyang Road,Daqing 163319,中国; zhuhuan1982@sina.com(H.Z. ); m_leslie@163.com(R.M. ); TXX09090416@163.com(X.T。) 2中国东北部低碳绿色农业的主要实验室,农业和农村事务部P. R.中国,海伦吉安吉·贝尼农业大学,编号 5 Xinyang Road,Daqing 163319,中国3理学院,海伦吉安吉·贝伊农业大学,编号 5 Xinyang Road,Daqing 163319,中国4 Bright Farming Co.,Ltd。,No. 1518,西江昌路,上海200436,中国; wujianhao@brightdairy.com 5 Heilongjiang农业填海学院的畜牧业和兽医学院,编号 中国赫本150038 Xiangfu Road 101; lichengliu2023@163.com 6 XI'AN建筑与技术大学土木工程学院,编号 Yanta Road 99,西安710064,中国; sunyanting98@163.com *通信:ylqu007@126.com;电话。 : +86-138-3696-10305 Xinyang Road,Daqing 163319,中国; zhuhuan1982@sina.com(H.Z.); m_leslie@163.com(R.M.); TXX09090416@163.com(X.T。)2中国东北部低碳绿色农业的主要实验室,农业和农村事务部P. R.中国,海伦吉安吉·贝尼农业大学,编号 5 Xinyang Road,Daqing 163319,中国3理学院,海伦吉安吉·贝伊农业大学,编号 5 Xinyang Road,Daqing 163319,中国4 Bright Farming Co.,Ltd。,No. 1518,西江昌路,上海200436,中国; wujianhao@brightdairy.com 5 Heilongjiang农业填海学院的畜牧业和兽医学院,编号 中国赫本150038 Xiangfu Road 101; lichengliu2023@163.com 6 XI'AN建筑与技术大学土木工程学院,编号 Yanta Road 99,西安710064,中国; sunyanting98@163.com *通信:ylqu007@126.com;电话。 : +86-138-3696-10302中国东北部低碳绿色农业的主要实验室,农业和农村事务部P. R.中国,海伦吉安吉·贝尼农业大学,编号5 Xinyang Road,Daqing 163319,中国3理学院,海伦吉安吉·贝伊农业大学,编号5 Xinyang Road,Daqing 163319,中国4 Bright Farming Co.,Ltd。,No. 1518,西江昌路,上海200436,中国; wujianhao@brightdairy.com 5 Heilongjiang农业填海学院的畜牧业和兽医学院,编号 中国赫本150038 Xiangfu Road 101; lichengliu2023@163.com 6 XI'AN建筑与技术大学土木工程学院,编号 Yanta Road 99,西安710064,中国; sunyanting98@163.com *通信:ylqu007@126.com;电话。 : +86-138-3696-10305 Xinyang Road,Daqing 163319,中国4 Bright Farming Co.,Ltd。,No.1518,西江昌路,上海200436,中国; wujianhao@brightdairy.com 5 Heilongjiang农业填海学院的畜牧业和兽医学院,编号中国赫本150038 Xiangfu Road 101; lichengliu2023@163.com 6 XI'AN建筑与技术大学土木工程学院,编号Yanta Road 99,西安710064,中国; sunyanting98@163.com *通信:ylqu007@126.com;电话。 : +86-138-3696-1030Yanta Road 99,西安710064,中国; sunyanting98@163.com *通信:ylqu007@126.com;电话。: +86-138-3696-1030
s1r-提案1,即DNA构象取决于“磷酸基团水化的经济学”所确定的,引起了相当大的兴趣”。的核心是,在DNA的a和z形式中,相邻的磷酸基团沿多核苷酸链之间的距离比B形链的距离短,因此,尽管水分子可以在A和Z中形成氢分子在A和Z之间形成氢分子,但对于B。这些建议是基于对相邻核苷酸中带电的磷酸盐氧和水氧的位置的距离的调查。与B-DNA中的情况相反,A-形式和Z形式中的Phosphate基团的水合被认为是“经济”的,因为B-DNA中的各种磷酸基团被称为“单独水合”。这个“水合经济”的概念被提出为B-A和B-Z转变的根本原因,当DNA的水合程度降低时,这两者都会出现,基于脱水将有利于与水分子更经济相互作用的构象。Saenger等。1还考虑了盐和有机极性溶剂对DNA所采用的构象的影响,并确定“如果添加盐或有机极性溶剂,则从DNA中撤出水分子,并且水合会变得更加经济化”。从这个论点中,DNA附近的盐将有利于